尖孢镰孢菌果胶裂解酶基因家族鉴定及侵染表达模式分析

【背景】番茄枯萎病是番茄生产中常见的土传真菌病害。【目的】为鉴定番茄枯萎病基因组果胶裂解酶基因家族,明确该基因家族在侵染过程表达模式。【方法】采用生物信息学方法鉴定了番茄枯萎病尖孢镰孢菌(Fusarium oxysporum f. sp. Lycopersici)基因组内PEL基因家族,并分析了基因结构、染色体定位及三级结构,同时利用荧光定量PCR分析了FoPEL1-16基因在接种番茄根系的表达情况。【结果】番茄尖孢镰孢菌基因组内PEL基因家族成员有16个。氨基酸序列长度在163-548个氨基酸,信号肽长度在16-21个氨基酸。染色体定位分析表明16个基因在染色体上分布不均,分别定位在7条染色体上。根据基因结构和保守基序分析结果 16个基因可分为4类。进化分析表明该基因家族成员可聚成4支。三级结构预测结果显示同一家族存在相似结构域。荧光定量PCR分析结果表明Fo PEL基因在侵染过程表达水平明显上升。【结论】番茄尖孢镰孢菌基因组内果胶裂解酶以基因家族形式存在,其基因结构存在差异暗示了其功能多样性;FoPEL基因在侵染过程表达明显增强,说明其参与病原菌的致病性。本研究为解析尖孢镰孢菌致病基因功能分析及寄主病原互作提供了重要理论基础。     

毛竹APX基因系统进化与表达分析

抗坏血酸过氧化物酶(aseorbate peroxidase, APX)是植物活性氧代谢中重要的抗氧化酶之一,尤其是叶绿体中清除H₂O₂的关键酶,也是维生素C代谢的主要酶类。该文基于生物信息学方法,利用毛竹的基因组及转录组数据鉴定毛竹中的APX基因家族成员,并对其编码的蛋白基本理化性质、基因结构、启动子元件、系统进化及共线性关系、重复串联基因、GO注释及表达模式进行综合分析,共鉴定出21种编码APX的基因。结果表明:(1)PeAPX基因家族成员多为不稳定疏水蛋白,基因结构、基序及结构域相对较为保守,大多数APX基因具有高度保守的内含子模式。(2)系统进化关系显示毛竹APX基因与水稻APX基因有着较高的同源性关系,PeAPX具有较高的进化保守性。(3)Ka/Ks分析表明PeAPX基因都经历了纯化选择压力,此外在每个APX基因的启动子序列中发现有许多与应激反应和植物激素相关的顺式作用元件,结合表达量分析,表明毛竹APX基因在毛竹生长发育中起着正向促进作用。该研究为进一步了解毛竹APX基因家族基本功能及其抗氧化机制提供了一定的参考,为毛竹APX基因功能的深层次鉴定提供了重要依据。     

非洲猪瘟病毒多基因家族研究进展

非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染引起的一种急性、热性、高度接触性、致死性动物传染病.由于ASFV基因组庞大,变异能力强,免疫逃逸机制复杂,至今无有效药物和疫苗.近年来,对多基因家族的研究取得了很大的进展,可变区多基因家族拷贝数变化是导致ASFV变异的主要原因,且陆续发现多基因家族在决定细胞宿主范围、影响病毒毒力强弱、抑制Ⅰ型干扰素信号通路、抑制干扰素抗病毒效应和促进病毒蜱源感染中具有重要作用.本文对当前的ASFV多基因家族研究进展进行总结,阐述其在基因变异和病毒感染中的作用,以期为非洲猪瘟免疫逃逸机制的探索和疫苗的研发提供理论依据.     

