建兰花叶病毒运动蛋白基因克隆及序列分析

从建兰花叶病毒（CyMV）石斛兰分离物中提取病毒RNA,用反转录——聚合酶链式反应(RT-PCR)方法获得约500bp的运动蛋白基因片断,插入pGEM-T载体克隆并测序。序列分析表明,该基因片断由474个核苷酸组成,和CyMV美国夏威夷分离物、新加坡分离物相应基因核甘酸序列分别具有97.8%同源性;根据核酸序列推导该片断含有3个部分重叠的开放阅读框架（ORF）,分别编码14kD、12kD和10kD的多肽。     

建兰花叶病毒运动蛋白基因克隆及序列分析

从建兰花叶病毒 (CyMV)石斛兰分离物中提取病毒RNA ,用反转录———聚合酶链式反应 (RT PCR)方法获得约 5 0 0bp的运动蛋白基因片断 ,插入 pGEM T载体克隆并测序。序列分析表明 ,该基因片断由 474个核苷酸组成 ,和CyMV美国夏威夷分离物、新加坡分离物相应基因核甘酸序列分别具有 97.8%同源性 ;根据核酸序列推导该片断含有 3个部分重叠的开放阅读框架 (ORF) ,分别编码 14kD、12kD和 10kD的多肽     

侵染厦门地区蝴蝶兰的建兰花叶病毒的分子鉴定

根据已公布的建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus,CyMV）序列,设计特异引物,利用RT-PCR方法分离克隆了厦门蝴蝶兰CyMV的病毒分离物,获得完整的CP基因序列,并与来自中国和其它亚洲国家的病毒分离物进行同源性分析,其同源性均达96%以上。系统进化树分析结果表明,厦门的病毒分离物与中国台湾、韩国、印度的分离物成簇,而福建、北京和新加坡的病毒分离物独立形成另一簇。     

广东地区两种兰花病毒病害的分子鉴定及检测

根据已报道的建兰花叶病毒(CyMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)基因组核苷酸序列,在其cp基因上下游设计PCR引物。CyMV预计扩增产物784bp,ORSV预计扩增产物604bp。以采集自广东省顺德的墨兰和文心兰表现病毒病症状的病株叶组织总RNA为模板,进行RT—PCR扩增。对预期大小的5个扩增产物进行克隆和测序,结果表明,来源于不同兰种或同一兰种不同兰场的病样CyMV引物扩增产物核苷酸序列存在少量差异,但均与世界各地的CyMV分离物cp基因高度同源;而来源于不同兰种的病样ORSV引物扩增产物核苷酸序列完全相同,与世界各地的ORSV分离物cp基因高度同源。因此可将侵染广东兰花的两种病毒鉴定为CyMV和ORSV。混合上述两种病毒的PCR引物,采用双重RT—PCR扩增,对采自广东顺德23个兰场共153份样品进行病毒检测,76份(49．7％)检出CyMV,52份(34．0％)检出ORSV,2份(1．3％)同时检出CyMV和ORSV。     

广东地区两种兰花病毒病害的分子鉴定及检测

根据已报道的建兰花叶病毒(CyMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)基因组核苷酸序列,在其cp基因上下游设计PCR引物.CyMV预计扩增产物784bp,ORSV预计扩增产物604bp.以采集自广东省顺德的墨兰和文心兰表现病毒病症状的病株叶组织总RNA为模板,进行RT-PCR扩增.对预期大小的5个扩增产物进行克隆和测序,结果表明,来源于不同兰种或同一兰种不同兰场的病样CyMV引物扩增产物核苷酸序列存在少量差异,但均与世界各地的CyMV分离物cp基因高度同源;而来源于不同兰种的病样ORSV引物扩增产物核苷酸序列完全相同,与世界各地的ORSV分离物cp基因高度同源.因此可将侵染广东兰花的两种病毒鉴定为CyMV和ORSV.混合上述两种病毒的 PCR引物,采用双重RT-PCR扩增,对采自广东顺德23个兰场共153份样品进行病毒检测,76份(49.7%)检出CyMV,52份(34.0%)检出ORSV,2份(1.3%)同时检出CyMV和ORSV.     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的分子变异

