我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用20个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：20个微卫星标记在11个地方鸡品种保种群共检测到176个等位基因,平均为8.8个,基因频率分布在0.013～0.838之间。检测到等位基因中,有45个等位基因为11个地方鸡品种所共有;11个地方鸡品种平均杂合度在0.6800～0.7432之间。其中藏鸡最高,为0.7432;狼山鸡最低,为0.6800;平均多态信息含量在0.6329～0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;11 个鸡品种聚为4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类,河南斗鸡单独聚为一类;通过利用20个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案,并分析世代间的差异,预期可以达到监测保种效果的目的。     

五个家系吉富罗非鱼的遗传多样性分析

吉富罗非鱼是用家系选育方法获得的优良品系.该方法可避免近亲交配引起的衰退.从罗非鱼的第二代遗传图谱上选取10个微卫星标记,对吉富罗非鱼5个家系共121尾鱼进行遗传多样性分析.结果表明:各位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为4;有效等位基因数1.3920～3.6689,平均有效等位基因数为2.4733;平均杂合度观测值0.5984,平均杂合度期望值0.5642.5个家系的多态信息含量从小到大以依次为22家系、25家系、59家系、49家系、31家系,均为中度多态性.家系间基因分化系数(GST)为0.1676,各家系之间存在一定遗传分化.根据遗传距离采用UPGMA法对5个家系进行聚类,49家系和59家系遗传距离最小聚为一类, 它们与31家系遗传距离最远.对10个微卫星位点的基因型进行分析,结果发现在GM578位点,22家系呈其他几个家系没有的BB基因型,有望成为22家系的标记.     

中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

利用微卫星标记研究鸭品种的遗传多样性

利用32个微卫星标记研究了5个福建省地方鸭品种（金定鸭、连城白鸭、莆田黑鸭、山麻鸭和番鸭）和2个对照品种（北京鸭和卡基康贝尔鸭）的遗传多样性和种质特性.结果表明：32个微卫星标记在7个鸭品种中检测到371个等位基因,平均每个基因座有11.719个等位基因,平均多态信息含量为0.522,有效等位基因数在5.141～6961,基因杂合度变化范围在0.512～0.700,杂合度较高;基于Nei氏标准遗传距离(D_S)和D_A遗传距离,采用UPGMA方法构建了系统发生树,将金定鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、山麻鸭和卡基康贝尔鸭聚为一类,而北京鸭和番鸭各自聚为一类.所得聚类图与种群的真实关系较为符合.     

应用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传变异

利用 8个微卫星位点对中国 9个地方鸡种和 1个引进品种进行了遗传检测。计算出了各品种的平均杂合度、平均多态信息含量 (PIC)及品种间的遗传距离 ,并进行了系统聚类。结果表明 :8个微卫星位点上共检测到了5 4个等位基因 ,每个位点上平均为 6 .75个。各位点平均多态信息含量为 0 .5 0 71～ 0 .74 34,均表现出了高度多态性。各群体平均杂合度较高 ,为 0 .5 5 6 4～ 0 .7135 ,说明我国地方鸡种有着较丰富的遗传多样性。地方鸡种间的遗传距离相对较远 ,10个鸡种共分为三大类。研究结果对我国鸡种资源的评估、保存和预测杂种优势具有一定的指导意义     

中国7个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率、平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（N_e）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne 在2.1288-13.3924之间;以等位基因频率为基础,得出位点的平均杂合度在0.0629-0.5903之间,品种平均杂合度在0.3633-0.4489之间。26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间。聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊、黑藏羊聚为一类;湖羊和晋中羊聚为一类。各绵羊品种的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种：峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和群体间的DA遗传距离。结果表明：30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629~0.681,最高的是泸宁鸡（0.681）,最低的是旧院黑鸡（0.629）。据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类：Ⅰ类：峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类。米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类：石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类。兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类：凉山崖鹰鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