江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。     

血管生成素发展史北大核心CSCD

1985年 Bert L．Vallee等发现血管生成素,并明确其基因和蛋白质序列1986年 明确血管生成素属于核糖核酸酶A超家族1987年 明确血管生成素在细胞系、人体正常和肿瘤组织中mRNA的丰度重组表达血管生成素蛋白。     

血清α-syn、Aβ1-42、SSA在帕金森病患者中的表达及与认知功能损害的关系

摘要 目的：探讨血清α-突触核蛋白（α-synuclein,α-syn）、β淀粉样蛋白1-42（β-amyloid 1-42,Aβ_1-42）、淀粉样蛋白A（serum amyloid A,SSA）在帕金森病患者中的表达及与认知功能损害的关系。方法：收集本院2018年7月~2020年11月收治的136例帕金森病患者为病例组,依据Hoehn-Yahr（H-Y）分级分为早期组（n=76）与中晚期组（n=60）;依据蒙特利尔认知评估量表（Montreal Cognitive Assessment Scale,MoCA）分为认知功能正常组（n=94）与认知功能损害组（n=42）。另选同期本院体检正常者105例纳入对照组。对比各组血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平及MoCA,并用Pearson相关系数分析病例组患者血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平与MoCA的相关性,用受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve,ROC）分析血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平对帕金森病和认知功能损害的诊断价值。结果：病例组血清α-syn、SSA水平高于对照组,差异有统计学意义（P<0.05）;病例组Aβ_1-42、MoCA评分低于对照组（P<0.05）。病例组晚期患者血清α-syn、SSA水平高于早期患者（P<0.05）;病例组晚期患者Aβ_1-42、MoCA评分低于早期患者,差异有统计学意义（P<0.05）。病例组有认知功能损害患者血清α-syn、SSA水平高于认知功能正常患者（P<0.05）;病例组有认知功能损害患者Aβ_1-42、MoCA评分低于认知功能正常患者（P<0.05）。病例组患者血清α-syn、SSA与MoCA均呈正相关（P<0.05）,Aβ1-42与MoCA呈正相关（P<0.05）。血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平对帕金森病诊断的曲线下面积分别为0.858、0.821、0.785;血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平对帕金森病认知功能损害预测的曲线下面积分别为0.877、0.825、0.783。结论：帕金森病患者血清α-syn、SSA、Aβ_1-42水平较健康者变化明显,且可能和帕金森病的诊断、病情进展和认知功能损害有一定关系。     

草菇低温胁迫初期应答关键通路的探究

本研究利用表达谱芯片技术解析了低温胁迫初期（0-120min）不同低温处理时间草菇转录组水平的变化。芯片结果分析发现在低温诱导过程中,低温处理20min内变化基因的功能为单加氧酶、氧化还原酶和细胞内的氧化还原。低温处理40min时表达差异基因具有结合RNA的功能。80min的时间段内,基因的功能比较集中于核酸物质和能量的代谢。CYP450的代谢途径在20-40min、60-80min和100-120min低温处理的菌丝体中均有显著性变化,表明这一通路在草菇低温处理过程中表现活跃。基因表达趋势分析发现34个表达差异基因富集到显著表达趋势模型,基因共表达网络分析发现VVO_04066位于网络的核心地位,推测VVO_04066通过提高磷酸肌醇特异性磷脂酶C（PI-PLC）的胞内水平,促进糖蛋白和几丁质的合成,从而完成草菇细胞的低温胁迫应答。     

帕拉米韦氯化钠注射液对流感病毒A型肺炎患儿的成本-效益分析

目的:探讨帕拉米韦氯化钠注射液对流感病毒A型肺炎患儿的成本-效益。方法:选择我院2015年1月至2018年12月收治的96例流感病毒A型肺炎患儿,根据随机数字表法,将96例患儿分为A组及B组,每组48例,A组患儿给予磷酸奥司他韦颗粒,B组患儿给予帕拉米韦氯化钠注射液,对比两组患儿的治疗效果、临床症状消失时间、住院时间、用药成本、成本-效益,对比两组患儿治疗前及治疗后的血常规及肝肾功能,对比两组患儿的不良反应发生率。结果:B组患儿的治疗有效率明显较A组高(P<0.05)。观察组患儿的临床症状消失时间及住院时间明显较对照组低(P<0.05)。A组患儿的平均用药成本明显低于B组(P<0.05),A组的成本-效益较B组低。与治疗前相比,治疗后两组患儿的中性粒细胞总数明显升高,白细胞总数、淋巴细胞总数明显降低(P<0.05);而治疗前后,两组患儿的血常规指标对比无统计学意义(P>0.05)。治疗前后,两组患儿的肝肾功能对比均无统计学意义(P>0.05)。B组患儿的不良反应发生率较A组高,但组间对比无统计学意义(P>0.05)。结论:与磷酸奥司他韦相比,帕拉米韦氯化钠注射液对流感病毒A型肺炎患儿的疗效更佳,但其成本-效益较低,临床上可根据患儿实际情况选择用药。     

