Chelex-100法及酚氯仿法提取阴道毛滴虫DNA的比较

目的-比较Chelex-100法和酚氯仿法提取阴道毛滴虫基因组DNA。方法-分别用Chelex-100法和酚氯仿法提取阴道毛滴虫基因组DNA,用PCR法检测DNA提取的有效性。结果两种方法提取的DNA经PCR扩增均有特定的条带。结论-两种方法均能提取阴道毛滴虫DNA。Chelex-100方法简便、省时,较适用于分子生物学研究及临床PCR扩增使用。     

两种提取肠道微生物总DNA方法的比较

目的比较肠道微生物总DNA两种提取方法的优缺点。方法采用苯酚-氯仿抽提法和试剂盒法提取肠道微生物总DNA,比较其作为模板扩增细菌16S DNA的优缺点。结果两种方法提取的细菌DNA均能用于后续PCR扩增的模板。酚-氯仿抽提法经济可靠,但提取的DNA量及纯度较低试;剂盒法提取方便,操作简单,质量稳定,易标准化,但成本高。结论两种方法各具优缺点,应根据实验室条件和实验要求进行选择。     

三种人全血基因组DNA提取方法的比较

目的：比较改良酚一氯仿抽提法、盐析法、试剂盒法从人全血中提取基因组DNA的效果,以期建立一种快速、经济的提取高质量基因组DNA的方法。方法：分别用上述三种方法从人全血中提取基因组DNA,通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳、聚合酶链式反应（PCR）、限制性内切酶酶切检测提取的基因组DNA的产量、纯度和质量。结果：改良酚一氯仿抽提法与试剂盒法提取的基因组DNA相比,DNA的产量有统计学差异,DNA的纯度无统计学差异,但试剂盒法提取的基因组DNA有较明显的降解现象：盐析法与改良酚．氯仿抽提法、试剂盒法相比,基因组DNA的产量和纯度都存在统计学差异,并且基因组DNA聚合酶链式反应（PCR）扩增的稳定性也明显劣于另外两种方法;三种方法提取基因组DNA均能进行限制性内切核酸消化。结论：改良酚一氯仿抽据取法是一种经济、快速、高效、稳定提取人全血基因组DNA的方法,适用于批量临床标本处理。     

利用不同方法从深加工牦牛肉产品中提取基因组DNA效果的比较

为了从深加工牦牛肉产品中获得片段较大、数量较多的基因组DNA,以用于分子追溯的检测,尝试并系统地比较了异硫氰酸胍法、酚-氯仿抽提法和试剂盒提取法的提取效果。通过定量分析、凝胶电泳和PCR片段大小梯度扩增等手段,对利用3种方法提取的基因组DNA的数量和质量进行了比较。结果显示,利用酚-氯仿抽提法提取的基因组DNA质量不佳,异硫氰酸胍法和试剂盒提取法的提取效果相当,PCR可以扩增出730 bp左右的核外基因细胞色素b,而核内基因只能扩增出300bp左右的核基因DNA片段(内乳铁蛋白基因,271 bp;BoLA-DRB3基因,302 bp)。综合考虑提取时间、费用、数量和质量等各方面的因素,认为异硫氰酸胍法操作简便、快速、廉价、有效,是较好的从动物深加工肉产品中提取基因组DNA的方法。     

一种快速经济提取革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌基因组DNA的方法

细菌基因组DNA提取是分子生物学技术应用的基础,提取的DNA的质量可直接影响其结果的准确性和精确性。本研究提出了一种快速、经济的适用于多种细菌的基因组DNA提取方法,并比较了本方法与传统酚-氯仿法和试剂盒法提取3种革兰氏阴性细菌和4种革兰氏阳性细菌DNA的效果。结果显示,3种方法均可提取到较完整的基因组DNA(约23 kb)。在DNA纯度上,本法与传统酚-氯仿法无显著差异,略低于试剂盒法,但可满足PCR扩增等分子生物学技术的要求,并且其提取效率高于试剂盒法。在成本方面,本法单个样本的成本仅为试剂盒法的20%,且完成整个实验的时间仅为传统酚-氯仿法和试剂盒的50%(约60 min)。总之,本研究提出了一种快速、经济、适用于G-和G+细菌的基因组DNA提取方法,本法不仅适用于本研究中的各种细菌,对其它革兰氏阴性细菌和革兰氏阳性细菌也具有重要的潜在应用价值。     

