基于三代测序的食蟹猴Mafa-B等位基因共表达与进化分析

【背景】主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的多态性在很大程度上会影响生物医学实验的结果,而且特定的MHC-B等位基因与多种疾病的发展进程密切相关。食蟹猴(Macaca fascicularis,Mafa)是一种开展生物医学研究的重要实验动物,与人类相比,目前尚缺乏对食蟹猴Mafa-B等位基因的综合表征。【目的】获得全面的食蟹猴Mafa-B等位基因信息,鉴定Mafa-B等位基因共表达与进化关系。【方法】基于三代测序获得的食蟹猴MHC-B基因组信息,设计特异性引物扩增33只越南食蟹猴群体中的Mafa-B序列,并结合多种生物信息学方法进行分析。【结果】基于92个Mafa-B等位基因信息,鉴定了65个新的Mafa-B等位基因。其中,8个Mafa-B等位基因与其他地理来源的食蟹猴群体中已报道的序列相同,32个Mafa-B等位基因与其他猕猴物种中已报道的序列相同。此外,鉴定了7个高频Mafa-B谱系和7对共表达的Mafa-B等位基因,并检测到了一个潜在的重组事件。进化分析表明不同地理来源的食蟹猴群体Mafa-B序列具有很高的相似性。【结论】越南食蟹猴群体中共表达的Mafa-B等位基因经历了某些抗原的选择,不同地理来源的食蟹猴群体可能微调其Mafa-B序列以适应病原体的选择压力,本文为食蟹猴MHC遗传背景研究奠定了基础。     

桃小食心虫越冬幼虫过冷却能力及体内生化物质动态

为研究桃小食心虫Carposina niponensis Walsingham自然种群过冷却能力的变化动态,从生理生化水平上探讨桃小食心虫幼虫耐寒机制,测定了桃小食心虫幼虫在越冬前后不同月份的过冷却点、体内含水量、脂肪、蛋白和糖原的含量。结果表明:桃小食心虫越冬幼虫的过冷却点(super-cooling point, SCP)和结冰点(freezing point, FP)随越冬期温度降低而逐渐降低, 并在冬季过后随温度升高而逐渐升高,其中在3月份时最低,分别为-14.89℃和-9.95℃,显著低于其它月份。幼虫体内含水量、总蛋白含量、糖原含量在越冬前后变化趋势与SCP变化相似并且各自又有不同的特点,但在2月份时都达最低,分别为44.83%、32.44μg/mg、1.95μg/mg。幼虫体内的总脂肪含量由越冬初期(2008-10)的29.04％逐渐降低至越冬后期(2009-06)的15.56％。结果说明桃小食心虫幼虫越冬过程中体内水分、总蛋白、糖原等生化物质含量的变化与其抗寒能力存在一定的联系,显示了其对冬季温度变化的生态适应。     

黄独微型块茎低温离体保存的GC/MS代谢组学分析

GC/MS检测方法采用初步探明黄独低温离体保存微型块茎的差异代谢物。与黄独微型块茎25℃离体保存相比较,黄独微型块茎4℃离体保存的差异性代谢物有丙氨酸(Alanine)、儿茶素(Catechin)、N,N-双(2-羟乙基)甲胺(N,N-Di-(2-Hydroxyethyl)-methanamine)、水杨酸(Salicylic acid)、柠檬酸(Citric acid)和山梨糖(Sorbose)等。在黄独微型块茎4℃离体保存中,丙氨酸(Alanine)参与氰基氨基酸代谢;儿茶素(Catechin)参与次生代谢产物生物合成、黄酮类化合物的生物合成和苯丙素的生物合成;水杨酸(Salicylic acid)参与多环芳烃降解、微生物在不同环境中的代谢、植物激素信号转导、次生代谢产物生物合成、二恶英降解、苯丙氨酸代谢、芳烃降解、植物激素生物合成、铁载体组非核糖体肽合成和苯丙素的生物合成等。柠檬酸(Citric acid)参与来自鸟氨酸、赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成、组氨酸和嘌呤的生物碱生物合成、微生物在不同环境中的代谢、植物次生代谢产物的生物合成、2-氧代羧酸代谢、萜类和类固醇的生物合成、原核生物固碳途径、次生代谢产物生物合成、来自莽草酸途径的生物碱生物合成、来自萜类化合物和聚酮的生物碱生物合成、柠檬酸循环(TCA循环)、植物激素生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、双组分系统、苯丙素的生物合成以及来自鸟氨酸,赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成等。黄独低温离体保存微型块茎差异代谢物的初步发现为进一步了解其低温离体保存的分子机制奠定了基础,也为低温离体保存黄独微型块茎的破除休眠以及其后续萌发提供了理论依据。     

