虾夷扇贝遗传结构及微卫星标记与经济性状相关分析

选用30个多态性微卫星分子标记对大连大长山(96个)、大连獐子岛(96个)及日本青森县陆奥湾(96个)3个地区虾夷扇贝养殖群体(Patinopecten yessoensis)进行遗传多样性分析。结果显示,30个基因座共检测到198个等位基因(Na),平均等位基因数为6.63个,每个座位检测到的等位基因数为3-12,有效等位基因数(Ne)每个位点平均为4.70个,观测杂合度(Ho)平均值0.58,期望杂合度(He)的平均值为0.75,30个位点的平均多态信息含量为0.703,说明3个地区虾夷扇贝群体遗传多样性水平较高。运用统计软件SPSS11.5对30个微卫星标记与大长山群体生长性状相关性进行了分析。结果表明,位点DQ221714和FJ262378与壳长、壳高、壳宽和鲜重显著相关(P0.05)位点;位点FJ262372与壳宽、软体部重和闭壳肌重显著相关;位点FJ262369与软体部重及闭壳肌重显著相关。对差异显著的位点进行不同基因型间的多重比较,找到了与虾夷扇贝生长性状相关的基因型,进一步将所得显著性标记对大长山虾夷扇贝个体最大的17个和个体最小的13个基因组DNA进行检测,验证其准确性。结果表明,位点DQ221714在两组虾夷扇贝中存在特异性条带,可作为QTL定位候选标记。     

马氏珠母贝(Pinctada martensii)黑壳色养殖群体SSR遗传多样性分析

本研究利用微卫星分子标记技术,对马氏珠母贝(Pinctada martensii)F8代黑壳色普通养殖群体和黑壳色选育群体2个群体共78个个体的遗传多样性进行分析.结果显示,10个SSR位点共扩增出34个等位基因,各位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.4个,黑壳色普通养殖群体和黑壳色选育群体等位基因数(Na)分别为3.3和3.2,有效等位基因数(Ne)分别为1.993 5和1.931 0;香农多样性指数(Ⅰ)为0.801 3和0.746 4;观测杂合度(Ho)分别为0.330 0和0.286 7;期望杂合度(He)分别为0.469 8和0.434 3;多态信息含量(PIC)分别为0.403和0.377.Hardy-Weinberg平衡检验发现,2个群体分别有6个、7个位点偏离平衡(P＜0.05),其中在4个相同位点中偏离平衡,且均表现为杂合子缺失(Ho＜He).两群体的遗传分化指数(Fst)、近交系数(Fis)、基因流(Nm)分别为0.0372和0.309 0和6.471 7.研究结果显示:经过连续的继代选育,马氏珠母贝黑壳色选育群体仍然保持适中的遗传多样性,具备作为选育材料的潜力.     

马氏珠母贝F8代黑壳色选育系群体与普通养殖群体遗传多样性分析

利用9个SSR分子标记研究马氏珠母贝F_8代黑壳色选育群体与普通养殖群体的遗传多样性。结果显示:9个位点共检测出30个等位基因,各位点的等位基因数(Na)为2～5,平均等位基因数为3.333 3个。F_8代黑壳色选育系群体和普通养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为2.777 8、3.222 2;平均有效等位基因数(Ne)分别为2.162 5、2.031 9;平均多态信息含量PIC值范围为0.129 1～0.730 0,平均期望杂合度(He)范围为0.223 1～0.857 7,平均观测杂合度(Ho)范围为0～0.950 0。F_8代黑壳色选育系群体有3个位点观测杂合度为0,说明这3个位点已被纯化。哈迪-温伯格平衡(HWE)检验发现,F_8代黑壳色选育系群体中有7个位点、普通养殖群体中有5个位点极显著偏离平衡(p0.01)。两群体遗传分化系数(Fst)为0.146 3。各项遗传参数表明,经8代群体继代选育,马氏珠母贝黑壳色选育系群体部分位点已被纯化,遗传多样性较普通养殖群体有所降低,但仍保持在较高水平。     

