简并PCR结合RACE技术克隆申克孢子丝菌未知过氧化氢酶基因

目的 克隆孢子丝菌未知过氧化氢酶基因,命名为Sscat基因.方法 根据生物信息库中7种已知真菌过氧化氢酶氨基酸序列的高度保守区域设计简并引物,PCR扩增获得部分Sscat基因cDNA片段,随后应用RACE技术分别扩增其3’端和5’端未知序列.结果 Sscat基因cDNA序列全长1746 bp,其中包括5’端121 b...     

性别与自身免疫性疾病

自身免疫性疾病在人群中感染率5-10%,具有明显的性别差异,女性患者显著高于男性,具体机制仍未研究清楚。研究发现,除了机体自身的遗传易感体质外,雌激素,微嵌合体和性染色体都与自身免疫性疾病发病有关。     

桃PGIP基因及其启动子的克隆与分析

桃流胶病是一种严重危害桃树的真菌性病害,为研究PGIP基因在桃抗流胶病及抗其它真菌性病害中的作用,本研究以桃抗流胶病品种‘南京白沙'叶片为材料,对其PGIP基因及启动子序列进行克隆与分析.克隆测序获得了‘南京白沙'桃PGIP基因cDNA序列(GenBank登录号:HQ453972)和PGIP基因组DNA序列以及起始密码子上游453 bp的启动子序列(GenBank登录号:HQ453974),并将该PGIP基因命名为PpPGIP2.‘南京白沙'桃PpPGIP2序列分析显示,该DNA序列具有完整的阅读框,无内含子,与GenBank中登录的李属PGIP基因序列同源性在93%～98%之间,与测序完成的桃全基因组中该基因的序列同源性为96%;PpPGIP2编码的氨基酸序列分析显示,该氨基酸序列含有2个典型的亮氨酸重复序列,信号肽为第1～第24个氨基酸残基;PGIP基因的序列聚类图显示,除了科、属、种间的同源性差异外,桃的种内PGIP基因同源性也有较大差异;PpPGIP2启动子序列分析发现3个抗病相关元件,分别为:GT1CONSENSUS、SEBFCONSSTPR10A和WBOXATNPR1,另外还有与激素调控、胁迫有关的调控元件.本研究对‘南京白沙'桃PGIP基因和启动子的克隆与分析,将为进一步研究桃PGIP基因的表达调控及其功能分析提供参考.     

金针菇漆酶基因的克隆及其在毕赤酵母中的表达研究

综合运用cDNA末端快速扩增 (RapidAmplificationofcDNAEnds ,RACE )和基因组步行等技术克隆到一个金针菇 (Flammulinavelutipes)的漆酶结构基因和其对应的全长cDNA ,经测序和BLAST比对分析表明该基因属于多铜氧化酶基因家族 ,与已发表的漆酶基因 (AF176 2 30 )的同源性最高 ,在氨基酸水平为 72 %。该结构基因命名为gl ccFv,cDNA命名为lccFv ,其序列提交GenBank ,登录号分别为AY4 85 82 6和AY4 5 0 4 0 6。将lccFv的开放阅读框克隆到毕赤酵母表达载体pHBM90 6 ,转化毕赤酵母GS115且实现了分泌表达。将重组毕赤酵母GS115 (pHBM5 6 5 )诱导产酶 ,在培养温度 2 0℃、甲醇流加量为 1 0 % (V V)的情况下 ,其分泌表达的LCCFv的最高酶活为 0 10 70U mL ,最适反应温度为 4 5℃ ,最适反应pH值为 3 9,在最适反应条件下其热稳定性和pH值稳定性均较好     

史氏鲟两种促性腺激素β亚基cDNA克隆及序列进化分析

从史氏鲟(Acipenserschrenkii)脑垂体中提取总RNA,利用GeneRacerTM技术,分别克隆得到促性腺激素Ⅰ(GTHⅠ)和Ⅱ(GTHⅡ)的β亚基cDNA全长。史氏鲟GTHⅠ-β亚基cDNA全长为1088bp,开放阅读框为384bp,编码128个氨基酸(Genbank序列登录号为:AY575920);GTHⅡ-β亚基cDNA全长为616bp,开放阅读框为408bp,编码136个氨基酸(Genbank序列登录号为:AY575921)。与其他脊椎动物进行了两种基因的氨基酸序列同源性比较表明:史氏鲟GTHⅠ-β与西伯利亚鲟相似性最高,为99·1%;与硬骨鱼类中鲈形目相似性最低,为34·5%。GTHⅡ-β与西伯利亚鲟相似性为98·3%,与其他硬骨鱼类除鲈形目外都超过60%,与鸟类的相似性最低,为42·8%。两个基因成熟肽构建的MP树显示:GTHⅠ与FSH的β亚基和GTHⅡ与LH的β亚基构成两个明显的聚类。用Mega2软件计算了所比对物种间开放读码框的核苷酸遗传距离并构建了NJ树和MP树,两个基因β亚基的NJ系统树和MP系统树拓扑结构相似,鲟鱼与真骨鱼类分别聚类,共同形成硬骨鱼纲聚类,与传统分类学一致。成熟肽相似性、遗传距离和系统树分支长度显示GTHⅠ-β亚基在真骨鱼类进化速率显著快于其他脊椎动物,而LH-β亚基在羊膜动物中进化比其他脊椎动物快。暗示这两种糖蛋白基因的进化伴随物种进化而显示其功能[动物学报52(2):362-375,2006]。     

鲢鱼可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)基因cDNA全序列与5′调控区的克隆与分析

淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列.序列分析结果表明,鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全长920bp,其中5′-UTR长74bp,3′-UTR长174bp,编码区长672bp,编码223个氨基酸.应用基因组步行法,在鲢鱼克隆得到淡水鱼类微囊藻毒素去毒酶基因5′侧翼区878bp序列.与哺乳动物及海水鱼sGST基因不同,鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因的5′侧翼区,发现存在多个脂多糖反应元件(LPSRE),表明来源于毒藻的脂多糖可能对鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因表达有潜在调控作用.     

利用cDNA微阵列-CGH筛选支气管上皮细胞恶性转化中的扩增基因

目的:基因组不稳定是导致肺癌发生与发展的重要分子机理之一。本研究旨在筛选支气管上皮细胞恶性转化过程中拷贝数扩增的基因。方法:利用业已建立的支气管上皮细胞体外恶性转化模型,通过cDNA微阵列-CGH技术对支气管上皮来源的永生化细胞和癌变细胞的基因拷贝数进行了检测,并对部分结果进行了实时PCR验证。结果:永生化BEP2D细胞染色体中的某些区域存在不同程度的扩增,包括5q31.3、9q32-33.1、14q22.2-23.1、19p13.12-13.13、20q13.12-13.31;恶性转化BERP35T2细胞染色体中的扩增区域集中在1p12-13.1、5q33.1、5q31.3、9q32、19p13.12-13.13;5q31.3、9q32、19q13.12-13.13是以上2种细胞系中的共同扩增区域。共检测到201个基因的拷贝数发生扩增,其中PCNA、TP53及GADD45A基因的异常扩增已经实时PCR进一步验证。结论:在支气管上皮细胞恶性转化过程中,病毒与低剂量辐射的双重作用使得某些重要基因的拷贝数发生扩增,因基因剂量增加而导致某些癌基因高表达可能是细胞恶性转化的重要机制之一。     

基于Linux的cDNA文库序列分析平台的构建与应用

本研究构建了基于Linux的cDNA文库序列分析平台,该分析平台可大批量自动处理测序后的序列,包括载体序列的去除、序列格式的转换、序列的自动拼接、序列对数据库的相似性搜索及全长ORF的预测等,可加速对大规模测序数据的分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析,获得了较好的结果,已得到多个具有潜在价值的新基因序列。     

Construction and Characterization of a cDNA Library from the Pulp of Cara Cara Navel Orange （Citrus sinensis Osbeck）

A cDNA library was constructed end characterized from the pulp of Cera Care navel orange （Citrus sinensis Osbeck） at different stages of ripening. Tittering results revealed that approximately 5.086×10^5 independent clones were included in this library. Electrophoresls gel results of 15 randomly selected clones revealed that the size of the insertion fragments ranged from 400 bp to 2 kb, with an average size of 900 bp. Sequencing results of 150 randomly picked clones showed that the recombination rate was 94%. During subsequent sequence analysis, 41 of 139 clones failed to be identified end the amino sequence of 71 clones shared less than 30% identity with related plants in GenBank. Of 27 clones whose amino sequences shared more than 60% identity with other related plants in GenBenk, 17 clones showed an 80% identity with the corresponding candidate genes of citrus. The clone recognized as the type Ⅲ metallothlonein-llke （MT） gene was observed to occur 13 tlmes, Indlcatlng that the protein may play an important role In frult development and rlpenlng.