藏鸡微卫星文库的构建与微卫星标记筛选

通过磁珠富集法构建了藏鸡基因组微卫星富集文库,分离微卫星序列并对其进行分析.将藏鸡基因组DNA经Sau3AI酶切后纯化回收,连接特定接头.用生物素标记的(CA)12探针与藏鸡基因组酶切回收片段杂交,捕获200～900 bp片段,随后将获得的片段连接到pMD 18-T载体上,转化至JM109中,成功构建藏鸡微卫星富集文库.从1200个转化子中获得了353个阳性克隆,随机挑选53个测序,根据测序结果成功设计了18对藏鸡微卫星引物,最终筛选出6个具有多态性的微卫星标记,其PIC值均大于0.5,同时可以用于研究藏鸡遗传多样性.实验结果表明磁珠富集法能够有效提高分离微卫星标记的效率.     

康氏木霉基因组DNA提取方法的比较研究

采用3种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度也较高,但是价格昂贵,饱和酚抽提法提取的DNA浓度不高,且易有降解现象,不适合分子生物学操作的要求。     

缺血后低压灌注处理对兔脊髓缺血/再灌注损伤的保护及ERK传导通路在其中的作用

目的 评价细胞外信号调节激酶 (ERK)传导通路对低压灌注缺血后处理兔缺血/再灌注损伤脊髓的保护作用及机制.方法 84只日本大耳白兔随机分为7组,分别为C组(对照组,不给予缺血后处理)、PB组(缺血后处理组)、D、PD1、PD3、PD9组分别于腹主动脉开放前1min鞘内注射DMSO 20μl、PD98059 1μg(20μl)、PD98059 3μg(20μl)、PD98059 9μg(20μl)之后进行缺血后处理及PD组(腹主动脉开放前1min鞘内注射PD98059 3μg(20μl),之后不行缺血后处理).分别于再灌注1、3、7、28d时采用Tarlov评分评价后肢运动功能.每组于再灌注1d时处死6只动物,取L3～5节段脊髓组织,采用Western blot技术测定p-ERK1/2 及Bcl-2,Bax蛋白表达.结果 1、3、7、28d,PB组Tarlov评分明显高于其它各组(P<0.05),缺血后处理可以明显上调p-ERK1/2及凋亡抑制基因Bcl-2的表达,下调凋亡促进基因Bax的表达(P<0.05),而这些调节作用可以被ERK1/2阻断剂PD98059抑制.结论 p-ERK1/2在低压灌注缺血后处理对缺血再灌注损伤脊髓的保护中起重要作用.     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.     

无机盐、维生素与植物生长调节剂对绣球菌菌丝生长的影响

研究了无机盐、维生素、植物生长调节剂对绣球菌菌丝生长的影响。结果表明：硫酸镁、磷酸二氢钾和氯化钠质量浓度为1.0 g/L时,菌丝生长速率达到最大,随着添加量增加,菌丝生长速率呈下降趋势;维生素B1、B4、B6在供试范围内对菌丝生长的促进作用较强,维生素B2、B12对菌丝生长影响不显著,在含有8 mg/L维生素B4的培养...     

利用siRNA高通量测序技术筛查蚊子体内携带的RNA病毒

昆虫可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。通过第二代测序技术对蚊子的小RNA进行高通量测序,再通过生物信息学方法寻找其中的RNA病毒序列,发现在我国云南地区的白纹伊蚊和致倦库蚊体内存在Marayo,Omsk hemorrhagic fever和Ilheus等RNA病毒的基因片段。至此建立了发现媒介昆虫体内携带病毒的一种新方法,可用于媒介昆虫携带RNA病毒的本底调查。     

急性胃肠炎暴发中GⅠ.5[P4]型诺如病毒的遗传进化分析

近年来,南京市急性胃肠炎暴发呈上升趋势,主要是由GⅡ型诺如病毒(norovirus,NoV)引起,GⅠ型较为少见.本研究通过对南京市输入性病例和本地性暴发急性胃肠炎疫情中GⅠ.5[P4]型NoV进行遗传进化分析,为本地疫情控制和处置提供科学依据.对两起暴发疫情采集的18份样本进行荧光定量RT-PCR检测,并对NoV阳性样本部分聚合酶区和衣壳蛋白区进行一步法RT-PCR扩增、测序,结合参考株进行序列比对和进化树分析.18份样本中,GⅠ型NoV阳性5份,其中4份扩增出条带,其N/S区域序列与2016-2018年已公布的GⅠ.5[P4]同源性高达99.0％以上.其部分聚合酶区同1987年之后检出的GⅠ.P4进化距离较近,变异不大.部分衣壳蛋白区在2003-2013年发生较为明显的进化,形成新的簇,期间在2008年又继续进化,慢慢趋于稳定.这是南京市首次在输入性病例和本地暴发疫情中均检出同源性极高的GⅠ.5[P4],该NoV虽然在聚合酶区和衣壳蛋白区并没有发生较大进化,但是通过重组已在亚洲地区人群特别是中国多个城市导致了急性胃肠炎流行.因此,该型病毒株将是本市今后监测的重点.     

基因组测序分析广叶绣球菌SP-A菌株的遗传差异

广叶绣球菌Sparassis latifolia是一种极具开发潜力的食药用真菌,新品种的选育是其产业发展的迫切需求。绣球菌新品种‘SP-A'是福建省农业科学院选育的绣球菌工厂化栽培新品种,但由于缺少基因组信息,严重阻碍了其相关基础研究。本研究利用高通量测序技术,对‘SP-A'全基因组进行测序,获得了1.58Gb高质量测序数据,Q30达到95.55%。与‘闽绣1号'参考基因组平均比对率为76.86%,平均覆盖深度为28X,基因组覆盖度为93.51%,共检测到273 587个单核苷酸多态位点,40 772个小片段插入缺失位点,这些变异共导致了7 954个基因变异。研究初步揭示了‘SP-A'的基因组特征,为相关分子标记筛选及辅助育种、遗传分析和功能基因克隆提供了重要的分子标记资源。     

整合转录组数据鉴定大型真菌原基形成的潜在通路

[背景]大型真菌子实体发育特别是从菌丝体到原基转变的分子机制,目前仍不清楚.现有的研究大多集中在有限的真菌种类或环境因素上,但对在发育中起关键作用的基因提供的信息有限.[目的]研究大型真菌原基形成的分子机制.[方法]对11个物种及4个环境因子相关的转录组数据进行分析.[结果]与对照组相比,上调基因数量从白灵菇(Pleu...     

模糊与噪声对人耳识别性能的影响

目的:评价模糊与噪声对不同图像识别算法在人耳图像识别过程中的影响。方法:对500个清晰图像进行模糊和热噪声处理,比较方向梯度直方图(HOG)、局部相位量化(LPQ)和局部二值模式(LBP)三种不同的特征提取算法对生物识别性能的影响。结果:HOG、LPQ和LBP算法对清晰人耳图像的识别率都很高,在无噪声和模糊等信号衰减的情况下,识别率分别达到了85.96%、95.62%和91.36%。在这三种算法中,模糊和热噪声对人耳识别能力均有不同程度的下降。热噪声对人耳识别能力的影响显著高于模糊,但是当模糊和热噪声同时存在图像中时,模糊和噪声会互相加强,导致三种人耳识别算法均不能获得好的识别结果。结论:LPQ算法对模糊有较好的识别性,并且在人耳图像的获取和处理过程中可尽量减少热噪声的产生。