基于环境污水监测的埃可病毒11型的循环动态变化及其基因特征分析北大核心CSCD

为探讨山东省环境污水监测中埃可病毒11型（Echovirus 11,Echo11）的动态变化及分子流行病学特征,本研究对山东省2011~2012年环境污水监测分离到的Echo11毒株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,并与1994~2010年山东省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）监测系统中Echo11分离株以及国外同型毒株进行同源性分析和系统发生学分析。结果显示：2011~2012年山东省济南市和临沂市共分离到Echo11 94株,其时间分布具有季节性特征,夏秋季高峰明显。分离毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.5%~100.0%和95.4%~100.0%;与原型株（Gregory）之间核苷酸和氨基酸同源性分别为76.6%~79.7%和90.4%~92.5%。山东环境分离株全部属于A基因型,毒株之间核苷酸变异较大,提示山东地区存在多个传播链共循环。本研究描述了山东省环境污水中Echo11分离株的动态变化和遗传特征,结果证明环境污水监测是探索人类肠道病毒动态流行和遗传变异的重要手段。     

基于环境污水监测的埃可病毒11型的循环动态变化及其基因特征分析

为探讨山东省环境污水监测中埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)的动态变化及分子流行病学特征,本研究对山东省2011~2012年环境污水监测分离到的Echo11毒株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,并与1994~2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中Echo11分离株以及国外同型毒株进行同源性分析和系统发生学分析。结果显示:2011~2012年山东省济南市和临沂市共分离到Echo11 94株,其时间分布具有季节性特征,夏秋季高峰明显。分离毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.5%~100.0%和95.4%~100.0%;与原型株(Gregory)之间核苷酸和氨基酸同源性分别为76.6%~79.7%和90.4%~92.5%。山东环境分离株全部属于A基因型,毒株之间核苷酸变异较大,提示山东地区存在多个传播链共循环。本研究描述了山东省环境污水中Echo11分离株的动态变化和遗传特征,结果证明环境污水监测是探索人类肠道病毒动态流行和遗传变异的重要手段。     

云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5感染情况及病毒基因特征分析

为了解云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)感染情况及病毒基因特征,采用回顾性研究的方法,收集AFP监测系数据资料,描述CV-B5感染AFP病例的流行病学特征及临床表现;对CV-B5分离株进行完整VP1区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,测序结果进行同源性分析和系统发生学研究.结果显示,15例CV-B5阳性的AFP病例散在分布于7个云南省内州市、贵州省及缅甸;男女比例为1∶2,5岁以下儿童占73.3％,53.3％(8/15)的病例麻痹时伴发热,以双侧下肢麻痹(66.7％,10/15)为主,临床诊断多为肌炎(33.3％,5/15),1例病例残留麻痹.CV-B5云南株之间以及与原型株之间的核苷酸同源性分别为75.0％～100.0％和77.2％～82.0％.云南本地存在两个基因型的CV-B5共循环,大多数云南株(16株)与中国大陆CV-B5分离株均属于D基因型(D3亚型),另外两株云南株属于国外优势流行的C基因型,与其他云南株之间存在较大的核苷酸差异(20.4％～25.0％).本研究描述了 CV-B5云南地方株的分子流行病学特征,首次发现我国存在C基因型.研究显示分离自不同疾病来源及健康人群的CV-B5在亲缘关系树上无特异性区分.     

人类肠道病毒74、80和87型山东地方株的鉴定及基因特征分析

随着基于VP1序列分析的分子定型方法的推广应用,许多新型人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)陆续被发现。本研究通过对1989～2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的非脊髓灰质炎肠道病毒进行VP1完整编码区的序列扩增及分子定型,共发现1株EV74,3株EV80和1株EV87。同源性分析显示EV74、EV80和EV87山东分离株与原型株的核苷酸同源性分别为81.4%,76.4%～81.7%以及80.3%。系统发生学分析显示山东地方株与国内外其他分离株的亲缘关系均较远。这是在中国大陆地区首次发现EV74和EV87,其中EV87山东分离株为全球第2个鉴定出的分离株。这3种新型HEV在AFP监测系统中的分离率较低,提示尚未在我国导致大规模流行。     

天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viral encephalitis,VE)的主要病原体。本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析。结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5%~100.0%和98.1%~100.0%,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2%~96.5%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.4%。基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型。C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上。基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号。本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据。     

