秦巴山区中华蜜蜂种群微卫星DNA遗传分析

【目的】中华蜜蜂Apis cerana cerana是一种兼有生态价值和经济价值的授粉昆虫。本研究拟揭示秦巴山区中华蜜蜂种群遗传多态性现状,探讨中华蜜蜂的种群分化机制及其影响因素。【方法】使用8个微卫星DNA标记评估秦巴山区17个样点共979个蜂群的中华蜜蜂遗传多态性,以长白山中华蜜蜂和阿坝中华蜜蜂作为外群进行种群遗传分化分析。【结果】秦巴山区中华蜜蜂95%的差异来源于样点内,样点间遗传分化系数(Fst)为0.002~0.037,基因流参数Nm为6.51~124.75,与外群的遗传分化分析中均显示秦巴山区中华蜜蜂不存在遗传分化。平均期望杂合度(He)为0.6877±0.1098,平均观察杂合度(Ho)为0.6364±0.1367,平均有效等位基因数(Ne)为3.7488±1.6201个,平均等位基因数(Na)为7.71±2.52个,多态信息含量(PIC)为0.6418±0.1152,香农指数(I)为1.5026±0.3754,这些参数均表明微卫星遗传多态性丰富。中蜂囊状幼虫病流行过的地区,其杂合度、多态信息含量以及等位基因数均显著低于未发病地区。【结论】秦巴山区中华蜜蜂种群数量大,分布均匀,基因流水平高,在650 km距离范围内没有发生种群分化;秦巴山区中华蜜蜂微卫星遗传多态性丰富,仅部分地区中华蜜蜂遗传多态性受中蜂囊状幼虫病的选择压而降低。     

应用微卫星标记对稀有(鱼句)鲫封闭群建群过程的遗传监测

以采自四川省汉源县的野生稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)50对为建群原代(P0),采用最佳避免近交法建立了封闭群Ihb:IHB。应用11对微卫星引物对原代、F1—F4代传代亲鱼进行了遗传多样性监测。11个微卫星位点在稀有鮈鲫野生型封闭群共发现等位基因57个,各位点平均等位基因数5.2个、平均有效等位基因数3.3个、平均多态信息含量0.5282。封闭群各代平均期望杂合度为0.5553—0.5742,平均多态信息含量范围为0.5060—0.5318,平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均观察杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量在各代之间均无显著性差异(P>0.05)。各代间的遗传相似性在0.99以上,遗传分化系数FST为0.0008(P>0.05),基因频率也无显著性差异(P>0.05)。监测结果表明,Ihb:IHB保持了野生种群的遗传多样性,建群传代过程中未出现显著的遗传分化,符合实验动物封闭群的要求,可以作为一个实验动物的新品系。     

沂蒙山地区中华蜜蜂种群遗传多样性分析(英文)

【目的】中华蜜蜂Apis cerana cerana是一种重要的种质资源和传粉昆虫,本研究旨在探究山东省沂蒙山地区中华蜜蜂种群遗传多样性和种群结构关系,为沂蒙山地区中华蜜蜂种质资源利用与保护提供理论依据。【方法】本研究通过选取山东省沂蒙山地区7个采样地点的114群中华蜜蜂采集蜂,根据Ruttner的形态学分析方法,对其36项形态学指标进行测定;并利用筛选后的11对荧光标记微卫星引物,研究其遗传多样性。【结果】形态学分析结果表明,沂蒙山地区中华蜜蜂工蜂的平均体长为12.064~13.351 mm,平均前翅长为8.198~8.694 mm。11个微卫星位点共检测到58个等位基因,每个位点的等位基因数从2~17不等,7个群体的平均期望杂合度和多态信息含量分别为0.3115和0.2872,平均等位基因数为2.4545(ST-AQ)~4.0000(BHY),平均期望杂合度为0.1916~0.3397,群体的平均遗传分化系数Fst为0.048。Nei氏遗传距离为0.0092(XL-DLZ到XZ-XLZ))~0.1000(XL-DLZ到XL-DJW)。聚类分析结果表明沂蒙山地区的中蜂可以分成3类。【结论】沂蒙山地区各个采样地点之间的中华蜜蜂种群结构接近,表明不同种群之间存在着基因交流,与其他地区中华蜜蜂种群比较,沂蒙山地区中华蜜蜂在形态和遗传结构上存在一定的特异性。     

