宁夏地区犬细小病毒的分离鉴定及其VP2基因进化分析

犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)具有高度传染性,是幼犬最危险的消化道传染病病原之一。为了解宁夏地区CPV的流行现状及其VP2基因的遗传变异情况,本研究采集了14份经胶体金试纸条检测为CPV阳性的腹泻犬粪样,进行病毒分离和鉴定,并将分离株VP2基因全序列进行克隆和测序分析。结果显示,14份样品中成功分离到5株CPV;病毒TCID50在104.9/0.1mL～105.4/0.1mL之间;HA效价均达1∶512以上;序列分析显示,5株分离株中3株为new CPV-2a型,2株为new CPV-2b型;分离株与参考株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98.2%～99.9%和96.9%～99.8%;聚类分析显示,分离株序列全部聚类在同一分支。本研究的结果为我国西北地区CPV分离株的分子流行病学和遗传多样性提供了依据,有助于该地区预防和控制CPV感染。     

犬细小病毒四川流行株分离鉴定及其遗传进化分析

从犬粪便中分离到1株细小病毒,在F81细胞出现明显的CPV病变,电镜观察可见细小病毒样粒子,进一步理化性质鉴定该病毒具有细小病毒的特征,表明所分离病毒为CPV,命名为CPV-04-08-CN-6.根据特异性引物,采用PCR技术扩增出VP2全长基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果,CPV04-08-CN-6 VP2基因全长1755bp,编码584个氨基酸,与CPV参照株的VP2基因核苷酸同源性为99.69%,12个核苷酸发生错义突变,导致4个氨基酸发生变异.VP2基因的系统发生分析表明CPV-04/08/CN-6在细小病毒分类上属于CPV-2a型.     

山东地区犬冠状病毒的分子流行病学调查及其基因型多样性分析

【目的】了解分析山东地区健康犬及腹泻犬中犬冠状病毒(CCoV)的分子流行病学及其基因型。【方法】采集2017年以来山东省宠物市场、流浪犬中心、犬舍、各地宠物医院等的健康和腹泻犬只的肛拭子样品,采用PCR方法检测CCoV及其CCoV-Ⅰ和CCoV-Ⅱ(CCoV-Ⅱa和CCoV-Ⅱb)基因分型情况,并对扩增出的M、S全基因进行测序分析。【结果】199份样品中,共检出CCoV阳性样品79份,健康犬中的检出率为40.2%(33/82),腹泻犬中的检出率为39.3%(46/117)。健康犬中CCoV-Ⅰ型与CCoV-Ⅱ型阳性检出率分别为78.8%(26/33)和51.5%(17/33);腹泻犬中CCoV-Ⅰ型与CCoV-Ⅱ型阳性检出率分别为39.13%(18/46)和80.4%(37/46)。基因型阳性比率分析表明,健康犬中单独感染CCoV-I型的比率最高,为48.5%(16/33);腹泻犬中单独感染CCoV-Ⅱa比率最高,为47.8%(22/46)。测序分析获得48株M基因序列,遗传进化分析表明,12株CCoV-Ⅰ型毒株中除1株外,其余均从健康犬中分离。36株CCoV-Ⅱ型毒株中除7株来自健康犬外,其余均为腹泻犬中获得。获得的3株S全基因均来自腹泻犬且均属于CCoV-Ⅱa亚型。【结论】山东地区犬群中CCoV检出率较高,说明CCoV广泛流行,健康犬和腹泻犬中均存在多重感染情况,健康犬中主要流行CCoV毒株为CCoV-Ⅰ型,腹泻犬中主要流行CCoV-Ⅱa型。     

一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GII. 17型诺如病毒相关

为了解2016年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT-PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性。通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT-PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GII.P17-GII.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014~2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域。提示GII.P17-GII.G17型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。     

