基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

基于数据挖掘分析ONECUT2基因在胃癌的表达及与幽门螺杆菌感染的相关性

目的分析ONECUT2基因在胃癌中的表达及其与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染的相关性。方法 (1)利用Oncomine数据库、TCGA数据库分析ONECUT2基因在胃癌中的表达,R软件包进行基因的共聚类微阵列数据分析。(2)利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析ONECUT2差异表达与胃癌患者预后的关系。(3)利用生物信息学功能注释数据平台DAVID对胃癌中与ONECUT2基因表达正相关的前200个基因进行功能富集分析。(4)利用GEO数据库中的数据分析H.pylori感染与ONECUT2表达的相关性。结果 (1)Oncomine数据库中的数据在胃癌、膀胱癌等8种肿瘤中共有14项研究显示ONECUT2基因在肿瘤组织中的高表达;其中胃癌相关的有两项(t=6.064,P0.000 1;t=4.335,P0.000 1);TCGA数据库的数据也证实胃癌中ONECUT2高表达(t=6.680,P0.001)。(2)胃癌中ONECUT2与EHF、FUT6、TNFRSF11A、RSAEF、EPCAM等20个基因有较高的共表达。(3)GO分析发现胃癌中ONECUT2富集在分子结构活性等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现ONECUT2富集于紧密连接功能等6个通路。(4)Kaplan-Meier Plotter数据库中207676-at芯片结果显示ONECUT2高表达组患者远期生存率下降(P0.001);GEPIA数据库中的分析结果同样显示ONECUT2高表达组患者其总体生存率(P0.05)和无病生存率(P0.01)下降。GEO数据库中GSE74577(P=0.005)、GSE70394(P=0.034)和GSE25146(P=0.036)三个数据集均显示H.pylori感染AGS和GES-1细胞系后ONECUT2表达上调。结论 ONECUT2在胃癌中高表达,且与胃癌一类致癌原H.pylori感染相关。ONECUT2高表达组患者远期生存率下降,表明其与胃癌发生发展密切相关,可能成为胃癌治疗的新靶点。     

基于ONCOMINE数据库荟萃分析BRCA1基因在肺癌中的表达及意义

为探讨BRCA1基因在肺癌中的表达及对肺癌患者预后生存意义,本研究利用(BioGPS, Oncomine,Kaplan-Meier Plotter)基因数据库和癌症细胞系百科全书(CCLE),分析BRCA1基因在正常人体组织中的表达以及差异表达情况,并对符合条件的研究进行Meta分析,同时分析BRCA1基因在肺癌组织细胞系中的表达和对肺癌患者预后生存意义。研究发现,BioGPS数据库显示BRCA1在正常肺癌组织中低表达(3.65±0.035);同时Oncomine数据库检索BRCA1基因有453项不同种类结果,35项结果表达有统计学差异意义,其中28项显示表达增高,7项显示表达降低,共有研究样本量229例;并对符合条件的5项研究进行Meta分析,发现BRCA1基因差异表达中位数值排名为34.0,p=2.51×10~(-5);与CCLE检索BRCA1基因在肺癌组织细胞系中高表达的结果一致;Kaplan-Meier Plotter数据库检索结果表明BRCA1表达水平与患者的总生存预后周期相关(p=9.5×10~(-6));并且BRCA1高表达组相对于低表达组的肺癌患者总体生存周期明显降低(p0.05)。因此,通过深入挖掘Oncomine等数据库中BRCA1基因芯片信息,证实BRCA1基因在肺癌组织中呈现高表达状态,且与肺癌患者预后生存周期相关,为临床肺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要依据。     

