大肠杆菌ubiA基因的克隆及序列测定

以E.coli JM83染色体DNA为模板PCR扩增ubiA的结构基因,将PCR产物克隆于pUCm-T Vector,对PCR产物进行测序鉴定。与已发表的大肠杆菌ubiA基因序列比较,同源性达99％。     

基因局部改组技术在ubiA基因突变中的应用

辅酶Q(coenzyme Q,CoQ)作为线粒体呼吸链中的递氢体具有较高的学术及应用价值.由ubiA基因编码的4-羟苯甲酸聚异戊二烯转移酶(UbiA)是大肠杆菌CoQ生物合成途径的限速步骤,但通过系统突变对其结构进行研究鲜有报道.[目的]应用化学合成的随机序列寡核苷酸,对ubiA基因编码活性区域的DNA序列进行随机突变...     

基因改造Rhodobacter sphaeroides提高

[目的]通过敲除类球红细菌2.4.1基因组中八氢番茄素合成酶基因crtB,让异戊二烯前体更多流向辅酶Q10的合成.引入大肠杆菌编码的分支酸裂解酶基因ubiC和4-羟苯甲酸转移酶基因ubiA,提高4-羟苯甲酸的合成和与聚异戊二烯的连接,从而提高类球红细菌的辅酶Q10产量.[方法]以自杀型质粒pSUP202为载体,构建包含crtB基因上游2.5 kb片段,壮观霉素抗性基因,ubiC、ubiA基因和crtB基因下游2.5 kb片段的基因置换质粒,利用结合转移方法转入类球红细菌2.4.1中,利用抗性机制筛选双交换突变株,RT-PCR方法检测引入的ubiC和ubiA基因转录.用HPLC方法测定出发菌株和基因改造菌株的辅酶Q10产量.[结果]成功构建出基因置换质粒,筛选出发生基因置换的突变株,RT-PCR证实了外源基因的转录,并且突变株辅酶Q10的产量比出发菌株提高40％.[结论]大肠杆菌的ubiC和ubiA基因能够利用自身启动子在类球红细菌中表达,利用基因改造的方法能成功提高类球红细菌的辅酶Q10产量.     

DNA片段的高效克隆

用Taq酶进行PCR扩增时,其PCR产物的3末端有一个附加的A碱基。因此,目前在克隆PCR产物时一般使用T－VCctor。但T—Vector的价格比较昂贵,而使用本试剂盒也可在短时间内使PCR产物与平滑末端载体进行高效连接。PCR产物与平滑末端的载体连接时,有必要除去3廉端的附加碱基,并使其5末端磷酸化。使用TaKaRaBKLKit（BllllltillgKillstiollLigstiollKit）可使这一连串的反应在短时间内完成。PCR产物的末端平滑化与磷酸化反应在一个反应体系内同时进行,一次反应后便可得到能够用于连接的DNA片段。用于连接反应的PCR产物无需进…     

近交系小鼠双色荧光正相杂交芯片技术体系的建立和优化

目的探讨采用单核苷酸多态性（SNP）检测方法-双色荧光正相杂交芯片技术对近交系小鼠遗传质量监测及相关影响因素。方法运用基于芯片的双色荧光正相杂交检测SNP技术,进行芯片杂交动力学研究,考察信号值（Cy3,Cy5）和ratio值（Cy5/Cy3）与PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度之间的关系,研究PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度对SNP分型的影响。结果采用正反标记实验后,Ratio值随着PCR产物点样浓度的增加呈稳定趋势;PCR双链产物长度对信号值影响比较大,点样时其长度不宜太长,最好不超过450 bp;随荧光标记探针长度的增加,基因分型能力明显下降,长度为15 bp最佳,长度超过20 bp时,已基本没有区分能力。结论PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度是双色荧光正相杂交SNP分型系统的重要影响因素,采取适当的PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度,并采用正反标记实验,可以取得稳定、准确的基因分型效果。为进一步进行近交系小鼠遗传质量监测的研究奠定基础。     

