鲤鱼鸟氨酸脱羧酶基因的序列特征和表达

鸟氨酸脱羧酶(Ornithine decarboxylase,ODC)活性能够影响机体的多种生物学过程,包括细胞生长、分化、转化和凋亡等[1].在人类疾病研究中,ODC被作为癌症等疾病治疗的一个靶位点[2].在养殖业中,ODC是生长密切相关的候选基因,研究报道鸡鸟氨酸脱羧酶基因位于生长QTL区内,该基因启动子上的多态性与生长和躯体框架特征显著相关[3].鸟氨酸脱羧酶活性在生长旺盛的组织要明显高于生长缓慢的细胞和组织,常被作为细胞增殖的指标[4].     

翘嘴红鲌苏州和宜兴养殖种群的遗传多样性分析

目的:对翘嘴红鲌养殖种群遗传多样性进行分析,以科学地评价它们的种群遗传结构。方法:采用RAPD技术,对翘嘴红鲌苏州和宜兴养殖种群的遗传多样性进行分析。结果:苏州养殖种群的多态位点比例为25%,种群平均杂合度为0.1654,Shannon多样性指数为0.671;宜兴群体的多态位点比例为22.4%,群体平均杂合度为0.1446,Shannon多样性指数为0.0594。苏州群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9378,遗传距离为0.0622;宜兴群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9444,遗传距离为0.0556;两群体之间的遗传距离为0.0146。结论:两种群具有较低的遗传多样性。     

建鲤ODC1基因型与增重的相关性分析

构建了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)鸟氨酸脱羧酶(Ornithine decarboxylase,ODC)jlODC1a基因上6个和jlODC1b基因上4个SNP位点的PCR-RFLP方法,检测了这10个位点在12个家系约900尾建鲤选育群体中的基因型,各位点的基因型频率存在差异,最小等位基因频率(MAF)为0.14—0.48。各位点不同基因型与增重相关分析结果,其中7个SNPs与建鲤增重显性相关的位点,ODC1s基因上与雌鱼增重相关的SNP位点(7个)较雄鱼(4个)多。标记富集结果表明富集与建鲤增重相关的优势基因型的SNP个数越多的个体增重速度越快SNP个数越多的个体增重速度越快,富集4个的平均增重显著快于富集0—3的个体增重,且比0标记的快约14%,这反映出生长为数量性状。进一步对所检测位点进行双倍型分析,结果显示具有四个优势基因型且全部杂合优势基因型的4567(XXXXXXACCTCTCT)组的增重最快,比0优势基因型的增重快达26.6%,可以考虑用于今后的快增长建鲤的选育计划中。此外,双倍型分析结果还表明,不同位点之间可能存在或颉抗或协同的互作,如1和4之间存在拮抗关系,因此在今后的选育计划中,在考虑标记富集的情况下还应考虑标记之间的关系。宜在选择互为协同作用优势基因型的前提下,富集尽可能多的SNP标记。     

吉富罗非鱼IGF2基因分离及其单核苷酸多态性与体型、增重相关性

胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor2,IGF2)是控制动物生长和脂肪沉积的重要基因之一。本文采用PCR方法分离了吉富罗非鱼(GIFT strain Nile tilapia Oreochromis niloticus)IGF2基因5475bp,包含由4个外显子组成的整个阅读框669bp以及3个内含子。通过比对吉富罗非鱼10个个体IGF2序列,共发现11处单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,本文检测了内含子1的621nt(C/T)和外显子3的161nt(A/G)两位点在192尾吉富罗非鱼中的基因型分布,并分析不同基因型与体型、增重的相关性。使用四引物扩增受阻体系PCR检测内含子1的621nt基因型,结果显示,CC、CT、TT基因型频率在雄鱼中分别为0.32、0.32、0.36,在雌鱼中分别为0.38、0.38、0.24;与体型、增重的相关性分析表明,此位点不同基因型只与雄鱼体型(体高/体长)显著相关(P0.05),CC型个体显著高于CT和TT型个体。外显子3的A/G转换导致了MSPⅠ酶切位点改变,使用PCR-RFLP法检测该位点基因型,结果显示整个群体中不存在AA基因型,在雄鱼中,GG、AG基因型频率分别为0.71、0.29,而雌鱼中则为0.75和0.25;与体型、增重的相关性分析表明,此位点不同基因型只与雄鱼增重极显著相关(P0.01),GG型的雄鱼明显较AG型增重快。     