幽门螺杆菌感染与胃癌相关基因的筛选及预后分析

目的通过分析幽门螺杆菌感染胃黏膜组织和胃癌细胞系后的差异基因变化,并在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和肿瘤基因芯片(Oncomine)数据库进行验证,探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制。方法分析基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库幽门螺杆菌感染相关芯片集GSE5081与GSE70394,绘制维恩图查找幽门螺杆菌感染后共同上调的差异基因。对共同上调的差异基因进行功能富集分析。通过TCGA和Oncomine数据库验证差异基因在胃癌中的表达。利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析差异基因表达高低与胃癌患者预后是否存在相关性。结果通过差异基因筛选和维恩分析,两个芯片集共有21个共同上调差异基因。GO分析发现共同上调差异基因主要富集在对细菌来源分子的反应、趋化因子CXCR受体结合、中性粒细胞趋化作用等相关的基因功能上;KEGG通路主要富集在癌症通路、TNF信号通路、趋化因子信号通路等。STRING以及PPI数据库分析发现21个基因中PRDM1、IL10、NRP1、BIRC3、GNG13、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8基因存在有网络关系,属于关键枢纽基因。通过TCGA和Oncomine数据库筛选及验证,发现在胃癌组织中NRP1、CXCL1、CXCL8基因明显上调,结果差异有统计学意义(TCGA数据库中,三者P值均小于0.05,Oncomine数据库中,NRP1:t=4.607,P0.01;CXCL1:t=5.854,P0.01;CXCL8:t=5.316,P0.01)。在Kaplan-Meier Plotter数据库(210615-at芯片:P0.01;210510-s-at芯片:P0.01;212298-at芯片:P0.01)以及GEPIA数据库(P0.01)两个数据库中,NRP1的高表达均与胃癌的预后负相关。结论不同的数据库均显示NRP1、CXCL1、CXCL8三个基因与幽门螺杆菌感染相关,同时在胃癌中高表达,并且NRP1的高表达与胃癌的不良预后相关,这些结果为进一步探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制提供了重要基础。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

APRO家族基因在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于大数据挖掘分析BTG/Tob抗增殖蛋白家族(anti-proliferativeprotein family,APRO)基因在胃癌组织的表达及其对胃癌患者预后的影响。方法:采用Oncomine数据库分析APRO家族6个成员在胃癌组织中的m RNA表达情况,通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行胃癌患者总生存期的分析。结果:相比正常胃组织,BTG2在胃癌组织中呈低表达;BTG3在肠型胃癌组织中呈高表达,而在总体胃癌组织中呈低表达。BTG3低表达的患者总生存期较短;对5-氟尿嘧啶辅助化疗的胃癌患者,低表达BTG2的预后较差。结论:BTG2、BTG3的m RNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异。BTG3低表达的胃癌患者预后较差;BTG2可能参与调节胃癌患者5-氟尿嘧啶治疗的敏感性。     

基于生物信息学分析宫颈癌中TGFBI的表达及临床意义

为探究转化生长因子-β诱导基因(TGFBI)在宫颈癌(CESC)中的表达及临床意义,利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics、Kaplan-Meier Plotter数据库及Ualcan数据库分析TGFBI在CESC中mRNA及蛋白的表达情况,TGFBI表达与CESC临床特征的关系及其对CESC患者预后的影响,TGFBI在肿瘤组织中的甲基化情况。利用Timer数据库分析TGFBI基因与肿瘤免疫细胞浸润的关系。结果显示:TGFBI在CESC中高表达;在CESC组织中TGFBI甲基化表达水平较正常宫颈组织降低;TGFBI表达与CESC患者的各临床病理参数之间具有一定的相关性,TGFBI表达与CESC患者的组织类型、种族、年龄、肿瘤纯度、放疗、T分期、N分期、M分期、淋巴结转移数量相关(P<0.05)。生存分析表明,TGFBI高表达使CESC患者的总体生存及无病生存率降低(P<0.05)。本研究阐明了TGFBI在CESC组织中高表达可作为CESC诊断、治疗效果及评估预后的判定指标之一。     

慢病毒载体沉默ADAMTS6人非小细胞肺癌稳转株的构建

目的:通过数据库预测ADAMTS6在非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC患者临床预后的关系,构建ADAMTS6的shRNA干扰载体并建立ADMATS6的NSCLC稳定敲减细胞株。方法:通过Oncomine数据库分析ADAMTS6在NSCLC组织和肺正常组织的表达差异,通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析ADAMTS6的表达水平与临床NSCLC患者预后关系,设计合成ADAMTS6的shRNA干扰序列,shRNA模板退火并与双酶切pGLV3-GFP线性化载体连接,转化挑取阳性菌落后送测序。干扰质粒进行病毒包装并感染人NSCLC细胞株NCI-H358,使用嘌呤霉素进行稳定敲减细胞株筛选。荧光观察慢病毒感染细胞密度,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6的mRNA和蛋白水平的敲减效果。结果:Oncomine数据库分析结果显示NSCLC组织中ADAMTS6 mRNA表达较正常肺组织显著升高(P0.001);Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示高表达ADAMTS6的NSCLC患者预后较低表达ADAMTS6的NSCLC患者差(P0.05);pGLV3-GFP载体双酶切线性化后与shRNA退火模板连接成功,测序结果正确。荧光观察显示慢病毒感染细胞密度在95%左右,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6慢病毒干扰质粒已成功敲减ADAMTS6的m RNA和蛋白水平。结论:ADAMTS6的高表达可能与NSCLC患者的不良临床预后密切相关。本研究构建了ADAMTS6的慢病毒感染质粒,并成功建立NCI-H358稳定敲减细胞株,为进一步研究ADAMTS6在NSCLC中的作用及机制奠定了基础。     

