原位杂交研究对虾白斑杆状病毒在虾体内感染过程

应用地高辛标记的对虾白斑杆状病毒（ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ,ＷＳＳＶ）核酸探针,与人工感染后不同时间采集的对虾组织样品进行原位杂交,以动态研究病毒从侵染至对虾以病死亡的过程。将典型感染ＷＳＳＶ的病虾组织投喂健康对虾,结果显示：ＷＳＳＶ道德通过侵染消化道上皮进入虾体内增殖,此后随着细胞裂解、病毒粒子释放,游离的粒子伴随血淋巴循环进而杂其它靶组织,直至对虾发病死亡     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.     

抗生素对于对虾苗池水体细菌区系的影响

以细菌16S rDNA片段作为分子标记,采用PCR结合DGGE（Denaturing gradient gel electrophoresis）的方法构建了细菌区系指纹图谱,研究了对虾苗池使用硫酸链霉素、土霉素和氨苄青霉素3种抗生素后水体细菌区系的变化.结果表明：在120 h试验期内,与对照组相比,苗池水体分别经0.5 mg·L^-1的硫酸链霉素、土霉素和氨苄青霉素处理后,细菌区系均产生了显著变化;对照组水体0～30 h时段的细菌DGGE条带聚为一组,56～120 h取样时的条带聚为一组;而3个处理组水体0～56 h时段的细菌DGGE条带聚为一组,72～120 h聚为一组.对DGGE图谱典型条带进行测序,经BLAST-N比对,表明对虾苗池水体细菌多样性丰富,包括可培养的细菌（主要包括亚硫酸盐杆菌、红假单胞菌、美人鱼发光杆菌、聚球菌、海洋放线菌、黄杆菌、丝状光合细菌、粘细菌、哈氏弧菌）和某些不可培养的其他海洋细菌等.其中,单胞菌、发光杆菌、放线菌、黄杆菌、粘细菌和2种不可培养的其他海洋细菌不受抗生素的影响;而硫细菌、丝状光合细菌和另外8种不可培养的其他海洋细菌则因抗生素种类不同产生了不同的时空变化.     

对虾白斑综合征杆状病毒同源性比较的研究

比较我国沿海不同海域对虾白斑综合征杆状病毒三个分离株即唐海分离株（渤海湾）,宁波分离株（东海）,深圳分离株（南海）的同源性。三个WSSV分离株基因组的限制性内切酶(Sac I,Hind III,Pst I)酶切多态（RFLP）以及病毒结构蛋白图谱完全一致,证实造成我国从南至北对虾爆发性流行病的对虾白斑杆状病毒为同一种病毒。利用高保真Taq酶,分别以报道的日本对虾杆状病毒（RV-PJ＝PRDV）,斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV＝PmNOBIII）基因组核酸片段特异性引物进行PCR扩增,结果均能从中国对虾白斑杆状病毒（WSSV）基因组中扩增得到相应大小的PCR产物,扩增产物序列分析表明中国对虾白斑杆状病毒（WSSV）与斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV＝PmNOBIII）,日本对虾杆状病毒（RV－PJ＝PRDV）同源率分别为100％与97％,其结果为证实亚洲及太平洋地区对虾白斑综合征杆状病毒为同一种病毒或同一种病毒的不同株系提供了证据。     

糙刺参（Stichopus horrens）线粒体基因组及一种新的基因排列顺序

线粒体基因组序列在后口动物进化研究中有着重要的作用.本研究使用PCR方法获得糙刺参（Stichopus horrens）线粒体全基因组序列.该序列全长16257bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因.除了一个蛋白编码基因（nad6）和5个tRNA基因（tRNASer（UCN）,tRNAGln,tRNAAla,tRNAVal,tRNAAsp）在轻链上编码外,其余的基因都在重链上编码.糙刺参线粒体重链碱基有30.8%A,23.7%C,16.2%G,和29.3%T构成.假定的线粒体控制区长675bp.基因间间隔碱基长1～50bp,共227bp.11个基因间有重叠碱基,长1～10bp,共25bp.13个蛋白编码基因起始密码子均为ATG,终止密码子大多为TAA（nad3和nad4的为TAG）.亮氨酸编码频率最高（16.29%）,随后是丝氨酸（10.34%）和苯丙氨酸（8.37%）.所有的22个tRNA基因均能折叠成三叶草结构.通过和其他4种海参的线粒体基因排列顺序比较,本研究发现糙刺参的线粒体基因排列顺序是一种新的排列方式.