利用定量杂交法检测绵羊瘤胃纤维细菌的研究

实验利用通用细菌探针和3株纤维分解菌的特异性探针,初步建立起对瘤胃细菌进行检测的16SrRNA定量杂交的方法。试验将提取的总RNA按浓度系列稀释后与通用细菌探针进行杂交,检测结果所做的回归分析表明,杂交信号与尼龙膜上的所点RNA的量具有明显线性关系。同时对几份瘤胃样品进行3种纤维分解菌的初步定量检测,结果显示3种纤维分解菌的相对丰度与前人报道相似,表明该方法能够对瘤胃细菌进行定量分析,可在后续相关研究中使用。     

反向线性探针杂交在检测实验动物沙门菌中的研究

目的建立简便、快速、准确、灵敏、特异的沙门菌检测方法。方法根据沙门菌argT基因序列设计通用引物和3'、5'均加有polyC的特异性探针。上游引物5'标记生物素,将探针线性固定在硝酸纤维素膜上,使沙门菌PCR扩增产物与探针进行杂交,通过优化杂交条件,建立反向线性探针杂交检测方法。利用该方法对重庆地区74只实验动物进行检测,同时与传统分离培养方法比较。结果反向线性探针杂交方法灵敏度高,对沙门菌PCR扩增产物在3ng/μL以上可有效检测。从细菌分离培养及DNA提取到PCR扩增及反向杂交结束仅需27h。该检测方法特异性高,对6种非沙门菌的检测中,其特异性为100%。应用传统分离培养方法和反向线性探针杂交方法分别检测42只KM小鼠和32只SD大鼠,两种方法检测结果一致性为100%。结论反向线性探针杂交检测方法,具有快速、可靠、敏感和特异的特点,可用于沙门菌感染时的检测,适合应用于实验动物沙门菌的监测。     

地高辛标记的Northern blot检测鼠疫菌sRNA

[目的]随着高通量测序方法的应用,越来越多的sRNA (small non-coding RNA,sRNA)需验证.本研究建立用地高辛标记Northern blot检测鼠疫菌sRNA的技术,为细菌sRNA验证提供一种灵敏、特异的方法.[方法]在低铁条件下,提取鼠疫菌总RNA,10％ dPAGE分离后电转到尼龙膜上并用紫外线交联RNA.膜经地高辛标记RyhB1或RyhB2寡核苷酸RNA探针过夜杂交后洗脱、封闭和免疫检测,最后曝光显影.[结果]地高辛标记的Northern blot曝光时间为20 s-3 min,RyhB1或RyhB2检测灵敏度分别为0.005 μg和0.05 μg.RyhB1或RyhB2探针特异性好,相互间无交叉反应.带正电或中性的尼龙膜都适用于杂交反应.RNA探针在42℃-65℃内杂交均可,提高温度可减少非特异性反应;而DNA探针杂交温度需摸索.[结论]本研究成功构建一种地高辛标记Northern blot检测鼠疫菌sRNA技术,具有特异性好、灵敏度高、探针易保存、曝光时间短等优点,为细菌sRNA验证和功能研究提供有利工具.     

多功能悬浮点阵技术快速检测肠道致病菌的初步应用研究

目的建立以多功能悬浮点阵技术为基础的临床常见肠道致病菌的快速检测方法。方法以细菌16S rDNA基因保守区序列设计1对通用引物,采用不对称PCR扩增7种临床常见肠道致病菌标准菌株,多功能悬浮点阵技术对不同菌株的PCR产物进行检测以验证相应菌种探针的特异性,最后对48份粪便标本进行肠道致病菌高通量快速检测。结果 7种临床常见肠道致病标准菌株的不对称PCR得到了大量单链产物,其产物用多功能悬浮点阵技术的检测特异性为100%,48份粪便标本不对称PCR产物可与相应探针发生特异性结合,且在多功能悬浮点阵技术的相应检测信号大于阴性对照3倍以上,5种细菌的多功能悬浮点阵技术检测结果与培养鉴定结果符合率100%,48份标本PCR产物均与志贺菌属探针发生杂交反应(阳性率100%)。结论 16S rDNA可以作为细菌快速鉴定的靶序列,不对称PCR产物可以显著提高与悬浮芯片杂交检测的灵敏度,多功能悬浮点阵技术在鉴定细菌方面具有简单快速、高通量、高检出率等特点,可以作为细菌快速鉴定的一种新方法,但无法鉴别志贺菌属和大肠埃希菌属。     