藏绵羊12个SSR位点的遗传多样性分析

本研究旨在以分子生物学技术研究青海省高原型藏绵羊的遗传变异情况。实验采集了高原型藏绵羊4个地理群体共计380份样本,使用微卫星多态性评估高原型藏绵羊不同地理群体的遗传多样性。数据分析结果表明:(1)各微卫星座位具有较高的平均等位基因数,其中,TJJ群体(天峻九社群体)的平均等位基因数为11个,TJS群体(天峻十一社群体)为11个,ZD (治多群体)群体为10个,MQ群体(玛沁群体)的平均等位基因数为7个。(2)高原型藏绵羊4个群体MQ、ZD、TJJ、TJS的期望杂合度(HE),观测杂合度(Ho)以及多态信息含量(PIC)的平均值分别为:0.64、0.68、0.69、0.71;0.66、0.61、0.65、0.67;0.60、0.66、0.66、0.68。表明青海省高原型藏绵羊的遗传多样性较高,本研究可为保护和利用青海省高原型藏绵羊提供理论依据。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

基于微卫星的中华鳖(Pelodiscus sinensis)选育世代遗传多样性监测

本研究利用微卫星技术,对选育的中华鳖F3、F4、F5代群体的遗传多样性进行了监测,并与日本鳖群体进行了比较。结果显示,在筛选的15个微卫星位点中,4个群体共218个个体共检测到等位基因数138个,平均等位基因数(Na)为7.2~8.4,平均观测杂合度(Ho)为0.512 3~0.626 5,平均期望杂合度(He)为0.574 9~0.646 1,平均多态信息含量(PIC)为0.534 6~0.604 9,表明这些中华鳖群体有较丰富的遗传多样性。中华鳖选育群体F3、F4、F5代及日本鳖群体的遗传多样性参数Na分别为8.400、7.733、7.200、7.200,Ho分别为0.626 5、0.527 4、0.478 7、0.512,He分别为0.646 1、0.639 8、0.642 0、0.574 9,PIC分别为0.604 9、0.598 2、0.594 9、0.534 6,显示中华鳖群体随着选育进程,遗传多样性逐渐下降,但仍然比日本鳖群体高,还可以进行进一步的选育。中华鳖选育群体在聚类分析中聚为一支,而日本鳖群体单独聚为一支,这说明人工选育对生物进化与地理分化的历史局面没有产生影响。     

企鹅珍珠贝养殖群体与涠洲岛野生群体的微卫星分析和形态分析

本研究应用19对马氏珠母贝(Pinctada martensii)微卫星引物,分析企鹅珍珠贝(Pteria penguin)涠洲岛野生群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,19个微卫星位点在野生和养殖群体中的平均等位基因数(Na)分别为4.0和3.0,平均有效等位基因数(Ne)分别为3.255 5和2.803 5,群体平均多态信息含量(PIC)为0.548 5,说明企鹅珍珠贝群体的多态性水平较高。野生群体的平均观测杂合度(Ho)为0.679 8,平均期望杂合度(He)为0.674 9,平均Shannon's多样性信息指数(I*)为1.197 9;养殖群体的Ho、He和I*则分别为0.554 8、0.551 1和0.900 1,说明涠洲岛野生群体的遗传多样性要高于养殖群体。各座位平均遗传分化系数(Fst)为0.038 9,平均基因流(Nm)为6.177 5,说明涠洲岛野生群体和养殖群体间基因交流较频繁,群体遗传分化很小。采用通径分析法探讨涠洲岛野生和养殖群体的壳长、腹缘壳高和垂直壳高对壳宽的决定效应,以探索形态性状与分子标记的关联。结果显示野生群体壳长对壳宽的直接影响最大,养殖群体垂直壳高对壳宽性状的直接作用最大。将三个指标与腹缘壳高的比值进行比较,以消除两个群体年龄差异造成的误差,结果显示涠洲岛野生群体的壳长/腹缘壳高值(0.701 6)明显低于养殖群体(1.077 9),可作为SSR分子标记的有力补充用于快速鉴别企鹅珍珠贝野生群体和养殖群体。     

