猪肥胖基因5′调控区与内含子1的测序分析及其两个新微卫星的发现

根据猪肥胖基因(Obese gene,Ob)部分序列设计引物,并通过Southern杂交和杂交阳性片段的克隆进行测序,首次得到猪Ob基因内含子1和5′调控区16．4kb序列,将外显子1定位在起始密码子上游11．1kb处,同时在内含子1中发现了两个新的微卫星,命名为SW200和SW160。调控区潜在的调控元件分析显示,-1～-300bp区间包含了C／EBP和两个Sp1,可能更直接高效的调节其转录。为研究SW200和SW160与一些重要经济性状的关系,分析了等位基因和基因型频率,用SAS8．2软件分析显示,两个微卫星多态仅对二花脸猪的头胎总产仔数有显著的效应。     

人血清白蛋白基因的打靶研究

为获得整合有人血清白蛋白(HSA)基因的猪胎儿成纤维细胞克隆,从猪基因组文库中杂交筛选得到猪血清白蛋白(PSA)基因全序列35kb并克隆了人血清白蛋白cDNA序列,扩增猪血清白蛋白基因5′调控序列7.2kb片段及第一内含子至第四内含子2.8kb的片段;构建了含有neo及tk正负筛选标记基因的人血清白蛋白基因打靶载体,并验证了neo基因的有效性。将线性化的打靶载体通过电击转染的方法整合到猪胎儿成纤维细胞基因组中,利用G418及GANC进行细胞克隆的抗药性筛选,PCR及Southern blot鉴定抗药性细胞克隆,最终获得3个发生同源重组的细胞克隆。这为下一步进行体细胞核移植制备生产人血清白蛋白转基因猪奠定了基础。     

牛β-酪蛋白基因的克隆及乳腺特异性表达载体的构建

利用PCR技术分3段克隆了长约9．7kb的牛β-酪蛋白基因,分别克隆在pGEM-T easy Vector的T位点。经NCBI Blastn分析,与牛β-酪蛋白基因相应区段的同源性为98％。这3段序列包含完整的5’侧翼序列、前8个外显子及第8个内含子的部分序列。以此构建了两个乳腺特异性表达载体：利用第1段和第2段共有的酶切位点将两段融合,作为5’调控区（6．8kb）,第3段和实验室已有的600bp的加尾信号通过重组PCR拼接作为3’调控区（3．4kb）构建了一乳腺特异性表达载体;以第一段作为5’调控区,实验室已有的600bp加尾信号作为3’为调控区构建了另一乳腺特异性表达载体。可以应用于进一步乳腺生物反应器的研制。     

利用杂种细胞克隆板将猪CDC16基因定位于11号染色体

运用比较基因组学的方法,根据人的CDC16基因序列设计引物,从大围子猪和宁乡猪基因组DNA分离了CDC16基因内含子4和内含子8（GenBank收录号为AY880670和DQ206823）,通过扩增体细胞杂种克隆板上27个样品和辐射杂种克隆板上118个样品,确定了CDC16基因在猪染色体上的物理位置,首次将CDC16基因物理定位于猪SSC11 q11-17.该基因与微卫星SW1452标记紧密连锁,LOD值为16.08,存留率为22%,在放射杂交图谱上的图距为62 cR.CDC16基因区间定位结果与精细定位结果相一致,也与比较定位结果相一致,进一步验证了猪11号染色体和人13号染色体大部分片段存在同源性,这为该基因的克隆及和功能研究打下坚实基础.     