2013年至2018年辽宁省柯萨奇病毒A10型分离株VP1区基因特征分析

为了解辽宁省地区手足口病患者中分离到的柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A10型VP1区基因特征,收集了2013年至2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者非EV-A71和非CV-A16肠道病毒的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA;通过RT-PCR法进行肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定;利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型;对鉴定为CV-A10的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。2013年至2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他肠道病毒的阳性标本9 431份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出CV-A10 165株。CV-A10分离株间的VP1区基因核苷酸同源性为91.3%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%,和A、B、C、D各基因型之间的VP1区同源性比较,与C基因型代表株的同源性最高,核苷酸同源性为92%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%。系统进化树分析表明,辽宁省CV-A10分离株为C基因型。CV-A10是引起辽宁省手足口病的重要病原体,CV-A10分离株与C基因型代表株处于同一分支上均属C基因型,有C1和C2两个进化分支共同流行,其中C2分支是优势流行株。     

2014年安徽省柯萨奇病毒A组16型分离株VP1基因特征研究

研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征。收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用荧光定量RT-PCR鉴定细胞培养物,对CVA16阳性培养物进行毒株VP1区RT-PCR扩增及核苷酸序列测定和基因特征分析,并与国内外参考序列构建基因亲缘性关系树。共分离鉴定出肠道病毒阳性培养物97份,其中CVA16病毒分离株17株,人肠道病毒71型(Human enterovirus 71,HEV71)分离株76株,其它肠道病毒分离株4株,总体病毒分离率为23.49%(97/413)。CVA16基因亲缘性关系分析显示:安徽省2014分离的17株CVA16毒株都属于B1基因型B1b一个分支,它们之间在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分布为分别为95.30%~100%和98.70%~100%,但在B1b分支内形成几个传播链。17株CVA16毒株VP1区核苷酸序列与国内云南、湖南、广东、西藏和江苏地区病毒分离株同源性较高,亲缘性关系近,其中与湖南2013年和广东深圳2014年CVA16病毒分离株同源性最高,为96.40%~99.70%。2014年安徽省分离的CVA16病毒分离株属于B1基因型B1b亚型,为优势流行株;在B1b分支内形成多个小的病毒传播链共同流行。     

病毒性脑炎病例中埃可病毒11型病毒的基因特征分析

分析埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO 11)福建龙岩分离株的分子生物学特征。收集龙岩市第一医院2011年1~12月临床诊断为病毒性脑炎或中枢神经系统感染的住院病例脑脊液标本进行病毒分离鉴定,从7株经血清中和鉴定的ECHO 11分离株中,选取4株测定VP1完整编码区序列,与GenBank上已发表的ECHO 11型病毒VP1区进行同源性比较及遗传进化分析。4株ECHO 11分离株VPl区序列长度为600个核苷酸,编码200个氨基酸;4株之间的核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为99%~100%;与1953年Gregory原型株之间的核苷酸同源性为75%~76%,氨基酸同源性为90%;与2007年荷兰株(GU393773)之间核苷酸的同源性为94%~95%,氨基酸同源性为98%~99%,同源性最高;与国内2010年山东株之间核苷酸的同源性为74%,氨基酸同源性为88%~89%。系统进化树分析显示,4株龙岩分离株同属D5型,其与D5型病毒株(GU393713)之间核苷酸的同源性为93%,氨基酸同源性为99%。国内分离株之间相对较低的相似性提示国内ECHO 11病毒可能存在不同的传播链。     

肠道病毒B组山东地方株的基因型分布

为明确源自急性弛缓性麻痹(AFP)病例的HEV-B组病毒山东地方株的基因型分布,探讨其优势基因型的变迁与疾病暴发之间的关系,本研究对山东省1994年~2008年AFP监测系统分离到的HEV-B组病毒进行了VP1区核酸扩增和序列测定。序列测定结果显示HEV-B山东地方株共包括29种基因型,其中CVA 1种(CVA9),CVB 5种(CVB1~5),ECHO 20种以及新型肠道病毒EV73、75、97。其中ECHO11、CVB3、ECHO6、ECHO14、ECHO25是AFP监测系统中最常分离到的B组病毒。同源性比较显示,相同血清型HEV-B山东地方株型内核苷酸同源性最小75.4%,最大99.6%,与原型株核苷酸同源性最小73.8%,最大85.2%,但氨基酸变异不大。研究表明,不同基因型病毒具有不同的时间循环模式,相同基因型毒株内部根据其遗传距离的远近又可划分为不同的基因亚型,从而帮助确定HEV的传播途径和传播范围。     

