辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

辽宁省2016‒2017年H3N2亚型流感病毒 HA1基因特征分析

摘要：目的 了解2016?2017年辽宁省H3N2亚型流感病毒基因变异情况及流行株与疫苗株的匹配情况。方法 采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）对分离得到的H3N2亚型流感毒株的HA1基因进行扩增,扩增片段经测序与近年来WHO推荐的北半球疫苗株进行比对和基因特征分析。结果 进化分析表明,2016?2017年H3N2亚型流感病毒与近三年的疫苗株均不在同一分支上;基因特性分析中,所有病毒均在A、B抗原决定簇上发生了两处以上的变异;19株病毒的受体结合位点131位氨基酸发生了新的变异;20株病毒中有1株突变产生了新的半胱氨酸,提示可能有新的二硫键产生;糖基化位点并未检测到新的突变。结论 2016?2017年辽宁省H3N2亚型流感病毒的抗原性及基因特性均发生了一定的变化,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对流感病毒的免疫效果及流感毒株的变异情况。     

SARS-CoV-2污染的进口冷链产品导致的一起大连本土新冠疫情

2020年12月15日,大连市报告了4名码头冷链货物搬运工人SARS-CoV-2核酸检测呈阳性,在此之前,大连市已经连续136天没有报告本土病例.在这次大连COVID-19疫情(简称"大连新冠疫情")中,我们收集了2020年12月15日至2021年1月8日期间大连新冠疫情中全部感染者(83)及部分接触的轮船货物样本,其中确诊病例占61.45％(51/83),无症状感染者占38.55％(32/83).通过高通量测序,共获得76条SARS-CoV-2全基因组序列,其中72条(86.75％,72/83)来自临床样本,4条来自R国籍A货船上的冷链食品外包装样本.基因组分析数据显示,与武汉参考株(NC_045512)相比,76条全基因组分别存在12～16个核苷酸突变位点,共享12个核苷酸突变位点,符合B.1.1进化分支突变特征.结合病毒基因组学和现场流行病学调查结果综合分析表明,大连新冠疫情是一起由SARS-CoV-2污染的进口冷链产品感染码头工人导致的本土疫情,在传播过程中至少形成了3个病毒代际和3个相对独立的传播链.     

2019年辽宁省3例输入性三日疟基因型别实验室诊治与分析

对辽宁省2019年的3例境外输入性三日疟疟疾病例进行了实验室检测与诊断分析。 收集并进行流行病学调查与资料汇总。根据疟疾实验室现有最新执行诊断标准《疟疾的诊断》（WS259-2015）的要求，对临床诊断的疑似三日疟患者采集抗凝血制作血涂片镜检、进行疟疾快速诊断检测（RDT），上送全血到辽宁省疾病预防控制中心进行病例复核，巢氏PCR检测并进行测序比对。3份病例患者外周血血涂片镜检薄厚血膜，虫体分期主要为环状体期、大滋养体期、配子体期和成熟裂殖体期，其中大滋养体期中疟色素呈深棕色、较大、沿边缘分布，发现寄生的红细胞通常不胀大甚至会缩小，配子体小而圆，根据镜下特点初步判定为三日疟原虫；RDT结果提示为感染除恶性疟以外的其他3种疟疾（三日疟、卵形疟、间日疟）的单一感染，省级参比实验室对于上送全血利用巢氏PCR检测技术进行复核检测；将扩增出的三日疟的目的片段产物序列送至上海维基基因测序公司进行序列分析比对，基因序列同源性达到了100%。 同时使用血涂片镜检、进行疟疾快速诊断检测（RDT）和PCR进行检测，实验结果均鉴定为三日疟，根据病例的流行病学调查和临床表现确定为境外输入性三日疟病例。