一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GII. 17型诺如病毒相关

为了解2016年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT-PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性。通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT-PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GII.P17-GII.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014~2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域。提示GII.P17-GII.G17型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。     

湖州市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒胃肠炎疫情的病原分子特征分析

鉴定湖州市2017年11月3起急性胃肠炎疫情的病原,并对病原进行基因特征研究。收集3起疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行多聚酶和衣壳蛋白部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行序列测定和分子特征分析。同时收集疫情的相关流行病学资料。3起暴发疫情中15份标本经荧光PCR检测为GII型诺如病毒核酸阳性,其中9份标本成功测序。在线分型、系统进化和重组分析判定3起均是GII.P16-GII.2型重组株引起的诺如病毒感染聚集性疫情。系统进化分析显示,本研究中检出的GII.P16-GII.2与2016年底中国各地以及德国、法国检出的GII.P16-GII.2相聚在一起并区别于2016年以前的GII.P16-GII.2形成了一个相对独立的进化分支。提示2016年新出现的GII.P16-GII.2在多聚酶区和衣壳蛋白区都各自经历了一定进化获得了在人群中广泛流行的能力,具体机制有待进一步的研究。这也是首次在本地的诺如病毒胃肠炎疫情中检出GII.P16-GII.2重组株。     

GII.3型诺如病毒GZ31597株变异情况及与受体组织血型抗原结合模式分析

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起非菌型胃肠炎暴发流行的主要病原体之一。为了解我国GII.3型NoVs毒株的变异以及受体结合模式,本研究对来自2015年一起中国广州NoVs胃肠炎暴发的GII.3型毒株GZ31597株进行聚合酶区和完整VP1区基因扩增、序列测定和序列分析,并表达VP1突出区蛋白(P蛋白),通过P蛋白与不同血型唾液样本的酶免疫分析法(EIA)测定实验确定其组织血型抗原(Histo-blood group antigens,HBGAs)结合模式。GZ31597株聚合酶和VP1基因系统进化分析表明,GZ31597株为GII.P12/GII.3-SubD基因型(聚合酶/衣壳区),该毒株较先前的GII.3毒株相比,在既是抗原表位又是HBGAs受体结合位点的氨基酸385残基发生了氨基酸转换。根据Western Blotting结果,证实P蛋白成功表达。唾液结合分析结果显示,该毒株P蛋白与A、B、AB、O型分泌型以及O型非分泌型唾液均可以结合,但结合值相对低。本研究表明该GII.P12/GII.3-SubD亚型的GII.3毒株在长期的流行过程中,通过氨基酸的转换,改变抗原性和受体结合活性,使GII.3型毒株在人群中继续流行。通过探索GII.3型NoVs在人群中长期广泛流行的原因,为GII.3型诺如病毒性胃肠炎的预防和控制提供重要依据。     

基于生活污水监测的诺如病毒分子流行病学研究

为了解生活污水中诺如病毒(Norovirus,NoV)检出情况、基因型分布和分子流行病学特征,进一步探索环境监测技术用于研究病毒性胃肠炎病原区域性流行的必要性,本研究于2016年1～12月在山东省济南和临沂两地采集生活污水,通过阴离子膜吸附洗脱法对收集到的24份污水样品进行浓缩后,提取核酸,经过逆转录-聚合酶链反应扩增NoV VP1基因片段,经TA克隆后测序,进行分型和系统进化树分析。结果显示,监测地区生活污水标本中GⅠ的检出率为100%,GⅡ为95.8%。共获得412条NoV序列,分别属于6个GⅠ基因型和8个GⅡ基因型,其中GⅠ.6(32.3%,133/412)、GⅡ.3(14.1%,58/412)和GⅡ.17(25.7%,106/412)检出数量最多。GⅡ.17检出序列均属于Kawasaki 308变异株,而前些年大流行的GⅡ.4的检出序列占比仅1.0%,属于Sydney 2012变异株。本研究描述了2016年山东省本地流行的诺如病毒基因型分布和序列特征,证明了可以通过对城市污水进行监测来探索人群中循环的诺如病毒的遗传多样性。     

2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情的病原学研究

2002～2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%～86.3%和92.1%～94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%～99.4%和96.2%～100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。     