中国汉族个体HLA-A、-B基因全长序列的测定及调控区多态性

文章利用20个中国汉族个体样本建立了稳定精确的HLA-A、-B基因全长序列的克隆测序方法, 获得HLA-A 10个等位基因4.2 kb序列, HLA-B 6个等位基因3.7 kb序列, 序列涵盖了两个基因的所有外显子、所有内含子、5′启动子区以及3′非翻译区(3′UTR)。A*1153是文章发现的一个新等位基因, B*151101的内含子序列、5个HLA-A以及2个HLA-B等位基因的5′启动子序列和3′UTR序列为国际上首次报道, 其他等位基因均延伸了IMGT/HLA数据库中释放的全长序列。文章首次在中国汉族个体中测定了IMGT/HLA数据库中没有覆盖的HLA-A、-B基因的上游5′启动子以及下游3′UTR区域的多态性模式。HLA-A基因5′启动子延伸区域共发现26个SNPs和一处3 bp(AAA/-)的插入/缺失, 3′UTR延伸区域共发现14个SNPs; HLA-B基因5′启动子延伸区域共发现5个SNPs和一处1 bp(T/-)的插入/缺失, 3′UTR延伸区域共发现8个SNPs。通过对两个基因的5′启动子、外显子以及3′UTR的系统发育树分析, 发现两个基因调控区与外显子的进化关系有所不同, HLA-A基因除A*24020101外, 其他等位基因两端调控区与外显子连锁比较紧密, HLA-B基因两端调控区与外显子之间则发生了较为频繁的重组事件。     

人乳铁蛋白cDNA 基因乳腺表达载体的构建与鉴定

为了构建人乳铁蛋白基因 (hLF) 的乳腺表达载体并验证其在乳腺细胞中的表达情况,本载体以山羊β-casein基因上游包括启动子、外显子1、内含子1、部分外显子2作为5′端调控序列,下游包括部分外显子7、内含子7、外显子8、内含子8、外显子9及3′部分基因组片段作为3′端调控序列,长度分别为6.2 kb和7.1 kb,将hLF基因 (目的基因) 和Neo基因 (筛选标记) 分别插入到5′端调控序列和3′端调控序列的下游,构建成pBC1-hLF-Neo载体,其全长为25.348 kb。为了检测该载体的生物学     

内含子中正筛选标记neo基因在转录中的剪切研究

目的:研究插入内含子中的正筛选标记基因neo在转录中的剪切情况。方法:克隆了猪血清白蛋白基因5'端调控序列,以猪基因组DNA为模板,P10/P11为引物,PCR扩增猪血清白蛋白基因翻译终止密码子后2.9kb的3'端调控序列;以pEGFP-1为模板,P400/P401为引物PCR扩增绿色荧光蛋白(EGFP)基因,插入猪血清白蛋白基因5'端调控区之后,在3'端调控序列的内含子中靠近N端的序列中插入正筛选标记基因neo,构建了表达EGFP的真核表达载体pEXp11。转染人肝癌细胞系HepG2,通过G418药物筛选获得稳定转染的抗药性细胞克隆。提取抗性细胞克隆基因组RNA并进行反转录,获得cDNA序列。结果:用引物D400/D401及分别位于neo基因和3'端调控序列上的一对引物D394/D357进行PCR检测,其中D394/D357并未扩增出目的条带。结论:插入内含子中的neo基因在转录过程中可随内含子一起被剪切。     

桃(Prunus perscia)中一个AGAMOUS同源基因第二内含子序列的克隆和鉴定

本研究首先从桃中克隆了AGAMOUS(AG)同源基因PpMADS4的第二个内含子--pPpMADS4,全长约2.1kb。序列分析表明,该内含子含有一些对基因表达十分重要的调控元件。同时,克隆了七个不同桃品种中的PpMADS4基因的第二内含子,序列比对和SNP测算表明,PpMADS4第二内含子是一段SNP富集区域,具有高度的核苷酸多态性,但是在这段序列上各个调控元件的序列和位置都非常保守,暗示了这些调控元件可能具有很重要的生物学功能。为了认识这一内含子的调控功能,将pPpMADS4与minimal35S连接并与GUS基因融合,构建表达载体转入野生型拟南芥中。GUS染色显示,其表达主要分布在花的两轮生殖器官上,这与拟南芥中AG第二内含子调控的GUS着色部位相似,但存在着差异。PpMADS4第二内含子能够特异启动GUS在花发育晚期的表达。     