安阳地区2013年手足口病柯萨奇病毒A6 VP1基因特征研究

为了解2013年安阳地区手足口病病原谱组成特点及柯萨奇病毒A6(CV-A6)VP1基因特征,采用实时荧光逆转录PCR方法对全年采集的临床手足口病例的479份粪便标本进行检测和分型,统计各型肠道病毒阳性标本数量及比例。对10份CV-A6阳性标本VP1基因进行扩增测序以获得全序列。使用BIOEDIT 7.2和MEGA 5.1软件对获得序列和NCBI数据库中检索到的参考序列进行VP1基因核苷酸、氨基酸相似性及系统发育分析。研究结果显示,检出肠道病毒阳性标本共429份,其中CV-A6阳性标本为90份,占全部阳性标本的比例为20.98%,这是安阳地区首次记录非CV-A16和EV-A71型肠道病毒列居手足口病病原谱第二位,成为手足口病主要病原之一。将成功获得的10条VP1序列与CV-A6原型株Gdula比较,发现安阳序列与Gdula VP1基因的核苷酸、氨基酸序列差异皆较大。与河南历史株HN421(2011)比较,发现有4条本地序列与HN421的核苷酸、氨基酸序列差异较大,其余6条与HN421差异较小。系统发育树显示,全部49条CV-A6序列共形成A、B、C、D四个分支。其中D分支可进一步分为D1和D2两个亚分支。安阳地区获得的10条CV-A6序列中,有6条属于D1亚分支,4条属于D2亚分支。     

犬细小病毒中国内蒙株VP2基因克隆及序列分析

从我国内蒙古地区流行的犬细小病毒病病犬的肠溶物中分离提纯犬细小病毒(CPV).提取病毒基因组DNA,并以此DNA为模板,采用人工合成的引物进行PCR 扩增,PCR产物经BamHI、SacI双酶切后,克隆于pUC19质粒的BamHI/Sac I位点.重组质粒pUCVP2经PCR鉴定、限制酶切分析和序列分析,结果表明:获得了犬细小病毒内蒙株(CPV-IM)VP2基因的全长克隆, VP2基因全长1755nt,与国外报道的美国1株(CPV-N)、美国2株(CPV-B)和猫全白细胞减少症病毒(FPLV)的核苷酸序列同源性分别为99.32%、98.29%、98.52%,氨基酸序列同源性分别为98.87%、97.09%、97.77%.     

2011年甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中鼻病毒感染规律的研究

探讨人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)在甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中的流行特征。2011年1月至12月,从甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中采集咽拭子标本286份,用多重PCR方法对常见呼吸道病毒性病原体进行筛查。多重PCR结果中HRV阳性的标本再用nested-PCR分别扩增HRV的VP1和VP4/VP2结合区基因片段,阳性结果进行序列测定和基因分析。286份咽拭子标本中,27份标本多重PCR检测结果显示为HRV阳性,检出率为9.44%。本研究中,HRV感染病例的平均年龄为3岁,其中,1岁以内儿童感染比例最高,占总阳性数的44.4%(12/27);在27例HRV阳性病例中,男性占16例(16/185,8.64%),女性占11例(11/101,10.89%),两者无显著性差异;HRV感染的高峰出现在5月份(6/27,22.2%);从HRV感染的疾病构成看,普通感冒的比例最高,占12.24%(12/98);其次为肺炎,占8.50%(13/153);剩余2病例均为支气管炎。基因序列特征分析发现:A组HRV是甘肃地区2011年的优势流行基因型,占阳性病例的84.62%(22/26),其次为C组HRV,占11.54%(3/26),B组HRV仅发现1例。HRV感染在2011年甘肃地区全年均可发生,主要感染以1岁以内儿童。A组HRV是该地区2011年急性呼吸道感染儿童患者中的主要流行基因型,并存在多个基因型和多个HRV血清型共同流行的特点。     