G Ⅱ.23基因型诺如病毒P蛋白的寡糖结合特征

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是导致人急性胃肠炎的最重要病原体之一,也是引起食源性疾病暴发的首要病原体。组织血型抗原(Histo-blood groups antigens,HBGAs)是NoVs的受体或宿主易感因子。已有研究表明HBGAs与NoVs的感染和流行高度相关。GⅡ.23是最近报道的NoVs新基因型。为了研究GⅡ.23与HBGAs的结合特征,表达纯化GⅡ.23基因型的P蛋白之后,通过唾液和寡糖结合实验研究其与HBGAs的结合特性,并通过同源结构模拟探索GⅡ.23 P蛋白与糖抗原潜在的对接分子机制,与已经解析的GⅡ.10的P蛋白与岩藻糖的复合物结构进行重叠。结果发现,GⅡ.23 P蛋白可以与B型唾液结合,但不结合A、O^+和O^-非分泌型唾液;P蛋白与H双糖抗原发生结合;分子模拟显示GⅡ.23 P蛋白具有与岩藻糖环结合的类似特征。本研究首次揭示了GⅡ.23 P蛋白与HBGAs受体的结合特征,为深入探索GⅡ.23基因型NoVs的进化、感染以及流行的具体机制提供了基础资料。     

急性胃肠炎暴发中GⅠ.5[P4]型诺如病毒的遗传进化分析

近年来,南京市急性胃肠炎暴发呈上升趋势,主要是由GⅡ型诺如病毒(norovirus,NoV)引起,GⅠ型较为少见.本研究通过对南京市输入性病例和本地性暴发急性胃肠炎疫情中GⅠ.5[P4]型NoV进行遗传进化分析,为本地疫情控制和处置提供科学依据.对两起暴发疫情采集的18份样本进行荧光定量RT-PCR检测,并对NoV阳性样本部分聚合酶区和衣壳蛋白区进行一步法RT-PCR扩增、测序,结合参考株进行序列比对和进化树分析.18份样本中,GⅠ型NoV阳性5份,其中4份扩增出条带,其N/S区域序列与2016-2018年已公布的GⅠ.5[P4]同源性高达99.0％以上.其部分聚合酶区同1987年之后检出的GⅠ.P4进化距离较近,变异不大.部分衣壳蛋白区在2003-2013年发生较为明显的进化,形成新的簇,期间在2008年又继续进化,慢慢趋于稳定.这是南京市首次在输入性病例和本地暴发疫情中均检出同源性极高的GⅠ.5[P4],该NoV虽然在聚合酶区和衣壳蛋白区并没有发生较大进化,但是通过重组已在亚洲地区人群特别是中国多个城市导致了急性胃肠炎流行.因此,该型病毒株将是本市今后监测的重点.     

引起一起暴发性急性胃肠炎疫情的埃可病毒18型VP1基因特征分析

埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)属于B组肠道病毒(Enterovirus B,EV-B),是引起病毒性脑膜炎的重要病原体。对2019年4月广东省深圳市龙岗区一起急性胃肠炎疫情进行病原学鉴定及病原基因特征分析。此次疫情共有26名患者,均以发热、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状。从其中18名病例采集了18份肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)和半巢式聚合酶链反应法以鉴定病原,扩增病毒全长VP1区,测序并进行系统进化分析。结果显示,18份标本中11份肠道病毒核酸阳性,其中8份为E18。病毒分离得到2株病毒,从肛拭子标本直接扩增得到的7条E18全长VP1核苷酸序列,核苷酸相似性为100%,与GenBank中E18参考株的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.2%~96.4%和93.3%~99.3%;进化树显示,深圳龙岗E18分离株(GDSZ1902)归属由中国分离株组成的C2a进化分支,在其VP1蛋白中的底部环处发现一处特异的氨基酸变异(D200N)。从流行病学和病原学结果分析,E18是引起本次深圳市龙岗区急性胃肠炎疫情的主要病原,属于中国E18主要流行株的进化分支,这是我国首次发现E18引起急性胃肠炎疫情的报道。     

