我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用20个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：20个微卫星标记在11个地方鸡品种保种群共检测到176个等位基因,平均为8.8个,基因频率分布在0.013～0.838之间。检测到等位基因中,有45个等位基因为11个地方鸡品种所共有;11个地方鸡品种平均杂合度在0.6800～0.7432之间。其中藏鸡最高,为0.7432;狼山鸡最低,为0.6800;平均多态信息含量在0.6329～0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;11 个鸡品种聚为4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类,河南斗鸡单独聚为一类;通过利用20个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案,并分析世代间的差异,预期可以达到监测保种效果的目的。     

利用微卫星技术分析中国部分地方鸡种的遗传结构

利用7个微卫星标记对鹿苑鸡、固始鸡、藏鸡、白耳鸡、仙居鸡、茶花鸡、大骨鸡、北京油鸡、狼山鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡和萧山鸡等12个中国地方鸡种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。研究结果表明,12个地方鸡种在7个微卫星座位上的基因频率存在一定的差异;鹿苑鸡的平均基因杂合度最高,为0．5929;茶花鸡的平均遗传杂合度最低,为0．3514。平均多态信息含量也出现了类似的结果,说明鹿苑鸡的遗传多样性最丰富。模糊聚类分析结果表明,12个地方鸡种间,泰和乌骨鸡与河南斗鸡的亲缘关系相对较近,而固始鸡与其他11个地方鸡种的亲缘关系相对较远。12个地方鸡种可以聚为3类：泰和乌骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡聚为第1个类群;茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为第2类群;固始鸡为第3类群。     

利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性

微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记,可有效地进行基因鉴定与系谱分析,并可估算群体间的遗传距离。通过选用5个微卫星标记,检测了山东省5个地方鸡种：日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA遗传距离,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明：共检测到40个等位基因,其中等位基因数最多的位点为。ADL0136(10个);等位基因数最低的位点为ADL0146(5个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。在7个品种中,杂合度最低的为寿光鸡,杂合度值为0．3327,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种,未与其他鸡种杂交,因此杂合度最小;其他鸡种杂合度也都低于0．4,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种,个体间遗传关系也不远;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引人嘉明公司后,群体近交现象普遍,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见,通过对杂合度的计算,微卫星可以较好地反应群体内的变异。各品种PIC值的变动范围从0．6196(寿光鸡)到0．7027(莱芜黑鸡),PIC值的大小与杂合度的高低体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果7个鸡种被聚为3类：山东的4个地方鸡种寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡与济宁百日鸡聚为一类;安卡黄鸡和广西黄鸡聚在一起;鲁西斗鸡独自为一类。这与几个鸡种的分化与选育历史是一致的,因此聚类图能够比较正确地反映7个品种之间的亲缘关系。     

应用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传变异

利用 8个微卫星位点对中国 9个地方鸡种和 1个引进品种进行了遗传检测。计算出了各品种的平均杂合度、平均多态信息含量 (PIC)及品种间的遗传距离 ,并进行了系统聚类。结果表明 :8个微卫星位点上共检测到了5 4个等位基因 ,每个位点上平均为 6 .75个。各位点平均多态信息含量为 0 .5 0 71～ 0 .74 34,均表现出了高度多态性。各群体平均杂合度较高 ,为 0 .5 5 6 4～ 0 .7135 ,说明我国地方鸡种有着较丰富的遗传多样性。地方鸡种间的遗传距离相对较远 ,10个鸡种共分为三大类。研究结果对我国鸡种资源的评估、保存和预测杂种优势具有一定的指导意义     

利用微卫星标记研究鸭品种的遗传多样性

利用32个微卫星标记研究了5个福建省地方鸭品种（金定鸭、连城白鸭、莆田黑鸭、山麻鸭和番鸭）和2个对照品种（北京鸭和卡基康贝尔鸭）的遗传多样性和种质特性.结果表明：32个微卫星标记在7个鸭品种中检测到371个等位基因,平均每个基因座有11.719个等位基因,平均多态信息含量为0.522,有效等位基因数在5.141～6961,基因杂合度变化范围在0.512～0.700,杂合度较高;基于Nei氏标准遗传距离(D_S)和D_A遗传距离,采用UPGMA方法构建了系统发生树,将金定鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、山麻鸭和卡基康贝尔鸭聚为一类,而北京鸭和番鸭各自聚为一类.所得聚类图与种群的真实关系较为符合.     

采用6个微卫星位点研究6个绵羊品种遗传多样性

利用6个微卫星座位对中国乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、昭通绵羊、呼伦贝尔羊和甘肃高山细毛羊6个绵羊品种,共计280个个体进行遗传多样性分析。计算了6个绵羊品种间的多态信息含量、杂合度和遗传距离,并进行了主成分分析和UPGMA聚类。发现了101个等位基因,平均杂合度0.599-0.691,平均多态信息含量0.609-0.680;甘肃高山细毛羊与其他绵羊品种遗传分歧最大,而呼伦贝尔羊与乌珠穆沁羊间的分歧最小。结果表明6个绵羊品种均具有较高的遗传多样性,品种间的遗传关系与其形成历史、分化及地理分布基本一致。     

雪峰乌骨鸡自然群体遗传多样性的微卫星分析

雪峰乌骨鸡是具有独特遗传特性的优质肉药兼用地方家禽品种.为了评价雪峰乌骨鸡现有品种资源的遗传背景、群体遗传结构等,提出合理的保种方法和措施,本研究筛选了家鸡基因组23条染色体上的23个微卫星标记,对采自湖南怀化的50只纯种乌骨鸡个体进行了多态性检测.结果表明:23个微卫星座位共检测到79个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2-6个之间,平均为3.435个.群体表现出较高的平均杂合度和平均多态信息含量,分别为0.6285和0.5496,说明雪峰乌骨鸡自然群体具有较丰富的遗传多样性.研究结果将为雪峰乌骨鸡种的保护和利用提供重要的理论依据.     