家蝇卵黄蛋白基因的克隆与结构序列分析

家蝇卵黄蛋白基因编码的卵黄蛋白是家蝇胚胎发育的重要营养来源 .根据 3种家蝇卵黄蛋白cDNA保守序列设计引物 ,用PCR技术从家蝇基因组DNA中扩增到大小为 76 8bp的mdYP1基因的部分DNA片段 .经地高辛标记成特异性探针 ,从构建的家蝇基因组文库中筛选出一个阳性克隆 ,并从该克隆中分离到大小为 3991bp的mdYP1基因组基因 .序列分析显示 ,该基因组序列含有约1 6kb的 5′ 上游区和 1 0kb的 3′ 下游区 ,编码区由一个 6 1bp的内含子和大小分别为 2 2 2bp和10 2 8bp的 2个外显子组成 .5′ 上游区含有典型的CAAT TATA盒 .     

高山被孢霉△^6—脂肪酸脱氢酶基因的克隆、结构分析及其功能的研究

从高山被孢霉ATCC16266总DNA中扩增出大小为1374bp和1947bp的两条特异片段,序列分析表明后者在细胞色素b5和组氨酸Ⅰ之间含有一大小为573bp的内含子和两条分别为197bp和828bp的外显子,推导的氨基酸二级结构分析表明,该基因有两个长的跨膜疏水区和3个组氨酸保守区,分别根据D6D内含子及组氨酸Ⅱ区,Ⅲ区的序列设计引物,制备不同的探针与高山被孢霉的基因组杂交,证明在其基因组中确实存在两个△^6-脂肪酸脱氢酶基因,其中一个基因含有内含子,把不含有内含子的核基因MAGL6-1克隆到的酿酒酵母表达载体pYES2.0中,转化到酿酒酵母INVSc1中,对筛选得到的酵母工程菌株进行脂肪酸GC分析,检测到了γ-亚麻酸,说明克隆的D6D基因MAGL6-1能在酿酒酵母中进行功能性表达。     

编码区和非编码区SSR标记对水稻类群的比较研究

设计14对水稻编码区SSR引物和选取已公布的非编码区SSR引物12对、编码区SSR引物3对,采用SSR技术,对29个标记在60个水稻材料中的多态性进行分析。结果表明,编码区SSR标记平均检测到3.59个多态性位点,多态信息量PIC(polymorphism information conten)在0.032～P0.853之间,平均值为0.447;非编码区SSR标记平均检测到3.92个多态性位点,PIC在0.063～P0.795之间,平均值为0.521。聚类分析显示,非编码区SSR标记能更加精确地区分来自不同地区的水稻类群,编码区SSR标记也具有良好的多态性,同样可以用于分析水稻的亲缘关系。     

人及小鼠钠通道SCN3A基因的启动子及其上游调控区的分析

为了比较研究人与小鼠SCN3A基因的启动子及其上游调控区的特征,采用5′-Full RAGE方法对人及小鼠SCN3A基因的转录起始点进行了准确定位,通过序列测定及对比分析证明:确定人和小鼠SCN3A基因的转录起始点均为"A",人SCN3A基因转录起始点位于翻译起始点上游约27 kb处,而小鼠位于翻译起始点上游约31 kb处.人SCN3A基因5′非翻译区存在两个5′非翻译外显子,而小鼠只有一个5′非翻译外显子.人和小鼠SCN3A基因核心启动子区(-80～+70)的同源率高达96.0%,存在相同的启动子核心元件,BRE/和TATA;在-400至+200区段内预测到人存在而小鼠不存在的转录因子有PHR1、GATA-1、FOXN2、NF-及AP-4,小鼠存在而人不存在的转录因子Sp、Sp3及GBF.人和小鼠SCN3A启动子区特征的异同将为进一步研究该基因在人和小鼠的表达调控机制提供重要线索.     

