基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

基于数据挖掘分析MTERF2基因在子宫内膜癌的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析线粒体转录终止因子2(MTERF2)基因在子宫内膜癌及正常子宫内膜组织中的表达情况,并进一步探讨MTERF2对子宫内膜癌患者预后的影响。方法:利用Oncomine数据库分析MTERF2基因DNA拷贝数在子宫内膜癌组织中的变化;利用cBioportal分析MTERF2基因在子宫内膜癌组织中的突变情况;通过基因表达谱动态分析(GEPIA)探讨人体正常组织及其相应的肿瘤组织中MTERF2基因的表达差异;经MethHC分析子宫内膜癌和正常子宫内膜组织中MTERF2基因DNA启动子区甲基化水平的差异;利用OncoLnc对MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者生存率做Kaplan-Meier生存分析和Log-Rank检验;在String-DB数据库中探索MTERF2基因在线粒体DNA表达调控过程中关系密切的相关基因。结果:与正常子宫内膜组织相比,子宫内膜癌组织中MTERF2基因DNA拷贝数无明显变化(P0.05),在mRNA水平呈显著低表达(P0.05),DNA启动子区甲基化水平显著降低(P0.005);MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者的总体生存时间无显著相关性(Log-Rank P0.05);TFB1M、TFB2M、POLMT、MTERFD1、MTERFD2、PTCD1、SSBP1、COA3、HDGFRP3等基因与MTERF2基因关系密切,可能存在相互作用。结论:大样本数据挖掘能迅速获取子宫内膜癌组织中MTERF2基因表达的相关信息,为深入探究MTERF2基因在子宫内膜癌发生发展中的作用机制及其预后价值奠定基础。     

SHCBP1:乳腺癌治疗候选靶点和潜在预后标志物

探讨SHCBP1在乳腺癌及其不同亚型中的表达特征和预后价值。利用Oncomine, bc-GenExMiner v4.2, Kaplan-Meier plotter, GSE41994及STRING数据库分析乳腺癌病人SHCBP1的mRNA表达水平及其与乳腺癌患者生存率的相关性等。结果:(1)乳腺癌组织中SHCBP1的mRNA水平明显高于正常组织样本,但不同分子亚型的乳腺癌患者中SHCBP1的表达水平不同;(2)SHCBP1表达升高可导致Luminal A亚型更短的无转移生存期(Distant metastasis-free survival,DMFS)和无病生存期(Disease-free survival, DFS);(3)在雌激素受体阳性(ER+)、孕酮受体阳性(PR+)亚型、仅接受辅助化疗、仅接受辅助化疗的ER(+)与接受包括或排除内分泌治疗乳腺癌患者中,SHCBP1表达升高则无复发生存率(Relapse-free survival,RFS)显著缩短;(4)SHCBP1和CDC45 mRNA表达水平之间呈正相关,并可能与KIF23等10种蛋白相互作用。结论:SHCBP1是一种很有前景的乳腺癌预后指标和潜在的治疗靶点。     

Nanog 基因在卵巢癌和卵巢肿瘤干细胞中的表达及意义

目的:探讨胚胎干细胞关键因子Nanog基因mRNA及其蛋白在卵巢癌和卵巢癌肿瘤干细胞中的表达及意义。方法:选取10例正常卵巢上皮组织、10例卵巢良性肿瘤及60例卵巢癌组织,采用逆转录酶-聚合酶链反应(RT-PCR)方法和免疫组织化学PV-6000两步法检测Nanog mRNA和蛋白表达水平;采用无血清悬浮培养法从SKOV-3卵巢癌细胞株中分离培养肿瘤干细胞,流式细胞术鉴定肿瘤干细胞CD117表达,采用RT-PCR和Western Blot方法检测SKOV-3卵巢癌细胞及肿瘤干细胞中NanogmRNA及其蛋白的表达水平。结果:Nanog mRNA在卵巢癌组织中的表达水平均高于正常卵巢组织和卵巢良性肿瘤组织(P<0.05);Nanog mRNA在不同分化程度及临床分期的卵巢癌组织中表达水平不同,低分化组高于高分化组(P<0.05);III-IV期高于I-II期(P<0.05);免疫组化结果同RT-PCR。从SKOV-3卵巢癌细胞株中成功分离出肿瘤干细胞,SKOV-3卵巢癌细胞和肿瘤干细胞Nanog mRNA相对含量分别为0.6044±0.0368,0.8736±0.0537,差异具有统计学意义(P<0.05),两种细胞Nanog蛋白相对含量分别为0.6364±0.0169 1.2788±0.0314,差别具有统计学意义(P<0.05)。结论:Nanog基因在卵巢癌组织和SKOV-3细胞系中均高表达,其在组织中的表达强度与临床分期及病理分级关系密切,且在肿瘤干细胞中表达高于一般卵巢癌细胞,其与卵巢癌的发生发展关系密切,可能是卵巢癌干细胞的表面标志物,有望成为新的标志物。     

