线粒体序列分析黑龙江流域哲罗鲑的种群遗传结构

哲罗鲑是我国土著的重要经济鱼类,近些年来,由于环境的恶化及人类活动的加剧,已对其资源量、栖息地、产卵场等造成了严重的破坏,种群处于濒危状态,被列入濒危物种红色名录中,因此研究哲罗鲑的群体遗传结构、演化历史、分布动态等对其进行有效保护具有重要意义.用线粒体Cox1和ND1基因序列对黑龙江流域内9个群体(n＝30)进行了遗传结构、群体演化分析.在30个个体中,Cox1扩增出1550bp的片段,群体间序列分歧距离在0～0.0028之间,共发现10个单倍型;ND1基因扩增出1000bp的片段,群体间序列分歧距离在0～0.0013之间,共发现7个单倍型.单倍型网络(TCS)和AMOVA分析结果均表明黑龙江流域哲罗鲑存在显著的群体分化,Cox1基因、ND1基因及组合数据的群体间Fst分别为0.0704、0.0491、0.0792,均达到显著性水平(P<0.05),根据配对群体间Fst(Pairwised Fst)可以将黑龙江流域哲罗鲑群体分为黑龙江上游群体、呼玛河群体、乌苏里江群体、内蒙古伊敏河上游群体4个地理群.9个群体共享同一个单倍型(BH11),表明这些群体具有相同的演化历史,为同一个祖先群体(黑龙江上游群体)演化而来.     

哲罗鱼消化系统器官发生发育的组织学观察

采用形态观察与连续组织切片技术,对哲罗鱼(Hucho taimen)胚胎期(水温7~8℃)和胚后期(水温3~14℃)消化系统的发生发育进行观察和研究。结果表明,哲罗鱼受精11d形成原始的消化管。受精18d肝原基出现,U型胃雏型形成。受精30d鱼体破膜,口能自由闭合。破膜8d后,齿形成,肛门与外界相通,消化道初步形成口咽腔、食道、U型胃、肠和肛门。破膜16d,胰及瓣囊出现,仔鱼消化系统初步具备了摄食和消化外源性食物的能力。破膜24d后,鱼体开始上浮,主动摄食,由内源性营养转向混合性营养。破膜30d后,卵黄囊完全被吸收,各消化器官功能和结构逐步发育完善,鱼体由混合性营养进入外源性营养阶段。此后随着鱼体的生长消化器官逐步发育成熟,舌齿和下颌齿分别为双排,胃腺发达,形成网状结构,幽门盲囊较多,肠为直行,肝和胰为相互分开的独立器官。     

肌间刺缺失对斑马鱼骨骼发育的影响

利用斑马鱼(Danio rerio)野生型与肌间刺完全缺失突变型个体,从骨骼染色和骨骼发育相关基因表达两方面,初步评价了肌间刺缺失对斑马鱼骨骼发育的影响。通过骨骼染色对比观察了两种肌间刺表型个体受精后8dpf(days post fertilization, dpf)到56dpf的骨骼发育情况,结果显示,两种肌间刺表型除肌间刺外,其他骨骼发育基本同步。此外,通过qRT-PCR实验检测分析了6个骨骼发育相关基因(bmp2a、bmp4、smad1、smad4a、runx2a和sp7)在不同肌间刺表型5个胚胎发育时期(3hpf囊胚期、6hpf原肠胚期、12hpf体节期、24hpf咽囊期和72hpf孵化期)和5个胚后生长阶段(15、30、45、60和75dpf)的表达情况。结果显示:在胚胎发育时期,野生型和突变型个体中bmp2a、bmp4、smad1、smad4a基因和突变型个体中sp7基因的表达均呈现先升后降的变化趋势,且在体节期达到最高表达水平;野生型和突变型个体中runx2a基因和野生型个体中sp7基因则表现为逐渐上升的趋势。6个基因在囊胚期和原肠胚期表达量无显著差异, bmp2a的表达...     

借助斑马鱼EST数据库从鲤鱼微卫星序列中寻找蛋白编码基因

应用in sifico的方法,利用Blastu和Blastx搜索引擎,将鲤鱼微卫星序列与GenBank数据库进行同源序列比对.利用Blastn,将侧翼序列长度＞50bp的875个鲤鱼微卫星序列与斑马鱼的EST数据库首先进行比对,结果找到了121个同源序列.随后采用Blastx搜索蛋白质数据库,有94个微卫星位点存在同源蛋白.除了33个假定和3个未知蛋白外,剩余的58个微卫星位点被成功地进行了功能注释,而且其中的7个位点已经定位在了鲤鱼连锁图谱上.另外,通过PCR-SSCP的方法,将两个与鲤鱼微卫星侧翼序列相匹配的斑马鱼EST序列开发成鲤鱼的STS标记,并将其中的一个标记HLJZe33定位到鲤鱼连锁图谱上.以上研究结果表明,通过比较基因组研究,模式生物斑马鱼的很多遗传和基因组资源都可以被利用到鲤鱼的基因组研究中.     