2017-2021年宁夏急性驰缓性麻痹病例监测系统非脊灰肠道病毒病原鉴定分析

为了解宁夏急性驰缓性麻痹病例中（acute flaccid paralysis,AFP）非脊灰肠道病毒（non-polio enterovirus,NPEV）的流行,本研究对宁夏2017-2021年急性驰缓性麻痹病例监测中分离到的NPEV进行型别鉴定和基因进化分析。按照监测方案要求采用RD细胞和L20B细胞分离病毒,分离到的病毒进行VP1区的全部核苷酸序列测定、基因型别鉴定分析、系统发生学分析。2017-2021年共收到969份粪便标本,其中AFP病例标本290份,密接者标本679份。从969份标本中共分离到55株NPEV,AFP病例中分离率6.16%(9/146,以例计),密接者人群分离率6.7%(46/679)。其中53株鉴定成功,分别属于人肠道病毒HEV-A、HEV-B、HEV-C组,包含16个血清型别,其中HEV-A组24株（45.2%）,5个血清型,以EV-A71、CVA10、coxsackieviruses (CV)CVA4、为主;HEV-B组28株（54.7%）,10个血清型,以echoviruses(ECHO)30、CVB5、CVB3为主,HEV-C组1株为CVA24,...     

山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型的基因特征分析

为分析山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)的基因特征,本研究对山东省2007~2012年间采集的脑膜炎和脑炎病例脑脊液标本进行了病毒分离,阳性分离物采用血清学和分子生物学方法鉴定型别,与国内外其他E6进行同源性分析,并构建VP1完整编码区系统进化树。本研究共分离到6株E6病毒,同源性分析显示:这6株分离株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为78.6%~99.8%和95.5%~100.0%,与原型株(D’Amori)核苷酸和氨基酸同源性分别为为76.9%~78.4%和92.3%~95.1%。系统进化树分析显示:山东省E6分离株可分为A、B、C和D 4个基因簇,这6株分离株属于A、B、D 3个簇。山东省E6分离株之间存在较大的遗传差异,E6在山东的循环存在不同的传播链。     

2018年河南省肠道病毒环境监测结果分析

通过对2018年河南省环境污水中肠道病毒(Enterovirus,EV)的持续监测,了解河南省环境污水中脊灰病毒(PV)和非脊灰肠道病毒(NPEV)的血清型分布及流行情况.选取了河南省东、西、南、北、中部的五个城市,对每个城市有10万～30万人共同使用的下水管网的地区进行污水采样,每两个月采集1次,每次采集两份污水样品,采集持续1年,对污水样品进行浓缩,将浓缩液接种至RD细胞、L20B细胞和HEp-2细胞进行病毒分离.对病毒分离物进行VP1区核苷酸序列测定分析,采用最大似然法构建系统进化树对EV进行分子定型,并进行核苷酸相似性分析.共采集污水样品60份,分离到EV阳性毒株16株(26.67％),分别为8株CVB5、3株E7、3株E11、1株CVB5+E11混合株;1株PVIII;环境监测标本与急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例标本,在济源市和周口市分离到的CVB5比例有一致性,郑州市和济源市分离到的E7比例有一致性;污水标本中阳性毒株的检出时间要早于AFP病例标本中同种毒株型别的检出时间1～3个月.来源于AFP病例监测和环境监测的CVB5之间的核苷酸相似性为94.7％～99.6％,来源于AFP病例监测和环境监测的E7之间的核苷酸相似性为92.5％～100.0％.来源于AFP病例监测和环境监测的CVB5属于同一个基因型,E7也是同一个基因型,甚至是同一个病毒传播链.河南省2018年建立了环境监测方法,是AFP病例监测的有益的补充,也可对人类肠道病毒病流行或暴发进行预测和预警.     