华东地区中华蜜蜂六地理种群的遗传多样性及遗传分化

目的】利用23对微卫星标记对来自于南昌、黄山、桐庐、费县、宜兴、武夷山6个华东地区的中华蜜蜂Apis cerana cerana种群进行遗传多样性及遗传分化分析。【方法】通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F 统计量等参数, 评估各中蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】各座位的等位基因数为5（A014）至30（AP043）。所有种群均显示较高水平的期望杂合度, 其中, 武夷山中蜂最低, 为0.4280; 南昌中蜂最高, 为0.6329。各中蜂种群间存在极显著的遗传分化, 平均分化系数(Fst)为0.344。基于Nei氏遗传距离运用NJ聚类法将6个中蜂种群划分为3类。【结论】华东6个中蜂种群的遗传多样性较高, 遗传分化显著; 分析遗传分化与地理距离的关系发现, 华东6个中蜂种群间的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

云南野生小蜜蜂群体SSR遗传多样性分析

【目的】小蜜蜂Apis florea是蜜蜂属野生种类之一,在我国主要分布于西南部。对于小蜜蜂的研究我国多集中在形态方面,遗传多样性的研究较少。本文旨在阐明云南地区小蜜蜂的群体遗传特征,评价其遗传多样性。【方法】本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的13群野生小蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。【结果】在小蜜蜂群体中共检测到53个等位基因,平均等位基因数为3.7857,平均有效等位基因数2.9420,平均期望杂合度和表观杂合度分别为0.5708和0.2184,平均多态信息含量为0.5300。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对13群小蜜蜂进行亲缘关系分析,结果 13群野生小蜜蜂先分出红河(HH),再分出缅甸(MD)和普洱(PE),最后所有的西双版纳的聚在一起。【结论】说明同一地区的小蜜蜂的遗传距离相对不同地区的较近。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜(Siniperca chuatsi)原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2.7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1～6之间,平均有效等位基因数为2.1284。原种群体的平均观察杂合度0.5708,Nei氏期望杂合度0.5295,平均多态信息含量PIC0.5353;养殖群体的平均观察杂合度0.3839,Nei氏期望杂合度0.4011,平均多态信息含量PIC0.5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

罗氏沼虾转录组SSR标记筛选及其与体质量相关性分析

研究通过转录组测序对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)SSR标记进行了发掘, 获得SSR位点18592个。随机选取了63个SSR位点设计引物并利用10个个体进行多态性位点筛选, 共获得31个具有多态的SSR标记, 利用其中19个SSR标记对全同胞家系群(FS)119尾虾及孟加拉F3代野生群(MJL)199尾虾的群体遗传多样性进行分析, 并对SSR位点与体质量性状进行关联性分析。结果表明: FS群体共检测到40个等位基因, 平均等位基因数为2.1053, 平均观测杂合度0.4525, 平均期望杂合度0.3804, 平均多态信息含量0.3076, 处于中度遗传多态水平; MJL群体共检测到65个等位基因, 平均等位基因数为3.4211, 平均观测杂合度0.4105, 平均期望杂合度0.4496, 平均多态信息含量0.3882, 处于中度遗传多态水平。 19个SSR位点与FS群体体质量没有相关性(P>0.05), 而在MJL群体中, 4个SSR位点与体质量显著相关(P<0.05)。对差异显著的位点进行不同基因型体质量性状的多重比较, MR28位点277/285基因型体质量均值极显著高于277/289和285/285基因型(P<0.01), 显著高于285/289、273/289、270/273和285/293基因型(P<0.05); MR32位点266/266和266/270基因型体质量均值显著高于270/270基因型(P<0.05); MR34位点210/214基因型体质量均值显著高于210/210和214/214基因型(P<0.05); MR45位点174/190基因型体质量均值显著高于182/182和182/190基因型(P<0.05)。研究结果为罗氏沼虾分子标记辅助育种奠定了基础。     