应用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）和单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术快速检测我国水稻条纹病毒（RSV）RNA4基因间隔区（intergenic region,IR)的分子变异,结果表明,我国RSV RNA4 IR存在分子变异。供试的7个分离物共有4种泳动带型,其中YL、BS、JD、LY分离物完全一致,而YL、BS、YL及JD4个分离物序列完全一致;JN、PJ、SQ3个分离各不一样,序列之间的同源性均在92％－94％之间.IR序列内部具有两个重要的结构特征：（1）有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但中一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大;（2）具有插入序列,相对于日本M分离物,我国7个分离物都有一段长19bp的插入序列,这段插入序列比较保守,各分离物之间仅有1－2个碱基的差异。     

豇豆病毒病病原的分子鉴定

为澄清浙江省豇豆病毒病病原及其分类,采用马铃薯Y病毒属通用引物Sprimer扩增了浙江豇豆线状病毒基因组3′－末端序列。同时又根据已知CMV RNA3序列设计引物pCMV-44-63/1200-1181,扩增了混合的CMV－ZJ运动蛋白基因全序列。外壳蛋白氨基酸序列分析表明,产中仅存在一种线状病毒（CV－ZJ）,该病毒与一泰国豇豆蚜传花叶病毒（CABMV）具有最高的同源性（98.6%）,与花生条纹病毒（PStV）、石斛花叶病毒（DeMV0．）、赤豆花叶病毒（AZMV）、黑眼豆豆花叶病毒（BICMV）和菜豆普通花叶病毒（BCMV）分离物间的同源性为88.5%－94.4%,而与其它CABMV分离物的同源性均低于70％。进化树分析表明,PStV、AZMV、DeMV、BlCMV和BCMV为同种异名,应统称为BCMV,而CABMV为另一种病毒;CV－ZJ和泰国CABMV分离物应分类为BCMV豇豆株系。CMV－ZJ的运动蛋白序列分析表明,该分离物属于CMV亚组Ⅰ,与其它分离物氨基酸序列同源性为93.1%－97.8%。     

人乙型肝炎病毒前表面抗原preS基因的克隆与序列分析

从杭州、兰州两地各一例乙型肝炎病毒（HBV）表面抗原阳性血清中提取病毒DNA,采取PCR技术扩增出前表面抗原（preS)基因片段,重组到质粒载体上,对该基因进行了全序列测定[GenBank索取号CpreS-HZ:AF 325674;preS-LZ:325675].克隆的HBVpreS基因杭州分离物（preS－HZ）和兰州分离物（preS－LZ）全长522个核苷酸,编码174个氨基酸。preS－HZ与已发表的HBV adr亚型上海分离物、北京分离物、日本分离物、HBVadw亚型和ayw亚型preS基因的核苷酸序列同源性分别为96．7％、96．2％、97．3％、88．7％和84．1％,氨基酸序列同源性分别为96．0％、94．9％、97．1％、85．1％和85．4％;preS－LZ与相应序列的核苷酸序列同源性分别为96．4％、96．2％、96．9％、88．7％、83．7％,氨基酸序列同源性分别为94．9％、94．9％、96．0％、85．1％、84．1％,分子进化分析（ADNASTAR,1999）表明,相对于以上报道的序列二者含有四个特异的氨基酸突变位点,在免疫保护区内二者具有较好的保守性,可用于表达乙肝重组亚单位疫苗。     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物RNA3序列分析及编码25kD蛋白基因在大肠杆菌中的表达

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物的总ＲＮＡ为模板,通过反转录－ＰＣＲ扩增获得ＢＮＹＶＶＲＮＡ３全长ｃＤＮＡ。将其克隆到ｐＧＥＭ－７Ｚｆ（＋）上,得到重组质粒ｐＧＢＹ５６。序列分析结果表明,内蒙分离物ＲＮＡ３基因组全长为１７７５ｎｔ,其中包含３个开放阅读框架,分别编码２５ｋＤ蛋白、４．６ｋＤ蛋白和一种由５９个氨基酸组成的Ｎ蛋白。与法国Ｆ２分离物、德国Ｇ１分离物和日本Ｓ分离物相比,其核苷酸序列的同源性分别为９６．４％、９６．８％和９７．３％。将２５ｋＤ蛋白编码基因克隆到ｐＪＷ２上,构建了该基因的原核表达载体。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｉｎｇ分析结果表明,２５ｋＤ蛋白基因在Ｅ．ｃｏｌｉＢＬ２１（ＤＥ３）中经温度（４２℃）诱导后,可特异地表达２５ｋＤ蛋白     