湖栖鳍虾虎鱼微卫星DNA标记的 开发与群体遗传多样性分析

为研究雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传多样性,对湖栖鳍虾虎鱼雌雄性腺进行转录组测序,采用MISA软件进行微卫星分析,共获得25 452个微卫星标记,其中包含14 708个单碱基重复类型,6 175个2碱基重复类型,3、4、5和6碱基重复类型数目分别为4 223、327、15和4。随机选取50个微卫星位点设计引物,能够扩增出清晰稳定条带的有39对,其中,11个位点表现出不同程度的多态,28个位点呈现单态。利用11个具有多态性的微卫星位点分析湖栖鳍虾虎鱼在廉江市高桥镇红树林保护区、湛江东海岛、雷州市附城镇和雷州市九龙山红树林国家湿地公园4个野生群体中的遗传多样性及遗传结构,11个微卫星位点呈现出不同程度的多态性,等位基因数(Na)2～15,平均等位基因为(6?3.9)个,有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别在1.919～2.485、0.343～0.465和0.381～0.483之间,平均多态信息含量(PIC)为0.348～0.465。Hardy-Weinber平衡分析显示,4个群体的大部分位点未偏离平衡。在每个群体中进行连锁不平衡分析,有18对位点间显著(P 0.05)或者极显著(P 0.01)偏离连锁平衡。遗传分化系数在0.107～0.216之间,表明4个群体的遗传分化达到了中等水平以上。分子方差分析(AMOVA)显示,湖栖鳍虾虎鱼大部分的差异来自于群体内而非群体间。     

中华绒螯蟹“长荡湖1号”连续3个世代的遗传多样性分析

为了解选育对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)“长荡湖1号”遗传多样性的影响,研究采用20个微卫星位点对“长荡湖1号”A系和B系各连续3个世代进行遗传多样性分析。结果如下:20个微卫星标记在6个群体中共检测到551个等位基因,各位点的平均等位基因数(N_a)和平均有效等位基因数(N_e)分别为27.55和13.61,平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.72和0.90,平均香农信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为2.73和0.89。在选育过程中,A系和B系3个世代的PIC均有下降趋势,各群体的H_e和H_o均维持较高水平。A系子一代(G1)和子二代(G2)的有效群体数量(N_e)分别为72.7和111.8,B系G1和G2的有效群体数量分别为67.7和115.8,均维持在较高水平。Hardy-Weinber平衡检验结果显示,有72.5%的数据偏离Hardy-Weinber平衡,表明选育群体的遗传结构处于相...     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记,对4个中华绒螯蟹群体(江苏、安徽、辽宁、天津)的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445bp,在群体间扩增出2—10个等位基因,共计155个等位基因,平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne)为4.3491—4.7234,平均观察杂合度(Ho)为0.5690—0.6722,平均期望杂合度(He)为0.7238—0.7546,并通过基因型的P值,确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡;同时对4个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析结果表明,安徽、江苏、天津聚为一支,属于长江河蟹类型,辽河种群单独聚为一支。     

梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析

利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454～0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.     

元江鲤种群遗传多样性

选择12对微卫星标记检测了于2011年采集自元江(红河上游中国江段)5个样点192尾鲤的群体遗传多样性.共检测到201个等位基因,每个位点等位基因2-27个.各群体各位点平均等位基因(NA)12.25-14.67个,平均有效等位基因(NE)8.28-9.73个,平均观察杂合度(Ho)o.7765-0.8037,平均期望杂合度(HE)0.7761-0.8080,平均多态信息含量(PIC)0.7534-0.7843.元江鲤种群192个个体各位点NA、NE、Ho、HE、PIC分别为16.50、11.26、0.7927、0.8049、0.7966,种群遗传多样性水平高.元江鲤群体之间遗传分化小,可作为一个种群管理单元进行管理.增殖放流要防止遗传多样性丧失.     