LncRNA D5在卵巢癌组织中的表达及其功能研究

目的:探讨LncRNA D5在卵巢癌组织中的表达及其对卵巢癌细胞糖代谢的影响和与卵巢癌患者预后的关系。方法:采用实时定量聚合酶链反应法(q RT-PCR)测定62例卵巢癌患者组织LncRNA D5表达,Kaplan-Meier生存分析其表达与患者预后的关系,设计合成LncRNA D5/p EX-2真核过表达质粒,分别在卵巢癌细胞SKOV3、A2780中进行转染,实验分为空白对照组及转染组,48 h后测定卵巢癌细胞SKOV3、A2780的葡萄糖摄取能力、糖酵解速率、氧耗以及乳酸排除率。结果:LncRNA D5在良性卵巢肿瘤或正常卵巢组织中表达比较均一,其在卵巢癌中的表达与良性卵巢肿瘤或正常卵巢组织相比,具有显著差异(P0.05)。LncRNA D5表达下调的卵巢癌患者总生存期和无瘤生存期均较LncRNA D5表达上调的卵巢癌患者明显缩短(P0.05)。通过转染上调A2780、SKOV3中的LncRNA D5,细胞的葡萄糖摄取能力、糖酵解速率以及乳酸排出显著上调,而细胞的氧消耗明显下降(P0.05)。结论:LncRNA D5在卵巢癌中表达异常,与卵巢癌患者的预后不良相关,LncRNA D5对卵巢癌细胞的糖酵解能力具有一定的调控作用。     

基于ONCOMINE数据库荟萃分析BRCA1基因在肺癌中的表达及意义

为探讨BRCA1基因在肺癌中的表达及对肺癌患者预后生存意义,本研究利用(BioGPS, Oncomine,Kaplan-Meier Plotter)基因数据库和癌症细胞系百科全书(CCLE),分析BRCA1基因在正常人体组织中的表达以及差异表达情况,并对符合条件的研究进行Meta分析,同时分析BRCA1基因在肺癌组织细胞系中的表达和对肺癌患者预后生存意义。研究发现,BioGPS数据库显示BRCA1在正常肺癌组织中低表达(3.65±0.035);同时Oncomine数据库检索BRCA1基因有453项不同种类结果,35项结果表达有统计学差异意义,其中28项显示表达增高,7项显示表达降低,共有研究样本量229例;并对符合条件的5项研究进行Meta分析,发现BRCA1基因差异表达中位数值排名为34.0,p=2.51×10~(-5);与CCLE检索BRCA1基因在肺癌组织细胞系中高表达的结果一致;Kaplan-Meier Plotter数据库检索结果表明BRCA1表达水平与患者的总生存预后周期相关(p=9.5×10~(-6));并且BRCA1高表达组相对于低表达组的肺癌患者总体生存周期明显降低(p0.05)。因此,通过深入挖掘Oncomine等数据库中BRCA1基因芯片信息,证实BRCA1基因在肺癌组织中呈现高表达状态,且与肺癌患者预后生存周期相关,为临床肺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要依据。     