利用微卫星标记分析不同鹅种的遗传变异

应用微卫星标记技术以6个品种鹅(东北白鹅、籽鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅)为实验材料分析不同品种鹅的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离D_S, 结果表明: 7个微卫星位在6种鹅群体中均表现为高度多态性, 可作为有效的遗传标记来分析各鹅群体的遗传多样性和系统发生关系。实验各群体的杂合度均较高, 平均杂合度在0.6617(莱茵鹅)~0.8814(籽鹅)之间。各品种的PIC值变动大小在0.6145(莱茵鹅)~0.7846(籽鹅)这与杂合度的高低一致。依据D_S遗传聚类进行UPGMA聚类分析结果6个品种被分为2类: 国内地方品种东北白鹅、籽鹅、豁眼鹅及皖西白鹅为一类; 外来鹅种莱茵鹅与朗德鹅为一类。表明微卫星标记可准确地反映6个品种的亲缘关系及其所在地域分布上的差异, 适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究, 是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。     

应用微卫星多态分析青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalski (Kessler)）六个野生群体的遗传多样性

青海湖裸鲤是青海湖唯一的经济鱼类,由于湖区生态环境的恶化,使得该鱼种群数量越来越稀少.2004年中国环境发展国际合作委员会在<中国物种红色名录>中,将其列为濒危物种.研究利用生物素-磁珠富集法获得10个具有多态的微卫星分子标记,检测6个野生裸鲤群体:布哈河群体、沙柳河群体、哈尔盖河群体、泉吉河群体、黑马河群体、淡水系群体的遗传多样性.结果表明:每个座位上的等位基因数为2～8个, 大小在161～486bp之间.有效等位基因数在1.00～5.45个, 平均多态信息含量分别为0.3642、0.4044、0.3830、0.4047、0.3869和0.3940, 无偏观测杂合度的平均值在0.4145～0.5105之间, 说明这几个群体属于中度多态, 遗传多样性水平较高.根据群体间的遗传距离和遗传相似系数发现,布哈河群体与淡水系群体之间的遗传距离最大(DA=0.1607),哈尔盖河群体与泉吉河群体之间的遗传距离最小(DA=0.0125).由UPGMA聚类图可知:哈尔盖河和泉吉河两个群体聚为一个分支,布哈河、沙流河、黑马河和淡水系4个群体聚为另一个分支.     

西藏牦牛微卫星DNA的遗传多样性

为了解西藏牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,文章选用8对微卫星标记引物,利用PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率(P)、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和遗传距离(D),对西藏11个牦牛类群共480个个体进行了遗传多样性和系统进化分析。结果表明:(1)8个微卫星标记在西藏牦牛类群中均表现出多态性,且均属高度多态位点,遗传多样性丰富;(2)8个微卫星标记的平均多态信息含量在西藏牦牛类群中均高于0.5,其中HEL13最高为0.8496,TGLA57最低为0.7349;在11个牦牛类群中,桑日牦牛的平均多态信息含量最高(0.7949),该群体内部存在较多的遗传变异;丁青牦牛最低(0.7505),则群体相对较纯;(3)在11个牦牛类群中,其杂合度大小分别为:桑日(0.8193)>江达(0.8190)>桑桑(0.8157)>巴青(0.8150)>康布(0.8123)>嘉黎(0.8087)>工布江达(0.8054)>斯布(0.8041)>类乌齐(0.8033)>帕里(0.8031)>丁青(0.7831),西藏东部牦牛的遗传多样性较西部的遗传多样性大,预示西藏东部可能是牦牛的发源地之一;(4)根据遗传距离,用UPGMA法构建聚类关系,表明西藏11个牦牛类群可以分为三大类,即嘉黎牦牛、帕里牦牛、桑桑牦牛、巴青牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛聚为一类,斯布牦牛、工布江达牦牛、桑日额牛、江达牦牛聚为一类,丁青牦牛单独成为一类。综上所述,西藏牦牛的遗传多样性较丰富,所选微卫星标记可用于西藏牦牛遗传多样性的评估。