用正交设计优化荔枝RAPD反应体系

以改良CTAB法提取的荔枝基因组DNA为模板,应用L25(56)正交表,研究了Taq、Mg2+、随机引物、dNTPs和DNA模板5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响,量化分析结果表明:正交设计可以应用于RAPD反应体系的建立。用这种方法建立的荔枝RAPD-PCR优化反应体系为:25μL反应体系中含1×Buffer、2.0mmol/LMg2+、2.0UTaqDNA聚合酶、0.15mmol/LdNTPs、0.6μmol/L随机引物、25ngDNA模板。     

桔梗RAPD反应体系的优化

以通化桔梗为材料,用改进的CTAB法提取桔梗叶片的总DNA,通过对不同镁离子浓度、dNTP浓度、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量条件下的RAPD扩增反应的效果,建立了一个适合桔梗的比较稳定的RAPD反应体系,用于桔梗遗传多样性分析。结果表明,桔梗RAPD扩增反应的最佳体系为:模板DNA20ng,dNTP150μmol/L,引物0.3μmol/L,Mg2+浓度2.0mmol/L,TaqDNA聚合酶1Unit,10×Buff-er2.0μL,PCR反应总体积为20μL。按此优化RAPD条件进行实验,重现性良好。     

杨梅RAPD-PCR体系的正交优化研究

以杨梅DNA为模板,对影响杨梅RAPD-PCR扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立杨梅RAPD反应的最佳体系。通过采用正交试验设计的方法,对杨梅RAPD-PCR条件进行了优化,结果表明最佳的杨梅RAPD-PCR的反应体系(20μl)中含有1×buffer,1.0U TaqDNA聚合酶,3.0mmol/L MgCl2,0.30mmol/L dNTPs,1.5μmol/L引物和模板DNA 30-40ng。适宜的扩增条件为94℃预变性3min,再进入38个PCR循环(94℃变性30s,38℃退火30s,72℃延伸90s),72℃延伸7min,4℃保存。     

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)基因组DNA提取及RAPD分子标记反应体系的建立

本研究以改良的CTAB法提取酥瓜基因组DNA,利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜RAPD-PCR反应体系的5个影响因素(引物,dNTPs,Taq DNA聚合酶,Mg~(2+)和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在30~50℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜RAPD-PCR反应体系。研究表明,在25μL反应体系中,含有引物0.8μmol/L、dNTPs 0.3μmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、Mg~(2+)0.5 mmol/L、DNA模板30 ng为最佳反应体系,RAPD-PCR扩增程序中最佳退火温度为37.6℃。该体系有助于酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价。     

白色念珠菌RAPD反应体系优化的研究

建立白色念珠菌RAPD的最佳反应体系,并应用于其基因组DNA扩增。通过单因子试验分别研究了Mg^2＋、dNTPs、Taq酶、引物和模板DNA等浓度对RAPD反应的影响;同时,应用L16（4^5）正交试验研究了DNA模板、Mg^2＋、Taq酶、dNTPs和引物浓度对RAPD反应的影响。以条带稳定、丰富、清晰为标准,获得了白色念珠菌基因组DNA的RAPD扩增优化条件;对于白色念珠菌的最适RAPD反应体系为Mg^2＋1．5mmol／L、dNTPs250μmol／L、引物0．6μmol／L、模板100ng／25μL、TaqDNA聚合酶1．5U／25μL。     

宽叶缬草DNA的提取及正交优化RAPD反应体系

[目的]确定适合宽叶缬草RAPD分析的DNA提取方法以及建立最佳RAPD反应体系。[方法]比较宽叶缬草基因组DNA的两种提取方法(经典CTAB法、试剂盒法);采用正交设计L16(45),针对Taq DNA聚合酶浓度,d NTP浓度,Mg2+浓度,引物浓度,DNA模板浓度进行RAPD扩增,确立最佳RAPD反应体系。[结果]综合比较,试剂盒法较适合宽叶缬草基因组DNA提取;25μl最适宽叶缬草RAPD反应体系为:2.0 U Taq DNA聚合酶、0.4 mmol/L d NTP、4.0 mmol/L Mg2+、4.0μmol/L随机引物、60 ng模板DNA、2.5μl 10×buffer。[结论]试剂盒DNA提取法和正交优化的反应体系适用于宽叶缬草的RAPD分析,为进一步研究黔产宽叶缬草药材遗传多样性奠定了基础。     