犬CTLA-4胞外区的分子克隆、表达和对犬细小病毒VP2的免疫佐剂作用

[目的]探索犬细胞毒性T细胞相关抗原-4(cytotoxic T lymphocyte-associated antigen-4,CTLA-4)胞外区作为免疫佐剂的可行性.[方法]根据已发表序列设计引物,用RT-PCR扩增CTLA-4胞外区编码序列,用PCR扩增犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)VP2蛋白主要抗原表位基因片段VP2S,将VP2S克隆入含和不含CTLA-4胞外区基因片段的原核表达质粒pQE-31;用获得的重组质粒pQE-CTLA-4-VP2S和pQE-VP2S转化大肠杆菌,并进行诱导表达;用相同剂量的重组蛋白VP2S和CTLA-4-VP2S免疫小鼠.用间接ELISA和血凝抑制试验比较两个免疫组的抗体水平.[结果]经过30次循环PCR扩增后,琼脂糖凝胶电泳显示预期大小的扩增产物;序列测定结果显示,克隆的毕格犬CTLA-4胞外区与已发表序列的核苷酸同源性为99.2%,氨基酸序列同源性为98.4%,结合B7分子的六肽基序(MYPPPY)无变化:VP2S与已发表CPV VP2的核苷酸序列同源性为99%,氨基酸序列同源性为98.6%:经IPTG诱导后,两种重组大肠杆菌表达预期的29kDa VP2S和42kDaCTLA-4-VP2S重组蛋白,两者均能被CPV抗血清识别;间接ELISA和血凝抑制试验结果显示,CTLA-4-VP2S免疫组的抗体产生时间为初免后第2周,抗体高峰期为初免后第4周,而VP2S免疫组的抗体产生时间为初免后第4周,抗体高峰期为初免后第5周,两个试验组高峰期ELISA抗体效价和血凝抑制抗体效价分别相差100倍和10倍.[结论]犬CTLA-4胞外区可作为分子佐剂促进CPV VP2蛋白抗体的产生.     

蓝狐细小病毒的分离鉴定及其VP1 基因序列分析

从泰安地区送检的疑是细小病毒感染的蓝狐粪便中分离到一株病毒。经理化特性鉴定、血凝谱鉴定、人
工感染蓝狐等鉴定,表明所分离病毒为细小病毒。并且根据GenBank 上发表的犬细小病毒(Canine parvovirus,
CPV)、猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)核酸序列,设计扩增VP1 基因的引物,采用PCR 技术扩增所分离
细小病毒的VP1 全基因,将PCR 产物克隆入pMD18 - T 载体,进行测序分析。结果,所分离细小病毒的VP1 基
因全长2 256 bp,编码727 个氨基酸,与CPV 和FPV 参照株的VP1 基因同源性在98. 7% ～ 99. 5% 。VP1 基因的
系统发生分析表明所分离病毒与FPV 的亲源关系最为密切。所分离病毒VP1 蛋白375 位氨基酸残基与CPV 的
VP1 蛋白氨基酸残基一致,但其223 位、236 位、246 位、466 位、707 位、711 位氨基酸残基与FPV VP1 蛋白的
氨基酸残基一致,该病毒VP1 蛋白序列表现出了过渡型序列特征,介于FPV 与CPV 间的过渡类型,这说明所分离病毒为蓝狐细小病毒(Blue fox parvovirus,BFPV),命名为BFPV - TA,蓝狐可能在CPV 的起源过程起到重要
的作用。     

南京地区2012～2013年G9型轮状病毒VP7基因特征的分析

A组轮状病毒是引起成人和婴幼儿急性腹泻的主要病原。了解轮状病毒流行株的型别,对主要中和抗原VP7的编码基因进行遗传变异分析,可为当地轮状病毒疫苗的应用和开发提供指导。我们对2012年10月至2013年12月南京地区908例腹泻门诊患者的粪便标本进行轮状病毒检测,采用RT-PCR方法对随机抽取的50份阳性标本进行G分型,并对其中19份G9型轮状病毒的VP7基因序列测序分析。结果发现轮状病毒阳性率11.34%(103/908),其中以G9型为主,占78.0%(39/50),其次是G2、G1和G3型。对G9型轮状病毒VP7基因核苷酸序列进行分析,显示主要分为G9-VI亚型和G9-III亚型,以G9-VI亚型为主,且属于中国和日本G9型轮状病毒亚簇,部分毒株在A、B、C、F四个中和抗原表位中有变异,这可能有助于G9型轮状病毒的流行,值得引起注意。     

