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1.
近年来,随着测序技术的不断发展,基因组测序技术渐趋成熟并在动物和植物基因组上获得了越来越多的成功,大量植物的基因组的草图和精细图不断地被公布出来。比较和分析了三代测序技术各自的特点,对测序前的准备、基因组组装、注释和比较基因组学等方面的研究进展进行了详细的评述,阐明了植物基因组研究的特点和难点。通过植物的全基因组测序,研究者不仅可以获得该植物基因组和重要功能基因的序列信息,为从分子水平研究植物的分子进化、基因组成和基因调控等提供了一定的依据,而且还对即将测序的植物基因组研究具有重要的借鉴意义。  相似文献   
2.
目的:比较化疗敏感性不同弥漫性大B细胞淋巴瘤的蛋白质表达差异,寻找可反映大B细胞淋巴瘤化疗敏感性的标志物。方法:通过肿瘤药物敏感试验选取化疗高敏感性和低敏感性大B细胞淋巴瘤组织,进行蛋白质组学比较研究后得出差异表达蛋白;对在高敏感组中高表达的埃兹蛋白(Ezrin)进一步行免疫印迹验证,应用免疫组化技术检测在临床病例中的表达情况。结果:建立了化疗高敏感和低敏感大B细胞淋巴瘤差异表达蛋白质凝胶2D图谱,鉴定了28种差异表达蛋白,发现Ezrin蛋白在化疗高敏感组表达高于低敏感组,免疫印迹和免疫组化结果也进一步证实了Ezrin的这一表达状态。结论:Ezrin蛋白表达在化疗敏感性不同大B细胞淋巴瘤中存在差别,可能作为预测淋巴瘤化疗敏感性的候选标志物。  相似文献   
3.
博落回SSR引物的开发以及遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据前期由本实验室完成的博落回转录组数据设计出65对引物,以浏阳产地的博落回为材料进行筛选,得到了28对有效引物.用这些引物对来自全国4个不同主要产区的博落回进行扩增,共扩增出引物159条带,其中多态性条带121条,占76.10%,共找到特征性条带13条.统计并比较4个不同产地的数据,经研究发现不同地区的博落回的遗传多样性较低,4个不同产地的博落回相似性较高.  相似文献   
4.
目的:筛选化疗敏感性不同大B细胞淋巴瘤中差异表达蛋白,并分析其类型和相关信号通路,为淋巴瘤化疗敏感性的研究提供重要的靶蛋白。方法:通过肿瘤药物敏感试验选取化疗高敏感性和低敏感性大B细胞淋巴瘤组织,进行蛋白质组学比较研究后得出差异表达蛋白;应用GO-分析软件对差异表达蛋白进行分类和关系分析。结果:将大B细胞淋巴瘤化疗高敏感组和化疗低敏感组蛋白质经二维凝胶电泳分离的差异表达蛋白通过质谱和生物信息学分析鉴定的蛋白点52个,按生化过程分为12种蛋白,其中与代谢过程有关的蛋白最多,其次是细胞过程蛋白;按信号通路分为20余条信号通路包括凋亡信号通路、细胞周期相关通路等。按分子功能分为9类蛋白,其中结合相关蛋白最多,其次是催化活性蛋白,第三为结构蛋白。按蛋白功能分为钙结合蛋白、水解酶、氧化还原酶、磷酸酶等。按细胞内定位分为细胞外区、细胞内、核糖核蛋白复合体三类蛋白,其中细胞内蛋白数量最多,其次是核糖核蛋白复合体。根据信号通路网络图,所有差异表达蛋白以三个复杂网络区为主和四个较为简单联系网络区。结论:大B细胞性淋巴瘤的化疗敏感性与多种蛋白功能和多条信号通路的改变有关,信号通路间也存在复杂的联系。  相似文献   
5.
为了确定TRIM45基因的功能和作用机理,将其转入Hela细胞,分析细胞内蛋白质表达水平的变化.研究采用双向凝胶电泳的方法分别对转入pCMV-Tag2B空载体和重组质粒pCMV-Tag2B-TRIM45的Hela细胞全蛋白进行分离,利用PDQUEST7.2软件分析,鉴定得到15个差异点,包括8个上调点和7个下调点.为进一步研究TRIM45基因的功能奠定了良好的基础.  相似文献   
6.