氯吡格雷联合阿司匹林对冠心病心绞痛患者血清hs-CRP, TNF-alpha 及IL-6 水平的影响

目的：探讨氯吡格雷与阿司匹林对冠心病心绞痛患者血清炎症因子水平的影响及其临床疗效。方法：选择2014 年3月-2016 年3 月在我院确诊为冠心病心绞痛患者69 例作为研究对象，根据治疗方法不同，将患者随机分成研究组（39 例）和对照组（30 例）。对照组患者采用阿司匹林治疗，研究组患者在此基础上联合使用氯吡格雷治疗。观察并比较两组患者治疗前后血清高敏C- 反应蛋白(high-sensitivity C-reactive protein, hs-CRP)、肿瘤坏死因子-alpha（tumor necrosis factor-alpha, TNF-alpha）及白细胞介素-6 (interleukin-6, IL-6)水平的变化情况，以及临床疗效。结果：治疗前两组患者血清hs-CRP，IL-6 及TNF-alpha水平比较，差异无统计学 意义（P>0.05）；治疗后两组患者血清hs-CRP，IL-6 及TNF-alpha水平均低于治疗前，且研究组低于对照组，差异具有统计学意义（P<0. 05）。研究组患者临床总有效率（94.7%）高于对照组（88.9%），差异具有统计学意义（P<0.05）。结论：氯吡格雷联合阿司匹林治疗冠 心病心绞痛的临床效果显著，能够降低患者血清hs-CRP，IL-6 及TNF-alpha炎症因子水平，值得临床推广应用。     

奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼rDNA内转录间隔区序列特征

核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列.本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分185序列,ITS1、5.8S、ITS2全序列及部分28S序列.4尾奥利亚罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其存在长度不同的a、b两种类型ITS1.a型长为536 bp,GC含量为69.96%;b型长为520 bp,GC含量为69.04%～69.42%.4尾尼罗罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其只存在a型ITS1,长为536～540 bp,GC含量为69.42%～70.19%.与b型ITS1相比,a型ITS1在16～31 nt有16 bp片段(GGCCCGCCTCGGCGC)的插入.奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼共20条ITS序列中,5.8S长度均为157 bp,GC含量为56.69%～57.96%;ITS2为408 bp,GC含量为72.79%～74.26%.奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼ITS区序列相似性高达98.2%,表明这两种罗非鱼亲缘关系很近.此外,本文对14尾奥利亚罗非鱼、15尾尼罗罗非鱼以及15尾奥尼罗非鱼[O.aureus(♂)×O.niloticus(♀)]ITS1的扩增结果显示,奥利亚罗非鱼均有a、b两种类型ITS1;15尾尼罗罗非鱼中1尾为a、b两类型ITS1,14尾为a型ITS1;15尾奥尼罗非鱼中则有6尾具有a、b两类型ITS1,9尾为单一的a型ITS1.分析表明,奥利亚罗非鱼在ITS1这个位点一致性高,但尼罗罗非鱼中有1尾混杂了奥利亚罗非鱼的基因,同时也说明分子生物学手段应用于种质鉴定比形态学手段更为精确.     

罗非鱼胰蛋白酶ⅠmRNA克隆与分析

应用3′/5-′RACE方法对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和奥利亚(Oreochromis aureus)罗非鱼胰蛋白酶ⅠmR-NA进行了克隆和测序,序列分析表明,尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼胰蛋白酶ⅠmRNA序列全长分别为863bp和858bp,序列中均含有738个核苷酸组成的开放阅读框,编码长度为245个氨基酸残基的胰蛋白酶Ⅰ。胰蛋白酶Ⅰ氨基末端均存在信号肽和激活肽序列,序列中均具有与催化活性必须的高度保守的催化三联体氨基酸残基(His、Asp、Ser)和构成二硫键的12个半胱氨酸残基,以及决定底物特异性的保守性氨基酸残基即天冬氨酸残基和S1结合袋。南极鱼(Patanotothenia magellanica)、大西洋鲑(Salmo salar)、日本鲽(Paralichthys olivaceus)、大西洋鳕(Gadusmorhua)、牛和人类胰蛋白酶mRNA序列以及氨基酸序列与奥利亚罗非鱼相比较同源性分别为58.3%—72.5%和63.3%—76.1%,与尼罗罗非鱼相比较同源性分别为59.1%—73.1%和63.6%—75.6%。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼胰蛋白酶mRNA序列以及氨基酸序列同源性分别为96.2%和99.2%。     