噻虫嗪对昆虫病原线虫侵染韭菜迟眼蕈蚊能力的影响

【目的】为提高昆虫病原线虫对韭菜迟眼蕈蚊Bradysia odoriphaga Yang et Zhang幼虫的防治效果,将昆虫病原线虫与环境友好型化学杀虫剂混用是一条有效途径。【方法】测定了噻虫嗪与6个昆虫病原线虫品系混用对韭菜迟眼蕈蚊的作用效果,以及温度和土壤含水量对作用效果的影响,并进行了田间验证。【结果】田间推荐浓度噻虫嗪(100 mg·L~(-1))对6种供试线虫存活无显著影响。处理后3 d,低浓度噻虫嗪(15 mg·L~(-1))分别与6品系线虫混合后处理韭菜迟眼蕈蚊幼虫,其死亡率明显高于线虫和噻虫嗪单用处理。小卷蛾斯氏线虫SF-SN+噻虫嗪、印度异小杆线虫LN2+噻虫嗪和小卷蛾斯氏线虫All+噻虫嗪3种组合发挥杀虫作用的最适温度范围分别为20~25℃、25~30℃和25~30℃,显著高于其他温度;最适土壤含水量范围为10%~18%,也显著高于其他湿度。大田条件下,施用后7 d,单用噻虫嗪、线虫+噻虫嗪组合处理对韭菜迟眼蕈蚊的防治效果显著高于单线虫,且以芫菁夜蛾斯氏线虫SF-SN+噻虫嗪的防治效果最高,达到93%以上。【结论】芫菁夜蛾斯氏线虫SF-SN品系与噻虫嗪组合联合防治韭菜迟眼蕈蚊效果最好。     

猪F2设计资源家系中4条染色体微卫星标记分析

利用中国地方猪种蓝塘猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)按F2设计建立资源家系, 根据美国肉畜中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪连锁图谱, 在1、4、7和8号染色体上间隔10~20 cM选择一个微卫星标记, 共31个标记, 采用WAVEÒ核苷酸片段分析系统和ABI 377 DNA序列分析仪检测资源群体的P、F1和F2代个体微卫星的基因型, 对其基因频率、杂合度和多态信息含量等进行统计分析。结果发现: 利用ABI 377检测的猪1、4和8号染色体上的有效微卫星标记21个, 其中13个标记的18个等位基因片段大小超过了网上已报道的结果, 发现新等位基因的标记占62%; 在31个微卫星标记中, 杂合度(h)在0.043~0.7855之间, 总平均杂合度为0.6460, 其中70%座位的h>0.60; 总平均多态信息含量(PIC)为0.5949, 有77.4%位点的PIC>0.5。统计分析结果表明, 选用的微卫星标记能够较好地提供标记信息, 为进一步在该家系中进行猪重要性状的QTL定位打下了良好的基础。     

猪骨骼肌快肌肌钙蛋白C2基因的cDNA克隆与表达分析

从人骨骼肌快肌肌钙蛋白C2（TNNC2）基因出发,在dbEST数据库中进行同源性搜索,找到一个有较高同源性且在猪背最长肌中表达EST（BM083186）。通过电子克隆和进一步RT-PCR实验验证,获得猪TNNC2基因全长cDNA序列,其全长843bp,开放阅读框为201～683bp,编码有160个氨基酸。同源性分析结果表明,与人、鼠的骨骼肌快肌肌钙蛋白C2基因cDNA编码区（CDS）同源性分别为93.6％、90.5％,蛋白序列同源性均为97.5%。多种组织的半定量RT-PCR研究表明,该基因在骨骼肌中表达,并且在杜洛克猪背最长肌中的表达比兰塘猪高。     

