江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。     

2018年河南省肠道病毒环境监测结果分析

通过对2018年河南省环境污水中肠道病毒(Enterovirus,EV)的持续监测,了解河南省环境污水中脊灰病毒(PV)和非脊灰肠道病毒(NPEV)的血清型分布及流行情况.选取了河南省东、西、南、北、中部的五个城市,对每个城市有10万～30万人共同使用的下水管网的地区进行污水采样,每两个月采集1次,每次采集两份污水样品,采集持续1年,对污水样品进行浓缩,将浓缩液接种至RD细胞、L20B细胞和HEp-2细胞进行病毒分离.对病毒分离物进行VP1区核苷酸序列测定分析,采用最大似然法构建系统进化树对EV进行分子定型,并进行核苷酸相似性分析.共采集污水样品60份,分离到EV阳性毒株16株(26.67％),分别为8株CVB5、3株E7、3株E11、1株CVB5+E11混合株;1株PVIII;环境监测标本与急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例标本,在济源市和周口市分离到的CVB5比例有一致性,郑州市和济源市分离到的E7比例有一致性;污水标本中阳性毒株的检出时间要早于AFP病例标本中同种毒株型别的检出时间1～3个月.来源于AFP病例监测和环境监测的CVB5之间的核苷酸相似性为94.7％～99.6％,来源于AFP病例监测和环境监测的E7之间的核苷酸相似性为92.5％～100.0％.来源于AFP病例监测和环境监测的CVB5属于同一个基因型,E7也是同一个基因型,甚至是同一个病毒传播链.河南省2018年建立了环境监测方法,是AFP病例监测的有益的补充,也可对人类肠道病毒病流行或暴发进行预测和预警.     

柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒（Enterovirus,EV）分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型（Coxsackievirus A9,CVA9）的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区（省、自治区、直辖市）上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株（Griggs）核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%～97.6%和92.3%～99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%～25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大...     

2018～2020年广西边境地区手足口病流行特征及病原学分析

手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）是一种由肠道病毒引起的儿童常见传染病,近年来在亚太地区尤其是东南亚地区发生了多起HFMD的大暴发,而我国广西壮族自治区与越南接壤,往来密切。为了解其边境地区HFMD的流行概况和病原学构成,比较该地区病原优势基因型与相邻地区的变异与进化关系。本研究选取与越南接壤的百色、崇左、防城港作为研究对象,收集其2018-2020年HFMD疫情资料进行流行病学分析,并随机采集这三个地市的375份手足口病患儿的临床标本进行荧光定量PCR鉴定,对阳性毒株进行VP1编码区基因扩增及测定,获得的序列与GenBank上下载的各基因型/亚型的代表序列构建系统发生树。结果显示2018-2020年,广西边境地区的报告发病数、重症数、重症比例（重症/发病）和重症率均呈下降趋势,5岁以下儿童为主要发病人群,除2020年以外,其发病流行曲线呈典型的双峰分布。病原谱分析显示,整体上以其他EV为优势循环血清型,且CVA6、CVA16、CVA10和EVA71为该地区的优势病原。同时,2018-2020年期间广西边境流行的EVA71、CVA16、CVA6...     

江西一例iVDPV病例Ⅲ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析

分析江西一例免疫缺陷患者体内连续采集的15份粪便标本中分离到的Ⅲ型脊髓灰质炎病毒的全长VP1区基因特征。将从15份标本中分离到的14株Ⅲ型iVDPVs进行噬斑纯化,每个病毒随机挑取10个噬斑,接着进行逆转录‐聚合酶链反应扩增,测定获取到的154株iVDPVs全长VP1区序列。通过系统发育分析和BEAST程序探究iVDPV病毒的进化特征,估算其进化速率和口服脊灰减毒活疫苗(attenuated oral polio vaccine,OPV)初始感染时间。14株iVDPVs与Ⅲ型脊髓灰质炎减毒疫苗株(Sabin Ⅲ)核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%～98.7%和97.6%～98.3%。相较于Sabin Ⅲ,14株iVDPVs VP1区第54位氨基酸发生了A→V的突变,这可能导致温度敏感表型和衰减表型的改变。根据拓扑结构系统发育树被划分为3个Lineages,其中17049‐1‐8,17049‐2‐2和17049‐2‐9分别属于Lineage 1和Lineage 2,其余属于Lineage 3。具有Lineage 3序列特征的克隆是优势克隆,呈现出随时间持续分化的特征。BEAST程序估算...     

