微卫星标记对牙鲆有丝分裂雌核发育家系的亲子鉴定

利用18个微卫星标记,对6个家系的26尾有丝分裂雌核发育牙鲆进行亲子鉴定,PCR扩增产物经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果表明:1个座位在母本中表现为相同的基因型,视为单态座位,其他17个座位为多态;多态座位在亲子鉴定中的累计排除概率和累计个体识别概率分别为0.9985、0.9999;根据被测个体在17个微卫星座位的基因型,最后确认26尾子代的母本,其中7尾子代在某些座位表现出与其母本不完全匹配的基因型。利用微卫星标记可确定雌核发育后代的亲子关系,从而构建牙鲆雌核发育家系系谱,对牙鲆雌核发育的深入研究具有重要意义。     

基于微卫星多重PCR技术的兰州鲇亲子鉴定

针对目前兰州鲇(Silurus lanzhouensis)种质资源救护保存和良种选育等研究工作中面临的亲子鉴定及系谱管理等问题, 研究应用微卫星荧光标记多重PCR与自动测序分型技术, 建立了2组四重PCR和2组三重PCR体系, 并成功应用于3个家系亲子鉴定中。利用Cervus v.3.0软件对110尾兰州鲇进行遗传多样性分析, 结果显示: 研究筛选的14个微卫星标记的平均观测杂合度(H_o)为0.750, 平均期望杂合度(H_e)为0.667, 平均多态信息含量(PIC)为0.624, 具有丰富的遗传多样性。对已知系谱信息的3个兰州鲇家系的90尾子代和20尾候选亲本进行亲子鉴定分析, 结果表明, 双亲基因型未知累积排除概率(CE-1P)、单亲基因型已知累积排除概率(CE-2P)和双亲基因型已知累积排除概率(CE-PP)分别为0.99753092、0.99983971和0.99999964。4组多重PCR累积模拟鉴定率为100%, 累积实际鉴定率为83%。采用50尾个体进行双盲验证, 利用MEGA7.0对3个家系50尾个体进行聚类分析, 结果表明同一家系94%的个体聚类分析结果与系谱关系一致。研究构建的兰州鲇4组微卫星多重PCR亲子鉴定技术为兰州鲇不同种质混养保存、种质选配扩繁、选育系谱管理和分子标记辅助选育等提供了重要技术支持。     

基于微卫星标记的圆口铜鱼亲子鉴定技术

为快速有效地鉴别不同的圆口铜鱼家系及来源, 研究从已发表的40个微卫星标记中筛选出20个多态性较高且稳定扩增的微卫星位点, 通过对8个圆口铜鱼家系339尾个体进行微卫星基因分型检测, 建立了圆口铜鱼荧光微卫星标记与多重毛细管电泳相结合的亲子鉴定技术。遗传多样性分析结果显示, 圆口铜鱼8个家系群体的平均等位基因数(N_a)为9个, 平均多态信息含量(PIC)为0.616, 平均期望杂合度(H_e)为0.659, 平均观测杂合度(H_o)为0.691, 其中子一代群体的遗传多样性水平明显低于亲本群体。亲子鉴定分析结果显示, 当双亲基因型未知时其单亲累积排除概率(CE-1P)为0.99954473, 当单亲基因型已知时其累积排除概率(CE-2P)为0.99999825, 当双亲基因型未知时其双亲累积排除概率(CE-PP)为1.00000000, 当使用20个微卫星位点进行亲子鉴定时, 297尾子一代均能正确找到其父母本, 亲子鉴定准确率为100%。由此可见, 研究建立的圆口铜鱼亲子鉴定技术是可靠的, 能为圆口铜鱼的家系管理、种群遗传管理和增殖放流效果评估提供科学依据     