目的:初步探讨Septin 9作为大B细胞淋巴瘤化疗敏感性相关标志物的实验依据。方法:通过肿瘤药物敏感试验选取化疗高敏感性和低敏感性大B细胞淋巴瘤组织,进行蛋白质组学比较研究后得出差异表达蛋白;对在低敏感组中高表达的Septin 9进一步行Western Blot验证,应用免疫组化技术检测Septin 9在临床病例中的表达情况。结果:化疗高敏感性和低敏感性大B细胞淋巴瘤组织蛋白质组学比较研究显示Septin 9蛋白在高敏感组表达低于低敏感组,免疫印迹和免疫组化结果与蛋白质组结果是一致的。结论:Septin 9蛋白表达在化疗敏感性不同大B细胞淋巴瘤中存在差别,存在化疗敏感性越高Septin 9表达越低的趋势,可能作为预测淋巴瘤化疗敏感性的候选标志物。  相似文献   
7.
大腹园蛛(Araneus ventricosus)粗毒双向电泳及质谱分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
以大腹园蛛粗毒为材料,用固相pH梯度等电聚焦IPG(immobilized pH gradient)和SDS-PAGE(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis)获得蛋白质组双向电泳图谱,经Bio-Rad公司的PDQUEST软件进行图像分析,检测到500个左右的蛋白质点.对其图谱的部分蛋白质点酶解后使用Micromass公司的ESI-Q-TOF进行了鉴定.得到了质量较好的MS/MS数据.然后将其在MS-Fit中的genepeptide数据库和Mascot的Swissprot中进行搜索从而对蛋白质点进行鉴定.目前初步获得5个组分的鉴定结果.  相似文献   
8.
钩吻是我国的一种传统中草药,具有重要的药用价值,萜类吲哚生物碱为其主要的活性组分。为了研究钩吻不同部位最适看家基因,以钩吻4个不同部位根皮、茎段、叶片和花序为材料,通过实时荧光定量PCR技术(quantitative real-time PCR, qRT-PCR),以及GeNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔCT和RefFinder软件对10个候选看家基因(18S、GAPDH、Actin、TUA、TUB、SAND、EF-1α、UBC、UBQ和cdc25)进行表达稳定性评估。结果显示,EF-1α在钩吻的4个部位中均稳定表达,为最适的看家基因。同时,为了研究与生物碱合成相关基因的表达情况,基于“基因组+全长转录组+代谢组”共表达模式筛选出钩吻生物碱合成通路上18个相关基因(AS、AnPRT、PRAI、IGPS、TSA、TSB、TDC、GES、G8H、8-HGO、IS、7-DLS、7-DLGT、7-DLH、LAMT、SLS、STR和SGD),以看家基因EF-1α为参照,利用qRT-PCR技术对这18个候选基因表达情况进行分析,结果发现这些基因的表达量与钩吻素己含量变化呈相...  相似文献   
9.
目的:通过筛选放射敏感性不同的鼻咽癌细胞中差异表达蛋白,以发现与鼻咽癌放射敏感相关的蛋白。方法:放射处理并结合流式细胞术检测及比较5-8F和6-10B细胞的放射敏感性。提取细胞总蛋白,进行双向凝胶电泳、MALDI-TOF肽质指纹图分析、质谱数据的蛋白质库搜寻鉴定。应用Western Blot检测细胞中蛋白质表达。应用免疫组织化学方法检测鼻咽癌组织中相关蛋白的表达。结果:双向凝胶电泳后对胶上的部分分辨较好的差异蛋白质点进行肽质谱指纹图分析和鉴定,在两种细胞中差异表达最为显著的蛋白质有9个。Western Blot证实CK19和P73在5-8F和6-10B表达与蛋白质组结果一致。P73在鼻咽癌放射敏感组和不敏感组中的表达阳性率分别为90%、57.5%,存在显著性差异。结论:放射敏感性不同的鼻咽癌细胞中存在一些差异表达蛋白,这些蛋白可能与鼻咽癌放射敏感性有关,其中P73可能成为放射敏感性预测的侯选标志物。  相似文献   
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