卵巢癌中线粒体转录终止因子1的表达及其意义

目的:探讨人线粒体转录终止因子1(MTERF1)在卵巢癌中的表达及其在预后判断中的作用。方法:利用Oncomine数据库对比分析卵巢癌和正常卵巢组织中MTERF1基因表达水平;提取10例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总RNA和蛋白质,real time RT-PCR检测MTERF1 mRNA在各组织中的表达,Western印迹检测MTERF1蛋白在各组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析MTERF1表达对卵巢癌患者的预后价值。结果:Oncomine数据库中共收集了8个不同类型的研究结果,荟萃分析显示MTERF1在卵巢癌中表达增高,且差异具有统计学意义(P0.05)。本研究10例卵巢癌及其配对的正常卵巢上皮组织中,有6例卵巢癌中MTERF1 mRNA和蛋白质表达水平增高。Kaplan-Meier plotter数据库分析显示,MTERF1 mRNA表达水平越高,早于2期的卵巢癌患者无进展生存期越短,预后越差(P0.05);但卵巢癌患者的总生存期与MTERF1 mRNA表达水平无相关性(P0.05)。结论:卵巢癌组织中MTERF1 mRNA和蛋白质表达升高;在早期卵巢癌患者中,MTERF1表达水平越高,预后越差,可作为预测卵巢癌患者预后的潜在分子标记物。     

恶性胸膜间皮瘤中EFEMP1基因mRNA的表达及其临床病理学意义

目的:探讨人表皮生长因子含纤蛋白样胞外基质蛋白1(EFEMP1)基因mRNA表达量与恶性胸膜间皮瘤(MPM)临床病理之间的相关性及其预后意义。方法:利用Oncomine数据库对非肿瘤组织与MPM组织中EFEMP1基因的mRNA表达量进行比较分析;采用R3.6.3软件下载美国公共癌症基因数据库(TCGA)中MPM数据集并分析EFEMP1基因mRNA表达的病理相关性;采用基因表达谱动态分析(GEPIA)构建Kaplan-Meier生存模型,探究EFEMP1基因mRNA表达量对MPM患者预后的影响;使用cBioportal进行EFEMP1基因相关性的可视化分析。结果:EFEMP1基因mRNA在正常组织中低表达,在MPM组织中高表达;EFEMP1基因mRNA表达水平与MPM的T分期(P=0.046)、病理类型(P=0.031)及组织学诊断类型(P=0.031)具有显著相关性;在MPM患者中,EFEMP1基因mRNA表达量与患者的总生存率和无疾病进展生存率均无显著相关性(logrank P0.05)。基因表达相关性分析结果表明,UGP2、RRAS2、ANXA3、UPK1B、ADH6、XPC与EFEMP1基因表达量呈显著性正相关(P0.05),TCF4、NFATC4、SMTN与EFEMP1基因表达量呈显著性负相关(P0.05)。结论:EFEMP1基因有望作为MPM诊断和治疗的潜在靶点,但EFEMP1基因mRNA表达量不是判断MPM患者预后的有效指标。     

基于数据挖掘分析POLR2A基因在脑胶质瘤的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤及正常脑组织中的表达情况,进一步探讨POLR2A基因对低级别脑胶质瘤患者的预后意义。方法:利用Oncomine和GEPIA数据库对POLR2A基因mRNA在正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织中的表达进行分析;通过cBioportal分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中的突变情况;利用Onco Lnc数据库对POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者生存率做Kaplan-Meier生存分析;使用String-DB数据库探索真核生物表达调控过程中的POLR2A相关蛋白。结果:与正常脑组织相比,低级别脑胶质瘤组织中的POLR2A基因mRNA水平呈显著高表达(P≤0.05);POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者的总生存时间无明显相关性;POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中存在高突变率;真核生物RNA聚合酶POLR2E、POLR2F、POLR2G、POLR2K、POLR2L等与POLR2A有明显的相互作用。结论:数据库中荟萃了POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中表达的相关信息,证实POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中呈高表达。     