基于微卫星多重PCR技术的黄喉拟水龟亲子鉴定

利用黄喉拟水龟(Mauremys mutica)微卫星标记,筛选出16对微卫星引物,通过优化各引物比例、荧光接头浓度、退火温度和循环次数,建立了基于2组各含8个微卫星位点多重PCR体系的黄喉拟水龟亲子鉴定技术。应用2组微卫星多重PCR体系,通过ABI3130遗传分析仪以及cervus3.0软件对428只黄喉拟水龟进行了个体基因型检测和遗传多样性分析,结果显示,群体的平均等位基因数为14.190,平均多态信息含量为0.748,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.687、0.771。对89只候选母本及296只子代进行亲子鉴定分析,结果显示:在父本信息未知时,母本鉴定率为87%;母本获得的子代个数范围为1-12,个体间表现出巨大的差异,这为选择育种提供了物质基础。黄喉拟水龟多重PCR亲子鉴定技术的建立为群体遗传多样性分析、家系鉴定管理和选择育种提供了有效的技术手段。       

微卫星评价牙鲆雌核发育二倍体纯合性

采用8个微卫星座位分别对牙鲆减数雌核发育二倍体家系和卵裂雌核发育二倍体家系的纯合性进行检验。卵裂雌核发育二倍体在所有检测座位全部纯合。减数雌核发育二倍体在部分座位发生纯合,但未发现在所有座位全部纯合的个体,在Poli9TUF、Poli9-8TUF、Poli11TUF、Poli13TUF、Poli23TUF、Poli30TUF、Poli123TUF和Poli130TUF座位,杂合子比例分别为1·0000、1·0000、0·1944、0·9459、0·8611、1·0000、0·7778和0·8000,平均杂合子比例为0·8224。由此表明,牙鲆除了Poli11TUF外,在其余7个座位均具有很高的重组率。研究结果显示,牙鲆卵裂雌核发育二倍体一代即可形成纯合子;而减数雌核发育二倍体由于具有较高的重组率,使其与母本的遗传同质性较高。     

应用微卫星标记分析野生中国明对虾的亲权关系

利用5个高度多态性的微卫星座位(Fc04、Fc06、Fc18、Fc24、Fc27),分析了不同年份中建立的10个野生中国明对虾家系中的雌性亲虾及其后代基因型分离的情况,表明每个家系中只有一个雄性野生中国明对虾对子代的遗传有贡献.从其中3个家系的雌性亲虾纳精囊中提取了雄虾精子DNA,微卫星标记显示各家系的子代个体均有一个等位基因与雄性亲虾的基因型相符,且符合孟德尔遗传规律,这为野生中国明对虾雌虾在繁殖季节一对一的繁殖行为提供了遗传学的证据.用UPMGA的方法随机对3个家系的40尾子代个体进行聚类分析,每个家系都能被单独聚成一类.上述工作表明微卫星标记在对虾育种中作为一种有效的亲子关系分析工具,在种群的遗传结构、亲缘关系、繁殖行为等方面具有广阔的应用前景.     

锦鲤4个人工雌核发育家系的微卫星标记研究

利用Crooijmans et al.(1997)分离的包含CA重复单元的普通鲤鱼（Cyprinus carpio L.)的8个微卫星DNA标记,对从锦鲤（Cyprinus carpio L.)的红白,大正和昭和3个不同品系中所获得的4个不同人工雌核发育家系的20尾个体进行PCR扩增。电泳结果表明,8对引物在20尾个体中均能重复稳定地扩增出相应的同源序列。随引物不同,各等位基因数为1－11个,大小在68－264bp。在MFW4,MFW7,MFW19,MFW20,MFW23和MFW24 6个微卫星的扩增结果中,20尾个体的扩增图谱呈现了高度的遗传多态性,不同雌核发育家系内个体的遗传异质性也较大。其中大正（TaS)和红白1（RW1）的个体不仅花色分化显著,而且个体间的平均遗传距离分别高达0．28。通过对微卫星等位基因和基因型分析发现,由于锦鲤品系中的每一个体是通过不断地杂交选育而获得,基因组来源复杂,基因高度杂合。因此,只进行1代的人工雌核发育,其家系内仅部分个体的部分座位出现纯合。所获得的人工雌核发育锦鲤为后续的色素遗传调控机制研究提供了必要的实验材料;同时,所鉴定的微卫星分子标记为进行锦鲤的分子标记育种的基因组作图提供了理想的工具。     