促进原核表达蛋白可溶性的研究进展

以大肠杆菌为代表的原核表达蛋白系统具有操作简单、周期短、成本低、表达量高等优点而成为获得外源表达蛋白的首选方案。但外源蛋白在原核宿主中往往以无生物活性的包涵体形式存在,这限制了原核表达系统的广泛应用。随着对蛋白折叠动力学、参与蛋白折叠的酶和分子伴侣等认识的不断深入,科学家们通过诱导条件优化、宿主细胞改造以及使用融合标签等手段,在促进原核表达蛋白可溶性方面取得了较大的进展。就这些研究进展进行综述,旨在为设计和获得原核可溶表达蛋白的实验方案提供参考。     

鲤sPLA_2-Ⅲ基因结构、系统发育和表达特征

磷脂酶A_2在磷脂代谢、炎症反应、细胞增殖和动脉粥样硬化等生理病理过程中发挥作用。为了探究sPLA_2-Ⅲ在鲤(Cyprinus carpioLinnaeus)中的生物学功能,实验使用BLAST同源搜索和线性分析在鲤(Cyprinus carpio)基因组中挖掘得到5个sPLA_2-Ⅲ基因,分别位于5个连锁群,分别命名为Ccpla2g3a1、Ccpla2g3a2、Ccpla2g3b、Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2。基因结构和序列分析显示Ccpla2g3as含有7个外显子,Ccpla2g3b和Ccpla2g3cs则均含有4个外显子,分别编码530、525、461、752和753个氨基酸,均含有PLA_2_bee_venom_like region和sPLA_2-Ⅲ特征序列。线性分析显示, Ccpla2g3a1和Ccpla2g3a2, Ccpla2g3c1和Ccpla2g3c2来自鲤特异的染色体加倍事件。从2R (Two rounds of genome duplication)鱼雀鳝(Lepisosteus oculatus)到3R(Fish-specific genome duplication, FSGD)鱼斑马鱼(Danio rerio)等,雀鳝的pla2g3a(b)加倍为3R鱼的pla2g3a和pla2g3b, pla2g3c因在3R鱼的一个连锁群上丢失,故3R鱼中只保留一个基因。同源性分析表明已有鱼类Pla2g3a、Pla2g3b和Pla2g3c垂直同源蛋白之间相似性分别为48.8%—93.2%、37.6%—74.3%和49.6%—97.6%,鲤和斑马鱼的垂直同源基因之间相似性最高。系统发育结果显示,鱼类及其祖先雀鳝的Pla2g3c以100%的置信值归在一支,雀鳝Pla2g3a(b)与除了鲤科鱼类(鲤和斑马鱼) Pla2g3b外的Pla2g3a和Pla2g3b以96%置信值在一支,鲤和斑马鱼Pla2g3b单独形成一支表明在进化过程中该基因变异较大。荧光定量PCR结果表明Ccpla2g3as在整个鲤早期发育阶段表达量均较低,在成鱼肝脏中表达量最高(P0.01);Ccpla2g3b在鲤受精后0.5h的表达量显著高于之后各取样点(P0.05),在成鱼卵巢中表达量最高(P0.01);Ccpla2g3cs在120h表达量达到最高,在成鱼脑中表达量最高(P0.01)。实验比较全面地揭示了鲤sPLA_2-Ⅲ亚家族基因结构、系统发育和表达特征。     

建鲤两种Δ6脂肪酸去饱和酶基因克隆与表达

利用逆转录PCR和RACE技术获得建鲤2种Δ6脂肪酸去饱和酶（FADs6-a,FADs6-b）的全长cDNA序列. FADs6-a基因的cDNA总长为1 966 bp,开放阅读框为1 335 bp,编码444个氨基酸;FADs6-b基因的cDNA总长为1 931 bp,开放阅读框为1 335 bp,编码444个氨基酸.FADs6-a和FADs6-b基因都包括N端细胞色素b5结构域、3个富含组氨酸的结构域和2个推测的跨膜区,具有典型的Δ6脂肪酸去饱和酶结构特点.氨基酸同源性分析显示,建鲤FADs6-a和FADs6-b与斑马鱼的相似性较高,而与海水鱼类的相似性较低,与人类FADs6的相似性高于与FADs5的相似性.通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测该基因在建鲤幼鱼不同组织中的表达量, 发现2种Δ6 脂肪酸去饱和酶基因在建鲤肝脏的表达量最高,其次是肠、脑、肌肉、心和肾,而前肠高于后肠,FADs6-a的表达量高于FADs6-b.得到的结论是,建鲤具有2种类型的合成高度不饱和脂肪酸(HUFA)的关键酶-Δ6脂肪酸去饱和酶,在肝脏和肠道中的含量较多,且FADs6-a和FADs6-b在结构和组织的表达方面都存在差异,这为进一步研究建鲤HUFA的合成途径及调控机理奠定了基础.