香蕉束顶病毒基因克隆和序列分析

对香蕉束顶病毒（ＢＢＴＶ）中国分离株ＤＮＡ组份Ｉ（ＤＮＡ－１）、外壳蛋白（ＣＰ）和运转蛋白（ＭＰ）基因进行了克隆和序列分析。ＢＢＴＶＤＮＡ－１含有１１０３个核苷酸,与南太平洋和亚洲分离株分别有８７％－８８％ ９６．９－９８％的核苷酸序列同源性。由ＤＮＡ－１编码的复制酶含有１８６个在酸残基。与南太平洋和亚洲分离株分别有８４．４％－９５．８％和９７．６％、９８．０％的氨基酸序列同源性。外壳蛋白基因由５     

基于复制酶基因序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒系统进化及生物信息学分析

本研究对江苏、浙江、湖南和北京等四个地区的葫芦、西瓜、黄瓜、西葫芦和甜瓜上的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)129kD和57kD蛋白复制酶基因分别进行扩增、测序和序列分析。结果显示,供试CGMMV分离物CGMMV-No.1、CGMMV-No.2、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4和CGMMVNo.5的129kD和57kD蛋白复制酶基因序列相似性分别为99.64%和99.74%,其中CGMMV-No.1、CGMMVNo.3和CGMMV-No.4的相似性较高,三者的129kD和57kD蛋白复制酶基因序列相似性分别为99.95%和99.94%,而CGMMV-No.2的129kD和57kD蛋白复制酶基因序列与其余四个参比序列的相似性相对较低,分别为99.16%~99.27%和99.04%~99.18%;供试样品在基于129kD和57kD蛋白复制酶基因序列构建的NJ系统发育树中均被分为6个类群,CGMMV-No.1、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4与GenBank上已报道的中国山东分离物(Accession No.KJ754195)聚为一支,CGMMV-No.5与中国辽宁分离物(Accession No.EF611826)聚为一支,而浙江的CGMMV-No.2西瓜分离物在129kD蛋白复制酶基因系统发育树中与韩国西瓜分离物(Accession No.AF417242)聚为一支,其在57kD蛋白复制酶基因系统发育树中独立成群。本研究中供试CGMMV分离物的129kD和57kD蛋白均无显著疏水性,也无高度卷曲螺旋部位,ProtParam预测显示仅CGMMV-No.4的129kD蛋白为稳定蛋白,其余均为不稳定蛋白,CGMMV-No.1、CGMMV-No.2、CGMMV-No.3和CGMMV-No.5的129kD蛋白分别有6个、6个、2个和4个可能的跨膜结构区域,CGMMV-No.2、CGMMV-No.4和CGMMV-No.5的57kD蛋白分别有13个、13个和5个可能的跨膜结构域,供试样品129kD蛋白的糖基化位点分别有2个、4个、4个、4个和4个,57kD蛋白的糖基化位点分别有2个、5个、2个、5个和2个,其129kD和57kD蛋白的紊乱区、球蛋白区、磷酸化位点以及B细胞抗原表位位点均存在差异。综合分析认为,供试CGMMV分离物复制酶基因序列相似性较高,种内稳定且保守,种间差异明显;CGMMVNo.1、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4和CGMMV-No.5与中国山东、辽宁分离物的亲缘关系较近,可能具有相同的侵染来源,而CGMMV-No.2与韩国分离物的亲缘关系较近,序列相似性高的供试样品在系统发育树中聚为一类;供试CGMMV分离物129kD和57kD蛋白生物信息学分析结果不具规律性。     