引进美洲红点鲑群体遗传多样性微卫星的分析

为了解引进种美洲红点鲑种群遗传结构和种质资源现状,本研究利用15个微卫星标记对其养殖群体遗传多样性进行了分析。结果表明:在30个个体中,15对微卫星引物除1对扩增产物为单态外,其余14对在美洲红点鲑群体内扩增均出现了多态,14个多态性位点等位基因数目为3～7不等,共检测到等位基因数为69个,平均有效等位基因数为3.03;期望杂合度在0.540～0.809之间,平均期望杂合度为0.664;多态信息含量在0.360～0.719之间,平均多态信息含量为0.578,表明引进的美洲红点鲑遗传多样性水平较高,具有良好的选育潜力,可以作为良好的育种材料。     

尼日利亚非洲蜂和安徽意大利蜜蜂及其杂交二代形态特征与微卫星DNA遗传多样性

对来自安徽的意大利蜜蜂、尼日利亚非洲蜂与意大利蜂蜂王与非洲蜂雄蜂杂交所选育的杂交二代3个群体,利用形态学和微卫星DNA多态性相结合的方法进行研究。对安徽意大利蜜蜂、尼日利亚非洲蜂及其杂交二代形态特征进行测量结果是,吻长平均值分别为6.09、5.23 mm和5.53 mm,右前翅宽平均值分别为3.35、8.42 mm和8.65 mm,前翅面积平均值分别为15.18、13.23 mm2和13.95 mm2,前翅肘脉a平均值分别为0.59、0.49 mm和0.55 mm,第3+4背板长平均值分别为4.38、3.80mm和4.04 mm,差异极显著(P≤0.01)。右前翅长平均值分别为9.06、3.12 mm和3.22 mm,差异显著(0.010.05)。对3个群体进行多态检测,共检测到121个等位基因,平均每个位点的等位基因数为8.067,单个位点的等位基因数从3到13不等,表明3个群体都具有较丰富的遗传多样性。3个群体期望杂合度为0.5801至0.8526,平均期望杂合度为0.7591(0.0762)。所有位点的多态信息含量为0.5158至0.8363,平均多态信息含量为0.7283(0.0879)。3个群体的平均期望杂合度,意大利蜜蜂为0.6208,非洲蜂为0.5780,杂交二代为0.7451,非洲蜜蜂和安徽意蜂与其杂交二代之间差异均极显著,安徽意蜂与非洲蜜蜂之间差异不显著。3个群体都具有较高的杂合度和较丰富的多态性,其中杂交二代最高。意大利蜜蜂和尼日利亚非洲蜂平均遗传分化系数FST为0.0436,两个群体间的分化程度极显著,8个位点都极显著地贡献于这一结果。群体内的近交系数FIS较低,为0.070,15个位点显著地贡献于这一结果,表明非洲蜂与意大利蜜蜂的近交较少。非洲蜂和意大利蜜蜂遗传距离为0.725,Nm值为0.213,两个群体间表现出较远的遗传距离,而且彼此之间基因流动较少。安徽意蜂和非洲蜂群体间长期存在地理隔离,两个群体间形态指标差异显著,杂交二代群体形态指标低于安徽意蜂,但比尼日利亚非洲蜂均有不同程度的提高,在形态特征上体现了杂交优势,两群体杂交二代等位基因数、基因杂合度及多态信息含量等遗传多样性指标均有显著提高。     

薇菜SSR分子标记的开发及遗传多样性初步探讨

利用改良FIASCO法(Fast Isolation by AFLP Sequences COntaining repeats)开发出的9对多态性SSR引物评价了薇菜(Osmunda japonica Thunb.)2个野生居群(庐山和恩施)、1个栽培居群(恩施)的遗传多样性和遗传分化水平。结果显示,9个SSR标记在3个薇菜居群中共检测到47个等位基因,每个SSR位点的平均等位基因数为5.222个,观测杂合度和期望杂合度分别为0.000~0.944和0.577~0.834,香农指数为0.962~1.860,表明各SSR位点多态性较高;各居群的平均期望杂合度均大于平均观测杂合度且种内近交系数均为正值,说明3个薇菜居群中都存在非随机交配现象;对各居群的相关遗传多样性参数分析表明,恩施野生居群遗传多样性最高,而其栽培居群最低;庐山野生居群与恩施野生居群间遗传分化系数为0.092,说明两地野生薇菜居群的遗传分化程度较低,AMOVA分析也表明遗传变异主要存在于野生居群内部。     