水稻RAPD反应体系的正交优化

以焦旱1号总DNA为材料,首先对影响RAPD-PCR反应的模板DNA、Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等因素进行了初步优化,分析了各因素对RAPD-PCR扩增结果的影响.在此基础上对影响RAPD-PCR反应的Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等4个主要因素进行正交优化,研究结果表明:在25 μl RAPD-PCR反应体系中,模板DNA 20 ng;Mg~(2+)浓度1.5mmol/L;dNTP的浓度0.2mmol/L;引物量15 pmol;Taq DNA聚合酶1.0 U.在此最佳条件下,利用引物B8对18个北方粳稻品种进行了成功的扩增.     

皮下盘菌属及其近似类群RAPD-PCR反应条件的优化

以悬钩子皮下盘菌等总基因组DNA为皮下盘菌属(Hypodermade Not.)及其近似类群RAPD体系优化的模板,对模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度等反应体系以及退火温度和时间、延伸时间、循环次数等扩增程序条件进行优化,寻找出适合此类菌物RAPD-PCR反应的最佳反应体系和最佳扩增程序。     

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性（RAPD）扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg^2＋、dNTPs、引物和Tap DNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好：20μL反应体系中使用20-40ng的模板、1．5-2．0mmol／L的Mg^2＋、0．15＋0．20μmol／L的dNTPs、0．15-2．0μmol／L的引物、1．0U的Taq DNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、360℃ 1min、720℃ 1．5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。     

濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化

以濒危物种胡杨和灰叶胡杨硅胶干燥的叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR体系优化条件。结果表明,用改良CTAB法提取的DNA适用于胡杨和灰叶胡杨的RAPD分析。优化的胡杨和灰叶胡杨RAPD-PCR体系为:20μL的反应体系中含Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTP 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1、模板DNA100 ng和1.5 U Taq DNA聚合酶。用6条多态性引物对优化体系的稳定性进行检测,结果显示扩增结果稳定,多态性丰富。该优化体系为在分子水平开展胡杨和灰叶胡杨的保护生物学研究提供了技术支持和参考。     

曼地亚红豆杉RAPD反应体系与程序的优化

以曼地亚红豆杉为研究对象,采用L16(45)正交组合实验和单因素梯度实验对MgCl2、dNTP、随机引物、Taq酶、模板DNA浓度和退火温度、循环次数等影响RAPD扩增的重要因素进行优化,以期建立最优的RAPD反应体系与程序。实验结果表明,各因素最适条件为:25μLPCR反应体系中10×Buffer2.5μL,MgCl21.5mmol/L,dNTP0.2mmol/L,随机引物0.6μmol/L,Taq酶1.0U,模板DNA80ng;退火温度为37℃,循环次数为45次。     

苏铁属植物RAPD反应体系的优化及部分种类亲缘关系的探索

通过优化苏铁属植物的RAPD反应体系,进而探讨苏铁属部分种类的亲缘关系。结果表明,Mg~(2+)、dNTP、Taq酶及随机引物浓度在RAPD反应中有重要影响,而模板DNA浓度有一个很大的适应范围。适合苏铁属植物RAPD分析的反应体系:20μL反应体系中,含有10 mmol/L Tris-HCl(pH8.3)、50 mmol/L KCl、2.0mmol/L MgCl_2、200μmol/L dNTP、0.3μmol/L随机引物、模板DNA 50ng、Taq酶1.0 U。聚类分析结果基本反应了苏铁属各个种间的亲缘关系,证明了RAPD适用于苏铁属种间亲缘关系分析。RAPD聚类分析结合形态学研究表明:海南苏铁、台湾苏铁、广东苏铁、滇南苏铁和仙湖苏铁之间的亲缘关系较远,支持各自成为独立的种。     