基于生物信息学分析寻找胰腺癌新的诊断和治疗靶点

胰腺癌作为一种消化系统高度恶性的肿瘤性疾病,其发生和进展的分子机制仍不确定。为寻找与胰腺癌发生和进展有关的新的有效治疗靶点和潜在的生物标志物。利用GEO数据库中的GEO2R在线工具对胰腺癌组织和正常对照组织的基因表达进行差异分析并对差异表达基因(DEGs)进行GO功能和KEGG通路富集分析。然后通过GEPIA数据库中胰腺癌的转录数据对候选基因的表达进行验证。Kaplan-Meier法分析各候选基因的预后价值。利用starBase数据库中的7个预测程序对候选基因上游潜在的miRNAs进行预测。此外,还使用miRNet和starBase预测了hsa-miR-20b-5p的上游lncRNAs并利用lncATLAS数据库对潜在的lncRNAs进行亚细胞定位。在本研究中,我们发现胰腺癌组织中LAMA3基因的转录水平明显高于健康对照组织。同时,LAMA3的过表达与胰腺癌患者较差的临床预后相关。随后,预测了21个可能靶向LAMA3的潜在上游miRNAs。在预测到的miRNA-mRNA调控轴中,has-miR-20b-5p-LAMA3轴在胰腺癌的发生和进展中具有较高的潜力。进一步研究发现,FGD5-AS1潜在的抑制has-miR-20b-5p-LAMA3调控轴的作用可能能够在胰腺癌中作为诊断和治疗的有效靶点。FGD5-AS1-has-miR-20b-5p-LAMA3调控网络在胰腺癌发生和发展中的具有关键作用,可作为胰腺癌临床诊断和治疗的潜在靶点和生物标志物。     

胰腺癌中CDK1的表达与预后的生物信息学分析

为探讨胰腺癌的发病机制并为胰腺癌的防治提供生物信息学依据,用GEO2R在线工具分析GSE16515中胰腺癌患者肿瘤组织和相应正常组织的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),通过DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG通路富集分析,然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,用Cytoscape软件进行关键基因(hub基因)筛选和功能模块分析,并在GEPIA数据库对hub基因进行验证,用CCLE数据库检测靶基因在胰腺癌组织及细胞系中的表达水平。分析结果显示胰腺癌中筛选出的376个DEGs主要涉及细胞周期、p53信号通路、蛋白质消化吸收、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、血小板激活信号通路。GEPIA数据库验证结果显示10个hub基因均在胰腺癌组织中高表达,其中8个hub基因与胰腺癌患者的不良预后有关。CCLE数据库检测结果显示周期蛋白依赖性激酶1 (cyclin-dependent kinase 1, CDK1)在胰腺癌组织和细胞中均有较高的表达水平。本研究结果表明CDK1可能与胰腺癌的发生发展最为相关,为进一步探究胰腺癌的发病机制提供了生物信息学依据。     

NFE2L1在食管鳞癌中的表达及临床意义

目的:通过检测食管鳞癌标本中核因子E2相关因子1(NFE2L1)的表达情况,探究NFE2L1在食管鳞癌发生发展中的作用,为食管鳞癌的诊治以及预后评估提供新的思路。方法:收集我校附院2016-2017年经病理组织学检查诊断为食管鳞癌的手术标本40例及其对应的癌旁组织并从NCBI数据库下载GEO测序数据,应用定量PCR、免疫组化和生物信息分析等方法检测分析NFE2L1基因的表达情况。结果:在食管鳞癌组织中,NFE2L1表达阳性31例(77.5%),癌旁组织阳性表达17例(42.5%),两组比较差异显著有统计学意义(P0.001);进一步发现NFE2L1的阳性表达与肿瘤分化程度和淋巴转移相关(P0.05)。但在不同年龄、性别、浸润深度及不同部位之间差异无统计学意义。GEO数据分析结果显示NFE2L1在食管鳞癌组织显著高表达(P0.01),只是未达到显著差异表达的阈值标准(即变化倍数小于2倍)。结论:NFE2L1在食管鳞癌中高表达,表达的高低与食管鳞癌的发生进展密切相关。     