急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒基因组序列特征分析

为了解从北京地区急性呼吸道感染儿童中发现的WU多瘤病毒的基因组编码特征,并对其进行基因序列多样性分析,应用针对基因组5'端非编码区、衣壳蛋白VP1、VP2编码基因以及LTAg编码基因的引物对,从已确证为WU病毒阳性的来自北京地区急性呼吸道感染儿童的编号为BJF5276的临床标本中经聚合酶链反应扩增得到预期的基因片段,直接测序后将序列拼接得到全基因组序列,进而推导其基因组编码特征;随后从其它21例已确证为WU多瘤病毒阳性的急性呼吸道感染儿童标本中扩增得到衣壳蛋白VP2编码区基因,进行基因序列测定以及基因序列多样性分析。得到了WU病毒BJF5276全基因组序列。序列分析结果显示WU病毒BJF5276基因组序列全长为5229bp,共有5个主要的CDS(Coding domain sequences),分别编码衣壳蛋白VP2、VP3、VP1,并以其互补序列为模板,编码STAg和LTAg;所得到的22例VP2蛋白编码区基因序列同源性比较结果显示病毒VP2基因编码区序列与GenBank中已有的64个序列之间同源性很高;Mega4.0NJ进化树(Neighbor-joiningtree)分析显示这22个VP2基因序列分属于不同的基因进化簇,其中20个序列属于进化簇I中的Ia,另外2个序列属于进化簇III,其中的一个序列在IIIb基因进化簇中,另外一个序列独立成簇,不属于现有的IIIa或IIIb,暂时将其命名为IIIc。本研究结果提示北京地区的WU病毒具有多瘤病毒科的基因组编码特性;序列非常保守,有分属于不同基因进化簇的WU病毒在北京地区流行,与文献报道的以Ib流行为主所不同的是北京地区的WU病毒以Ia为主,且有新的基因进化簇出现。     

2004年冬至2005年春引起北京地区儿童肺炎的腺病毒基因特点分析

为了解北京地区腺病毒的流行毒株,从北京儿童医院收集25份儿童肺炎患者的痰洗液标本(2004年冬到2005年春),患者的年龄在2个月到2岁,临床表现以持续高热、咳喘和气促为主。对25份标本分别用Hep-2细胞进行了病毒分离培养、腺病毒属特异性引物PCR扩增以及PCR产物的序列测定分析。结果发现25份标本中有9份PCR扩增阳性,其中2份病毒培养物观察到典型的细胞病变;将9份PCR阳性产物纯化后进行序列测定,结果7份标本核苷酸序列完全一致,同源性100%,并与GenBank发表的序列相比较,发现与腺病毒7型最为接近,同源性皆为99.7%;2份与腺病毒3型最接近,同源性为99.6%。结果表明,此次病毒分离株为腺病毒B亚群。北京儿童医院2004年12月至2005年3月腺病毒引起的肺炎主要以7型和3型为主,7型占优势,与国内其它地区的情况相似。     

安徽省急性胃肠炎疫情相关GⅡ.P17-GⅡ.17基因型诺如病毒分子特征研究

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起病毒性胃肠炎的重要病原体,本研究旨在对2015～2016年春季安徽部分地区暴发的急性胃肠炎(Acute gastroenteritis,AGE)疫情标本进行病原检测和分子分型,分析病原的基因特征。收集2015年3月至2016年5月9起AGE疫情流行病学信息和采集病例粪便、肛拭子样本。采用Real-time PCR检测NoVs核酸和RT-PCR扩增RdRp与VP1区基因序列,基因测序后应用BLAST比对和NoVs在线分型工具分析结果。7起疫情发生在中、小学校(77.78%,7/9),2起疫情发生在乡镇,发病人数中位数为6人,男女发病比例为1.41∶1,临床表现主要以恶心、呕吐/腹泻、腹痛为主。77份临床病例样本中检出66份NoVs核酸阳性,基因序列测定获得76条序列,39条序列为RdRp区GⅡ.P17基因型,37条序列为VP1区GⅡ.17基因型。基因进化树分析显示:2015～2016年安徽地区39条RdRp区NoVs GⅡ.P17基因型序列Cluster III进化簇III b分支,与2015年广东、海南、中国台湾地区参考毒株序列有较近的亲缘性关系,核苷酸同源性为99%～100%。37条VP1区NoVs GⅡ.17基因型序列都处在Cluster III进化簇上,其中28条序列属于III a进化分支,与山东2015年LX09株、2016年广东GZ2016-L492株、江苏zj019株、中国香港CUHK-NS-942株以及日本2015年AichiF101毒株序列有较近的亲缘性关系。新型GⅡ.P17-GⅡ.17基因型NoVs是引起2015年和2016年春季安徽部分地区AGE暴发的主要病原体,需加强病毒性胃肠炎流行病学调查与病原监测及分子分型鉴定工作。     

