基于锁核酸及等位位点特异性扩增技术的KRAS基因突变检测荧光定量PCR方法研究

基于等位位点特异性扩增的原理,设计锁核酸修饰KRAS基因突变特异性扩增引物,结合封阻探针技术,建立检测KRAS基因突变的荧光定量PCR方法。结果发现,锁核酸修饰的引物及探针可显著提高等位位点特异性扩增技术用于复杂样本中的微量基因突变检测的敏感度,该技术检测KRAS基因突变的敏感性可达0.01%~0.1%。进一步用建立的荧光定量PCR方法检测52例结直肠癌患者血浆标本,并用DNA测序法作为对照,同时用健康人血浆标本建立阴性检测结果判读标准,以初步评价该方法应用于循环DNA中KRAS基因突变检测的可行性。结果发现结直肠癌患者KRAS基因突变主要是G12C、G12A和G12R,而且q PCR法的阳性检出率为46.15%,高于DNA测序法(13.46%),阴性结果与DNA测序法的符合率为100%。此外,结直肠癌患者外周血KRAS基因的突变检出率与文献报道组织标本中的突变检出率及常见突变类型基本相符。上述结果说明该方法检测循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ct DNA)具有较高的可靠性,可以用于肿瘤患者循环血液中KRAS基因突变的检测。     

随机扩增多态性技术联合荧光定量高敏检测三种疱疹病毒方法的建立

目的:建立一种随机扩增多态性技术(RAPD)联合荧光定量聚合酶链式反应(q PCR)高敏定量检测单纯疱疹病毒(HSV)、人类巨细胞病毒(HCMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)的新方法。方法:根据文献筛选出数十条随机引物,分别对三种疱疹病毒进行随机扩增,产物经2%琼脂糖凝胶电泳,选取稳定清晰条带进行分离、纯化及克隆测序,应用blast-nr比对genebank现有病毒序列,选取高于99%匹配度的基因序列作为目的片段,并在其内部用primer3.0设计特异性内引物。经过引物筛选及条件优化后建立RAPD联合q PCR检测新方法,分别检测三种疱疹病毒。结果:经过筛选,确定了HSV、HCMV、VZV扩增灵敏性及特异性最好一组引物,建立的RAPD-q PCR可分别检测出1:10~6 HSV、1:10~5 HCMV和1:10~5 VZVDNA,而单一q PCR仅能检测1:10~3 HSV、1:10~2HCMV和1:103 VZVDNA。RAPD-q PCR相比于单一q PCR灵敏性提高100-1000倍,RAPD-q PCR扩增大于1:10~5病毒DNA得到的CT值均小于22.96±0.81,与10~2 copies/μL的标准线相距远,易于区分阴性和阳性。此外,用乙型肝炎病毒及疱疹病毒互为对照未见非特异扩增,特异性好。结论:随机扩增多态性技术联合荧光定量是一种检测三种病毒高度灵敏及特异的检测方法。     

TaqMan探针双重荧光定量PCR同时检测解脲支原体和巨细胞病毒

目的探讨双重荧光定量PCR技术的优化条件,建立基于TaqMan探针技术荧光定量法检测同时检测解脲支原体和巨细胞病毒的新方法。方法分别采用普通定性PCR扩增母婴垂直传播常见的病原体（解脲支原体和巨细胞病毒）测序鉴定,然后分别采用TaqMan探针的单重和双重定量PCR技术对解脲支原体和巨细胞病毒同时定性定量检测。结果解脲支原体和巨细胞病毒单种定性PCR检测均为阳性,TaqMan探针单重和双重定量PCR检测解脲支原体和巨细胞病毒阳性率和特异性均为100％,相同样品TaqMan探针单重、双重定量PCR分别检测的结果符合率100％。结论TaqMan探针双重荧光定量PCR技术可同时检测两种靶分子,结果可靠,应用前景广阔。     

酶促重组等温扩增实时荧光法快速检测肺炎支原体方法的建立及应用北大核心CSCD

利用酶促重组等温扩增(enzymatic recombinase amplification,ERA)技术建立快速检测肺炎支原体的实时荧光检测方法。针对肺炎支原体P1基因设计特异性引物和探针,优化反应条件,分析其敏感性和特异性,并对临床样本进行验证。ERA实时荧光法在25-40℃均具有扩增能力,在35℃条件下对肺炎支原体的扩增效果最好,20 min内可完成扩增;该法对肺炎支原体的检出限为10^(3) copies/μL;并对其他6种呼吸道病原体进行检测,均无扩增曲线产生,有较好的特异性;以荧光定量PCR法检测结果为标准,ERA实时荧光法对34份临床样本的检测结果的诊断敏感度为96.15%、特异度为100%、阳性预测值为100%、阴性预测值为88.89%。本研究构建的ERA实时荧光法可以快速简单、灵敏和特异地检测出肺炎支原体,满足现场检测的需求。     