广东省猴耳环遗传多样性研究

为了解猴耳环(Archidendron clypearia)种质资源的遗传多样性,以广东省12个野生猴耳环群体的146份种质资源为材料,采用SSR分子标记技术对其遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,21对SSR引物共检测到249个等位基因,平均每对SSR引物检测的等位基因数(Na)为11.857,有效等位基因数(Ne)为3.500,期望杂合度(He)为0.718,多态信息含量(PIC)为0.676;12个群体中博罗群体的Shannon多样性指数(I=0.528)和有效等位基因数(Ne=0.716)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间的遗传分化系数为0.071,AMOVA分析表明,猴耳环的遗传变异主要在群体内(97%),群体内的遗传分化大于群体间。聚类分析表明,遗传系数在0.16时,可将12个群体分为6大类,与主坐标分析的结果大致相同。这为发掘、利用与保护猴耳环群体种质资源,开展猴耳环优良品种的遗传育种提供重要的理论依据。     

基于SSR标记探讨三种金花茶植物的遗传多样性和遗传结构

薄叶金花茶、小花金花茶和小瓣金花茶是三种濒危金花茶植物,为了解珍稀濒危植物遗传多样性和遗传结构,该研究利用微卫星标记对他们的7个种群共184个个体进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:11个位点共检测到等位基因92个。在物种水平上,小瓣金花茶平均等位基因数(N_A)为3.9、有效等位基因数(N_E)为2.328、观测杂合度(H_o)为0.520、期望杂合度(H_e)为0.501,高于薄叶金花茶和小花金花茶。在种群水平上,有效等位基因数(N_E)在1.788～2.466之间,期望杂合度(H_e)在0.379～0.543之间;种群间遗传分化系数(FST)在0.143 7～0.453 3之间,种群间基因流(N_m)在0.301 5～1.488 9之间。AMOVA分子变异分析显示65.72%的变异存在于种群内。三种金花茶具有较低水平的遗传多样性和高水平的种群间遗传分化。STRUCTURE和PCoA种群遗传结构分析结果将取样种群分为2组,即薄叶金花茶和小花金花茶大部分个体分为一组,小瓣金花茶大部分个体分为一组。现存所有种群应根据实际情况尽快采取就地保护或迁地保护措施。     

甘肃金鳟遗传资源评价及其与日本金鳟和道氏虹鳟遗传分化研究

为分析甘肃金鳟遗传资源状况, 研究利用18 个微卫星DNA 标记, 对甘肃金鳟、日本金鳟和道氏虹鳟3 群体各50 尾个体进行了遗传分析, 以评价甘肃金鳟遗传资源状况并研究其与日本金鳟和道氏虹鳟遗传分化情况。结果表明甘肃金鳟具有较丰富的遗传变异, 15 个微卫星DNA 座位共获得了51 个等位基因, 有效等位基因数(Ne)为1.13, 多态信息含量(PIC)为0.440, 平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.430 和0.498。在Hardy-Weinberg 平衡条件下, 进行了P 检验, 发现3 个群体均有位点发生了显著偏离; 对3 个群体进行了Fst 值计算, 表明群体间存在着一定程度的遗传分化, 但遗传变异绝大部分存在于品种内。综合分析,认为甘肃金鳟遗传性状基本稳定, 遗传变异度较高, 遗传多样性相对丰富, 具有较大的遗传潜力, 与道氏虹鳟和日本金鳟群体间分化明显, 人工选育对群体的遗传变异产生了一定的影响。研究结果对甘肃金鳟的保种、选育及其合理的推广应用具有一定的指导作用。       