2017年湖北省襄阳市手足口病患者柯萨奇病毒A2型分离株的突变和重组分析

目的通过对2016-2017年襄阳市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)样品的分离与鉴定,了解主要病原之一的柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus, CV-A2)的分子生物学特征。方法收集2016年9月-2017年12月襄阳市HFMD患儿肛拭子样品,用人类横纹肌肉瘤细胞(RD细胞)培养,分离病毒。RT-PCR扩增CV-A2 VP1基因,Megalign软件分析VP1基因同源性,MEGA6软件构建系统发育树。比较3种疾病(急性迟缓性麻痹、手足口病和急性呼吸道感染)CV-A2分离株VP1氨基酸序列,分析可能的致病位点。扩增CV-A2代表株基因组全长序列,用SimPlot软件分析可能的重组事件。结果 2016-2017年CV-A2襄阳株之间VP1核苷酸及氨基酸同源性分别为96.4%~99.8%,98.0%~100.0%;襄阳株与CV-A2原型株(Fleetwood株)之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为80.8%~81.9%,95.3%~95.9%。与襄阳株同源性最高的为2017年江西株(GenBank:MG926784),核苷酸及氨基酸同源性分别为96.7%~98.8%,98.0%~98.6%。襄阳市HFMD主要病原之一的CV-A2 VP1基因系统发育树显示,襄阳株与国内主要流行株同属于基因型D。3种疾病分离株的VP1氨基酸比对发现,急性迟缓性麻痹分离株和HFMD分离株在第21、60、82和215位存在差异;而HFMD分离株与呼吸道感染分离株之间只在167位存在差异,由谷氨酸变成天冬氨酸。CV-A2重组分析提示,襄阳株在P1区域与Fleetwood株同属一分支,在P2区域与CV-A5 Swartz株亲缘性最高,但在P3区域与CV-A16 G-10株有较高的相似度。结论虽然CV-A2襄阳株与其他流行株在VP1区序列上亲缘性较高,但其VP1氨基酸突变或与其他肠道病毒的型间重组可能导致其致病特性与流行病学特点发生变化。     

辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

急性弛缓性麻痹病例中ECHO11病毒的基因特征分析

该文首次分析了我国ECHO11病毒的分子流行病学资料。1999~2004年,ECHO11病毒是山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的优势毒株,2003年从山东省482例AFP病例中共分离到11株ECHO11病毒,其中相关的10例病例分布跨越山东省大部分地区,但发病日期集中在7月和12月。该研究试图通过对VP1编码基因全序列的测定和分析,为探讨ECHO11病毒与AFP之间的病因关系提供线索。分子流行病学研究提示,11株E-CHO11毒株都位于同一传播链,核苷酸同源性为97.2%~100%,氨基酸同源性为99.6%~100%,其中7月和12月的分离株之间相差8~9个核苷酸,氨基酸序列一致。这说明山东省2003年7月和12月分别发生了ECHO11病毒流行,但这些毒株与AFP的病因关系尚需进一步研究。11株病毒组成了A基因型中的一个新亚型,在进化树上单独呈密切相关的一簇,与同基因型内的其它亚型的核苷酸同源性为82.2%~84.7%,氨基酸同源性为94.8%~97.6%。     

小鼠诺如病毒分离鉴定及病毒衣壳蛋白基因序列分析

目的了解广东地区小鼠诺如病毒（murine norovirus,MNV）的分子遗传特征和进化来源。方法采用小鼠巨噬细胞系RAW264.7细胞对RT-PCR检测为阳性的小鼠样本进行病毒分离,通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光试验、测序方法对病毒分离株进行鉴定。应用RT-PCR技术针对15株MNV分离株的VP1基因的1626个核苷酸片段进行基因扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌中进行克隆。通过氨苄青霉素平皿筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定及序列分析。将这15株MNV分离株与从GenBank获得的19株MNV参考株进行序列比较分析,基于VP1基因的1626核苷酸片段构建系统发生进化树,一起进行分子流行病学研究。结果从80个小鼠样本中分离到了15株MNV病毒,通过细胞病变试验、RT-PCR试验、间接免疫荧光试验和测序分析鉴定确认分离到的病毒为MNV。序列分析结果显示MNV分离株的VP1蛋白基因全长均为1626个核苷酸,广东地区15株MNV分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别在89.7%~100%和94.8%~100%之间,15株MNV分离株与其他19株MNV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在87.5%~92.9%和92.4%~98.2%之间。进化树分析表明来自设施A和设施D的13株病毒之间的亲缘关系较近,同属一个进化分支。来自设施B的ZD-1毒株和设施C的ZYY-163毒株与来自广东（K162）、日本（S7-P2、S7-PP3）、韩国（K4）和德国（Berlin/04/06/DE、Berlin/05/06/DE）同属另一个进化分支。结论成功分离到15株MNV病毒。遗传进化分析表明广东地区的MNV分离株来源并不相同,来自设施B和设施C的MNV分离株与国外分离株的亲缘关系较近,而来自设施A和设施D的13株MNV分离株可能是本地固有的毒株。     

人类肠道病毒74型山东地方株的全基因组序列分析

人类肠道病毒(HEV)74型是人类肠道病毒B组(HEV-B)的新成员。为了解其进化和重组特性,本研究对2005年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的人类肠道病毒74型山东地方株05293/SD/CHN/2005进行了全基因组序列测定和分析。与GenBank中的另2株HEV74全基因组序列比对,发现在5’NTR和3’NTR区有核苷酸缺失和插入;核苷酸序列的同源性分别为80.8%和80.6%,氨基酸同源性为96%和95.9%。山东株与原型株USA/CA75-10213间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.5%、80.0%和79.7%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.0%和96.2%;山东株与西藏株Rikaze-136间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.9%、78.8%和79.5%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.1%和95.7%。通过系统发生树和同源重组分析,发现该病毒可能与其他HEV-B组肠道病毒间发生重组。     