昆明地区儿童感染的GⅡ型诺如病毒分子分型研究

了解昆明地区诺如病毒在儿童中的流行特征和分型特点.统计整理昆明地区哨点医院,2018年6月-2019年10月内的1588例通过荧光定量PCR鉴定为诺如病毒(Norovirus,NV)阳性的病例资料,包括检测时间、年龄及性别,分析流行病学特征.收集到其中荧光定量结果显示病毒相对含量较高的485份儿童腹泻标本,通过逆转录PCR方法成功获得107-ORF1和94-ORF2基因序列信息,进一步进行分子分型.昆明地区2018年11月开始,检出NV的病例逐步增加,至2019年1月,NV检出率开始降低.NV相关性腹泻的易感人群为3岁前幼儿,其中1岁以下患儿占40％,1岁～3岁患儿占56％,其余3岁～16岁患儿仅占4％.分子分型结果显示,流行株根据ORF1分为GⅡP16、GⅡP12、GⅡ31三种亚型,依据ORF2的结果,属于GⅡ.4、GⅡ.2、GⅡ.3个分支.Tajima中性检验预测RdRp(GⅡ.P16),RdRp(GⅡ.P31),VP1(GⅡ.3),VP1(GⅡ.3)的 D 值分别为-2.03,-1.51,0.14,-1.13,其中大部分D值小于0.其中VP1(GⅡ.3)的D值为正值,有别于其他大部分预测结果,原因可能是样本量不足,需要在未来扩大样本量开展研究.NV对儿童的感染率在各年龄组间存在差异,在3岁以下儿童感染NV患病率较高.病毒呈季节性流行,主要集中在11月到次年2月.针对儿童患者,昆明地区同时流行3种不同基因型病毒株,优势流行株为GⅡ.P31-GⅡ.4.对突变频率较高的样本进行分析,其基因进化不遵循中性模型,需要进一步对病毒间基因重组进行分析.     

GⅡ.17型诺如病毒样颗粒的制备及鉴定

[背景]诺如病毒(Norovirus,NoV)是引发全球人类急性胃肠炎的主要食源性致病原,具有广泛的遗传多样性,其中GⅡ.17型是亚洲地区的优势流行株,危害最为严重.研究表明,通过基因工程技术制备的诺如病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)具有良好的免疫保护作用,是目前NoV疫苗研发的主要思路.[...     

2018–2020年人轮状病毒锦州地方株VP4及VP7基因特征

【背景】人A组轮状病毒(Rotavirus Group A,RVA)是婴幼儿胃肠炎的主要病原体及发展中国家婴幼儿死亡的重要原因,目前无特效药物治疗,疫苗预防是唯一可行的预防感染方法。外衣壳蛋白VP7和VP4是疫苗设计的主要靶点,针对该基因加强RVA地方株分子流行病学监测十分必要。【目的】对锦州地方流行RVA株VP7和VP4基因进行型别鉴定和序列特征分析。【方法】收集锦州地区2018-2020年RVA感染腹泻患儿的粪便标本,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增VP7、VP4基因片段并测序,得到7株RVA VP7和VP4序列。使用在线基因分型工具Rota C V2.0对测序结果进行分型分析。应用BLAST、DNAStar、MEGA X、Bio Edit等生物软件与临床流行株及疫苗株进行系统发育分析及氨基酸序列比对分析。【结果】分型结果表明7株锦州地方株均为G9P[8]型,系统发育分析证实其VP7和VP4基因分别属于G9-Ⅵ和P[8]-3谱系,核苷酸序列相似性分别为99.32%-100%与99.41%-100%。JZ株VP7与疫苗株Rotavac和Rotasiil相比,在抗原表位区7-1a、7-1b、7-2中分别存在4个和3个氨基酸替换。JZ株VP4与疫苗株Rotarix和Rota Teq VP4氨基酸序列相比,发现7个和4个氨基酸替换,位于抗原表位区8-1和8-3。【结论】2018-2020年在辽宁锦州地区检测到7株G9P[8]型RVA株,VP7和VP4序列相似性高于99%,G9P[8]型可能是辽宁省锦州地区2018-2020年婴幼儿轮状病毒腹泻的主要流行基因型之一。与同基因型疫苗株比较,位于JZ株VP7和VP4抗原表位区的氨基酸位点差异对于野毒株免疫逃逸机制的研究具有意义。     