药用植物草珊瑚RAPD扩增条件优化

采用CTAB-DNA提取方法,从草珊瑚植物的嫩叶中提取总DNA。以此DNA为模板,优化了草珊瑚RAPD-PCR的反应条件。结果表明,PCR扩增体系最适宜的条件为:反应体积25μL,内含2.5mmol/L Mg2+、1.0UDNA聚合酶、0.4μmol/L引物、60ng模板DNA和0.16mmol/L dNTP。扩增程序为:94℃预变性2min;94℃变性30s,37℃复性30s,72℃延伸80s,40个循环;72℃延伸10min;4℃保存10min。     

扩增条件对茶类植物RAPD带的影响

采用梯度分析的方法试验了模板ＤＮＡ、引物、镁离子、ｄＮＴＰ和Ｔａｑ酶的浓度对茶类植物进行ＲＡＰＤ分析中ＤＮＡ扩增结果的影响。实验表明这些条件的变化对扩增出来的ＲＡＰＤ带的数目和强弱会产生影响。经过比较分析,筛选出对于茶类植物进行ＲＡＰＤ分析较理想的扩增条件：２．０ｍｍｏｌ／ＬＭｇＣｌ２,２００ｕｍｏｌ／ＬｄＮＴＰ,１５ｎｇ引物／２０ｕｌ反应体积,４ｎｇ模板ＤＮＡ／ｕｌ反应体积,１ＵＴａｑ酶／２０ｕｌ反应体积。     

正交设计优化东亚砂藓DDRT-PCR反应体系

利用正交实验设计L25（5^6）对东亚砂藓（Racomitrium japonicum）DDRT—PCR反应体系的6因素（Mg^2＋、dNTP、锚定引物、随机引物、模板DNA、Taq酶）在5个水平上进行优化实验。结果筛选出各反应因素的最佳体系（20μL）为：Mg^2＋2．25mmol／L、dNTP0．4mmol／L、锚定引物1．0μmol／L、随机引物0．7μmol／L、模板DNA1．6μL、Taq酶2．5U。对东亚砂藓DDRT—PCR最佳反应体系进行梯度PCR引物退火温度筛选,得到的最佳退火温度为45．4℃。该优化体系的建立,为进一步进行东亚砂藓抗旱基因的筛选与克隆等一系列分子研究提供了重要参考依据。     

RAPD反应体系优化的研究

筛选随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系的最佳优化方案,以期获得稳定可靠的实验结果。选取对结果影响较大的4种因素(Taq酶、dNTP、引物、Mg2+)进行单因素设计,寻找最佳反应浓度。优化后得到4种因素的最佳反应浓度分别为Taq酶2.5U、dNTP 200μmol/L、引物1μmol/L、Mg2+2.5mmol/L。在优化的反应条件下,RAPD的稳定性和重复性均好。     

西伯利亚蝗基因组DNA提取及RAPD分析条件的优化

以西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus(L.)为研究材料,利用改良的SDS法提取高质量的DNA,分别测试了dNTP浓度、镁离子浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA的量等因素对反应结果的影响。通过各因子的组合比较,建立了西伯利亚蝗RAPD优化体系:25μLPCR反应体系,10×buffer2·5μL;dNTP0·24mmol/L;MgCl22·0mmol/L;Taq DNA聚合酶1U;DNA模板45ng;引物30ng。扩增程序为:94℃预变性1min45s、94℃变性30s、35℃退火1min30s、72℃延伸2min,45个循环、72℃延伸10min。结果表明,利用优化的反应条件进行西伯利亚蝗基因组DNA分析,实验有着良好的重复性和稳定性。     

几种因素对山茶属植物RAPD分析的DNA扩增的影响

多种因素会影响ＲＡＰＤ扩增,本研究试验了引物、Ｍｇ２＋和ｄＮＴＰ的浓度以及Ｔａｑ酶来源对山茶属植物进行ＲＡＰＤ分析的ＤＮＡ扩增的影响。结果表明这些因素对扩增结果都会产生影响,通过比较分析,得到了一个对于山茶属植物进行ＲＡＰＤ分析较理想的扩增条件。