橡胶树死皮病胶乳C-乳清差异表达蛋白质的筛选与鉴定

橡胶树死皮病(Tapping Panel Dryness,TPD)在世界各橡胶种植园普遍发生,给橡胶种植业带来严重的危害。为了更好地了解和阐明死皮病发生、发展的分子机制,本研究应用双向凝胶电泳技术（2-DE）比较橡胶树死皮株与健康株胶乳C-乳清蛋白质组表达的差异。采用固相pH梯度双向凝胶电泳分离橡胶树死皮株与健康株C-乳清的总蛋白质,凝胶经考染显色后,用PDQuest7.40图像分析软件进行比较分析,识别差异表达的蛋白质。这些点经过胶内酶切后进行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析获取肽质指纹图谱(PMF),Mascot软件搜索SWISS-PROT和NCBInr数据库鉴定蛋白质。结果：①橡胶树死皮株与健康株C-乳清凝胶的平均蛋白质点数分别为1075±35和1134±27,其平均匹配的点数分别为982±38和1008±22,组内图像匹配率达91.89﹪和88.72﹪。②橡胶树死皮株与健康株C-乳清组间的平均匹配蛋白点数为970±25。利用MALDI-TOF-MS质谱技术对40个差异明显的蛋白点进行分析鉴定,通过查询数据库鉴定了27个蛋白质。本研究建立了分辨率高且重复性较好的橡胶树死皮株与 健康株胶乳C-乳清的双向凝胶电泳图谱,并应用质谱技术鉴定了其中表达差异的蛋白质点,这些差异表达的蛋白质可能参与了死皮发生和发展的过程。     

水稻稻瘟菌抗性相关蛋白的双向电泳分析

建立抗感水稻品种受稻瘟菌侵染和未侵染蛋白质的双向凝胶电泳图谱,分析其差异表达的蛋白,寻找稻瘟病的抗性相关蛋白,以阐明稻瘟病的发病机制。采用TCA/丙酮沉淀法提取四种愈伤组织材料的总蛋白并采用固相pH梯度( immobilized pH gradient, IPG)双向凝胶电泳( two-dimensional gel electrophshiya, oresis, 2-DE)分离四种材料总蛋白质, 凝胶经银染显色后,用PDQuest图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质。成功获得抗感水稻品种受稻瘟菌侵染和未侵染蛋白质的双向凝胶电泳图谱。获得未侵染内香优2号平均蛋白点数为447个,汕优63平均蛋白点数为440个;侵染后抗性品种内香优2号平均蛋白数为523个,感性品种汕优63平均蛋白质点数为326个。内香优2号未经侵染和侵染后图谱匹配率达 89%和 87%,汕优63未经侵染和侵染后图谱匹配率达86％和85％。内香优2号的差异表达蛋白点数为76个,汕优63的差异表达蛋白点数为114个。两者间存在一些差异表达的蛋白质,为阐明稻瘟病的发病机制打下了坚实的基础。     

失血性休克大鼠肝脏蛋白质的差异分析

 应用蛋白质双向凝胶电泳 (two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2-DE) 技术,分析在急性重度失血性休克 (refractory hemorrhagic shock, RHS) 条件下,大鼠肝脏蛋白质组表达的差异.16 只雄性 Wistar 大鼠随机分成正常对照组 (sham hemorrhage shock, SHS) 和 RHS 模型组,每组 8 只.采用股动脉放血的方法制备模型,在规定时间内处死大鼠并分离肝脏,提取肝脏总蛋白质后进行 2-DE.运用 Image Master 2D Platinum v 5.0 凝胶图像分析软件对 2-DE 凝胶图像进行差异表达分析.有意义的差异蛋白质点用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱进行肽质量指纹图谱分析,借助 Swiss-prot 数据库进行蛋白质搜索和鉴定.SHS 组和 RHS 组肝脏的 2-DE 图谱,分别平均识别到 698±11 和 700±13 个蛋白质点,SHS 组和 RHS 组肝脏间平均匹配率达88%～92 %.共发现 10 个差异有意义的蛋白质点,鉴定出了肿瘤抑制性抗原gp96、葡萄糖调节蛋白58、过氧还蛋白Ⅰ、细胞色素b5、谷胱甘肽转移酶、ATP合酶β亚单位、二磷酸果糖酶 B、三磷酸甘油醛脱氢酶等8种蛋白质.结果表明,以 2-DE 技术得到重复性和分辨率都较好的 2-DE图谱,并初步鉴定急性重度失血性休克后大鼠肝脏的差异表达蛋白质,为深入研究失血性休克的生理病理机制及寻找失血性休克预防和治疗的生物标志物提供了依据.     