Survivin和COX-2的表达及与胰腺癌预后的关系

目的:评价Survivin和COX-2在胰腺癌中的表达与预后的关系.方法:采用免疫组化二步法检测63例手术切除的原发性胰腺癌组织及11例癌旁非肿瘤胰腺组织中Survivin和COX-2的表达情况.应用spearman相关分析Survivin与COX-2表达的相关性.用Kaplan-Meier法分析生存曲线,多变量Cox比例风险回归模型筛选影响患者生存的独立预后因素.结果:Survivin、COX-2蛋白在胰腺腺癌中的表达呈正相关(r=0.613,P=0.000).Survivin阻性表达患者中位生存时间(9个月)明显小于阴性表达者中位生存时间(21个月),P=0.000; COX-2阳性表达患者中位生存时间(10个月)也明显小于阴性表达者生存时间(大于36个月),P=0.000; Survivin阴性/COX-2阴性组患者(9例)中位生存时间(大于36个月)及1年累计生存率为88.9％,均明显高于单一阳性表达或均阳性表达组.多因素分析(Cox模型)显示分化程度(P=0.002)、临床分期(P=0.000)及Survivin过表达(P=0.005)为影响胰腺癌预后的独立因素.结论:Survivin、COX-2蛋白在胰腺癌组织中表达上调且呈正相关,二者在胰腺癌的发生发展中可能具有协同作用,有望作为靶点用于胰腺癌的靶向治疗.患者的分化程度、临床分期及Survivin的表达水平是胰腺癌患者手术后生存的独立危险因素.     

ULBP2在胰腺癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨ULBP2在胰腺癌组织中的表达及其与胰腺癌发生发展的相关性.方法:应用免疫组化检测ULBP2在胰腺癌中的表达,分析ULBP2与胰腺癌临床病理学特征的相关性.结果:ULBP2在胰腺癌组织中的阳性表达率为87.5％ (35/40),正常胰腺组织阳性表达率为18.1％ (2/11),癌组织与正常胰腺组差异显著(x2=21.865,P＜0.01).ULBP2在胰腺癌组织中的表达水平与肿瘤远处转移和分化程度密切相关(x2=4.322,6.400 P=0.038,0.041).结论:ULBP2可能在胰腺癌发生发展中起重要作用,ULBP2有望成为胰腺癌免疫治疗的靶点.     

Oncomine数据库在肿瘤研究中的应用

Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集（datasheet）、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有新的数据不断更新。Oncomine 数据库囊括的肿瘤类型有19种,包括：膀胱癌、脑/中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、头/颈肿瘤、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine数据库,进行肿瘤组织中癌基因表达差异性分析以及基因共表达分析、癌基因在肿瘤组织中的表达及拷贝数分析、多组研究数据集的荟萃分析（meta analysis）、以及癌基因表达与患者生存率关系等进行分析。通过该数据库可以对肿瘤癌基因进行研究前的筛查,有利于发现新的肿瘤生物标记物或治疗靶点,为临床科学研究奠定一定的理论基础。     

白细胞介素-17对体外培养髓核细胞增殖和代谢的影响

目的:探究白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)对体外培养髓核细胞增殖和细胞代谢的影响。方法:髓核细胞取自经核磁共振影像确认需手术的退变椎间盘组织,建立体外培养体系。用2、5、10、15、20 ng/mL IL-17刺激髓核细胞72 h后,MTS法检测细胞增殖情况。用适当浓度IL-17刺激细胞48 h或96 h后,采用实时定量-PCR和免疫印迹方法检测基质和组织代谢相关基因的mRNA和蛋白表达。结果:IL-17刺激可以抑制体外培养髓核细胞的增殖,且15 ng/mL浓度的抑制作用最强。15 ng/mL IL-17刺激髓核细胞后,聚集蛋白聚糖(aggrecan,ACAN)和I型胶原(type I collagen,COL1A1)mRNA表达水平显著下降(P0.05),基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase-3,MMP3)、金属蛋白酶3组织抑制剂(tissue inhibitor of metalloproteinase-3,TIMP3)的mRNA表达水平显著上升(P0.05)。COL2A1 mRNA的表达下降,MMP13、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的结聚蛋白样金属蛋白酶(a disintegrin like and metalloproteinase with thrombospondin typeⅠ motifs-4,ADAMTS4)、ADAMTS5、TIMP1 mRNA的表达上升,但差异均不显著(P0.05)。IL-17刺激48 h时,COL1A1的蛋白水平明显下降(P=0.010),而ADAMTS5的蛋白水平显著上升(P=0.005)。但刺激96h时,COL1A1的蛋白表达下降,ADAMTS5的蛋白表达上升,但无显著差异(P0.05);COL2A1的蛋白表达水平显著下降(P=0.037)。结论:IL-17可抑制体外培养髓核细胞的增殖及代谢,在椎间盘的退变过程中可能发挥了重要的促进作用。