香鱼基因组DNA提取方法的优化

为获得高质量的基因组DNA,分别采用传统酚-氯仿法、高盐法、试剂盒法和改进酚氯仿法提取香鱼肌肉基因组DNA。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,改进酚氯仿法提取的基因组DNA电泳条带整齐明亮且无降解。紫外分光度计测定DNA浓度和纯度,结果表明,改进酚氯仿法提取的鱼类基因组DNA浓度约为300μg/mL,A260/A280为1.80-1.86。用改进的酚氯仿法提取的DNA进行AFLP分析,扩增结果稳定,电泳条带清晰。综上所述,改进酚氯仿法能够获得高质量DNA,且可以用于进一步的分子生物学研究。     

湖泊沉积物基因组DNA的提取方法比较研究

水体沉积物为一新型微生物种质资源库,不依赖于培养的菌种多样性研究的首要条件是获取优质的基因组DNA。本研究以改进的氯仿异戊醇法、蛋白酶K+SDS法、玻璃珠+蛋白酶K+SDS法提取湖泊基因组DNA,并与试剂盒提取结果进行比较,为沉积物分子生态学的研究提供参考和借鉴。结果表明,改进后的氯仿异戊醇法提取的DNA纯度较低,腐殖质明显,纯化后PCR产量较低;蛋白酶K+SDS法获得的DNA完整性较好,浓度高,PCR扩增应用效果最好;玻璃珠+蛋白酶K+SDS法提取的基因组DNA效果次之;试剂盒法提取的基因组DNA浓度较低,片段长度略小。蛋白酶K+SDS法为除试剂盒外适合于湖泊沉积物基因组DNA提取的较好方法。     

从全血中提取基因组DNA方法的对比研究

目的:建立从全血中提取基因组DNA的方法,并评价提取DNA的产量和质量.方法:分别采用传统酚-氯仿抽提法和试剂盒法制备基因组DNA,比较这两种方法提取DNA的产量、纯度、稳定性以及方法本身的优缺点、费用等.结果:试剂盒法简单快速,但其制备的DNA产率、纯度、稳定性低于酚-氯仿抽提法.结论:采用酚-氯仿抽提法可以提取较高质量的基因组DNA,适用于下游的分子生物学实验.     

煤地质环境微生物总基因组DNA提取方法的优化

高质量的DNA是进行分子生物学研究的基础。通过对传统DNA抽提方法(酚-氯仿法)进行改进,并以Rhodococcus sp.R04和煤粉为实验材料对细胞破碎条件进行优化,建立了一种可用于煤地质环境微生物基因组DNA高效提取的改良方法。以改良法和商业试剂盒提取煤地质环境微生物基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳、细菌及古菌特异性片段的PCR扩增来评价所提取DNA的质量。改良法和试剂盒法均能获得煤地质环境微生物基因组DNA,并能用于多种特异性PCR扩增。与试剂盒提取的DNA相比,改良法获得的DNA片段主带明显,约占总DNA含量的50%,分子量大小接近23 kb,并且提取量大,约为试剂盒的5-10倍。同时,能用于如DNA文库构建和宏基因组测序等。此外,改良法所用试剂普通,价格便宜,提取的煤地质环境微生物基因组DNA质量较高,适于实验室和科学研究。     