慢性应激大鼠海马的比较蛋白质组学研究

慢性应激可造成海马神经细胞丢失、树突萎缩等损伤,但有关其损伤机制仍有很多问题不甚明了.为了寻找应激致海马损伤相关的重要蛋白质、从蛋白质水平揭示应激致海马损伤的分子机制,应用双向凝胶电泳(2-DE)技术分离对照组和束缚应激组大鼠海马组织总蛋白质,图像分析检测差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MSS)和数据库检索对差异表达的蛋白质点进行鉴定,并采用半定量的RT-PCR在mRNA水平验证2-DE结果.得到了分辨率较高、重复性较好的对照和束缚应激大鼠海马2-DE图谱,质谱分析和数据库检索鉴定了14个差异表达蛋白质点中的11个蛋白质,大多数差异蛋白的功能涉及能量代谢、信号传递等过程.研究结果为揭示应激致海马损伤的机制、提高机体的应激适应能力提供了理论依据.     

应用蛋白质组学技术筛选宫颈癌临床分期相关蛋白

目的：通过比较早期宫颈癌和中一晚期宫颈癌的差异表达蛋白,以发现与宫颈癌临床分期相关蛋白,为临床预后和复发的预测提供新指标。方法：收集早期宫颈癌和中一晚期宫颈癌组织标本,提取组织总蛋白进行二维凝胶电泳,选择部分差异表达蛋白进行MALDI—TOF质谱分析和生物信息学分析进行蛋白质鉴定,进一步应用WestemBlot和免疫组织化学技术检测部分差异表达蛋白的表达情况。结果：建立了早期宫颈癌组和中一晚期宫颈癌组的二维凝胶电泳图谱,其中两组的平均蛋白质点数分别为1098±23、1142±21,通过进行质谱分析和生物信息学查询,与早期宫颈癌组比较,鉴定了在中一晚期组下调的蛋白4个。包括HemoglobinsubunitbetaHB、caspase-14、galectin-7、CK19;中-晚期组上调的蛋白8个,包括NMP238、HSP70、Calmodulin-like5、S100A9。WesternBlot和免疫组化检测结果均显示S100A9在中-晚期组中的表达高于早期组,CK19在早期组中的表达高于中-晚期组。结论：早期宫颈癌和中-晚期宫颈癌中存在着差异表达蛋白,这些蛋白可能成为宫颈癌预后和复发预测的生物标志物。     

亚健康便秘人群结肠黏膜蛋白质组的筛选鉴定与临床应用

筛选亚健康便秘人群结肠黏膜变化的分子标志物,为亚健康便秘人群的结肠黏膜改变机制提供理论依据.采用双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)对亚健康便秘人群及健康志愿者结肠黏膜组织进行蛋白质分离,ImageMaster2D Elite分析软件进行图像分析,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flightmass spectrometry,MALDI-TOF-MS)得到相应的肽质量指纹图(peptide mass fingerprint,PMF),搜索数据库鉴定差异蛋白.建立了亚健康便秘人群及健康志愿者结肠黏膜组织2-DE图谱,分析出其凝胶的平均蛋白质点数(501.00±37.16,536.00±41.63),两者平均差异蛋白质点数为46.00±7.82,取20个表达量明显改变的蛋白质点进行质谱分析,鉴定出17个蛋白质.其中7个蛋白质点表达下调,10个蛋白质点表达上调.差异蛋白质点包括蛋白质合成与分解、分子伴侣、氧化还原调节及信号传导等相关蛋白质.随即应用免疫印迹(Western blot)技术分析差异蛋白β-actin、YWHAZ及PBP-Ⅰ(phosphatidylethanolamine-binding proteinⅠ)在两类组织中的表达水平及临床意义.结果表明,亚健康便秘人群和健康志愿者的结肠黏膜组织蛋白表达存在差异,β-actin、YWHAZ表达下调及PBP-Ⅰ上调参与了亚健康便秘的发生,对此状态进行合理干预,可使身体向健康转化.     