柯萨奇病毒A组6型对利巴韦林耐药性的初步研究

柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CVA6）已成为近年来国内导致手足口病的主要病原体。本研究挑选16株中国流行的不同基因亚型的CVA6，通过在RD细胞上的细胞活性实验和观察致细胞病变效应来检测利巴韦林对不同CVA6毒株的抑制率。结果表明药物浓度在0.8mmol/L和0.4mmol/L作用下对部分CVA6有明显的抑制作用（P<0.0001），在0.8mmol/L药物浓度下根据抑制率的高低，将抑制率大于80%的CVA6株（5株，占31.25%）以及低于10%的CVA6株（5株，占31.25%）分别定义为对利巴韦林敏感组和耐药组。为了探究CVA6耐药性与病毒致病力之间的关系，在利巴韦林敏感组与利巴韦林耐药组分别随机挑选两株CVA6进行ICR乳鼠感染实验。通过观察乳鼠生存率、临床评分和体重变化，结果显示利巴韦林耐药组CVA6致病力均比利巴韦林敏感组弱，表明利巴韦林耐药与致病力之间存在一定联系。最后使用MEGA软件对利巴韦林敏感组和耐药组CVA6进行3D区氨基酸序列比对分析，发现两组CVA6在3D区75位、308位、342位、346位氨基酸完全不同，提示利巴韦林耐药与...     

2009-2019年中国大陆柯萨奇病毒A14型基因特征分析

柯萨奇病毒A14型属于肠道病毒A组，可引起手足口病和无菌性脑膜炎等疾病，但目前全球对CVA14的分子流行病学研究较少，尚无对CVA14基于全长VP1区进行明确分型的相关研究。因得到中国手足口病监测网络的技术支持，本研究获得2009-2019年在中国大陆分离到的15株CVA14，应用RT-PCR对其全长VP1区进行扩增、测序和分析，并与GenBank中下载的22条CVA14全长VP1序列共同构建系统发育树。结果显示，2009-2019年中国大陆分离的15株CVA14与原型株G-14的核苷酸与氨基酸相似性分别为81.8%～82.9%与95.6%～96.9%,15株CVA14之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%～99.7%与98.3%～100%。中国大陆所有的22条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%～100.0%与98.3%～100.0%。中国大陆所有的CVA14与国外8条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为80.7%～86.0%与94.9%～97.9%。基于全长VP1系统发育树，全球CVA14可划分为A-G七个基因型，目前全球范围内流行的CVA14的基...     

中国大陆地区埃可病毒25型全基因组进化与重组分析

埃可病毒25型（Echovirus 25,E25）属于肠道病毒B组（Enterovirus B, EV-B），其在临床上可引起包括手足口病（Hand, foot, and mouth disease, HFMD），无菌性脑膜炎（Aseptic meningitis, AM），急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis, AFP）等在内的多种疾病。本文从全国HFMD监测网络选取了2009-2018年的18株E25毒株进行全基因组测序，将所得全长序列及GenBank上目前已发表的E25全长序列，以及EV-B组其它原型株全长序列分别构建全基因组和各编码区的亲缘进化树，并依据不同进化分支选取具有代表性的两株E25毒株进行重组分析。结果显示，中国大陆地区E25在P1区具有更高的亲缘关系，而P2和P3区建树中各出现了两个分支，且在每个分支上，与多个EV-B组的原型株具有较高的核苷酸同源性，提示E25可能存在多种重组模式。此外所选的两株毒株均与EV-B的其它血清型流行株在P2及P3不同区域发生重组，且重组的模式不相同，因此中国大陆地区的E25至少存在两种重组模式，并且致病力可能与...