实时荧光核酸恒温扩增技术 在检测分泌物中MRSA的应用

目的对实时荧光核酸恒温扩增技术(simultaneous amplification and testing method,SAT)检测创面分泌物中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)核酸试剂盒(RNA恒温扩增)应用进行评价。方法收集我院临床各科室于2016年12月至2017年1月送至检验科微生物室347份分泌物标本,分别用实时恒温扩增技术和ChromID MRSA产色平板筛选MRSA。当SAT法和MRSA培养结果不相符时,进行冻存的备用标本PCR扩增、第三方测序,以MRSA培养结果加PCR测序结果作为本次试验"扩大金标准",计算SAT的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值,并进行相应的统计学分析。结果以ChromID MRSA产色平板筛选加PCR测序作为"扩大金标准",SAT法检测MRSA的敏感度为90.91%、特异度为99.40%、阳性预测值为83.33%、阴性预测值为99.40%,对MRSA的最低检出下线为102拷贝/mL,Kappa系数为0.85。结论 SAT技术在检测分泌物中MRSA具有很高的灵敏度、特异性,而且准确、可靠,与传统的细菌培养相比耗时短,为MRSA的实验室诊断提供新的检测方法。     

基于LAMP技术建立解脲支原体基因试纸条检测方法

目的建立一种灵敏度高、特异性强、检测速度快的方法检测解脲支原体。方法基于环介导恒温扩增技术（LAMP）,根据解脲支原体序列特征设计3对引物进行解脲支原体DNA切口酶核酸恒温扩增,扩增过程在一对引物中标记生物素,随着扩增的进行生物素直接引入扩增片段中,扩增结束后产物在密闭装置中进行免疫试纸条显色反应,根据显色卡的颜色判定结果的阴阳性。结果该技术检测解脲支原体较实时荧光PCR技术灵敏度要高10倍以上,其它病原体检测均阴性该方法特异性与实时荧光PCR技术相当。结论恒温扩增联合试纸条技术检测解脲支原体具有较高的敏感性和特异性,检测速度快,适合各医院开展。     

鸭冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立一种鸭冠状病毒（Duck coronaviruses,DuCoV）的临床快速诊断方法，根据鸭冠状病毒1b基因保守区域设计特异性引物，成功建立了用于检测鸭冠状病毒的特异性SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法特异性强、敏感性高、重复性好，对鸭冠状病毒有特异性扩增，最低检测限为8.04×100拷贝/μL，比普通PCR方法敏感10倍，批内变异系数与批间变异系数分别为0.28%～0.34%、0.25%～0.36%，均小于1%。对临床可疑鸭泄殖腔拭子进行检测，本方法与常规PCR方法的检测结果阳性符合率为100%，阴性符合率为96.43%，样本总符合率为97.62%。本研究建立的鸭冠状病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法，可用于鸭冠状病毒的临床快速诊断及流行病学监测。     

布鲁氏菌荧光定量PCR检测分析

本研究为探析荧光定量PCR检测布鲁氏菌的临床价值,通过研究PCR法的重复性和敏感性,建立了布鲁氏菌采用复合探针荧光定量PCR检测的方法,对布鲁氏菌病进行诊断和筛选。表明复合探针荧光定量PCR检测布鲁氏菌具有较高的特异性为100%。同时,在5次重复实验中,阴性和阳性质控品的检测CV值均小于5%。说明采用复合探针荧光定量PCR法检测布鲁氏菌具有较高的准确性,有助于诊断和筛选布鲁氏菌病,具有一定的推广应用价值。     

寡核苷酸芯片法、实时PCR 和测序法进行乙肝病毒 基因分型的比较

目的:比较寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法在对慢性乙肝患者病毒基因分型的比较和方法学评价。方法:对126例不同基因型的慢性乙肝患者的血清样本分别用寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR法和测序法进行基因分型,并评价各种方法的临床表现、所需时间和检测成本。结果:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR分别能检测到1%和0.1%比例的基因型。在126例慢性乙肝患者的临床样本中,寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法分别检测出41(33%)、41(33%)和45(36%)例为B型,76(60%)、76(60%)、81(64%)例为C型。寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR均检出9例B、C混合基因型。在三种检测方法中实时荧光PCR是最快速和廉价的。结论:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR能检出B、C混合基因型,而测序法只能检测出样本的主导基因型。     

戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用

利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析, 选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针, 并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上, 建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料, 而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果, 证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明, 所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×101拷贝/反应, 相比于巢式RT-PCR方法, 其灵敏度高10~100倍以上。在对54份临床样品的检测中, 进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好, 可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。     

基于环介导等温扩增技术的微流控芯片在病原菌检测方面的研究进展

环介导等温扩增(LAMP)技术是一种新兴的核酸恒温扩增技术,与微流控芯片技术相结合,可实现对病原菌的快速检测,具有特异性强、灵敏度高、操作简单等优点。本文根据不同终产物的检测方法对目前检测病原菌的相关微流控LAMP芯片进行了分类与介绍,并对技术的改进和存在的问题进行了分析,以期为后续的相关研究提供参考。     