微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性

利用30个微卫星分子标记对海南鲤(HN)、长江鲤(CY)、月亮湖鲤(YL)、黑龙江鲤(FY)、呼伦湖鲤(ZL)、贝尔湖鲤(BR)6个野生鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树。6个群体共检测到8,136个扩增片段,长度在125bp～414bp,30个基因座扩增出等位基因数从3～13个不等,共计210个等位基因,平均每个基因座扩增得到7个等位基因。结果显示:(1)6个野鲤群体的多态性指标均适中,多态信息含量依次0.44、0.52、0.53、0.57、0.63和0.64,有效等位基因数1.04～4.72个不等,平均有效等位基因数依次为2.19、2.60、2.42、2.43、2.45和2.33,无偏期望杂合度平均值为0.50、0.59、0.56、0.56、0.57和0.54;(2)遗传相似系数BR与ZL最高(0.8511),BR与HN最低(0.6688),聚类结果与地理分布呈一定相关性。     

Allozyme variation of Cyclobalanopsis championii (Fagaceae), a narrowly distributed species in southern Taiwan

Allozyme genetic variability in five natural populations of Cyclobalanopsis championii (Fagaceae) in Taiwan was investigated using 12 loci from 9 enzyme systems. The average values of parameters describing within-population variation, expected heterozygosity (He = 0.151), the percentage of polymorphic loci per individual (P = 50%), the average number of alleles per locus (A = 1.7), effective number of alleles per locus (Ae = 1.25), and the average number of alleles per polymorphic loci (AP = 2.2) are comparable to those of other long-lived woody plants. The overall fixation index (Fis = 0.208) indicates a significant deficiency of heterozygotes at the population level. Allelic frequency deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was found for different loci in different populations. An exact test for population differentiation using the Tools for Population Genetic Analyses program also indicates that allelic frequencies among populations are significantly different (P < .001). Among-population variation, Gst, accounted for 9.2% of the total heterozygosity. The population at Shouchia and the southernmost population Nanjenshan had higher inbreeding coefficients (0.177 and 0.153, respectively) than did the northern populations. Genetic drift is supported by the observations of the variance components of linkage disequilibrium and a large proportion of loci in Nanjenshan and Shouchia that show pairwise locus disequilibrium. We believe continuous genetic drift in the southern populations will increase genetic divergence among populations of C. championii in Taiwan. Significant correlation was found between elevation and expected heterozygosity. We therefore inferred that temperature is the most important ecological factor to influence the genetic diversity of C. championii.     

海南岛中华蜜蜂遗传多样性的微卫星DNA分析

为了解海南岛中华蜜蜂Apis cerana cerana的遗传多样性和遗传结构及其与大陆种群的关系, 本研究应用10个微卫星DNA标记对海南岛11个地点627个蜂群的627头工蜂样本和大陆2个地点102个蜂群的102头工蜂样本进行了分析。结果表明： 海南岛中华蜜蜂遗传多样性较高, 单个位点检测到等位基因5～17个; 各种群平均等位基因数为4.5～7.0个, 平均杂合度为0.59～0.65。海南岛中华蜜蜂在10个位点上表现出相似遗传结构, 文昌和屯昌种群在AT101位点的等位基因频率较特殊。岛内 岛外中华蜜蜂的遗传分化系数F_ST范围为0.06～0.13; 文昌、 屯昌种群分别同海南岛内其他9个种群的F_ST（0.06～0.12）大于这9个种群间的FST（0～0.05）。海南岛中华蜜蜂同邻近大陆种群发生了明显的遗传分化; 除文昌、 屯昌种群发生中等程度的分化外, 海南岛内其他种群之间遗传分化较小。本研究结果对海南岛中华蜜蜂资源的保护和合理利用具有重要的指导意义。     