基于锁式探针技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌

目的:建立一种检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的方法,为同时检测这2种检疫性细菌提供技术手段。方法:基于靶标序列设计2种检疫性细菌的锁式探针,与靶标菌进行连接消化反应,然后采用通用引物进行滚环扩增,其产物与偶联上对应捕获探针的微球进行杂交,最后通过液相悬浮芯片二重检测。结果:该检测方法能够有效地检测2种检疫性细菌,其检测阈值为103CFU/m L,具有良好的可重复性。结论:建立了一种快速、灵敏的玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的二重检测方法。     

定量测定黑鲷生长激素受体mRNA的液相杂交/RNase保护法

目的　建立液相杂交 核糖核酸酶保护测定 (RibonucleaseProtectionAssay,RPA)技术定量检测黑鲷(Sparusmacrocephalus)生长激素受体mRNA水平。方法　将黑鲷生长激素受体cDNA片断亚克隆至pGEM T载体 ,制备特异性的放射性反义RNA探针及正义RNA ,将反义RNA探针与正义RNA及样品总RNA进行液相杂交 ,用RNaseA和RNaseT1 降解杂交产物的单链RNA ,双链杂交体得到保护 ,然后检测杂交体的分子大小及放射强度。结果　检测出了黑鲷生长激素受体反义RNA探针与正义RNA及样品总RNA的特异性杂交片断 ,由此建立了定量测定黑鲷生长激素受体mRNA的液相杂交 RNase保护法 ,并采用该方法在黑鲷的多种组织中检测出了生长激素受体基因的表达 ,表达水平在肝脏中最高。该结果与我们曾采用生长激素放射受体分析法对黑鲷生长激素受体所研究的结果相吻合。结论　为进一步深入研究鱼类生长激素受体分子内分泌的调控理论提供了有力手段。     

运用基因芯片技术建立检测水产食品中常见病原微生物方法的研究

目的:利用基因芯片技术,以细菌16S rDNA和23S rDNA为靶序列筛选引物和探针,建立快速、准确的检测水产食品中肠道致病菌的方法。方法:将致病菌的16S rDNA和23S rDNA全序列进行软件比对,在可变区和恒定区分别设计特异性寡核苷酸探针和通用性引物,点样于玻片制成基因芯片。致病菌DNA经过通用引物扩增后与芯片上的探针杂交,然后通过扫描图像对结果进行判断。对基因芯片检测的灵敏度进行了评价,并对模拟污染样本进行了实际检测,以验证所建立的方法。结果:设计的4对通用引物在同一条件下能够扩增7种常见肠道致病菌。在均一的杂交条件下能够同时检测单核细胞增生利斯特菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、金黄色葡萄球菌、弗氏志贺氏菌、鼠伤寒沙门氏菌和肠出血性大肠杆菌O157∶H7;以鼠伤寒沙门氏菌为对象,本方法的检测灵敏度可达到10~3 cfu/mL,实际检测模拟污染的样本的正确率达到100%。结论:建立的基因芯片系统可以准确而稳定地实现对7种水产食品中常见致病菌的通用检测,为食源性感染的诊治与预防提供了有效的技术手段和方法依据。     