中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

利用微卫星标记分析我国13个地方灰羽鹅品种的遗传多样性

我国地方鹅品种具有很多优良性状,但长期以来由于没有形成科学的选育制度和培育方法,品种的遗传多样性没有得到完整保存。为了深入了解我国地方鹅品种的遗传结构,使之得到更好的保护和利用,作者选用31个多态性较高的微卫星标记(其中19个是首次用磁珠富集法从AFLP片段中分离),检测了我国13个地方灰羽鹅(An-sercygnnoides)品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(DA)。结果表明:13个地方灰羽鹅品种中,平均多态信息含量为0.323–0.398,平均杂合度为0.4985–0.6727,各品种的杂合度都较高,最高的是狮头鹅(0.6727),最低的是雁鹅(0.4985)。用UPGMA法进行聚类分析的结果显示,13个品种被聚为4类:丰城灰鹅、武冈铜鹅、兴国灰鹅、狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马冈鹅、钢鹅、雁鹅聚为第1类;伊犁鹅自聚为第2类;长乐鹅、右江鹅聚为第3类;永康灰鹅自聚为第4类。本研究为鹅遗传育种提供了参考资料。     

Analysis of 22 heterologous microsatellite markers for genetic variability in Indian goats

The genetic variability of 22 heterologous microsatellite markers was analyzed in two Indian goat breeds, namely Bengal and Chegu. The heterozygosity, polymorphism information content (PIC), and probability of identity of two individuals were calculated for all microsatellite loci in both the breeds. The observed number of alleles varied between 4 and 13 at the studied microsatellite loci. The evaluated microsatellite loci exhibited high mean heterozygosity of 0.69 +/- 0.11 and 0.66 +/- 0.07 in Bengal and Chegu goats, respectively. The mean PIC values of the studied loci in these breeds were 0.79 +/- 0.08 and 0.78 +/- 0.05, respectively. The probability of identity of two random individuals from different breeds, taking into account, all the 22 microsatellite loci was as low as 5.523 x 10(-40). On the basis of these results, we propose that these microsatellite markers may be used with reliability for studying genetic diversity and for identification of individuals in Indian goat breeds.     

Genetic Diversity Among Turkish Native Chickens, Denizli and Gerze, Estimated by Microsatellite Markers

The genetic diversity of the Turkish native chicken breeds Denizli and Gerze was evaluated with 10 microsatellite markers. We genotyped a total of 125 individuals from five subpopulations. Among loci, the mean number of alleles was 7.5, expected heterozygosity (H (e)) was 0.665, PIC value was 0.610, and Wright's fixation index was 0.301. H (e) was higher in the Denizli breed (0.656) than in the Gerze breed (0.475). The PIC values were 0.599 and 0.426 for Denizli and Gerze, respectively. A phylogenetic tree was constructed using genetic distance and the neighbor-joining method. Its topology reflects the general pattern of genetic differentiation among the Denizli and Gerze breeds. The present study suggests that Denizli and Gerze subpopulations have a rich genetic diversity. The information about Denizli and Gerze breeds estimated by microsatellite analysis may also be useful as an initial guide in defining objectives for designing future investigations of genetic variation and developing conservation strategies.     

Microsatellite characterization of Cimarron Uruguayo dogs

Various genetic markers, including microsatellites, have been used to analyze the genetic polymorphism and heterozygosity in canine breeds. In this work, we used nine microsatellite markers to investigate the genetic variability in Cimarron Uruguayo dogs, the only officially recognized native canine breed in Uruguay. DNA from 30 Cimarron Uruguayo dogs from northeastern and southern Uruguay was analyzed. The allelic frequencies for each microsatellite, the genetic variability and the consanguinity were calculated, as were the polymorphic information content (PIC) and the probability of exclusion (PE). All of the microsatellites studied were polymorphic. FH 2361, FH 2305 and PEZ 03 were the most informative, with PIC values > 0.7, in agreement with results for other canine breeds. The PE values for the markers were within the ranges previously described and were generally greater for microsatellites with higher PIC values. The heterozygosity value (0.649) was considered high since only nine microsatellites were analyzed. Compared with data for other breeds, the results obtained here indicate that Cimarron Uruguayo dogs have high genetic diversity.     

利用微卫星标记分析不同鹅种的遗传变异

应用微卫星标记技术以6个品种鹅(东北白鹅、籽鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅)为实验材料分析不同品种鹅的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离D_S, 结果表明: 7个微卫星位在6种鹅群体中均表现为高度多态性, 可作为有效的遗传标记来分析各鹅群体的遗传多样性和系统发生关系。实验各群体的杂合度均较高, 平均杂合度在0.6617(莱茵鹅)~0.8814(籽鹅)之间。各品种的PIC值变动大小在0.6145(莱茵鹅)~0.7846(籽鹅)这与杂合度的高低一致。依据D_S遗传聚类进行UPGMA聚类分析结果6个品种被分为2类: 国内地方品种东北白鹅、籽鹅、豁眼鹅及皖西白鹅为一类; 外来鹅种莱茵鹅与朗德鹅为一类。表明微卫星标记可准确地反映6个品种的亲缘关系及其所在地域分布上的差异, 适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究, 是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。