基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒可视化基因芯片与荧光基因芯片的建立

根据GenBank中收录的基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒E蛋白基因序列,设计及筛选针对2种病毒的寡核苷酸探针及引物,制备基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒可视化基因芯片与荧光基因芯片,对芯片的灵敏性、特异性进行了验证,并将可视化基因芯片、荧光基因芯片进行灵敏性比较.结果显示,制备的两种基因芯片都能检测到基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒特异性杂交信号.可视化基因芯片、荧光基因芯片检测两种病毒质粒的灵敏度达到9.1×103 copies/mL, 6.8×101 copies/mL和9.1×104 copies/mL, 6.8×103 copies/mL,与普通PCR比较差异显著. 荧光基因芯片灵敏度是PCR方法的10倍,可视化基因芯片是荧光基因芯片灵敏度的100倍. 模拟病毒检测过程特异性检验证明,可视化基因芯片都具有良好的特异性.本试验建立了基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒两种特异的可视化和荧光基因芯片检测方法,两种方法灵敏度高、特异性强,适用于基孔肯雅病毒与辛德毕斯病毒的流行病学调查和种特异性鉴定.     

Sensitive and rapid detection of Karenia mikimotoi (Dinophyceae) by loop-mediated isothermal amplification

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed to detect the genomic DNA of Karenia mikimotoi using a set of four specific primers based on a ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS). The sensitivity of this LAMP assay was 100-fold higher than regular PCR, and its specificity was validated using other algae as a comparison. Two visual detection approaches were feasible to interpret the positive or negative results. This technology may have the potential to aid in forecasting red-tides on the scene because of its high sensitivity, specificity and rapid detection.     

Sensitive and rapid detection of Karenia mikimotoi (Dinophyceae) by loop-mediated isothermal amplification

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed to detect the genomic DNA of Karenia mikimotoi using a set of four specific primers based on a ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS). The sensitivity of this LAMP assay was 100-fold higher than regular PCR, and its specificity was validated using other algae as a comparison. Two visual detection approaches were feasible to interpret the positive or negative results. This technology may have the potential to aid in forecasting red-tides on the scene because of its high sensitivity, specificity and rapid detection.     

基于微流控芯片的核酸等温扩增技术研究进展

核酸等温扩增技术是一种在恒温体系内对核酸进行高效扩增的分子扩增技术,它能够在短时间内实现目的基因的指数增长。微流控芯片(microfluidic chip)技术是把研究样品制备、核酸富集、纯化和检测等多个操作步骤集成到一块"微型化"的芯片上,经自动化处理,得出实验结果,即"样品进,结果出"。将核酸等温扩增技术与微流控芯片相结合,不仅可以实现核酸快速扩增,还可以降低对实验器材的依赖。在床边即时诊断、病原体快速筛查中具有广阔的应用前景。综合国内外相关研究报道,综述了各种等温扩增技术原理,以及基于微流控芯片的核酸等温扩增技术应用,展望了集成化微流控芯片的发展趋势和应用前景。     

A type-specific nested PCR assay established and applied for investigation of HBV genotype and subgenotype in Chinese patients with chronic HBV infection

ABSTRACT: BACKGROUND: Many studies have suggested that hepatitis B virus (HBV) genotypes show not only geographical distribution and race specificity, but also are associated with disease progression and response to interferon treatment. The objective of this study was to develop a nested polymerase chain reaction (nPCR) assay for genotypes A-D and subgenotypes B1, B2, C1 and C2 of hepatitis B virus (HBV) and to investigate the distribution characteristics of HBV genotypes/subgenotype in China. METHODS: After redesigning the primers and optimizing the reaction conditions using common Taq polymerase, the sensitivity, specificity and reproducibility of the method were evaluated using plasmids and serum samples. In total, 642 serum samples from patients with chronic HBV infection were applied to investigate the distribution of HBV genotype and subgenotype in China. RESULTS: The genotype and subgenotype could be identified when the HBV DNA load of a sample was ≥10(2.3) IU/mL. For the 639 successfully genotyped samples, the sequencing results of 130 randomly selected samples (20.3%, 130/639) were consistent with those of the nPCR method. The present study showed that HBV genotype B (11.2%, 72/642), C (68.2%, 438/642) and D (7.2%, 46/642) were circulating in China, while genotype C was the dominant strain except for western region where genotype D was the prevalent strain. The main subgenotypes of genotypes B and C were B2 (87.5%, 63/72) and C2 (92.9%, 407/438), respectively. CONCLUSIONS: The low-cost nPCR method would be a useful tool for clinical and epidemiological investigation in the regions where genotypes A-D are predominant.