牙龈卟啉菌特异性克隆探针的筛选

目的 从牙龈卟啉菌47A－1的基因文库中筛选出特异性片段,制备成特异性克隆探针,方法 将牙龈卟啉菌47A－1基因文库中的重组质粒大量扩增和纯化,采用地高辛标记法制备成探针,与口腔中14种常见细菌DNA进行杂交鉴定,检测其特异性,从中筛选出对牙龈叶卟啉菌具有特异性的克隆探针。结果 重组质粒pZJ1与牙龈卟啉菌47A－1杂交,而与其它细菌DNA均不杂交,包括牙龈卟啉菌ATCC33277和W83。结论 重组质粒pZJI可制备成高特异笥克隆探针。     

基因芯片技术检测3种肠道病原微生物方法的建立

目的:建立一种运用多重PCR和基因芯片技术检测和鉴定伤寒沙门氏菌、痢疾杆菌和单核细胞增生利斯特菌的方法。方法:分别选取伤寒沙门氏菌染色体ViaB区域中编码调控Vi抗原表达的基因(vipR)、痢疾杆菌编码侵袭质粒抗原H基因(ipaH)和单核细胞增生利斯特菌溶血素基因(hlyA)设计引物和探针,探针3'端进行氨基修饰,下游引物标记荧光素Cy3。在优化的PCR和杂交反应条件下,进行三重PCR扩增,产物与包括3种致病菌特异性探针的基因芯片杂交。在评价基因芯片的特异性和灵敏度之后,对临床样本进行检测。结果:只有3种目的致病菌的PCR产物在相应探针位置出现特异性信号,其他阴性细菌均无信号出现;3种致病菌的检测灵敏度均可达到103CFU/mL;检测30例临床样本的结果与常规细菌学培养结果一致。结论:所建立的可同时检测伤寒沙门氏菌、痢疾杆菌和单核细胞增生利斯特菌的基因芯片方法快速、准确,特异性高,重复性好,为3种肠道致病菌的快速检测和鉴定提供了新方法和新思路。     

烟草花叶病毒辽宁分离物Northern杂交检测体系的建立

为了建立烟草花叶病毒辽宁分离物(TMV-LN)的高特异性、高灵敏度的分子杂交检测体系,从粗提纯的TMV-LN粒子中提取RNA,设计特异性引物通过RT-PCR扩增TMV-LN的CP和3'端非翻译区域,将片段连至p UC119载体获得重组质粒p UCTMV-PP,体外转录获得地高辛(DIG)标记的TMV-LN正义链RNA杂交检测探针,同时构建DNA检测探针作为对照。采用点印迹(Dot-blot)杂交和Northern杂交对比RNA探针和DNA探针对TMV-LN的检测特异性和灵敏性。检测结果表明,RNA探针和DNA探针在点印记杂交和Northern杂交中均表现出良好的检测特异性,RNA探针在检测灵敏度方面要略好于DNA探针,且点印迹杂交体系在病毒定性方面较为快捷,Northern杂交体系在病毒基因组RNA的定量方面具有明显优势。     

基因芯片技术检测3种食源性致病微生物方法的建立

建立一种运用多重PCR和基因芯片技术检测和鉴定志贺氏菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157的方法, 为3种食源性致病菌的快速检测和鉴定提供了准确、快速、灵敏的方法。分别选取编码志贺氏菌侵袭性质粒抗原H基因(ipaH)、沙门氏菌肠毒素(stn)基因和致泻性大肠杆菌O157志贺样毒素(slt)基因设计引物和探针, 进行三重PCR扩增, 产物与含特异性探针的芯片杂交。对7种细菌共26株菌进行芯片检测, 仅3种菌得到阳性扩增结果, 证明此方法具有很高的特异性。3种致病菌基因组DNA和细菌纯培养物的检测灵敏度约为8 pg。对模拟食品样品进行直接检测, 结果与常规细菌学培养结果一致, 检测限为50 CFU/mL。结果表明：所建立的基因芯片检测方法特异性好, 灵敏度高, 为食源性致病菌的检测提供了理想手段, 有良好的应用前景。     