牙鲆CA/GT微卫星标记的筛选

采用生物素选择杂交法与放射性同位素杂交法相结合的技术,成功地从牙鲆(Paralichthys olivaceus)基因组中分离出含有CA/GT重复类型的微卫星序列。通过两轮淘选,共获得526个阳性菌落。测序其中的119个菌落,结果获得133个含有微卫星座位的序列。除了两个复合型微卫星外(1.5%),完美型63个(47.37%),非完美型68个(51.13%)。设计并合成22对微卫星引物,对8个人工雌核发育家系的亲本进行遗传背景分析。PCR结果表明,4对引物无扩增带或者扩增带不是目的条带,1对引物表现为单态,其余17对引物均呈多态性,平均每个座位产生5.2个复等位基因,杂合度为0.375～0.846,多态信息含量为0.305～0.823。结果表明,所筛选的大部分微卫星标记能够用于牙鲆群体遗传学研究。     

凡纳滨对虾微卫星位点在两个选育家系中遗传的初步研究

利用两个选育凡纳滨对虾全同胞家系研究了10个微卫星位点的遗传特征。通过ABI310或3100测序仪检测, 在所观察到的20个基因型比例（genotypic ratios）(10个微卫星位点 X 2个家系)中,有17个基因型比例符合孟德尔遗传。微卫星位点TUMXLv8.220在两个家系中均存在无效等位基因,从而3个不符合孟德尔遗传基因型中2个可由无效等位基因来解释。TUMXLv 3.1在06家系偏离了1：1：1：1的孟德尔预期比。3个微卫星位点（TUMXLv5.66,TUMXLv7.74,TUMXLv8.224）在两个家系中均表现单态。3个微卫星位点（TUMXLv5.45,TUMXLv7.56,TUMXLv8.256）在两个家系均既表现多态又遵循孟德尔共显性遗传, 是亲子鉴定和种群遗传分析的较好选择。结果显示在应用微卫星标记进行遗传分析之前利用全同胞家系进行遗传模式研究是非常必要的。     

建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定

利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累积排除概率为0.999996,置信度为95%。进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求在双亲未知时通常需要8～12个微卫星位点,已知单亲时需要5～8个微卫星位点。在双亲均未知的情况下进行亲权鉴定,94.6%的后裔找到了其父母本,真实鉴定率低于模拟分析预测值,分析可能是与候选亲本间存在亲缘关系、无效等位基因的存在以及分型错误等因素有关。9个建鲤全同胞家系的鉴定,为今后的遗传图谱构建、QTL定位及分子标记辅助育种研究奠定了基础。     

微卫星标记在不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定的适用性

实验选取8 个多态性微卫星位点, 用于虾夷扇贝4 个不同壳色全同胞和半同胞家系160 个子代的亲权鉴定。在亲本未知和一亲本已知的情况下, 8 个微卫星位点累积排除概率分别为0.823 和0.961。鉴于亲权分析时子代的亲本在已知和未知情况下位点的累积排除概率不同, 实验采用了两种方法用于家系的亲权鉴定。方法1: 当子代的父母本情况未知时, 根据子代基因型数据, 通过CERVUS 2.0 软件计算子代所对应的候选亲本的LOD 值, 直接将候选亲本中具有最大的两个LOD 值的亲本确定为子代的父母本; 方法2: 在子代的亲本未知情况下, 视具有最大LOD 值的候选亲本为子代的第一候选亲本, 然后将该亲本视为已知, 通过CERVUS 2.0 软件重新计算每个侯选亲本的LOD 值, 再从中选择具有最大LOD 值的候选亲本作为该子代的第二候选亲本。结果表明, 采用方法2 得到的家系亲权鉴定成功率达到95%以上, 确定了微卫星标记在虾夷扇贝家系鉴定中的可行性。所检测的微卫星位点在子代中出现无效等位基因现象, 而无效等位基因存在会引起子代与亲本的错配。实验在家系鉴定时采用了无效等位基因存在(情况1)和缺失(情况2)两种子代基因型文件进行分析, 不同情况下同一方法家系鉴定成功率相差无几。这表明了基于多个微卫星位点计算候选亲本LOD 值大小寻找子代真实父母本可以降低由无效等位基因引起的错配的几率。研究表明了微卫星标记适合于不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定工作。       