SSR不对称PCR法分析虾夷扇贝遗传多样性

采用微卫星引物的不对称扩增法(即不对称PCR-SSR方法),得到了较为准确的微卫星,运用8对微卫星标记对取自日本青森县的自然群体(QSX)、俄罗斯海参崴自然生群体(HSW)和大连旅顺口的自然群体(LSK)及大连的广鹿岛(GLD)、獐子岛(ZZD)、小长山(XCS)和凌水桥(LSQ)养殖群体进行遗传多样性分析.平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.51563～0.64583和0.67575～0.74535,其中QSX群体的平均杂合度最高,HSW群体的最低,各群体间的差异不显著,说明中国的扇贝的群体遗传多样性仍然处于一个很高的水平,种质资源较丰富.并对常规PCR和不对称PCR方法扩增微卫星的优缺点进行了探讨.     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记，对4个中华绒螯蟹群体（江苏、安徽、辽宁、天津）的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445 bp，在群体间扩增出2—10个等位基因，共计155个等位基因，平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne) 为4.3491—4.7234，平均观察杂合度(Ho) 为0.5690—0.6722，平均期望杂合度(He) 为0.7238—0.7546，并通过基因型的P值, 确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡；同时对4个群体的遗传距离进行了估算, 聚类分析结果表明，安徽、江苏、天津聚为一支，属于长江河蟹类型，辽河种群单独聚为一支。     

内蒙古西伯利亚杏群体遗传多样性和遗传结构分析

利用27对SSR分子标记对内蒙古地区13个西伯利亚杏群体的遗传多样性和遗传结构进行分析,评价其遗传多样性水平和分化程度,为内蒙古西伯利亚杏资源的合理保护与利用提供理论依据。结果显示:(1)27对SSR引物共检测到512个等位基因(Na),各位点平均等位基因数(Na)和多态性信息含量(PIC)分别为19和0.84;物种水平上Shannons信息指数(I)和期望杂合度(He)分别为2.25和0.73。(2)群体水平上的等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannons信息指数(I)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为6.95、4.48、1.60、0.76和0.56;其中科左后旗群体遗传多样性最丰富,克什克腾旗群体遗传多样性最低。(3)基于F统计量分析的遗传分化系数(Fst)为0.12,基因流(Nm)为1.86;分子方差分析显示内蒙古西伯利亚杏群体大部分遗传变异来自群体内(92%),群体间的遗传变异仅占8%。(4)内蒙古西伯利亚杏群体遗传距离为0.04~0.67,遗传相似度为0.33~0.83;遗传相似度的聚类分析、遗传距离的主坐标分析和遗传结构分析(Structure)均将供试13个群体划分为4组。Mantel检测显示,内蒙古西伯利亚杏群体遗传距离与地理距离呈显著相关关系(r=0.453,P0.01)。研究表明,内蒙古西伯利亚杏资源具有丰富的遗传多样性,这一特性与其群体的大小、悠久的演化历史以及自身生物学特性相关;内蒙古西伯利亚杏群体间存在中等程度的遗传分化,这可能源于自然地理隔离以及近期人类活动引起的生境片段化。     

从松属相关物种筛选红松微卫星标记及其种群遗传多样性分析

近缘物种筛选法是获取微卫星引物的主要方法之一。利用松属植物EST-SSRs的种间通用性,从马尾松微卫星引物中筛选出红松EST-SSR标记,并与已有的红松基因组SSR标记进行对比分析。采集长白山露水河红松母树林4个种群的248个样本,分析种群遗传多样性。结果表明:马尾松与红松的种间通用率为27.27%,松属内不同亚属物种间的种间通用性偏低;与红松基因组SSRs相比,EST-SSRs的单位点等位基因数(N a)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等遗传多样性参数均较低;用2组引物分析4个种群的遗传多样性,发现有效等位基因均能反映出不同种群遗传变异的趋势,基因多样性均能反映出遗传同一性的差异,说明两组引物都能准确地反映红松种群的遗传多态性水平,新筛选的EST-SSRs可以用于红松种群遗传多样性研究。     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中,13对引物能成功扩增,且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定,其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间,扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个;观测杂合度在0.25与0.8之间,平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2 ,平均期望杂合度(He)是0.8±0.09 ;群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下,养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体,分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。