河北省儿童病毒性脑炎及脑膜炎埃可病毒30型VP1基因特征分析

为了解河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者中埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)流行株基因特征及进化。本研究对2013～2015年间河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎病例中151份鉴定为肠道病毒阳性的脑脊液标本进行血清型鉴定,扩增E30流行株VP1区全基因序列;并与GenBank下载的325株E30的VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析。共获得18条E30 VP1基因序列。亲缘性分析显示E30可分为A～H 8个基因型;我国E30流行株主要为D、E、G和H基因型;本研究中E30流行株均为H基因型。18条E30 VP1基因核苷酸同源性为93.3%～100%,氨基酸同源性为98.2%～100%,与原型株(Bastianni)核苷酸和氨基酸同源性分别为80.9%～81.1%和91.4%～92.4%。该研究中18株E30与我国浙江省和山东省的分离株核苷酸和氨基酸同源性最高。2013～2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎的E30流行株为H基因型,可能存在多个传播链。     

我国首iVDPV病例Ⅱ型脊髓灰质炎病毒分离株的基因特征

对分离于我国首例iVDPV病例的Ⅱ型脊髓灰质炎病毒分离株的基因特征进行了研究.随机选择CHN9230-F3-Ⅱ株为研究对象,将其VP1区RT-PCR产物连接到T载体上进行克隆,随机挑选45个阳性克隆进行序列测定后获得45条VP1区核苷酸序列,这45条序列的VP1基因与昆明Ⅱ型疫苗株VP1基因差异13～24个核苷酸,变异率为1.44%～2.66%.45条序列在同源进化树图上分为3组,但都来源于CHN9230-F3-Ⅱ株,组成以优势株为主的相关突变株的病毒群,是典型的居群样存在形式.经RT-PCR后直接进行序列测定,并根据序列图中优势峰判读结果得到的CHN9230-F3-Ⅱ株核苷酸序列位于序列数量最多的第2组中,然而没有任何一条序列与之完全相同,说明它可能并不能代表具体的某一种序列,而只能是代表主序列具有的一般特征.3个组中的核苷酸序列与Ⅱ型疫苗株相比平均变异率分别为97.50%、97.93%和98.31%,根据脊灰病毒的进化率和3个组VP1区核苷酸序列的变异率推测,患者共5次服脊灰减毒活疫苗(OPV)史中的前3次OPV中的Ⅱ型疫苗病毒存活下来,依照疫苗接种顺序,分别形成了第1组、第2组和第3组的病毒居群样存在形式.我国Ⅱ型iVDPV以复杂的居群样形式存在,由于其进化速率较快并且感染了免疫缺陷患者,使其在该患者体内形成了持续性感染,它已经并可能将在更长的时间内在患者体内持续存在,一旦将来我国停止使用OPV后,iVDPV病例长期持续向外环境中排毒将对我国"维持无脊灰"带来严峻的挑战.     

我国首例iVDPV病例Ⅱ型脊髓灰质炎病毒分离株的基因特征

对分离于我国首例iVDPV病例的Ⅱ型脊髓灰质炎病毒分离株的基因特征进行了研究。随机选择CHN9230-F3-Ⅱ株为研究对象,将其VP1区RT-PCR产物连接到T载体上进行克隆,随机挑选45个阳性克隆进行序列测定后获得45条VP1区核苷酸序列,这45条序列的VP1基因与昆明Ⅱ型疫苗株VP1基因差异13~24个核苷酸,变异率为1.44%~2.66%。45条序列在同源进化树图上分为3组,但都来源于CHN9230-F3-Ⅱ株,组成以优势株为主的相关突变株的病毒群,是典型的居群样存在形式。经RT-PCR后直接进行序列测定,并根据序列图中优势峰判读结果得到的CHN9230-F3-Ⅱ株核苷酸序列位于序列数量最多的第2组中,然而没有任何一条序列与之完全相同,说明它可能并不能代表具体的某一种序列,而只能是代表主序列具有的一般特征。3个组中的核苷酸序列与Ⅱ型疫苗株相比平均变异率分别为97.50%、97.93%和98.31%,根据脊灰病毒的进化率和3个组VP1区核苷酸序列的变异率推测,患者共5次服脊灰减毒活疫苗(OPV)史中的前3次OPV中的Ⅱ型疫苗病毒存活下来,依照疫苗接种顺序,分别形成了第1组、第2组和第3组的病毒居群样存在形式。我国Ⅱ型iVDPV以复杂的居群样形式存在,由于其进化速率较快并且感染了免疫缺陷患者,使其在该患者体内形成了持续性感染,它已经并可能将在更长的时间内在患者体内持续存在,一旦将来我国停止使用OPV后,iVDPV病例长期持续向外环境中排毒将对我国“维持无脊灰”带来严峻的挑战。     

