一种基于单分子纳米操纵的有序化测序策略

尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方面的实验进展,提出了一种基于原子力显微镜纳米操纵技术的单分子有序化测序策略.计算机模拟的结果表明,这一方法和策略是可行的,有助于解决目前测序工作中所遇到的一些棘手问题.     

一种新的等温单向生长基因合成法初步探索

基因合成正日益成为基因获取的一种有效手段。两种常用的基因合成方法是基于PCR的基因合成（P法）和基于连接酶的基因合成(L法)。这两种方法都不是独立于所合成基因的序列内容的。文章首次提出了一种新的基因合成策略—等温单向生长法(Isothermal Unidirectional Elongation Method, IUEM), 在3种酶的作用下, DNA链在等温状态下单向串行延伸, 直到获得目标基因。由于引物设计成特殊的发夹结构, 该方法可以做到合成过程独立于或部分独立于目标基因的序列内容。本文探索了该策略的实验可行性, 检测了影响基因合成的各种因素, 并利用该方法成功地合成了一段254 bp和一段300 bp的DNA序列。     

组织微阵列的原理及应用

组织微阵列是将若干石蜡包埋块上的各种典型组织或细胞转移到一个新石蜡块上重新构建微型化高通量组织阵列的方法,可以有效地进行各类临床病理组织的原位观察和研究。组织微阵列技术可以在一块薄片上同时排列几百个样品,进行高通量的基因和蛋白质分析,且能够充分利用组织资源,将多个样品的平行实验一次完成。在分析RNA和某些蛋白质时,石蜡包埋组织的使用受到限制。为了解决这个问题,发展了冷冻微阵列的方法。该方法快速便捷,效率很高,为使用临床标本及其相关的病理数据库来进行基因和蛋白质水平的研究提供了机会。该阐述了来自于组织和细胞系的微阵列的制备方法和技术特点,并概述它们在临床研究中的应用以及发展前景。     

Atomic force microscopy study of the rabbit skeletal muscle ryanodine receptors in different functional states

Atomic force microscope was applied to investigate the effect of extrinsic phospholipid on the structure of rabbit skeletal muscle ryanodine receptor/calcium release channel (RyR1). In addition, in the presence of extrinsic phospholipid, the height and elasticity of the RyR1s in different functional states were also measured. The results indicate: (i) most of the RyR1s showed a normal structure only in the presence of extrinsic phospholipid; (ii) treatment of the RyR1s with AMP and Ca²⁺ together could increase their Young’s Modulus but not change their apparent height; (iii) no detectable change in either height or Young’s Modulus of the RyR1s appeared, if the RyR1s were treated with other activators or inhibitors.     

人工操纵病毒的原子力显微镜研究

人工操纵生物大分子是目前科学研究的一个前沿领域, 我们利用改进的“分子梳”方法,首次实现了复杂的体系——一种线性噬菌体病毒的人工拉直与定向. 这种操纵是在大面积平整的固体表面实现的, 并利用原子力显微镜对拉直前后的病毒进行了观察与测量.     

人体纤维结缔组织网络中的主动界面液体流动新现象及其机制研究进展

认识和理解组织液在凝胶样组织间隙中的流动规律和力学机制是近百年来的重大医学科学问题之一。本文回顾了生理学中关于组织液流动的若干代表性研究、颅内血管周围间隙中的液体流动研究及经络示踪成像研究等,并介绍了已有的系列研究结果,即通过追踪人体和动物体内不同部位组织间隙中的示踪剂流动,发现组织液沿动脉和静脉血管外膜、神经和皮肤等至少四种解剖结构进行长程而有序的流动;其中的皮肤组织液长程流动通路与人体四肢远端穴位区相连接;组织液长程流动通路的内部结构是由有序纤维集合而成的纵向纤维束,组织液以纤维等固相结构为轨道而流动,形成贯穿全身的"组织液界面流动网络",具有重要的医学科学和中西医结合研究价值。     

大鼠肝细胞核纯化、染色质分部及染色质非组蛋白双向凝胶电泳分析

本文使用改良的超离心法制备了大鼠肝细胞核,通过相差显微镜、电镜、转录活力及三种酶活力的测定,证实了所得细胞核较纯,其产率约为5％。使用羟基磷灰石(HAP)柱层析对染色质分部,并测定了各分部的紫外光谱。同时测定了核、染色质、染色质疏松结合非组蛋白(UP)、去up—染色质(UC)和HAP柱各分部的化学组成。对up和酚抽提法制得染色质紧密结合非组蛋白(NP)分别进行了双向凝胶电泳图谱分析。     

单分子纳米操纵及其生物学应用

本文以单分子纳米操纵为主题,介绍物理学与生物学交叉研究的重要领域之一——纳米生物学和纳米生物技术等新领域,着重讨论了单个DNA分子的纳米操纵以及它的可能应用。     

单分子PCR产物错误率分析

碱基错配致使PCR扩增产物中存在突变序列.大量模板PCR扩增时突变序列所占的比例较低,对随后进行的PCR产物分析影响不大,但当对微量甚至单个模板DNA扩增时,情况则完全不同.对单分子PCR产物的错误率进行了理论分析,结果表明：根据实验目的和条件,选择忠实性不同的聚合酶是十分关键的.     

Atomic force microscopy study of the rabbit skeletal muscle ryanodine receptors in different functional states

Atomic force microscope was applied to investigate the effect of extrinsic phospholipid on the structure of rabbit skeletal muscle ryanodine receptor/calcium release channel (RyR1). In addition, in the presence of extrinsic phospholipid, the height and elasticity of the RyR1s in different functional states were also measured. The results indicate: (i) most of the RyR1s showed a normal structure only in the presence of extrinsic phospholipid; (ii) treatment of the RyR1s with AMP and Ca2+ together could increase their Young's Modulus but not change their apparent height; (iii) no detectable change in either height or Young's Modulus of the RyR1s appeared, if the RyR1s were treated with other activators or inhibitors.