焦磷酸显色法检测PCR产物及酶活性

聚合酶链反应（polymerase chain reaction, PCR）是分子生物学领域的一项具有划时代意义的技术,但定量PCR产物或测定能生成焦磷酸的酶活性仍需要新技术的发展。本文提供了一种PCR产物定性及定量检测方法(Color PCR kit)及其用途;该方法通过焦磷酸(pyrophosphate,PPi)显色测定PCR的副产物PPi。利用试剂盒中的试剂与PPi反应,最终生成物为甲暨（formazan）,呈红色。根据显色现象(红色)判断PCR的阳性结果,由目测实现PCR的定性检测;或通过测定490 nm 处的吸光度值定量检测PCR过程中生成的副产物PPi的含量,定量检测PCR 产物的生成量;目测情况下Color PCR kit可检测到2.5 ng水平的PCR产物,用紫外分光光度计可检测到低限为1 pg;Color PCR kit法比琼脂糖凝胶电泳检测法（低限为4 ng）灵敏。Color PCR kit还可用于连接酶和转移酶活性的测定。     

PCR构建融合基因方法的建立

以聚合酶链式反应为基础的片段拼接技术——融合PCR技术是一种新的基因片段融合技术。以含有马铃薯块茎两种淀粉合成关键酶ssⅡ和ssⅢ基因为模板,利用融合PCR对其进行融合拼接,初步建立以PCR产物(不回收)及一步PCR法融合基因的构建方法,并对融合基因构建时PCR产物(不回收)的使用量及一步PCR法构建融合基因的中间引物浓度等条件进行优化。结果表明,以不回收的PCR产物为模板构建融合基因时PCR产物(不回收)的使用量在10-20 ng范围内为佳;一步PCR法构建融合基因的中间引物浓度在25-1 000 nmol/L为宜。     

PCR产物末端性质的分析研究

利用PCR、UT-PCR、克隆及测序等技术,对强直性肌营养不良基因（MT-PK）3′-非翻译区分别用Taq,Taq＋Pwo DNA聚合酶进行了扩增、克隆和测序,研究了PCR产物末端组成情况,并比较了上述两种DNA聚合酶对PCR产物末端的影响.结果在用Taq DNA聚合酶扩增的PCR产物主要得到3′端突出1个A（占67.3％,35/52）;在Taq＋Pwo DNA聚合酶扩增的PCR产物末端中得到3′端+A的仅占17.4％,而－1的占34.8％,与前者显著不同.表明PCR扩增产物的末端是复杂多样的.     

PCR产物直接测序技术中影响因素的研究

探讨了PCR产物直接测序技术中的影响因素,结果表明：PCR产物特异性是影响其测序成败的关键因素,PCR反应只有产生惟一扩增产物时,其产物才能被用来直接测序;PCR反应体系残留混合物（dNTP、引物和盐离子等）对其测序质量有明显不利影响,PCR产物纯化后其测序质量能明显提高;同时,PCR产物大小不同,其测序反应的模板用量也不同,在一定长度范围内,最适模板用量随PCR产物长度增加而增加。 Factors that Influence Direct Sequencing of PCR Products XU Zu-yuan1,2,BAO Qi-yu1,NIU Yu-xin1 1.Beijing Genomics Institute / Human Genome Center,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China; 2.Jingzhou Teachers College,Jingzhou,Hubei 434104,China Abstract:Factors influenced direct sequencing of PCR (polymerase chain reaction) products were investigated in this paper.It showed that the specialization of PCR products played a key role in their sequencing reactions and only which could be sequenced directly.It also showed that the PCR reaction residues (including dNTP,primers,and metal ion) affected badly on the sequencing quality,so the purification of PCR products was necessary before sequencing.In addition,the optimum templates amount in sequencing reaction rose with the increasing of their DNA size in a certain range. Key words：polymerase chain reaction(PCR); direct sequencing of PCR product; ABI 377-DNA sequencer; Q20     

提高PCR产物克隆效率的几种途径

从提高PCR产物纯度,增加产物特异性入手,较详细地分析了影响PCR产物克隆效率的四个主要因素,并就每种影响因素给出了较为详尽的提高克隆效率的途径．     

单分子PCR产物错误率分析

碱基错配致使PCR扩增产物中存在突变序列.大量模板PCR扩增时突变序列所占的比例较低,对随后进行的PCR产物分析影响不大,但当对微量甚至单个模板DNA扩增时,情况则完全不同.对单分子PCR产物的错误率进行了理论分析,结果表明：根据实验目的和条件,选择忠实性不同的聚合酶是十分关键的.     