鸭甲肝病毒3型2012年山东分离株VP1基因的序列分析

为揭示近年来鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)中国分离株VP1基因的遗传变异规律,本研究对2012年从山东省分离到的13株DHAV-3的VP1基因分别进行PCR扩增、序列测序与分析。结果显示,13株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成,共编码240个氨基酸,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。系统进化分析显示,DHAV-3可分为两个基因型,其中除疫苗毒B63之外所有中国分离株均属于GⅠ型,越南分离毒株主要属于GⅡ型S1亚型,而韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型,具有明显的地域特征。     

严重急性呼吸道感染病例中人冠状病毒OC43基因特征分析

人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)是导致人呼吸道感染的重要病原之一。为了从分子水平上探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例中HCoV-OC43的基因特征,本研究应用实时荧光定量(Real-time)PCR方法对2019年河南省374份SARI病例样本进行HCoV-OC43核酸筛查,并对核酸检测阳性样本进行棘突蛋白(Spike,S)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和核衣壳蛋白(Nucleocapsid,N)三个靶基因扩增和序列测定。结合从GenBank数据库筛选的国内外42条代表序列和本研究所获得的S、RdRp和N三个靶基因全长序列构建基因亲缘性关系树,对本研究所获得的HCoV-OC43样本进行基因型别鉴定和基因特征分析,并对HCoV-OC43重要抗原S蛋白进行氨基酸位点变异分析。结果显示:在374份SARI病例样本中共检测出15份HCoV-OC43核酸阳性样本(15/374,4.01%),并在4份临床样本中获得S、RdRp和N基因全长序列。通过构建基因亲缘性关系树,结果显示有3株属于G基因型,1株属于H基因型。S蛋白氨基酸位点变异分析结果提示,2019年G基因型流行株(包括本研究的3株和美国株USA/MN306041/SC0810/2019)有特异性的3个氨基酸位点变异:L272P、P516S和S902A。2019年H基因型流行株(包括本研究的1株和美国株USA/MN306043/SC0841/2019)特异的氨基酸位点变异为N484D。本研究通过对2019年河南省流行的HCoV-OC43进行基因型别鉴定与基因特征分析,为我国HCoV-OC43的分子变异变迁研究提供了基线数据。     

一株GⅠ.3[P13]型诺如病毒的全基因组序列分析

诺如病毒(Norovirus,NoV)是人类非菌性急性肠胃炎的主要病原,GⅠ和GⅡ基因群在人类中流行较广,但对GⅠ群少有研究。为分析西安市2018年一株GⅠ型诺如病毒CHN/Xian/18N239的全基因组基因特征,本研究对某幼儿园急性肠胃炎病例肛拭子检出的一株GⅠ型诺如病毒,使用下一代测序方法对其全基因组测序,用Blastn比对和诺如病毒在线定型工具分析CHN/Xian/18N239的基因型,用MEGA-X对其进化分析,用Bioedit对其同源性、氨基酸变异和熵值进行计算,并用SWⅠSS-MODEL和PyMOL2.3.2预测和可视化三维结构。CHN/Xian/18N239株全长7684 nt,开放阅读框(ORF)1~3分别长5316 nt(84~5399 nt)、1635 nt(5383~7017 nt)和648 nt(7017~7664nt),ORF1和ORF2的重叠区长17 nt。Blastn比对显示其与GⅠ.3[P13]型2019年中国台湾株(MN922738)核苷酸同源性最高(98.91%)。系统进化分析表明其为GⅠ.3[P13]型,与韩国2017-2018年、中国台湾2018-2019年流行株核苷酸同源性为98.7%~99.3%。与参考序列U04469比,变异位点共75个,主要在P2区,其中在人外周血抗原结合位点Ⅱ有1个,且在A-Loop、T-loop、U-loop和S-loop区的三维结构改变较大。VP2区熵值为0的位点最少,VP1区易突变位点最多。应加强对本地区诺如病毒分子型别监测,提高防控能力。     

