柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒（Enterovirus,EV）分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型（Coxsackievirus A9,CVA9）的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区（省、自治区、直辖市）上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株（Griggs）核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%～97.6%和92.3%～99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%～25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大...     

江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。     

湖南省2009～2014年分离埃可病毒6型的基因特征分析

为了解中国埃可病毒6型(Echovirus type 6,ECHO6)的基因特征。通过对2009~2014年从湖南省手足口病病例监测中分离到的6株ECHO6病毒部分VP1序列测定,并与来自中国5个省和世界范围的138株ECHO6病毒进行序列对比和构建系统进化树。中国ECHO6病毒形成2个彼此独立的进化分支,分支1和分支2。湖南省ECHO6病毒均聚集在2c亚分支中,可能具有共同的进化来源。分支2病毒在我国分布较广且流行时间较长,可能是我国的优势流行株。以核苷酸差异30%为分组依据,可将ECHO6病毒划分为4个基因组A~D,以核苷酸差异在15%~30%之间分组,将D基因组再划分为10个基因亚组,D1~D10。湖南省ECHO6病毒均属于D7基因亚型。研究结果显示,2009~2014年期间,湖南省存在着具有共同进化来源的ECHO6病毒流行。中国至少存在4个不同进化分支的ECHO6病毒流行。     

我国四株埃可病毒6型全基因组序列及重组特征分析

埃可病毒6型(Echovirus 6,ECHO6)作为肠道病毒B组(Enterovirus B,EV-B)的一员,在临床上常导致无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)、急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)等多种疾病。本文挑选四株中国大陆地区不同年份、地区及疾病严重程度的代表毒株进行全基因组测定分析,与GenBank上ECHO6全长代表株及EV-B组原型株比对分析,了解其进化特征,并筛选BLAST结果的EV-B组流行株,探究我国流行的ECHO6与其他血清型的基因重组特征。结果提示,本研究四株ECHO6毒株在非结构蛋白区与EV-B其他血清型均发生重组,其中死亡病例标本重组模式更为复杂,可能与疾病严重程度有关。通过本研究分析,可进一步揭示ECHO6的遗传特征,为肠道病毒血清型研究提供基础数据,对了解其进化变异及临床致病力影响具有重要意义。     

2018～2020年广西边境地区手足口病流行特征及病原学分析

手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）是一种由肠道病毒引起的儿童常见传染病,近年来在亚太地区尤其是东南亚地区发生了多起HFMD的大暴发,而我国广西壮族自治区与越南接壤,往来密切。为了解其边境地区HFMD的流行概况和病原学构成,比较该地区病原优势基因型与相邻地区的变异与进化关系。本研究选取与越南接壤的百色、崇左、防城港作为研究对象,收集其2018-2020年HFMD疫情资料进行流行病学分析,并随机采集这三个地市的375份手足口病患儿的临床标本进行荧光定量PCR鉴定,对阳性毒株进行VP1编码区基因扩增及测定,获得的序列与GenBank上下载的各基因型/亚型的代表序列构建系统发生树。结果显示2018-2020年,广西边境地区的报告发病数、重症数、重症比例（重症/发病）和重症率均呈下降趋势,5岁以下儿童为主要发病人群,除2020年以外,其发病流行曲线呈典型的双峰分布。病原谱分析显示,整体上以其他EV为优势循环血清型,且CVA6、CVA16、CVA10和EVA71为该地区的优势病原。同时,2018-2020年期间广西边境流行的EVA71、CVA16、CVA6...     

2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究

埃可病毒9型(Echovirus 9,ECHO-9)是引起无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)和手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)暴发流行的重要病原体,但目前全球关于ECHO-9分子流行病学研究仍比较匮乏,ECHO-9基于VP1全长的基因分型结果尚未明确。本研究依托国家HFMD监测网络,2013-2019年在中国大陆共分离到15株ECHO-9毒株,对其进行VP1区全长序列测定和分析,并与GenBank中下载的全部112条ECHO-9VP1区全长序列共同构建系统发育进化树。结果显示,全球ECHO-9分为A-G七个基因型,其中C、D和F基因型可被进一步划分为C1-C2,D1-D4和F1-F2基因亚型。各洲之间优势基因型别有显著差异,亚洲和欧洲分别以D和C基因型为绝对优势基因型。中国大陆ECHO-9优势基因型别为D基因型,但其优势基因亚型随时间推移有明显转变。2000-2005年,中国大陆ECHO-9全部为D1基因亚型,2006年开始出现D1、D2和D3基因亚型的共同流行,2010年后D1和D2基因亚型消失,D3成为中国大陆绝对优势基因型别。本研究测定的15株ECHO-9分离自2013-2019年,其中14株属于D3基因亚型,1株江西ECHO-9为C2基因亚型,推测其可能来源于境外。本研究建立了全球ECHO-9基于VP1全长的基因分型方法,揭示了ECHO-9在全国及全球范围的分子流行特征。     

柯萨奇病毒A组2型江苏分离株(JS16-80)全基因组序列分析

柯萨奇病毒A组2型(CV-A2)是引起手足口病和疱疹性咽峡炎暴发流行的重要病原体。本文选取中国大陆流行的D基因型代表毒株JS16-80/JS/CHN/2016(简写JS16-80)进行全基因组序列测定和分析,了解其基因特征,并进行重组和进化分析。结果提示,JS16-80在非结构蛋白P2和P3多区段均有出现重组现象,并且多个A组肠道病毒血清型参与了非结构蛋白的重组。本研究可帮助了解CV-A2的全基因组特征和重组特点,进一步为CV-A2重组对其进化和潜在致病力的影响提供基础数据。