Potyvirus属成员基因组全序列的简并引物PCR和RACE扩增方法

Based on multi-alignment of complete polyprotein amino acid sequences of genus Potyvirus,five degenerated primers were designedThey were Sprimer(5′-GGX AAY AAY AGY GGX CAZ CC-3′),pNIa(+)(5′-TNY TGG AAM CAY TGG AT-3′),pCI2(+)(5′-GCX ACX AAX ATX ATX GAX AA-3′),pCI1(+)(5′-GTX GGX TCX GGX AAX TCX AC-3′)and pHC(+)(5′-TGY GAY AAY CAZ TTX GA-3′)(X=A,T,C or G:Y=T or C;Z=A or G;N=A or T;M=A,T or G)Using degenerated PCR and modified RACE methods,a protocol for determination of complete genome sequence of potyviruses was established and proved to be successful on five potyviruses     

一个引起玉米矮花叶病的甘蔗花叶病毒基因组全序列测定及其结构分析

测定了从浙江省呈现矮花叶病症状的玉米上分离得到的一个马铃薯Y病毒属病毒RNA的核苷酸全序列. 该病毒分离物的RNA基因组由9596个核苷酸组成(不包括polyA尾). 单一的ORF由9192个核苷酸组成, 编码一个分子量为346.1 ku的聚合蛋白. 该蛋白结构特征与高粱花叶病毒(SrMV)中国甘蔗分离物和一个玉米矮花叶病毒(MDMV)保加利亚分离物基因组编码的蛋白非常相似. 序列分析表明, 该病毒分离物与甘蔗花叶病毒(SCMV)各分离物(已报道的仅为基因组3′末端序列)同源性最高, 与SrMV和MDMV同源性次之, 而与约翰逊草花叶病毒(JGMV)同源性最低. 根据马铃薯Y病毒属区分不同病毒和株系的分类标准, 报道的玉米病毒分离物应当鉴定为SCMV的一个株系. 然而, 该分离物在HC-Pro, P3和CI蛋白区域和SrMV中国甘蔗分离物具有极高的氨基酸同源性.     

豇豆病毒病病原的分子鉴定

为澄清浙江省豇豆病毒病病原及其分类,采用马铃薯Y病毒属通用引物Sprimer扩增了浙江豇豆线状病毒基因组3′－末端序列。同时又根据已知CMV RNA3序列设计引物pCMV-44-63/1200-1181,扩增了混合的CMV－ZJ运动蛋白基因全序列。外壳蛋白氨基酸序列分析表明,产中仅存在一种线状病毒（CV－ZJ）,该病毒与一泰国豇豆蚜传花叶病毒（CABMV）具有最高的同源性（98.6%）,与花生条纹病毒（PStV）、石斛花叶病毒（DeMV0．）、赤豆花叶病毒（AZMV）、黑眼豆豆花叶病毒（BICMV）和菜豆普通花叶病毒（BCMV）分离物间的同源性为88.5%－94.4%,而与其它CABMV分离物的同源性均低于70％。进化树分析表明,PStV、AZMV、DeMV、BlCMV和BCMV为同种异名,应统称为BCMV,而CABMV为另一种病毒;CV－ZJ和泰国CABMV分离物应分类为BCMV豇豆株系。CMV－ZJ的运动蛋白序列分析表明,该分离物属于CMV亚组Ⅰ,与其它分离物氨基酸序列同源性为93.1%－97.8%。     

梅氏新贝尼登虫热休克蛋白60基因的克隆、序列分析及应激表达分析

热休克蛋白60(HSP60)是一种维持线粒体蛋白正常结构和功能的分子伴侣。该文克隆了梅氏新贝尼登虫HSP60基因cDNA序列(NmHSP60),并采用荧光定量RT-PCR和Western blot研究其在不同温度和盐度下的表达变化。以25℃为参照,18℃时,NmHSP60在虫卵和成虫中均表达下调;而32℃时,在成虫中表达上调。以盐度24为参照,盐度18时,NmHSP60在成虫中表达下调;盐度30时,在虫卵中表达上调。该结果揭示NmHSP60可能在梅氏新贝尼登虫应对环境应激中起重要作用。     

侵染广西罗汉果的小西葫芦黄花叶病毒的鉴定及抗血清制备

在广西临桂罗汉果花叶畸形病株上获得了一个线状病毒分离物LGL-1,寄主范围、蚜传能力测定、病毒粒子形态和细胞病理特征研究表明,它是马铃薯Y病毒科成员.采用马铃薯Y病毒科特异性简并引物做PCR扩增,并测定了分离物LGL-1的基因组3′-末端序列,序列分析表明它是小西葫芦黄花叶病毒（ZYMV）.系统进化树分析揭示,世界范围内的ZYMV分离物主要可分为3大群体,分离物LGL-1为中国特有群体Group Ⅲ成员.原核表达制备了分离物LGL-1的外壳蛋白抗血清,明确了ZYMV是引起广西罗汉果病害的主要病毒,并且比较了原核表达法和提纯病毒法制备的抗血清,在病样的间接ELISA法检测中结果的差异.     