中国首例iVDPVs病例粪便标本中病毒血清型分布和Ⅲ型iVDPVs VP1区基因特征

分析中国首例免疫缺陷疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(immunodeficient vaccine-derived polioviruses,iVDPVs)急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例(实验室编号为9230)12份便标本中病毒血清型分布和分离物中Ⅲ型VP1区的基因特征。31个省的疾病预防控制中心脊髓灰质炎(脊灰)实验室网络,在2005年采用细胞培养、病毒分离和微量中和试验从5231例AFP病例中的293例的便标本中分离到脊灰病毒,其中从1例编号为9230的AFP病例发病2~150天的12份便标本中分离到17株脊灰病毒株,包括Ⅱ型12株,Ⅲ型5株。用PCR-RFLP和ELISA两种方法对送检的293例AFP病例中分离的病毒进行型内鉴定,VP1区序列测定和分析发现:从9230号病例粪便标本中分离的12株Ⅱ型为混合不同变异数目的Ⅱ型iVDPVs,5株Ⅲ型病毒为单一Ⅲ型iVDPVs;除9230号病例外未发现其它iVDPVs或疫苗衍生脊灰病毒(vaccine-derived polioviruses,VDPVs)。5株Ⅲ型iVDPVs的VP1区基因和SabinⅢ相比有22~24个碱基突变,同源性为97.33%~97.56%,是中国至今发现变异最大的Ⅲ型VDPVs。9230号病例临床诊断为X-连锁低/无丙种球蛋白血症,是在中国首次发现的iVDPVs病例,该病例的病毒分离物中同时存在Ⅱ型和Ⅲ型iVDPVs,Ⅲ型iVDPVs在患者体内至少复制2.5年以上,iVDPVs病例的持续排毒已经给中国维持无脊灰状态提出了新的挑战。     

柯萨奇病毒A16型的B1a和B1b两个分支在内蒙古自治区共同流行

研究2010年引起内蒙古自治区手足口病流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus A16,CVA16)的分子流行病学特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的888名手足口病患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用实时荧光PCR对阳性分离物进行CVA16的鉴定。从临床症状分别为普通型、重型和死亡病例的临床标本中分离的CVA16中随机选取50株代表株进行VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析,与其他各基因型和基因亚型的CVA16构建亲缘进化关系树。921份标本共分离出82株CVA16,分离率为8.90%,其中从重症病例分离出3株CVA16,从死亡病例中分离出1株CVA16。50株内蒙古CVA16代表株在核苷酸水平上与1998年以来中国大陆CVA16分离株的同源性都较高,尤其与2009年北京株和2010年河南株的同源性最高,分别为96.18%～98.88%和94.94%～98.76%;但与2007年内蒙古流行株存在一定的差异,同源性仅为91.68%～96.52%;亲缘进化关系树显示,所有内蒙古CVA16株都属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,并处于不同的簇中,它们之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.99%～100%和98.31%～100%,表现为CVA16分离株属于多个病毒传播链。2010年从内蒙古自治区不同临床症状手足口病病例分离的CVA16流行株属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,两个进化分支的CVA16在内蒙古自治区共同进化和流行。     

山东省急性出血性结膜炎病原学鉴定及其柯萨奇A24病毒基因特征分析

为明确2010年引起山东省青岛市、临沂市急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)流行的病原,采集26例患者的眼结膜拭子标本,分别采用实时荧光定量PCR(Real time-PCR)和细胞培养方法进行检测。Real time-PCR结果显示,17份标本柯萨奇病毒A组24型(Coxsackievirus A24,CVA24)阳性,阳性率为65.39%,肠道病毒70型(Enterovirus 70,EV70)和腺病毒均为阴性;使用Hep-2细胞共分离到10株病毒,通过VP1区基因扩增及核苷酸序列测定,10株病毒均鉴定为CVA24,同源性分析显示其核苷酸和氨基酸同源性分别为99.3%～100.0%和99.5%～100.0%,在系统进化树上聚集成一簇,本次分离的毒株与山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的毒株序列差异较大,分别属于5个不同的进化分支。提示CVA24可能为引起两地AHC流行的病原,且属于同一传播链。