用PCR区分两种密切相关的真菌传棒状病毒

根据已发表的甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)的序列合成了寡聚核苷酸引物,用于反转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR)以区分甜菜土传花叶病毒(BSBMV)和BNYVV。与BNYVV RNA1的3’-末端互补的引物在从感染BNYVV的植物抽提液中用PCR扩增一个预计大小约1056bp的产物时有效。同一引物也能指导从感染BSBMV的植株抽提液中扩增一种大约1000bp的PCR产物。如果将感染BSBMV和感染BNYVV的植株抽提液混合,该引物只能起始BNYVV的扩增。BSBMV的产物和BNYVV的产物除了存在细微的大小差异之外,还可以通过用Tha Ⅰ消化来区别,Tha Ⅰ只裂解BSBMV的产物,而不能裂解BNYVV的产物。已测定了BSBMV RT—PCR的部分序列,合成了对BSBMV专化的引物。该引物只能从感染BSBMV的植株抽提液中引导扩增一种预计大小约691.bp的PCR产物。从含BSBMV乖IBNYVV的抽提液中只能产生一种期望大小的BSBMV的PCR产物。由对BSBMV专化的引物得到的。BSBMV的PCR产物可以被Tka I消化。用BSBMV引物从几种地理起源和症状表型不同的BSBMV分离物的抽提液中扩增到的PCR产物大小相同。     

非全长链合成导致连续聚合酶链式反应(PCR)扩增失败和复杂产物的形成

在进行连续PCR(以产物为模板进行多轮次的连续重复PCR扩增)实验时, 我们观察到了一种新的异常现象—— 用不同来源的模板连续PCR扩增不同长度的靶序列最终都会导致扩增失败, 表现为在常规琼脂糖电泳检测时特异产物条带的消失和不能泳动出点样孔之复杂异常产物的出现. 连续PCR扩增失败的时期依扩增靶序列的长度不同而不同, 越长的靶序列在连续PCR中扩增失败的时期越早. 扩增得到的复杂产物主要由连续分布的小于靶序列长度的具有相当程度多样性的非全长链组成. 复杂产物在内部具有局部的双链区域和大量的单链区域而在外部具有单链分支结构, 能够被单链特异的S1核酸酶消化, 但是不能被双链特异的限制性内切酶消化. 人工处理完整双链形成的非全长链长产物与完整双链以不同比例混合后作为模板进行连续PCR, 结果表明同源的非全长链成分对PCR扩增有严重的干扰作用. 已有的证据表明PCR扩增过程中形成的非全长链成分是导致这种异常现象的关键因素, 多个不同长度的非全长链复性形成“杂种分子”最终表现为复杂产物. 连续PCR扩增失败、PCR介导重组和长片段PCR难于操作有共同的产生基础—— 扩增过程中非全长链成分的产生. 任何降低PCR扩增过程中非全长链成分产生的措施, 特别是聚合酶忠实性的提高, 都能缓解异常扩增产物的出现和利于长片段PCR操作.     

一种PCR酶切克隆目的DNA方法

以PCR扩增克隆survivin启动子为例,根据GenBank报道的序列设计引物,PCR扩增克隆survivin启动子。通过软件在线分析扩增的survivin启动子酶切位点,将扩增与预期的片段大小一致的DNA片段进行酶切,再进行测序。结果表明,采取酶切鉴定PCR产物的方法,可以初步对PCR产物是否正确做出判断。     