长春地区轮状病毒流行株VP7基因的遗传变异

A组轮状病毒是引起婴幼儿秋冬季病毒性腹泻的主要病原.目前没有有效的治疗药物,应用安全而有效的疫苗是控制重症腹泻的首要措施.对当地A组轮状病毒流行株的主要中和抗原VP7的编码基因进行遗传变异分析,可以为疫苗的应用和开发提供有益的指导.利用ELISA方法对长春地区1999～2005年的腹泻患儿标本检测A组轮状病毒,RT-PCR方法对阳性标本进行G血清分型,发现长春地区2001年以后流行的轮状病毒以G3型血清为主.选取1999～2005年的G3型轮状病毒标本31份,对其VP7基因进行扩增、克隆、测序,经过计算机分析比对,31株G3型轮状病毒VP7基因核苷酸序列没有显著差异.同一流行季节的毒株具有较相似的遗传变异特征.在2003年轮状病毒流行季节内,有6株G3型分离株的VP7基因在碱基1 038位置上出现一个碱基缺失.毒株发生在A、B、C三个高变区的碱基突变,位点相同或者位置临近.2002年以后毒株的基因突变增加,非高变区的碱基变异增加,这可能有助于维持G3型轮状病毒成为流行株.有规律的变异多发生在高变区,但是非高变区的非连续性变异的增加值得引起注意.     

一株水貂博卡病毒全基因组扩增及序列分析

本研究旨在研究水貂博卡病毒（Mink bocavirus,MBoV）在山东省的流行状况及基因特征。采用PCR对采自山东省境内水貂养殖场的85份水貂腹泻样品进行MBoV检测,挑选1份单阳性样品进行全基因扩增,使用MegAlign进行序列同源性比对分析,利用DNAMAN V6对基因组5’末端和3’末端回文结构进行预测,应用MEGA V6进行遗传进化分析。结果表明,所采集的腹泻样品中MBoV阳性率为3.5%(3/85),其中1份为MBoV单阳性,2份为MBoV与水貂肠炎病毒（Mink enteritis virus,MEV）双阳性。获得MBoV全基因序列1条（SDMBoV2020）,全长5 252 bp;经分析,5’-和3’-UTR分别由98和145 bp短回文序列组成,具有典型的细小病毒末端的茎环样结构;基因组含有3个ORFs,分别编码非结构蛋白NS1、NP1以及结构蛋白VP1和VP2;SDMBoV2020与NCBI登录的MBoV参考毒株KU950356各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为98.5%～99.0%;基于MBoV全基因序列构建的系统发育进化树也显示,SDMBoV2020和参...     

犬细小病毒VP2蛋白在真核细胞中的分泌表达及特性

摘要:【目的】利用真核细胞分泌表达犬细小病毒VP2蛋白和研究其特性。【方法】为构建犬细小病毒（Canine parvovirus, CPV）VP2基因的真核分泌型表达载体,首先通过酶切从含有人CD5信号肽序列的质粒中将CD5信号肽基因片段切出,将其连接到真核表达载体pcDNA3.1A的多克隆位点上,构建成pcDNA3.1-CD5sp质粒。然后再通过PCR方法从含有犬细小病毒VP2基因的质粒中扩增VP2基因,并将其插入到pcDNA3.1- CD5sp载体中CD5信号肽的下游,构建成VP2基因的真核分泌型表达载体pcDNA-CD5sp-VP2。经磷酸钙介导转染293T细胞,使其在真核细胞中进行分泌表达,并通过ELISA检测表达的VP2蛋白与犬转铁蛋白受体（TfR）结合的活性。【结果】序列分析结果表明,本实验构建的犬细小病毒VP2基因真核分泌型表达载体结构正确,将该表达载体转染的293T细胞,在培养基中通过Western-blot检测到有VP2重组蛋白的存在。经ELISA检测表明表达的重组VP2蛋白具有与犬转铁蛋白受体结合的活性。【结论】 利用人的CD5信号肽实现了犬细小病毒VP2蛋白在真核细胞中的分泌表达,表达的VP2蛋白具有与犬转铁蛋白受体结合的活性。     

2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原鉴定与基因特征分析

目的 鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别.方法 采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型.结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源,多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56及其重组型位于同一分支.结论 本次疫情的致病病原为D亚属人腺病毒,疑为人腺病毒56型或其重组型.后续需要开展对五邻体(Penton)及纤突(Fi-ber)基因的全核苷酸序列测定及生物信息学分析最终确定型别.     