基于微卫星标记的鼋亲子鉴定技术

为研究鼋(Pelochelys cantorii)保种群体的遗传信息,利用鼋转录组文库, 筛选出了10对微卫星引物, 以此建立了基于 2 组各含5个微卫星位点多重 PCR 体系的鼋亲子鉴定技术, 并应用 2 组微卫星多重 PCR 体系, 通过 ABI3130 遗传分析仪及 PopGene3.2和CERVUS软件对56只子一代鼋进行个体基因型检测和群体遗传多样性分析, 结果显示, 鼋子一代群体的平均等位基因数为2.3, 微卫星位点的平均多态信息含量为0.3829, 平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.6305和0.4767, 处中高度水平。对子代进行亲子分析, 10个微卫星位点的累积排除概率分别为73.14%(NE-1P)、90.98%(NE-2P)和98%(NE-3P), 能够满足亲子鉴定的需要。且4只亲本在生殖选择中表现出差异。鼋多重 PCR 亲子鉴定技术的建立为群体遗传多样性分析、家系鉴定管理和选择育种提供了有效的技术手段。     

鳙基于10个微卫星标记的亲子鉴定分析

为开展鳙(Hypophthalmichthys nobilis)家系选育工作,本研究进行了基于微卫星标记的亲子鉴定研究。试验中筛选了10个扩增效率较高的微卫星标记,通过引物荧光修饰,引物结合毛细管电泳分型技术,对鳙48尾亲本及384尾子代进行了基因分型,并计算了等位基因频率和模拟分析和亲子鉴定等分析。结果发现,各位点的等位基因数介于4~13之间,其中9个位点均具有较高的多态性和杂合度(PIC>0.5,He>0.5),研究发现位点的多态性信息含量(PIC)与亲本对排除率(E-PP)存在显著正相关(p<0.01)。模拟分析结果显示,该10个标记预计可用于已知性别的50组亲本(100尾)或未知性别的50尾亲本的鉴定分析(鉴别成功率>95%)。亲子鉴定发现,对试验中2个交配组(每组12对亲本)的鉴别成功率分别为98.96%和100%;且父母本对子代的贡献率存在极显著差异(p<0.01)。通过累积位点的鉴定分析发现,当标记数为7个和9个时分别能满足试验中12组和24组亲本对应子代的鉴定分析(鉴别率>95%),模拟分析和亲子鉴定分析成功率趋势基本符合。本研究所开发的亲子鉴定技术可为鳙家系选育提供技术支持。     

人工诱导栉孔扇贝雌核发育后代的微卫星标记分析

用紫外线灭活栉孔扇贝精子和6-DMAP处理受精卵抑制第二极体,获得A、B、C 3组雌核发育栉孔扇贝。采用筛选获得的5对多态性微卫星引物对3个家系雌核发育组30个个体、双亲及对照组40个个体进行了遗传变异分析。结果显示：3个家系雌核发育组后代中均有部分个体出现父本基因,表明精子遗传物质失活不彻底,雌核发育组中存在正常受精个体;在具多态性的5个基因座位上均发生了基因-着丝点之间的重组,重组率在26.7%—55.0%之间,表明通过抑制第二极体排出获得的栉孔扇贝雌核发育后代在个体和群体水平上具有一定的基因杂合;3个家系后代的平均基因纯合率为59.1%,而其对照组家系为2.5%,雌核发育使基因的纯合率提高了56.6%。研究表明雌核发育是促进基因纯合的一个有效途径,微卫星标记技术是贝类雌核发育鉴定和遗传分析的有效方法。     

基于微卫星标记的斑点叉尾鮰家系鉴定技术及应用

研究旨在建立准确、高效且经济的斑点叉尾鮰(Ictalures punctatus)家系亲缘鉴定体系, 以期为斑点叉尾鮰的遗传评估及家系育种提供科学依据。选用10对具有较高多态性SSR标记, 建立两个5重PCR反应体系。应用建立的斑点叉尾鮰家系亲缘鉴定体系对来源于13个全同胞家系和8个半同胞家系的333尾个体进行亲权鉴定。结果表明: 10个位点平均等位基因数为9.8、平均观测杂合度0.8591、平均期望杂合度0.8092、平均多态信息含量0.7845; 3种情况下的累积排除概率分别为: 0.99996806、0.99833267和0.99999998; 验证群体的鉴定结果与系谱高度一致, 真实鉴定率达到99.1%, 子代与父母本三者之间配对平均LOD值介于13.30—24.70, 且置信度均达到95%。研究选择的微卫星位点等位基因数目较多, 多态性较高, 可以快速、准确地对斑点叉尾鮰混养群体进行家系鉴定。     