狗獾粪便DNA提取方法的初步探讨

在京杭大运河扬州段堤坝上采集狗獾的新鲜粪便,采用预处理-酚/氯仿抽提法、NaCl改良法、异硫氰酸胍裂解法、淀粉吸附法及QIAamp试剂盒法5种方法对粪便样品中狗獾DNA进行提取,探讨狗獾粪便样品中DNA提取方法和优化条件。结果表明,在5种提取方法中,淀粉吸附法的效果明显优于其它4种方法。采用粪便裂解液快速裂解细胞后,加入淀粉去除其中的大量PCR抑制物,然后用蛋白酶K裂解、酚/氯仿/异戊醇抽提,最后使用UNIQ-10柱纯化粪便DNA,对线粒体控制区和微卫星位点的PCR扩增反应及测序结果证实该方法的可行性。以上结果表明,通过该方法获得的粪便DNA能够用于更深入的分子遗传学等学科的研究。     

猪源性成分检测中3种DNA提取方法比较

为了达到对动物源性成分快速、准确的检定,对提取动物源性基因组DNA的方法进行了比较分析。考察酚-三氯甲烷法、聚乙烯吡咯烷酮法(PVP法)和试剂盒法这3种方法对DNA提取的浓度、纯度及实时荧光PCR扩增效果的影响。结果表明:酚-三氯甲烷法提取DNA浓度最高,试剂盒法纯度最高且实时荧光PCR扩增效果最好,但PVP法操作简单、安全、经济,提取的DNA用于实时荧光PCR扩增检出限可达1.98 pg/μL。使用PVP法对市场上10份不同类型的动物性产品进行了检测,检出两份产品中含有猪源性成分。PVP法应是3种方法中的首选方法,本文为实验室选择合适的DNA提取方法提供了依据。     

三种樟科植物的细胞总DNA提取

为了从富含次生代谢物的樟科植物肉桂、锡兰肉桂、阴香中获得高质量DNA ,研究和改进了CTAB法、高盐低pH法和尿素法。改进方法包括 :1)在裂解液中加入 2 % β -巯基乙醇和 5 %PVP ,以防止氧化褐变的发生 ;2 )在酚 :氯仿抽提前加入 1 5mol L醋酸铵冰浴处理 ,能降低DNA的黏性。所得DNA的质量和产量经电泳、紫外吸收A2 60 A2 80 、PCR扩增和限制性内切酶酶切检测 ,结果表明改进法提取的DNA质量要比常规法的好。其中改进的CTAB法获得的DNA纯度最高 ,能用于PCR扩增和限制性内切酶酶切 ,是提取这 3种樟科植物总DNA的最佳方法。     

一种改良的植物DNA提取方法

植物组织中含有大量多糖、多酚、酯类等次生代谢产物, 要从中提取高质量的DNA比较困难。针对这一情况, 该文提出一种改良CTAB植物DNA提取方法(mCTAB), 并以10种常见植物为实验材料, 与4种常用的植物DNA提取试剂盒作对比。结果表明, mCTAB法提取的DNA产率高且质量好, PCR扩增成功率也较高, 而提取成本显著低于DNA提取试剂盒, 可有效用于植物DNA条形码等研究的植物DNA提取。     

一种自制DNA提取剂在微量细胞和单个囊胚上的应用

目前微量DNA的提取方法,不仅操作繁琐耗时,而且所需试剂价格昂贵。为了解决这个问题,本研究旨在开发一种快速、经济的微量DNA提取剂。用自制提取剂快速提取50个、100个、500个、5 000个、50 000个猪胎儿成纤维细胞的基因组DNA。经PCR扩增,电泳结果显示:自制提取剂可有效提取数量低至50个的猪胎儿成纤维细胞。分别采用自制提取剂、酚氯仿以及试剂盒3种方法提取猪单个囊胚基因组DNA,结果显示:酚氯仿方法提取的单个囊胚基因组DNA,经PCR扩增后,并没有检测到目的条带;而自制提取剂提取模板DNA,能直接扩增出清晰的目的条带,与试剂盒扩增效果相当。自制提取剂能够快速、有效地提取少量细胞和单个囊胚的基因组DNA,满足下游分子生物学研究需要,因此,本研究为微量样本基因组DNA提取提供帮助。     