水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较

通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增了我国水稻秫纹病毒（ＲＳＶ）山东济宁（ＪＮ）、云南宜良（ＹＬ）两个分离物ＲＮＡ４基因间隔区（ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｒｅｇｉｏｎ,ＩＲ）序列,并克隆于ｐＧＥＭ－Ｔ ｅａｓｙ载体上。序列分析结果表明：ＪＮ、ＹＬ两分离物ＲＮＡ４ ＩＲ均由６５４个核苷酸组成,两者之间的同源率为９２％。ＪＮ、ＹＬ两个分离物ＲＮＡ４ ＩＲ在ＡＵ碱基富集处可形成上明显的结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹     

棉花纤维发生相关AFLP标记

以徐州142及其无绒无絮（无纤维）突变体(fl)为材料,利用AFLP标记技术对该近等基因系进行DNA多态性分析。在64对引物产生的6360多条扩增带中,发现1条差异带（CF1）稳定出现在有纤维和无纤维之间。进一步用徐州142无绒无絮突变系与纤维发育正常的渝棉一号的杂交后代F2、F3分离群体以及几个陆地棉品种作材料验证。结果表明,差异带（CF1）与纤维的产生呈共分离,该差异带是与棉花纤维发生相关的分子标记。进而对CF1进行回收、克隆和序列测定,CF1长205bp,通过6个开放阅读框推断的氨基酸序列,与酚羟化酶α-亚基、外表皮蛋白C、NADH脱氢酶亚基1、NADH－CoQ氧化还原酶、2－氧代－铁氧化蛋白－氧化还原酶以及假拟14．5kD蛋白（hypotheitcal 14.5kD protein）有较高的相似性。     

芸苔属植物CAL基因的结构特征与花球的形态遗传

从花椰菜变种（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ Ｌ．ｖａｒ．ｂｏｔｒｙｔｉｓ）中分离出４种花球类型的纯合株系：光滑型花球ｃｕｒｄ－ｓ、毛状物花球ｃｕｒｄ－ｈ、颗粒状花球ｃｕｒｄ－ｃ和刺状物花球ｃｕｒｄ－ｔ。用ＰＣＲ方法分别扩增各株系的ＢｏｂＣＡＬ基因并分析其中的部分序列,发现４种株系的ＣＡＬ基因在第五个外显子中都有ＡＡＧ向ＴＡＧ的终止突变,而且该终止密码子上游６３８ｂｐ的ＤＮＡ序列完全一致,说明     

甘蔗花叶病毒3‘末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV－CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaⅠ位点上,筛选得到多个重组质粒,选取其中一个克隆SCMV－CA54进行测序,得到一个全长为1296bp的苷酸序列,这段序列由一个长为1044bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279bp的3‘末端非编码区序列（3‘-UTR)及poly（A）尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白（b(NIb）基因序列,将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离的CP核苷酸序列的同源性介于63.7％－77.6％之间,氨基酸的同源性介于64％－89％之间。根据马玲薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV－CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系进分标准之间,这是我国首次报道SCMV CP基因序列。     

β珠蛋白基因5′远端新沉默子的结构和功能

通过凝胶滞留分析和荧光素酶报告基因检测系统,鉴定出人类β珠蛋白基因5′旁侧远端帽位上游－2132－－1822bp间存在一个活性沉默子片段（310bp）。通过DNA足迹分析,对其DNA序列与从Hela细胞核中提取的DNA结合蛋白（核蛋白）的相互作用进行了研究,结果显示该DNA片段中存在两个相邻的核蛋白结合位点,分别为帽位上游－2017－2011bp间序列“CTTCCCGC”和－2006－－1997bp间序列“CACTTTATTT”。采用人工设计的突变引物,分别将上述两段序列定点诱变为“CTTAAGC”和CACTTAAGTT”,从而形成两种突变型310bp片段,经竞争性凝胶滞留分析,显示这两种突变型片段以及它们分别经限制酶BspTI消化产生的4个小片段均丧失了与野生型310bp片段探针竞争核蛋白的能力;而采用人工合成包含正常“CTTCCGC”和“CACTTTATTT”序列的双链寡核苷酸片段进行性凝胶滞留分析,结果显示它具有与野生型310bp片段探针竞争DNA结合蛋白的能力,从而验证了这两段序列是存在着相互作用的核蛋白结合位点。与此同时,采用DNA结合蛋白纯化试剂盒,对Hela细胞核蛋白提取物中的特异性DNA结合蛋白进行亲和素磁性分离纯化,经蛋白质SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染鉴定,结果显示确实存在两种DNA结合蛋白分别与此沉默子的活性片段,它们的分子量分别为37kD和81kD,而它们的特性和作用机理用待进一步深入研究。     