湖南龙山不同海拔中华蜜蜂种群遗传多样性的微卫星DNA分析

【目的】利用11对微卫星标记对湖南龙山中华蜜蜂Apis cerana cerana种群遗传多样性进行分析,评估种群内遗传变异和种群间的遗传分化。【方法】从湖南省龙山县采集不同海拔(1 080和665 m)中华蜜蜂各30群,共60群。从每群10~20头成年工蜂中随机挑选1头提取DNA作为模板,利用11对微卫星引物进行PCR。基于PCR扩增产物,通过Microsatellite-Toolkit软件计算高海拔种群(G)和低海拔种群(D)各基因位点的优势等位基因频率(Pi)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)。根据FSTAT程序计算种群内近交系数(Fis)。用SPSS 25.0软件分析两个种群(G和D)间Pi, He, PIC和Fis的差异显著性。【结果】湖南省龙山县中华蜜蜂高海拔种群(G)和低海拔种群(D)的Pi分析表明,两个种群均具有较高的遗传多样性;高海拔种群的He, PIC和Fis平均值分别为0.593, 0.556和0.121,均略低于低海拔种群的0.631, 0.587和0.187。两个种群间Pi, He, PIC和Fis无显著性差异(P_Pi=0.721＞0.05,P_He=0.759＞0.05, P_PIC=0.802＞0.05, P_Fis=0.767＞0.05)。【结论】位于武陵山区龙山县地域高海拔与低海拔中华蜜蜂种群具有较高遗传多样性,但遗传分化程度不高,提示海拔因素可能不直接影响中华蜜蜂种群遗传多样性。     

用微卫星标记分析皱纹盘鲍群体的遗传变异

利用微卫星标记技术, 对皱纹盘鲍山东长岛和辽宁獐子岛的两个野生群体以及山东崆峒岛一个养殖群体的遗传变异进行了分析。对6个微卫星基因座的多态性进行了评估, 各基因座的多态信息含量(PIC)值均大于0.5, 适合对鲍群体遗传结构的分析。结果表明, 这6个基因座在3个皱纹盘鲍群体中共获得57个等位基因, 等位基因数(A)平均为9.50, 有效等位基因数(N_e)平均为5.8572, 平均杂合度观测值(H_o)和期望值(^H_e)分别为0.6925和0.7966; 两个野生群体的杂合度观测值(H_o)和期望值(H_e)均高于养殖群体。上述结果为保护和利用皱纹盘鲍的遗传多样性提供了依据。     

青鱼野生与养殖群体遗传变异的微卫星分析

研究利用自主开发的12个微卫星标记, 对来自于长江水系4个野生群体(湖北石首、湖南湘江、江苏邗江、浙江嘉兴)和1个养殖群体(江苏吴江)青鱼(Mylopharyngodon piceus)进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性分析结果显示这12个位点多态信息含量(PIC)介于0.660—0.923, 表明这12个位点均具有高度多态性(PIC>0.5)。5个群体的平均等位基因数(N_a)介于7.917—11.667, 平均有效等位基因数(N_e)介于4.837—6.035; 平均观测杂合度介于0.713—0.861; 平均期望杂合度介于0.749—0.819; 平均多态信息含量介于0.711—0.788, 表明这5个群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离分析结果表明4个野生群体之间遗传距离较近, 养殖群体与这4个野生群体遗传距离均较远。UPGMA系统进化树显示, 湘江群体和石首群体首先聚为一支, 然后与邗江群体和嘉兴群体聚为一支, 最后与吴江养殖群体聚为一支。这12个微卫星位点具有较为丰富的遗传多样性特征, 可以用于青鱼不同群体的种质资源的评估和遗传多样性的分析。     

微卫星标记分析罗非鱼群体的遗传潜力

利用25个微卫星标记,对奥利亚罗非鱼2个群体["夏奥1号"(ZA)、广西群体(GA)]和尼罗罗非鱼4个群体[埃及品系(ZN)、88品系(XN)、广西群体(GN)、美国品系(MN)]进行检测。共检测到7 775个扩增片段,长度在100~400 bp;等位基因数3~8个不等,共计143个等位基因;平均每个基因座扩增得到5.72个等位基因。各群体平均观测杂合度(H o)在0.7253~0.8160之间,平均期望杂合度(He)在0.5146~0.6834之间,平均多态信息含量(PIC)在0.4212~0.6105之间,平均有效等位基因数(A e)在2.20~3.23之间。ZA与GA遗传相似系数最高(0.9130),ZA与ZN遗传相似系数最低(0.4352)。总的说来,4个尼罗罗非鱼群体的遗传潜力较高,2个奥利亚罗非鱼群体的遗传潜力适中。