Urban Metabolism of Paris and Its Region

The article presents the results of a research project aimed at (1) examining the feasibility of material flow analysis (MFA) on a regional and urban scale in France, (2) selecting the most appropriate method, (3) identifying the available data, and (4) calculating the material balance for a specific case. Using the Eurostat method, the study was conducted for the year 2003 and for three regional levels: Paris, Paris and its suburbs, and the entire region. Applying the method on a local scale required two local indicators to be defined in order to take into account the impact of exported wastes on MFA: LEPO, local and exported flows to nature, and DMC_corr, a modified domestic material consumption (DMC) that excludes exported wastes (and imported ones if necessary). As the region extracts, produces, and transforms less material than the country as a whole, its direct material input (DMI) is lower than the national DMI. In all the areas, LEPO exceeds 50% of DMI; in contrast, recycling is very low. The multiscale approach reveals that urban metabolism is strongly impacted by density and the distribution of activities: the dense city center (Paris) exports all of its wastes to the other parts of the region and concentrates food consumption, whereas the agricultural and urban sprawl area consumes high levels of construction materials and fuel. This supports the use of MFA on an urban and regional scale as a basis for material flow management and dematerialization strategies and clearly reveals the important interactions between urban and regional planning and development, and material flows.     

丙型肝炎病毒Core与NS3基因的不同融合方式及其表达

丙型肝炎病毒(简称HCV)是危害人类健康的传染性疾病,预防该病的传播主要借助于HCV血清学诊断来筛选献血员和检测临床标本.从国内外已分离到的HCV株得知,HCV核心蛋白(Core)和非结构蛋白NS3含有较强的优势抗原表位,其相应的抗体出现早,阳性率高,已成为目前第二、第三代HCV免疫诊断试剂的重要成份[1,2].通常Core蛋白和NS3蛋白分别用基因工程方法表达,然后作为固定化抗原,检测人体内HCV的抗体.我们对Core和NS3的两种不同组合方式及其表达的研究,对于发展新的HCV诊断试剂很有帮助,现将结果报道如下.     

丙型肝炎病毒Core与NS3基因的不同融合方式及其表达

丙型肝炎病毒(简称ＨＣＶ)是危害人类健康的传染性疾病,预防该病的传播主要借助于ＨＣＶ血清学诊断来筛选献血员和检测临床标本。从国内外已分离到的ＨＣＶ株得知,ＨＣＶ核心蛋白(Ｃｏｒｅ)和非结构蛋白ＮＳ3含有较强的优势抗原表位,其相应的抗体出现早,阳性率高,已成为目前第二、第三代ＨＣＶ免疫诊断试剂的重要成份[1,2]。通常Ｃｏｒｅ蛋白和ＮＳ3蛋白分别用基因工程方法表达,然后作为固定化抗原,检测人体内ＨＣＶ的抗体。我们对Ｃｏｒｅ和ＮＳ3的两种不同组合方式及其表达的研究,对于发展新的ＨＣＶ诊断试剂很有帮助,现将结果报道如下。1…     

人及小鼠钠通道SCN3A基因的启动子及其上游调控区的分析

为了比较研究人与小鼠SCN3A基因的启动子及其上游调控区的特征,采用5′-Full RACE方法对人及小鼠SCN3A基因的转录起始点进行了准确定位,通过序列测定及对比分析证明：确定人和小鼠SCN3A基因的转录起始点均为“A”,人SCN3A基因转录起始点位于翻译起始点上游约27 kb处,而小鼠位于翻译起始点上游约31 kb处．人SCN3A基因5′非翻译区存在两个5′非翻译外显子,而小鼠只有一个5′非翻译外显子．人和小鼠SCN3A基因核心启动子区(-80 ～+70)的同源率高达96.0%,存在相同的启动子核心元件,BRE/和TATA;在-400至+200区段内预测到人存在而小鼠不存在的转录因子有PHR1、GATA-1、FOXN2、NF-1及AP-4,小鼠存在而人不存在的转录因子Sp、Sp3及GBF．人和小鼠SCN3A启动子区特征的异同将为进一步研究该基因在人和小鼠的表达调控机制提供重要线索．