2010年内蒙古自治区手足口病病原谱及人肠道病毒71型分子特征研究

研究2010年中国内蒙古自治区引起手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)的病原谱及人肠道病毒71型(Human enterovirus,HEV71)的分子特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的HFMD患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用三通道实时荧光定量PCR法[同时检测HEV71,柯萨奇病毒A16型(CVA16)和人肠道病毒(HEV)]对阳性分离物进行鉴定,对鉴定为其它HEV的阳性分离物进行VP4和VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析。921份标本共分离出153株病毒,阳性率为16.61%,其中61株为HEV71,占39.87%,82株为CVA16,占53.59%,7株为其它HEV(分别为6株CVB4和1株Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒株),占6.53%,3株为腺病毒。重症病例中分离到9株病毒,其中6株为HEV71,3株为CVA16。选取从临床诊断分别为普通型病例、重型病例的HFMD患者临床标本中分离到的32株HEV71代表株进行VP1编码区基因扩增及核苷酸序列测定和分析,与HEV71其它各基因型和基因亚型的代表株构建亲缘性进化树。32株内蒙古HEV71代表株与1998年以来中国大陆HEV71分离株的VP1区核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高,尤其与2008年的北京代表株同源性最高,与C4基因亚型代表株聚为一支,属于C4基因亚型C4a进化分支,但它们之间的核苷酸和氨基酸的同源性略有差异,分别为96.4%～100%和98.14%～100%,与2007年的内蒙古代表株存在一定的差异,核苷酸同源性为96.95%～97.87%。亲缘进化关系树显示,这些HEV71处于不同的簇中,属于多个病毒传播链。2010年内蒙古HFMD的病原谱以CVA16和HEV71为主,重症病例中以HEV71居多。内蒙古流行的HEV71属于C4基因亚型C4a进化分支,并且存在多个传播链,与2008年北京代表株亲缘关系比2007年内蒙古代表株亲缘关系近,说明内蒙古流行的HEV71不是独立进化的,而是与中国流行的HEV71在共同进化。     

2017年湖北省襄阳市手足口病患者柯萨奇病毒A2型分离株的突变和重组分析

目的通过对2016-2017年襄阳市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)样品的分离与鉴定,了解主要病原之一的柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus, CV-A2)的分子生物学特征。方法收集2016年9月-2017年12月襄阳市HFMD患儿肛拭子样品,用人类横纹肌肉瘤细胞(RD细胞)培养,分离病毒。RT-PCR扩增CV-A2 VP1基因,Megalign软件分析VP1基因同源性,MEGA6软件构建系统发育树。比较3种疾病(急性迟缓性麻痹、手足口病和急性呼吸道感染)CV-A2分离株VP1氨基酸序列,分析可能的致病位点。扩增CV-A2代表株基因组全长序列,用SimPlot软件分析可能的重组事件。结果 2016-2017年CV-A2襄阳株之间VP1核苷酸及氨基酸同源性分别为96.4%~99.8%,98.0%~100.0%;襄阳株与CV-A2原型株(Fleetwood株)之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为80.8%~81.9%,95.3%~95.9%。与襄阳株同源性最高的为2017年江西株(GenBank:MG926784),核苷酸及氨基酸同源性分别为96.7%~98.8%,98.0%~98.6%。襄阳市HFMD主要病原之一的CV-A2 VP1基因系统发育树显示,襄阳株与国内主要流行株同属于基因型D。3种疾病分离株的VP1氨基酸比对发现,急性迟缓性麻痹分离株和HFMD分离株在第21、60、82和215位存在差异;而HFMD分离株与呼吸道感染分离株之间只在167位存在差异,由谷氨酸变成天冬氨酸。CV-A2重组分析提示,襄阳株在P1区域与Fleetwood株同属一分支,在P2区域与CV-A5 Swartz株亲缘性最高,但在P3区域与CV-A16 G-10株有较高的相似度。结论虽然CV-A2襄阳株与其他流行株在VP1区序列上亲缘性较高,但其VP1氨基酸突变或与其他肠道病毒的型间重组可能导致其致病特性与流行病学特点发生变化。