金黄色葡萄球菌反向线性杂交探针检测方法的建立

目的建立一种检测金黄色葡萄球菌的简单、快速、灵敏、准确的方法。方法根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶nuc基因,设计一对通用引物及两条特异性探针,用生物素标记通用引物的5＇端,将两条特异性探针固定于硝酸纤维膜上,使PCR产物与探针杂交。结果建立的反向线性杂交探针方法,其检测限为2 ng/μL,检测特异性和准确性均为100%。结论建立的反向线性杂交检测方法具有较高的敏感性和特异性,可用于实验动物金黄色葡萄球菌的快速检测。     

利用定量杂交方法对几个人工和环境微生物样品的分析研究

利用真细菌和真核生物两个域特异性探针,初步建立起16SrRNA定量杂交的方法,并对几个人工RNA样品（由提取自S.cerevisiae和P.fluorescens纯培养细胞的RNA按一定比例混合而成）和一个提取自垃圾填埋场渗滤液的RNA样品进行了初步的定量分析。结果表明该方法能从域的水平上对这些样品的组成作较精确的分析,从而在微生物生态学领域具有广泛的应用前景。     

利用基本培养基初步筛选牛瘤胃中纤维素降解菌

目的初步筛选牛瘤胃中纤维素降解菌。方法分别采用基本培养基（牛肉膏蛋白胨培养基、马丁培养基）,利用好氧、兼性和厌氧3种不同的培养方法进行初选,初步分离牛瘤胃中的细菌与真菌,再通过复选培养基（加入微晶纤维素）,筛选降解纤维素的菌种。结果筛选分离出降解纤维素的1株厌氧细菌和1株厌氧真菌。结论此实验方法简单易行,能够有效地从牛瘤胃中筛选出生长良好的纤维素降解菌。     

荧光原位杂交法检测双歧杆菌

检验荧光原位杂交法在双歧杆菌属鉴定方面的调途。方法：采用对数生长期的８株双歧杆菌和１０析其他厌氧、需氧杆菌在相同的条件下分别与双歧杆菌属特异性１６ＳｒＲＮＡ寡核苷酸基因探针和细菌界通用１６ＳｒＲＮＡ寡核苷酸基因探针在载玻片上进行原位杂交,在荧光显微镜下观察杂交结果,拍摄同一视野的荧光显微镜照片和相关显微镜照片,计算杂交率。结果所用的双歧杆菌菌株均与两种基因探针杂交,在荧光显微镜下发校菌与黑暗背景对     

水稻白叶枯病菌和水稻细菌性条斑病菌的实时荧光PCR快速检测鉴定

成功建立了水稻白叶枯菌与水稻细菌性条斑病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法。根据含铁细胞接受子基因设计两菌的通用引物PSRGF/PSRGR（扩增一个152bpDNA片段）和特异性探针（Baiprobe和Tiaoprobe）,并对13种细菌和1种植原体进行实时荧光PCR。结果表明,两个特异性探针能分别特异性检测到目标病原菌产生荧光信号而其它参考菌不产生荧光信号。检测的绝对灵敏度是30.6fg/μL质粒DNA和103CFU/mL的菌悬浮液,相当于1个细菌细胞的基因,比常规PCR电泳检测高约100倍,相对灵敏度为105CFU/mL。整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无需PCR后处理。 用这两个特异性探针分别对自然感染白叶枯菌和条斑菌的叶片DNA提取液和种子浸泡液进行实时荧光PCR,结果均可特异性检测到目标菌的存在并完全可将两种病原细菌区分开来,且只需03g叶片和10g种子。     

通用引物PCR检测临床常见致病菌的实验研究

通用引物可一次性扩增18种临床常见致病菌和耐药菌株的DNA,扩增片段长度在220bp左右,18种特异性探针分别与18种标准菌株的PCR扩增产物杂交结果显示探针都具有高度特异性;5种37例经法国梅里埃API细菌鉴定系统确定的临床分离菌株进行杂交鉴定,鉴定结果与分离株一致,表明设计的探针具有高度特异性及准确性。80例临床标本分别用法国梅里埃API细菌鉴定系统及PCR杂交法进行检测,阳性率分别为(52.5%)和(67.5%),表明PCR结合寡核苷酸杂交法比传统的生物学培养法更为灵敏,值得推广。     

