油菜主序优势及其利用初析

油菜具有主序优势,主要表现在结角数上,在角粒数、千粒重及品质上也很显著。不同类型其优势强弱不同,白菜型和甘蓝型优势明显,芥菜型几乎不具有优势。在甘蓝型油菜中因品种、密度不同优势差异显著。增加密度可使主序在产量中的比例增加,在５万株／亩时可达７３．０５％．主序具有结角率高、成熟早等优点,通过选育优势强的品种,适当增加密度,合理调整布局,有望使油菜产量有较大幅度地提高     

染色体三维结构重建方法研究

染色体三维结构重构问题是近年生物领域中基因组学的热点研究问题,是以二维交互频率数据为基础来预测其三维空间结构。最新相关实验表明染色质的三维空间结构对于基因表达、调控等方面都具有重要意义。而Hi-c数据能利用染色质交互信息形成二维接触矩阵重构出染色体三维结构。本综述以染色体三维结构重建方法为研究对象,通过对染色体三维结构重建方法进行比较分析,综述了目前基于Hi-c数据在染色体三维结构重建中的经典方法,系统介绍了染色体三维结构重建技术的发展脉络,以促进染色体三维结构重建的进一步研究。     

秦岭华山松营养诊断与林地施肥

以陕西秦岭南坡华山松天然林为对象,采集华山松针叶、凋落物、土壤样品,测定全氮(TN)和全磷(TP)含量,开展华山松林木营养诊断,分析华山松林养分限制格局,研究促进华山松正常生长的施肥种类和施肥量,为林地精准施肥和科学培育华山松大径材提供支持。结果表明:华山松大径材率(胸径DBH>26 cm)为29.0%,具有成长为大径材潜力的华山松个体(18 cm-1,N∶P为10.24(<14的林木生长不受限阈值);N、P回收效率分别为33.8%和48.0%。在0~10 cm土层,土壤与华山松针叶的N、P含量呈显著负相关,凋落物与土壤的N、P含量呈显著正相关,土壤N储量与华山松针叶N∶P呈显著二次函数关系。华山松正常生长受土壤N限制,在林地补充0.42 t N·hm^-2可解除华山松生长限制。为快速培育大径材,宜向林地内具有成长为大径材潜力的个体施0.16 t N·hm^-2,按单位面积内林木个体生物量比例进行单株氮素分配。     

基于遗传算法酵母核小体定位性质预测

在DNA序列上,定位模糊的特殊核小体与定位良好的普通核小体同时存在于染色体区域内,但由于二者的化学性质差异不明显,区分较为困难。本文针对实验核小体在真核基因转录起始位点周围的分布规律和保守性建立了一个核小体分布模型,并在前人所做的预测核小体位置的工作基础上,利用遗传算法寻找模型上不同性质核小体的分布中心,构建核小体定位性质判别准则,最终确定了转录起始位点上、下游定位良好和模糊核小体的位置。     

基于希尔伯特-黄变换的核小体定位特征提取

核小体是染色体折叠的整体结构,它们的空间分布与基因组活动的调节密切相关,是基因工程和表观遗传的重要研究领域。为进一步研究核小体定位特征的物种间差异性,将希尔伯特-黄变换(HHT)引入到酵母和果蝇两个不同物种的定位信号中,从多个角度客观分析核小体定位信号特征在两个物种间的差异性。在此基础上,对酵母和果蝇核小体分布的周期特征和进化印记进行尺度和频域分析,结果表明酵母和果蝇染色体在组织结构上存在显著差异。本文研究思路为准确提取信号瞬时频率提供了前提条件。     

基于Hi-c数据的酵母染色体三维结构重构

通过染色体交互频率数据(Hi-c)来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是研究细胞代谢过程的基本途径。针对酵母Hi-c数据在不同染色体所呈现出的统计特征,拟合出每条染色体交互频率数据分布的数学模型,然后利用梯度上升迭代算法预测并重构其三维结构,并给出模型评估指标。实验结果表明,模型具有较高可重复性和预测精确度。     

基于Hi-C数据的染色体三维分析计算方法

真核生物的染色质在细胞核中高度折叠且有序排列,这种三维结构对基因转录和DNA复制等细胞功能发挥至关重要。近年来Hi-C数据的涌现,使得研究染色质三维交互作用及其空间结构成为了可能。自2009年Hi-C被开发以来,已经出现了许多用于处理Hi-C数据的生物信息学工具,从原始序列比对到接触矩阵的可视化,均提供了系统的Hi-C数据处理过程或解决某一个特定问题的方法。本研究全面介绍了传统的Hi-C数据处理工作流程,以及近十年来新兴的Hi-C数据处理工具以及其未来发展方向。