鸡肠道菌群总DNA三种提取方法的比较

目的比较不同方法提取鸡肠道菌群总DNA的差异,为分子方法分析肠道菌群组成提供质量较高的DNA模板。方法采用反复冻融法、酶裂解法和试剂盒法（E.N.Z.A Stool DNA Kit）来提取鸡肠道菌群的总DNA,并根据DNA浓度及纯度、16S DNA扩增产物和ERIC-PCR产物所反映的片段多态性4个指标,对这3种方法提取的DNA质量进行比较。结果3种方法均能提取DNA,所得DNA都可以用于16S DNA的扩增,但后2种方法所得DNA的ERIC-PCR结果能反映出更高的菌群多样性。结论试剂盒法和酶裂解法所提取的DNA质量好,适合用于肠道菌群的分子生态研究。     

缢蛏基因组DNA的提取及其效果分析

应用酚/氯仿抽提法提取缢蛏基因组DNA,并以所提取的基因组DNA为材料进行酶切反应及RAPD分析。结果显示,用酚/仿提取法提取的缢蛏基因组DNA质量高、稳定性好,酶切效果明显,RAPD扩增条带清晰,能满足DNA的酶切、PCR和RAPD等分子生物学实验对于模板DNA质量高的要求。     

基于PCR DGGE的小鼠肠道菌群基因组提取方法的建立

通过比较4种小鼠粪便细菌总DNA提取方法对基于PCR-DGGE检测的肠道菌群多样性分析的影响,旨在建立适于PCR—DGGE的小鼠肠道微生物宏基因组提取的稳定、经济、快捷的方法。采用SDS裂解法、某国产市售粪便DNA提取试剂盒、改进的化学裂解法、改进的溶菌酶法4种方法提取小鼠粪便细菌总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法、细菌16S rRNAV3区PCR扩增结合DGGE对提取结果进行比较分析。SDS裂解法和国产市售试剂盒2种方法提取粪便细菌总DNA均未得到理想结果,另2种方法均能够检测到粪便中20种左右的细菌。改进的化学裂解法和改进的溶菌酶提取法的建立为基于PCR—DGGE进行肠道菌群结构的定量及定性分析提供了可靠的前提基础和实验保障。     

大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取方法的比较

目的比较两种肠内容物前处理和两种提取方法对清洁级SD大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取效率。方法分别选用PBS多次离心漂洗、液氮破细胞两种前处理方法和酚/氯仿抽提、试剂盒过柱法两种提取方法进行组合分析,对4份肠内容物和16份含金黄色葡萄球菌肠内容物进行随机提取。结果大鼠肠内容物细菌基因组DNA含量和纯度测定结果显示,与PBS反复离心相比,液氮研磨前处理能显著提高大鼠肠内容物基因组DNA。荧光定量PCR表明,液氮研磨前处理较PBS反复离心能更好地收集细菌基因组DNA,其Ct值最低。结论研究结果表明,采用液氮研磨试剂盒法在大鼠肠内容物DNA提取中是较为优良的方法,该方法为建立实验动物中微生物的定量PCR检测方法打下了基础。     

基于AFLP分析用吴茱萸叶高质量DNA的提取

目的：研究吴茱萸叶基因组DNA的提取方法,以用于扩增片段长度多态性（AFLP）分析。方法：设计了一种改良CTAB法：以石英砂代替液氮研磨;抽提前用不溶性PVP结合酚形成络合物,然后用缓冲液除去;抽提中加入Vc。将改良CTAB法所提吴茱萸叶DNA与传统的SDS法、CTAB法所提DNA进行比较。利用植物的核糖体DNA（rDNA）保守序列设计引物行PCR扩增鉴定吴茱萸DNA及其质量。并确定提取方法中最佳样本含量和β-巯基乙醇浓度。结果：改良CTAB法提取石虎、疏毛吴茱萸总DNA呈白色,A260/A280为1.721~1.886,DNA分子完整,约20kb左右,PCR扩增条带清晰、明亮,无杂带和脱尾。并确定0.10g为最佳样本量,2.0%为最佳β-ME浓度。结论：石英砂研磨简便、迅速、均匀,该实验所建立的改良CTAB法可有效避免次生代谢物的氧化褐变,是一种小量、快速提取吴茱萸叶DNA优化方法。     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价.结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求.其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵.Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉.