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1.
羽扇豆醇是一种植物天然提取物,具有高效低毒的抗癌活性,对于药物开发领域有很高价值。目前对其抗癌机制还不是十分明确。使用TaqMan MicroRNA Assay芯片技术,从羽扇豆醇处理的hela细胞中miRNA的差异表达入手,探索扇豆醇抗癌分子途径。运用聚类分析等统计学方法和targetscan,RNAfold等序列分析工具进行信号组分的预测筛选,再结合对NC-BI,Gene Ontology等大型生物信息数据库的检索,最终在生物信息学层面上,分析得到hela细胞中羽扇豆醇抗癌的分子调控途径,即以受体酪氨酸激酶ERBB4介导的,hsa-miR-23b,hsa-miR-200b等几种miRNA参与的分子通路。  相似文献   
2.
基于Linux的cDNA文库序列分析平台的构建与应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究构建了基于Linux的cDNA文库序列分析平台,该分析平台可大批量自动处理测序后的序列,包括载体序列的去除、序列格式的转换、序列的自动拼接、序列对数据库的相似性搜索及全长ORF的预测等,可加速对大规模测序数据的分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析,获得了较好的结果,已得到多个具有潜在价值的新基因序列。  相似文献   
3.
基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别   总被引:1,自引:0,他引:1  
microRNAs(miRNAs)是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA,在调节生物功能方面起着重要的作用,采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效策略之一,甜菜是一种重要的制糖工业原料,其miRNAs的识别尚未见报道,本文根据公共数据库中的甜菜EST和GSS信息,采用Blastn同源搜索技术,预测了甜菜(Beta vulgaris)中的候选miRNAs。通过分析候选miRNAs的序列特征,包括碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等,从中获得了54个miPRNAs,其中,3个miRNAs与miRBase中已知的其他物种高度相似的序列,其余可能为新miRNAs。  相似文献   
4.
渗透胁迫相关基因高通量筛选技术体系的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
随着功能基因组学的发展,在基因组水平上获得了大量渗透胁迫相关基因。农杆菌介导的超量表达是筛选和鉴定这些基因功能最为常用的技术。以植物表达载体pBI121为基础,在不改变其氨基酸序列的基础上通过定点突变消除了其上与质粒复制和稳定性有关的trfA基因(X00713)内部的SfiI酶切位点,并在表达单元CaMV35s启动子和NOS终止子之间引入了SfiIA和SfiIB位点,改造成通用植物表达载体卡盒pBHT-5。该载体卡盒可直接用于连接Clontech SMARTTM技术构建的cDNA文库,提高了大规模构建cDNA文库基因植物表达载体的工作效率。为高通量的筛选与鉴定基因功能,从大量的渗透胁迫相关基因中筛选出具有独立知识产权的、对植物抗渗透胁迫起重要作用的新基因奠定了坚实的基础。  相似文献   
5.
共轭亚油酸是一组共轭双键具有不同位置和几何构象的亚油酸异构体,主要存在于反刍动物的肉及乳中。本文就其中2种具有重要生理功能的共轭亚油酸(c-9,t-11CLA和t-10,c-12CLA)的生物合成途径的研究进行综述,以期了解共轭亚油酸代谢途径及其调控路径,为今后利用合成生物学指导共轭亚油酸的合成奠定基础。  相似文献   
6.
利用数目可变串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats,VNTRs)微卫星标记方法,对重庆厚皮菜甜菜材料SWTY-1群体中100个单株的细胞质线粒体DNA片段中TR2位点VNTRs片段多态性进行分析。结果显示97个单株线粒体TR2位点微卫星串联重复序列均为3拷贝,与普通糖甜菜一致;3个单株线粒体TR2位点微卫星串联重复序列为6拷贝,发现甜菜属厚皮菜细胞质TR2位点VNTRs存在多态性,在该群体中发现了不同于甜菜栽培种新的细胞质单株。对该群体材料100个单株的抽薹及结籽进行观测,结果显示微卫星串联重复序列为6拷贝的变异植株中2个单株花期未抽苔开花,1株抽苔晚未形成正常种子;细胞质TR2位点VNTRs片段拷贝数为3的植株中2个单株未能正常抽薹,其他植株均正常抽薹结籽。  相似文献   
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