帕金森病和正常人外周血单个核细胞的蛋白质组差异分析

目的:通过研究帕金森病和正常外周血单个核细胞(PBMC)的蛋白质组差异,初步探讨外周免疫系统与帕金森病的病理联系.方法:用固相pH梯度双向凝胶电泳分离人帕金森病和正常单个核细胞总蛋白质,考马斯亮蓝染色,PDQuest 2-DE软件分析,对部分差异蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱,用Mascot查询系统查询SWISS-PROT数据库.结果:获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳考染图谱,对其中的21个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析,经数据库查询,初步鉴定为一些与蛋白降解、抗氧化应激、信号转导、细胞骨架、细胞周期调控等有关的蛋白质.结论:建立了帕金森病PBMC的双向凝胶电泳图谱,提示帕金森病和正常的PBMC的蛋白质表达具有差异.     

应用蛋白质组学方法初步筛选与鼻咽癌放射敏感相关的蛋白

目的:通过筛选放射敏感性不同的鼻咽癌细胞中差异表达蛋白,以发现与鼻咽癌放射敏感相关的蛋白。方法:放射处理并结合流式细胞术检测及比较5-8F和6-10B细胞的放射敏感性。提取细胞总蛋白,进行双向凝胶电泳、MALDI-TOF肽质指纹图分析、质谱数据的蛋白质库搜寻鉴定。应用Western Blot检测细胞中蛋白质表达。应用免疫组织化学方法检测鼻咽癌组织中相关蛋白的表达。结果:双向凝胶电泳后对胶上的部分分辨较好的差异蛋白质点进行肽质谱指纹图分析和鉴定,在两种细胞中差异表达最为显著的蛋白质有9个。Western Blot证实CK19和P73在5-8F和6-10B表达与蛋白质组结果一致。P73在鼻咽癌放射敏感组和不敏感组中的表达阳性率分别为90%、57.5%,存在显著性差异。结论:放射敏感性不同的鼻咽癌细胞中存在一些差异表达蛋白,这些蛋白可能与鼻咽癌放射敏感性有关,其中P73可能成为放射敏感性预测的侯选标志物。     

短乳杆菌DM9218核苷酸代谢过程中的蛋白组学分析

目的探讨短乳杆菌DM9218在核苷酸代谢过程中的蛋白表达差异。方法分别提取DM9218菌株与底物(肌苷+鸟苷)反应前后的菌体蛋白,利用蛋白双向凝胶电泳(2-DE)技术,找出该菌株与底物反应前后的差异蛋白质点,选取其中差异变化较大的蛋白点进一步做蛋白质谱分析。结果 2-DE分析显示两样品蛋白点主要分布在等电点4~9和分子量11~90 kD范围内,将所得的蛋白点结合其蛋白得率、浓度、储存蛋白含量进行比较,得到匹配的蛋白点数为732个。从中选取14个差异显著的蛋白点进行质谱分析,质谱结果显示所选取蛋白质点主要与物质代谢、能量转换及基因水平转录和翻译等生物学功能密切相关。结论本研究为后期分析研究短乳杆菌DM9218在核苷酸代谢过程中蛋白的表达奠定了基础。     

食源性肥胖大鼠下丘脑差异表达蛋白的蛋白质组学分析

建立食源性肥胖大鼠模型,对正常大鼠和肥胖大鼠下丘脑全蛋白进行双向凝胶电泳,产生下丘脑蛋白双向凝胶电泳图谱.对图谱进行比对分析后,从凝胶上切取差异表达的蛋白点,经胶内酶解,通过基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS) 对酶解后的肽段进行分析,再经数据库（NCBInr）检索,对蛋白质进行鉴定.研究发现,正常组表达图谱可检测到1　160±15（n=5）个蛋白点,肥胖组表达图谱可检测到1　070±10 （n=5）个蛋白点,与对照组相比,匹配率大于80％.并且成功鉴定了17种差异表达蛋白质,其中有7 种在肥胖组表达上调,10种表达下调.它们分别属于代谢酶、细胞周期调控因子、抗氧化蛋白、信号传导蛋白、蛋白酶体相关蛋白、细胞骨架蛋白以及未知蛋白等. 与正常对照组相比,肥胖组的蛋白质表达存在着较大差异,通过对差异表达蛋白的分析,提示了在肥胖发生的过程中,下丘脑神经中枢经历了一个非常复杂的信号活动和特定改变,为深入认识肥胖的发病机制奠定了基础.     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.