分离纯化内切β—葡聚糖苷酶和部分N—末端序列分析

使用硫酸铵分级沉淀、DEAE－TOYOPEARL650M和POROS20PI弱阴离子交换色谱等分离技术,从黑曲霉（Aspergillus niger）发酵酶粉中分离提纯出一种新内切β－葡聚糖苷酶,在非还原条件下分子量为36kD,还原条件为38kD,该酶最适pH3．5,最适温度55℃,N－末端部分氨基酸序列为XXXFKCVGSMEDGAES。     

斜纹夜蛾核多角体病毒几丁质酶基因上游4.0kb的序列分析

本文报道了斜 诳蛾核多角体病毒几丁质酶基因（chiA）上游约4.0kb范围内的序列,它包括了六个读码框（ORF1－6）,其长度分别为156bp、279bp、540bp、369bp、1281bp和228bp,可编码的氨基酸长度分别为51、98、179、122、426和75个,分子量分别为6.15kD、11.46kD、21.70kD、14.69kD 、47.59kD和9.09kD。在ORF1ORF2、ORF3起始密码前分别有一个、二个及一个杆状病毒早期启动子基序CAGT;在ORF4、ORF5起始密码前各有一个及二个杆状病毒晚期启动子基序TAAG。在ORF1、ORF4、ORF5终止密码下游有真核生物mRNA转录poly（A)加尾信号。ORF4为AcMNPV ORF53、BmNPV ORF42、OpMNPV ORF56、LdMNPV ORF54的同源基因。ORF1、ORF2、ORF6与已知的杆状病毒基因沿有同源性,可能为三个新的基因。     

江浙蝮蛇磷脂酶A2基因的多样性研究

我们利用简并引物从江浙蝮蛇腺总ＲＮＡ经ＲＰ－ＰＣＲ扩增磷脂酶Ａ２（简称ＰＬＡ２）基因,并以碱性ＰＬＡ２（Ｂ－ＰＬＡ２）基因为探针,分离出了酸性ＰＬＡ２（Ａ－ＰＬＡ２）和两个未见报道的特征结构类同的基因,分别命名为Ａｓｎ＾４８－ＰＡＬ２和ＢＡ－ＰＡＬ２。双向测序测定了这组ＰＬＡ２同工酶（除信号肽外）基因的全序列,并由此推导编码的氨基酸序列。其中Ａ－ＰＬＡ２基因编码的氨基酸序列与较早报道的由蛇毒中分离     

猪生殖和呼吸综合征病毒B13株ORF7基因的克隆及在杆状病毒系统中的表达

利用单管RT－PCR方法扩增猪生殖和呼吸综合征病毒（PRRSV）分离株B13株包括ORF7基因的片段,并对其序列进行了测定,结果PRRSV分离株B13ORF7基因长度为384bp,编码128个氨基酸组成的15kD蛋白。与已发表的PRRSV LV株、VR－2332株进行同源性比较,发现核苷酸同源性分别为99.2%、59.4%;氨基酸同源性分别为98.4%、54.7%。。表明PRRSV分离株B13在基因结构上可能与LV株同属于欧洲亚群。同时构建了重组转移载体质粒pAcGHLT-B-ORF7,且该重组转移载体质粒与线性化苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒（AcMNPV-SVI^-G)基因组DNA（baculo gold linearized baculovirus DNA）共转染草地夜蛾（Spodoptcra frugiperda,Sf9）细胞,得到重组病毒AcMNPV-OCC^--GST-6xHis-ORF7。在感染了重组病毒的Sf9细胞中检测到分子量为46kD的ORF7基因的GST融合蛋白表达产物,能被猪抗PRRSVB13株多克隆血清所特异识别。此结果为PRRS新型诊断抗原的研制奠定了基础。