PCR结合酶切-序列比对法鉴定B群脑膜炎奈瑟菌菌株

目的用PCR结合酶切-序列比对法对B群脑膜炎奈瑟菌菌株进行鉴定。方法用玻片凝集法对不同来源的15株B群脑膜炎奈瑟菌菌株进行初步检定,再用PCR结合酶切-序列比对法对上述15株菌株进行进一步鉴定,即用PCR结合酶切法扩增菌株的唾液酸转移酶sia D基因并对PCR产物进行酶切后,用BLAST软件将PCR产物测序结果与Gene Bank中原始sia D序列比对。结果 15株菌株玻片凝集结果均为阳性;15株菌株的PCR产物片段大小均为460 bp;TaqⅠ酶切后,13株菌株的酶切产物片段大小仍为460 bp,其PCR产物测序比对结果与B群脑膜炎奈瑟菌原始sia D序列同源性均达到99%;其余2株酶切产物片段大小约200 bp,与C群脑膜炎奈瑟菌sia D原始基因序列同源性分别为98%和99%。结论 15株菌株经PCR结合酶切-序列比对法鉴定,13株为B群脑膜炎奈瑟菌菌株,2株为C群脑膜炎奈瑟菌菌株;该方法可准确鉴定B群脑膜炎奈瑟菌菌株。     

GM-CSF PCR产物的克隆:一种快速克隆PCR产物方法的建立

由于Taq DNA聚合酶对腺苷A的优先聚合,PCR产物两单链3′端带有一非模板依赖的碱基,所加多余碱基几乎总是A,因此用克隆平端DNA片段的方法克隆这种PCR产物,很难得到阳性重组子。解决上述问题的方法有3种,一是利用T_4 DNA聚合酶的3′外切酶活性,将PCR产物的多余碱基切掉;二是利用3′端带有dT的T-载体进行克隆;另外还可以用Pfu等DNA聚合酶扩增出不带多余碱基的PCR产物,尔后进行平端克隆。我们利用T-载体克隆的原理,酶切、     

两种pUC18高效T载体的构建

T载体是用于直接克隆PCR产物的线性载体.在此之前,克隆PCR片段时一般先用Klenow片段酶或T4DNA聚合酶削平PCR产物两端,克隆过程中又大都不能使用碱性磷酸酶为载体片段脱磷,因为绝大多数PCR引物5’端未磷酸化,T载体的诞生使分子生物学工作者摆脱了这一窘境,而且,T载体的3’端突出的T碱基与PCR产物3’端由于Taq酶非模板依赖的末端转移酶活性而添加的A碱基[1]互补,使载体与PCR产物的连接效率大大提高.由于具有上述优点,T载体从一产生就引起人们极大的兴趣,很多公司也相继推出了各自的T载体系统,并运用该技术改造了很多传统载体.本…     

构建一种新型腮腺炎病毒核酸检测阳性对照品

为快速鉴定腮腺炎病毒核酸检测中由阳性对照引起的交叉污染问题,本研究建立了一种新型腮腺炎病毒核酸检测阳性对照。该阳性对照为合成的RNA转录产物,在使用相同的引物和反应条件下,该阳性对照在RT-PCR和巢式PCR试验中产生的PCR产物和正常腮腺炎病毒核酸阳性标本的PCR产物片段长度不同,通过比较PCR产物的大小可快速鉴定由阳性对照引起实验室交叉污染。这种新型腮腺炎病毒RNA阳性对照可广泛应用于腮腺炎病毒实验室诊断和基因定型中,对腮腺炎病毒核酸检测可进行良好的实验室质量控制。     

一种提高PCR产物定向克隆效率的新方法

介绍一种在对PCR产物进行定向克隆之前先用T4DNA聚合酶将PCR产物末端进行补齐，然后进行限制性酶切和克隆，能显著提高克隆效率的新方法。     

一种构建新型T载体的简便方法及应用

T载体能够用于PCR产物的快速克隆且易于操作。以常用的克隆载体pGEM-3zf(+)为出发材料,将其进行改造为通用的T载体。通过一步反向PCR方法在该载体中插入带有Xcm I酶切位点的一段序列,在Xcm I酶的切割下产生两端含有T核苷酸的线型核苷酸序列,最终获得用于克隆PCR产物的T载体。外源基因xdh克隆试验表明该载体构建成功,此载体完全可以用于PCR产物的基因克隆试验,为相关载体的改造提供了思路。