脓毒症患儿血清SAA、PCT、CRP水平与预后的关系及其诊断价值分析

摘要 目的：探讨脓毒症患儿血清淀粉样蛋白A（SAA）、降钙素原（PCT）、C反应蛋白（CRP）与预后的关系,并分析三者对脓毒症的诊断价值。方法：纳入我院于2016年8月～2020年6月期间收治的脓毒症患儿60例开展回顾性研究,作为脓毒症组,选取同期于我院进行体检的健康儿童40例作为对照组,比较两组血清SAA、PCT、CRP水平。根据脓毒症患儿1个月内的生存、死亡情况,分成生存组（n=42）、死亡组（n=18）,比较两组临床资料及血清SAA、PCT、CRP水平,经COX回归模型分析脓毒症患儿死亡的危险因素。绘制受试者工作特征（ROC）曲线分析血清SAA、PCT、CRP对脓毒症的诊断价值。结果：脓毒症组血清SAA、PCT、CRP水平显著高于对照组（P＜0.05）。死亡组器官障碍数量＞2个、脓毒性休克患儿占比分别为55.56%、44.44%,显著高于生存组的19.05%、9.52%（P＜0.05）;死亡组入院后1 h内使用抗菌治疗患儿占比为38.89%,显著低于生存组的69.05%（P＜0.05）;死亡组血清SAA、PCT、CRP水平高于生存组（P＜0.05）。COX多因素分析结果显示,器官障碍数量＞2、脓毒性休克及血清SAA、PCT、CRP水平升高是脓毒症患儿死亡的危险因素（P＜0.05）,而入院后1 h内使用抗菌治疗是脓毒症患儿死亡风险的保护性因素（P＜0.05）。血清SAA、PCT、CRP单独及三者联合诊断脓毒症的曲线下面积（AUC）分别为0.808、0.780、0.761、0.912。结论：脓毒症患儿血清SAA、PCT、CRP明显升高,三者升高均为脓毒症患儿死亡的危险因素,且对脓毒症具有一定诊断价值。     

维生素A、E水平与儿童反复呼吸道感染的相关性和危险因素研究

摘要 目的：研究维生素A（VA）、维生素E（VE）水平与儿童反复呼吸道感染（RRI）的相关性和危险因素。方法：选择本院2017年1月~2019年10月诊治的318例RRI患儿,同期选择285例健康体检儿童作为对照组,比较各组VA、VE表达情况,并分析儿童RRI发生的危险因素。结果：RRI组VA及VE水平低于对照组,VA及VE缺乏率高于对照组,差异有统计学意义（P<0.05）。1~3岁患儿VA及VE水平高于3~6岁组且高于>6岁组（P<0.05）。对照组和RRI组性别、出生时体重比较无统计学差异（P>0.05）;RRI组自然分娩、母乳喂养率低于对照组,偏食、过敏体质、抗生素滥用、人均居住面积<13 m²、母亲文化高中及以下率高于对照组（P<0.05）。多因素Logistic回归分析显示,早产、偏食、过敏体质、被动吸烟、抗生素滥用、人均居住面积<13 m²是RRI发生的独立危险因素,VA、VE、自然分娩、母乳喂养、母亲文化程度是RRI发生的保护因素。结论：RRI儿童VA、VE水平较低,且RRI的发生和多种危险因素相关,临床应针对性的进行预防干预。