深圳地区环境水体和人群中诺如病毒监测与分析

【目的】检测深圳地区环境水体和人群的诺如病毒(No Vs),探讨其是否在两者之间循环传播。【方法】2014年3月至2015年2月检测24份深圳茅洲河河水标本和287份腹泻患者粪便标本。河水标本经过混合纤维素酯膜和PEG法二次浓缩后提取核酸,粪便标本无需浓缩,稀释离心后直接提取核酸。应用实时荧光逆转录PCR初步分型,RT-PCR扩增ORF2保守区域衣壳蛋白(VP1)基因后测序确定亚型、分析不同来源病毒的同源性;同时建立基因进化树,进一步分析不同来源No Vs的亲缘关系。【结果】在河水标本和腹泻患者粪便标本中,No Vs阳性率分别为23.1%和17.4%,其中上下游河水标本阳性率分别为8.3%和41.7%,河水中No VGI型和No VGII型的阳性率为16.7%和8.3%。扩增阳性样本发现茅洲河水中检出No V主要是GI.6型,其次是GII.4 Sydney_2012型,而从腹泻胃肠炎患者粪便标本中检出No Vs主要是No VGII.4Sydney_2012型和少量的GII.3型。同时期水体和人群粪便标本来源的No VGII.4 Sydney_2012型VP1基因相似性98.2%–100.0%。【结论】No VGII.4 Sydney_2012型是深圳地区主要的流行株。No Vs在环境水体和人群中于某种程度上存在循环传播。     

普通冠状病毒229E株的分子流行病学分析

目的明确哈尔滨地区普通冠状病毒229E(Human Coronavirus-229E,HCOV-229E)株的流行和变异情况及其与SARS-CoV的异同,为进一步掌握该地区常见上呼吸道病毒的流行规律及预防,乃至疫苗的制备打下基础。方法利用RT—PCR法对2003年上半年采集的部分发热病人血清及血细胞进行筛选,同时采用基因测序、序列分析等手段对扩增的HCOV-229E N gene片断进行蛋白和基因分析。结果55例标本中HCOV-229E RNA阳性病例5例,占9．09％;测序结果看出哈尔滨地区检出229E株N基因的序列与已公布的HCOV-229E Ngene(295—802)序列完全相同,所测片断为HCOV-229E N gene的部分序列。该基因与猪流行性腹泻病毒、犬冠状病毒、TGEV及猫感染性腹膜炎病毒有一定同源性;但与已公布的SARS-CoV N gene序列比较,相似性小于1％。结论(1)该地区发热病人普通冠状病毒229E株阳性率为9．09％;(2)哈尔滨地区流行的HCOVN基因无变异发生;(3)HCOV-229E与猪流行性腹泻病毒、犬冠状病毒、TGEV和猫感染性腹膜炎病毒有一定的同源性;(4)哈尔滨地区HCOV-229E N gene与SARS-CoV N gene相似性小于1％。     

从急性腹泻儿童中检出的人博卡病毒2型的研究

为了调查北京地区急性腹泻患儿中人博卡病毒2型（HBoV2）的流行情况并了解这一病毒的基因组特征,本研究收集2010年11月至2011年10月到首都儿科研究所附属儿童医院门诊就诊的急性腹泻患儿的粪便标本553例,采用荧光实时PCR进行HBoV2 DNA的检测。选择2例病毒载量较高的阳性标本进行HBoV2各基因片段的扩增并测序。将所测到的序列进行拼接后得到完整的基因组序列并与GenBank中的相关序列进行比较分析。结果显示,553例粪便标本中共检出HBoV2阳性标本15例,阳性率为2.7%;各年龄组中,3~6月龄患儿中的HBoV2 DNA阳性检出率最高（4.1%）;所检年度中,7月份阳性检出率最高（7.0%）;15例HBoV2检测阳性的患儿年龄均在2岁以下,其中4例患儿同时检出了诺如病毒,3例患儿同时检出了轮状病毒,1例检出了腺病毒。经测序得到两株接近完整的HBoV2基因组序列BJQ19和BJQ390;序列分析表明,这两株序列的同源性为99.2%,与GenBank中的FJ375129同源性最高,分别为99.1%和99.2%,为典型的HBoV2。上述结果表明,北京地区部分儿童的急性腹泻可能与HBoV2感染相关,且HBoV2感染在低年龄组儿童中更为常见。