猪F2设计资源家系中4条染色体微卫星标记分析

利用中国地方猪种蓝塘猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)按F2设计建立资源家系, 根据美国肉畜中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪连锁图谱, 在1、4、7和8号染色体上间隔10~20 cM选择一个微卫星标记, 共31个标记, 采用WAVEÒ核苷酸片段分析系统和ABI 377 DNA序列分析仪检测资源群体的P、F1和F2代个体微卫星的基因型, 对其基因频率、杂合度和多态信息含量等进行统计分析。结果发现: 利用ABI 377检测的猪1、4和8号染色体上的有效微卫星标记21个, 其中13个标记的18个等位基因片段大小超过了网上已报道的结果, 发现新等位基因的标记占62%; 在31个微卫星标记中, 杂合度(h)在0.043~0.7855之间, 总平均杂合度为0.6460, 其中70%座位的h>0.60; 总平均多态信息含量(PIC)为0.5949, 有77.4%位点的PIC>0.5。统计分析结果表明, 选用的微卫星标记能够较好地提供标记信息, 为进一步在该家系中进行猪重要性状的QTL定位打下了良好的基础。     

微卫星在种公牛个体识别与亲缘鉴定方面的应用

采用美国ABI公司牛亲子鉴定试剂盒(Bovine Paternity PCR Typing Kit, 包括11个常染色体)和3个自选的Y染色体微卫星座位, 检测我国部分种公牛站肉用种公牛14个微卫星座位的多态性分布, 评估其遗传多样性, 并探讨其用于个体识别与亲缘鉴定的可行性。结果表明: 种公牛在14个微卫星座位中遗传多样性均较高, 其中MCM158座位的平均多态信息含量最高达到0.888, ETH10座位的最低, 为0.482。单个座位的个体识别能力在0.715~0.968之间, 累积个体识别能力为99.99%, 累计非父排除率达到99.99%, 表明采用的14个位点适用于个体识别和亲缘鉴定。     

利用鸡F2资源群体构建1号染色体遗传连锁图谱

在鸡1号染色体上选取23个微卫星标记,利用东北农业大学鸡F2资源群体构建了遗传连锁图谱。选用369只F2个体用于基因型测定。结果表明23个微卫星位点除MCW0058为低度多态,其他位点均为中高度多态。构建的连锁图谱覆盖1号染色体全长,总共637.9 cM。MCW0115和ROS0025标记顺序与EL图谱不同,但与WAU图谱一致。其他标记顺序与3大参考家系标记顺序一致,图谱总长和标记间距离大于3大参考家系。此连锁图谱的构建为数量性状位点（QTL）定位奠定了良好的基础。     

三角帆蚌微卫星多重PCR体系的建立及其应用

为了提高三角帆蚌微卫星分析效率,从已开发的微卫星标记中构建了三组四重PCR,并将稳定的多重PCR体系用于56个三角帆蚌紫色选育系的遗传多样性研究。结果表明该群体的平均等位基因数18.75,平均有效等位基因数为9.010,平均多态信息含量为0.857,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.809和0.876,香农多样性指数为2.422。运用Cervus v3.0软件对3个三角帆蚌全同胞家系共114个个体进行亲子鉴定,结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100%。该三角帆蚌微卫星多重PCR应用于三角帆蚌群体遗传多样性分析、亲子鉴定和家系管理等,可提高工作效率,降低实验成本。     

哲罗鱼微卫星亲子鉴定的应用

该文通过7对微卫星标记,对哲罗鱼的微卫星亲子鉴定准确率、亲子鉴定能力与候选亲本群体大小的关系及应用作了研究.通过计算机软件分析,亲子鉴定能力随候选亲本群体的增大而减小.在81个可能的父母对条件下,单独养殖家系鉴定准确率为80%,混合养殖家系有78.9%的后裔可以鉴定其父母;而在9个可能的父母对条件下,单独养殖家系鉴定准确率为93.3%,混合养殖家系鉴定率为92.2%.该研究表明微卫星分子标记可以用于哲罗鱼的家系鉴定.