香鱼巨噬细胞炎性蛋白-2基因的克隆、序列分析及表达

巨噬细胞炎性蛋白-2(MIP-2)是一种重要的趋化因子,可趋化中性粒细胞到炎症部位,从而消除炎症反应。从香鱼巨噬细胞转录组测序中获得MIP-2基因,阅读框序列长为318个核苷酸,编码一个由105个氨基酸组成、相对分子质量为11.6kD的前体蛋白。N端19个氨基酸为信号肽序列。氨基酸序列分析表明,香鱼MIP-2与白斑狗鱼MIP-2的氨基酸同源性最高,为54%。健康香鱼MIP-2基因mRNA主要在脾、肾、脑、鳃中表达,在肝、心、肌肉、肠中表达量次之。实时荧光定量PCR结果显示,鳗利斯顿氏菌侵染香鱼后,各组织中MIP-2基因mRNA表达量均呈上调趋势。尤其以肾组织和肌肉组织中变化最显著。以上结果表明,香鱼MIP-2基因表达与鳗利斯顿氏菌的侵染密切相关,揭示了MIP-2可能在香鱼抗菌免疫反应中具有重要的作用。     

大蒜E病毒外壳蛋白基因的原核表达及抗血清制备

设计特异性引物PCR扩增了余杭大蒜病样中的大蒜E病毒 (GarV E)的全长CP基因 ,构建原核表达载体并在大肠杆菌中过量表达 ,纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。Westernblot检测结果表明 ,抗血清与GarV E的CP起强的特异性反应。 7个大蒜样品中 ,内蒙古赤峰市、宁夏银川和甘肃天水等 4个样品受到GarV E的侵染。试验也证明了田间GarV E编码的CP分子量为 35kD ,不同于已报道的其他葱X病毒属成员的 2 8kD外壳蛋白     

大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明,同一病毒RNA1和2基因组5′-UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系,而3′-UTR则相反.蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和14K蛋白存在跨膜结构.BaMMV ALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用.类比Potyviridae科其它属成员功能,此2个蛋白可能与膜附着功能相关.RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒(BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒(OMV) P2蛋白此两个结构(或一个)缺失后,不能由介体禾谷多粘菌(P. graminis)传播,揭示P2蛋白跨膜结构与禾谷多粘菌传播能力相关.     

小麦黄花叶病毒和小麦梭条斑花叶病毒的生物学和分子生物学研究

线状土传小麦花叶病毒病在欧洲、亚洲和北美洲等地均有发生.这类病毒由根肿菌纲的禾谷多粘菌(Polymyxa graminis)传播,并归类于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)的大麦黄花叶病毒属(Bymovirus).     

小麦黄花叶病毒和小麦梭条斑花叶病毒的生物学和分子生物学研究

线状土传小麦花叶病毒病在欧洲、亚洲和北美洲等地均有发生。这类病毒由根肿菌纲的禾谷多粘菌(Ｐｏｌｙｍｙｘａｇｒａｍｉｎｉｓ)传播,并归类于马铃薯Ｙ病毒科(Ｐｏｔｙｖｉｒｉｄａｅ)的大麦黄花叶病毒属(Ｂｙｍｏｖｉｒｕｓ)。日本的Ｓａｗａｄａ(1927)[1]首次发现并描述小麦花叶病害,随后的研究表明病原是土传的。Ｉｎｏｕｙｅ(1969)[2]证明该病害的病原是小麦黄花叶病毒(ｗｈｅａｔｙｅｌｌｏｗｍｏｓａｉｃｖｉｒｕｓ,ＷＹＭＶ)。Ｓｌｙｋｈｕｉｓ(1960)[3]首次在加拿大安大略省的冬小麦上发现并描述小麦梭条斑花叶病害。Ｓｌｙｋｈｕ…