地中海拟无枝菌酸菌U-32硝酸还原酶的基因克隆

outhern杂交分析表明在地中海拟无枝菌酸菌u－32染色体DNA和黑曲霉niaD(硝酸还原酶基因)之间存在着明显的同源性。利用异源niaD探针从地中海拟无枝菌酸菌u－32基因文库中筛选得到一个能与niaD杂交的5.0kb的Pst Ⅰ片段。该片段经同位素标记后能与地中海拟无枝菌酸菌u－32染色体上一个相同的Pst Ⅰ片段杂交,位于这一片段上的2．1kb sma Ⅰ—EcoR Ⅴ片段只能与以硝酸盐为唯一氮源的总RNA杂交,而不能与相同条件下以铵盐为唯一氮源的总RNA杂交,这些结果表明,所克隆到的5,0kb Pst Ⅰ DNA片段含有地中海拟无枝菌酸菌U-3z的硝酸还原酶基因。这是好氧细菌硝酸还原酶基因克隆的首次报道。由该酶蛋白分子量推测,其结构基因大小在1．5kb左右,进一步的杂交分析发现在5．0kb的Pstl片段中含有完整的NR基因。用20种限制酶对重组质粒pJLl进行了限制酶酶谱的构建。发现有10种酶在pJLl外源片段上无切点,6种酶为单切点,EcoR Ⅰ与Sma Ⅰ各有两个切点。     

应用肽核酸探针检测鼠疫耶尔森氏菌

目的:利用特异的肽核酸(PNA)探针、链霉亲和素包被的磁珠和cy5纳米颗粒,通过荧光扫描技术,建立一种特异、快速、准确地检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法:针对鼠疫耶尔森氏菌pMT1质粒上的caf1基因设计并合成一对特异PNA探针,经生物素标记后,分别与链霉亲和素包被的磁珠和cy5纳米颗粒结合;将探针与待测鼠疫耶尔森氏菌的基因组DNA杂交后,利用荧光扫描技术进行检测。探讨了多个实验因素对测定的影响,并进行了特异性和灵敏度检测。结果:建立并优化了利用PNA探针检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,得到较好的线性关系;检测的灵敏度为0.9μg/mL(待测DNA)。结论:PNA探针与靶基因的结合不易受杂交液离子强度的影响,结合后具有较高的稳定性。本研究建立的分析方法能够灵敏、特异、稳定地对鼠疫耶尔森氏菌进行定量检测,为鼠疫的监控、诊断提供了有力手段。     

用反向斑点杂交方法检测猪常见致病菌

目的:建立检测猪常见致病菌的反向斑点杂交方法。方法:将23S rRNA基因芯片用的针对12种细菌的25～30 mer探针加长到30～38 mer,2对通用引物序列不变。用地高辛标记下游引物,以尼龙膜为载体制备膜芯片,检验探针/膜杂交的特异性和敏感性;另外设计1条大肠杆菌K88基因探针、一段带K88探针的报告基因和1对报告基因的反向PCR引物,在PCR体系中增加封口的K88报告基因和反向引物对,被检样品扩增后进行膜杂交。结果:修改的13条探针与参考目标菌株在膜上成特异性杂交,对52个参考菌株和野外分离株的检测准确率为92%;膜杂交的敏感性与玻片芯片接近,最小检出量为100 fg DNA;在尼龙膜上增加K88探针,与3重PCR产物杂交,可以检测到大肠杆菌K88毒力基因。结论:建立的反向斑点杂交方法简便快速,检测成本低,可用于仪器设备不足的实验室,同时可以加入检测如大肠杆菌K88等致病基因,提高基于保守基因的芯片的诊断能力。