兴凯湖翘嘴鲌种群结构的变化

兴凯湖是中俄界湖 ,1982年、1998年对兴凯湖翘嘴捕获群体的生长、年龄进行研究。体重、体长关系式为 :1982 :W =0 0 12 2 3L2 .99743 (r=0 975 7,n =2 2 6 )　 1998:W =0 0 0 784 3L3 10 611(r=0 976 4 ,n =2 5 8)生长方程为 :1982 :　L =10 3 15 6 7(1-e-0 1173 (t 1 3 682 6) )　W =132 6 6 12 5 2 (1-e-0 1173 (t 1 3 682 6) ) 2 .99741998:　L =10 5 3910 (1-e-0 12 62 (t 0 5970 65) )　W =15 0 4 9 85 5 5 (1-e-0 12 62 (t 0 5970 65) ) 3 .10 611在 1982年渔获物中 ,4— 11龄的性成熟鱼占 5 6 0 % ,1998年占 12 8%。 1998年的渔获物中 1龄幼鱼数量剧增 ,占38 7% ,捕捞群体年龄结构严重低龄化 ,1998— 2 0 0 2年中国境内没有发现产卵汛场。     

鲤鱼野生群体线粒体部分基因片段序列比较

通过对线粒体16S rRNA基因、D-loop区和Cyt b基因部分片段测定,探讨我国鲤鱼C.carpio野生群体和云南大头鲤C.pellegrini的遗传变异和亲缘关系.数据和并后用于分析的序列共1 492 bp,变异位点221个,含简约信息位点217个,其中新疆群体用于分析的序列长度为1 478 bp.以云南大头鲤为外群,推测鲤鱼群体问的系统发育关系和分化时间,MP法和NJ法得到相似的系统树,新疆群体与其他群体的差异较大,遗传距离较远,单独聚为一支,其他群体间相似性较高聚在一起,新疆群体与其他群体间的分化时间约为2.42×106～2.45×106年前.     

基于整合图谱的鲤生长相关性状QTL的分布及变异规律

单个群体数量性状位点(QTL)的检测和识别效率通常是有限的,而多个群体能提高QTL的检测效率并能更好地了解其等位基因的变异和分布.本研究利用4个群体构建了鲤鱼的整合图谱,在此基础上比较分析了不同群体QTL的分布及变异.整合图谱长度为2371.6cM,包含257个微卫星(SSR)和421个SNP标记分布于42个连锁群,平均标记间隔为3.7cM.将4个群体的体重、体长、体高和体厚共67个QTL定位到整合图谱上进行比较分析,发现仅有1个QTL为3个群体共享,9个QTL为2群体共享,未发现4个群体均共享的QTL.QTL的比较分析结果表明,共享QTL可能在控制不同鲤鱼种质间生长性状中起主要作用.此外,探讨了QTL在不同群体间变化的原因和规律,同时揭示了主效和微效基因在不同群体中的遗传表现,为QTL定位策略和分子育种改良鲤生长性状提供理论基础.     

镜鲤(Cyprinus carpio)肌间刺数量微卫星标记筛选与相关性分析

该文从200个微卫星标记中筛选出149个多态性标记,并对镜鲤(Cyprinus carpio)子代个体数最多的家系进行了肌间刺数量的相关性分析。结果表明有8个微卫星标记与肌间刺数量显著相关(P<0.05)。其中,HLJ3086、HLJ2642及HLJ3515与肌间刺数量极显著相关(P<0.01)。多重比较同一标记不同基因型,得到与肌间刺数量相关的基因型。将得到的与肌间刺数量显著相关微卫星标记在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJ2891与斑马鱼编码蜘蛛毒素亲和蛋白-2(latrophilin-2-like)基因相似,一致度达92%,HLJ3515与斑马鱼编码丝氨酸/苏氨酸激酶32B(serine/threonine-protein kinase 32B-like)基因相似,一致度达81%。该结果为镜鲤肌间刺数量的分子标记辅助育种(molecular marker assisted breeding)提供了有效依据。     

哲罗鲑性别特异性标记筛选

研究通过比对哲罗鲑Hucho taimen (Pallas)基因组草图与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Y染色体序列,获得哲罗鲑性别相关的候选序列,并设计3对PCR扩增引物,以此筛选哲罗鲑性别特异性标记。初步筛选结果显示,在设计的3对引物中,引物ST2在雌鱼中无扩增条带,在雄鱼中有153 bp的扩增条带,可作为哲罗鲑雄性特异性候选标记。为了消除样本降解及失误等因素导致的条带缺失,研究以12S rRNA为参照,采用双重PCR法,在12S rRNA引物扩增出条带的前提下,用ST2引物条带的有无来判断性别,雌鱼为单带,无ST2引物条带;雄鱼为双带,有ST2引物条带。同时为了验证本方法的可靠性,对已知性别的哲罗鲑48尾雌、雄样本进行了检测,结果显示该方法遗传性别鉴别准确率为100%。用此标记筛选哲罗鲑雌、雄鱼简单易行,为哲罗鲑遗传学研究、单性养殖和性别控制育种等研究奠定了基础。     

哲罗鱼微卫星亲子鉴定的应用

该文通过7对微卫星标记,对哲罗鱼的微卫星亲子鉴定准确率、亲子鉴定能力与候选亲本群体大小的关系及应用作了研究.通过计算机软件分析,亲子鉴定能力随候选亲本群体的增大而减小.在81个可能的父母对条件下,单独养殖家系鉴定准确率为80%,混合养殖家系有78.9%的后裔可以鉴定其父母;而在9个可能的父母对条件下,单独养殖家系鉴定准确率为93.3%,混合养殖家系鉴定率为92.2%.该研究表明微卫星分子标记可以用于哲罗鱼的家系鉴定.