猪脂联素基因启动子区甲基化与其mRNA表达分析

脂联素(Adiponectin)是至今发现的唯一与肥胖呈负相关的脂肪细胞特异性蛋白, 是调控生物体的能量稳态、葡萄糖代谢和脂肪代谢的脂源性细胞因子之一。生物信息学分析发现, adiponectin基因启动子区-1500~-1350 bp 是CpG位点的富集区域。为了进一步研究脂联素基因的表达调控研究, 文章从表观遗传学角度出发, 通过Real-time PCR与甲基化特异性PCR(Methylation special PCR, MSP)的方法对脂联素基因的表达及其启动子区的甲基化状况进行了分析。结果表明, 在adiponectin基因启动子区CG富集的区域(-1500~-1350 bp)中, 90日龄长白猪大多去甲基化(83%), 90日龄蓝塘猪部分去甲基化(33%), 成年蓝塘猪全是高度甲基化(100%), 成年长白猪部分去甲基化(33%)。甲基化与去甲基化过程主要发生在某些特定CpG位点。脂联素基因在猪肌肉组织中以高度甲基化状态为主, 这一结果与该基因在肌肉组织中表达量相吻合。以上结果提示, 随个体发育, 脂联素基因的甲基化状态随基因表达的波动呈现动态的过程, 表现出与基因表达量波动基本一致的波动趋势。     

蟹累枝虫的光镜及电镜观察

利用活体观察、蛋白银染色及电镜技术对蟹累枝虫(Epistylis eriocheiri)的形态学、表膜下纤维及超微结构进行了较为系统的描述,研究发现:(1)光镜下该种群体双叉分支,活体时虫体表膜柔软,完全伸展时呈长筒状;大核马蹄形,呈横位;伸缩泡单个,斜卧口围缘下方.口围缘纤维上连细密的环状纤维,下接两端较为粗壮,中间细长的纵长纤维,构成了连续的表膜下纤维系.(2)电镜下该种表面具沟、嵴、横纹结构,沟嵴相互交错;口围纤毛花瓣状:虫体表膜层呈齿状,具嵴状突起、泡间微管、表膜孔,胞质层包括内含胞器单一的致密原生质层和富含胞器的疏松原生质层.研究对该种的上述特征在虫体的收缩机制及与其他相似种之间的关系等方面进行了讨论.     

梨小食心虫滞育与非滞育幼虫过冷却能力与体内主要生化物质含量

梨小食心虫Grapholitha molesta(Busck)是我国北方果园中重要的果树害虫,现已成为泰安肥城桃园中为害最为严重的一种食心虫。本文主要测定了梨小食心虫滞育与非滞育幼虫的过冷却能力与体内主要生化物质的含量。研究结果表明;在26℃的温度条件下,滞育幼虫的过冷却点与结冰点均低于非滞育幼虫,但差异均不显著。滞育幼虫体内的含水量、糖原和蛋白质含量均极显著低于非滞育幼虫,但是滞育幼虫体内的总脂肪、甘油和海藻糖含量均极显著高于非滞育幼虫。研究结果说明,滞育幼虫在体内生理生化代谢做了调整,以应对不利环境条件的来临。     

高铁酸钾对几种常见鱼类病原菌的杀菌效果测定

试验测定了高铁酸钾(K2FeO4)溶液对8种常见鱼类病原菌的MIC(最小抑菌浓度,minimal inhibitory concentration,MIC)和MBC(最低杀菌浓度,minimal bactericidal concentration,MBC),并研究了不同浓度的K2FeO4溶液对几种病原菌的杀灭效果.结果显示,K2FeO4对温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、河弧菌(Vibrioflurialis)、弧菌Ⅰ组淡水亚组弧菌(Vibrio group Ⅰ freshwater subgroup)的抑制效果良好;当各试验菌液浓度约为105cfu/mL时,施以K2FeO4溶液作用1h后,对以上两种弧菌亦表现出最优的杀灭效果;基于以上试验结果,选取这两种最为敏感的病原菌测定其长势随消毒剂浓度和时间的变化情况.研究对于使用K2FeO4浸泡消毒鱼体或全池泼洒消毒池塘时具有指导意义,并为使用K2FeO4防治鱼类弧菌病研究工作的展开打下基础.