乳腺癌中丝/ 苏氨酸蛋白激酶Plk1 mRNA 的表达及其预后价值

目的:检测乳腺癌细胞和组织中丝/苏氨酸蛋白激酶Plk1基因mRNA的表达情况并分析其预后价值。方法:应用半定量RT-PCR方法分析3株人乳腺癌细胞和1株正常乳腺上皮细胞中Plk1基因mRNA的表达水平。同时分析84例乳腺癌及对应的癌旁正常乳腺上皮组织中Plk1 mRNA的表达水平。统计学分析Plk1 mRNA表达水平与乳腺癌患者年龄、肿瘤大小、组织分化程度、淋巴结转移状况、TNM分期和雌激素受体(ER)等临床病理参数之间的关系,以及与预后之间的关系。结果:Plk1基因mRNA在乳腺癌细胞中的相对表达水平显著高于其在正常乳腺上皮细胞中的相对表达水平(P值均小于<0.05)。另外,Plk1 mRNA在乳腺癌组织中平均表达水平(0.88±0.18)显著高于其在癌旁正常乳腺上皮组织中平均表达水平(0.22±0.10;P<0.01)。统计学分析结果表明:Plk1 mRNA表达水平和乳腺癌患者的淋巴结转移状况及TNM分期密切相关(P=0.009或0.007)。Kaplan-Meier生存曲线分析结果表明:高Plk1 mRNA表达水平的乳腺癌患者的5年无疾病进展率及总体生存率均显著低于低Plk1 mRNA表达水平的乳腺癌患者(P=0.0026及0.0136)。COX模型的多因素预后分析结果表明:Plk1基因mRNA表达水平是乳腺癌患者的一个独立的预后因素(HR=4.764,95%CI:1.341~6.123,P=0.0025)。结论:Plk1在乳腺癌组织呈现高表达水平,其mRNA表达水平有望成为临床乳腺癌患者一个重要的预后判断分子指标。     

APRO家族基因在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于大数据挖掘分析BTG/Tob抗增殖蛋白家族(anti-proliferativeprotein family,APRO)基因在胃癌组织的表达及其对胃癌患者预后的影响。方法:采用Oncomine数据库分析APRO家族6个成员在胃癌组织中的m RNA表达情况,通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行胃癌患者总生存期的分析。结果:相比正常胃组织,BTG2在胃癌组织中呈低表达;BTG3在肠型胃癌组织中呈高表达,而在总体胃癌组织中呈低表达。BTG3低表达的患者总生存期较短;对5-氟尿嘧啶辅助化疗的胃癌患者,低表达BTG2的预后较差。结论:BTG2、BTG3的m RNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异。BTG3低表达的胃癌患者预后较差;BTG2可能参与调节胃癌患者5-氟尿嘧啶治疗的敏感性。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

慢病毒载体沉默ADAMTS6人非小细胞肺癌稳转株的构建

目的:通过数据库预测ADAMTS6在非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC患者临床预后的关系,构建ADAMTS6的shRNA干扰载体并建立ADMATS6的NSCLC稳定敲减细胞株。方法:通过Oncomine数据库分析ADAMTS6在NSCLC组织和肺正常组织的表达差异,通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析ADAMTS6的表达水平与临床NSCLC患者预后关系,设计合成ADAMTS6的shRNA干扰序列,shRNA模板退火并与双酶切pGLV3-GFP线性化载体连接,转化挑取阳性菌落后送测序。干扰质粒进行病毒包装并感染人NSCLC细胞株NCI-H358,使用嘌呤霉素进行稳定敲减细胞株筛选。荧光观察慢病毒感染细胞密度,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6的mRNA和蛋白水平的敲减效果。结果:Oncomine数据库分析结果显示NSCLC组织中ADAMTS6 mRNA表达较正常肺组织显著升高(P0.001);Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示高表达ADAMTS6的NSCLC患者预后较低表达ADAMTS6的NSCLC患者差(P0.05);pGLV3-GFP载体双酶切线性化后与shRNA退火模板连接成功,测序结果正确。荧光观察显示慢病毒感染细胞密度在95%左右,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6慢病毒干扰质粒已成功敲减ADAMTS6的m RNA和蛋白水平。结论:ADAMTS6的高表达可能与NSCLC患者的不良临床预后密切相关。本研究构建了ADAMTS6的慢病毒感染质粒,并成功建立NCI-H358稳定敲减细胞株,为进一步研究ADAMTS6在NSCLC中的作用及机制奠定了基础。     

特异AT序列结合蛋白1在卵巢癌的表达及临床病理学意义

目的:检测上皮性卵巢癌中特异AT序列结合蛋白1(Special AT-rich sequence-bindingprotein 1,SATB1)的表达,探讨SATB1表达与卵巢癌的发生,进展及转移的关系及意义.方法:以实时荧光定量RT-PCR和免疫组化方法检测91例上皮性卵巢癌组织、13例卵巢交界性囊腺瘤及8例正常卵巢组织中SATB1mRNA和蛋白的表达,分析SATB1基因表达与临床病理参数的相关性.结果:上皮性卵巢癌组织和交界性囊腺瘤组织中SATB1 mRNA表达量分别为正常卵巢组织的6.97倍和5.70倍,差异有统计学意义(P＜0.05).SATB1 mRNA表达水平随着卵巢癌分期升高而增加:Ⅰ期,Ⅱ期和Ⅲ期分别为正常卵巢组织的5.31倍,6.67倍和8.04倍(P＜0.05),并且在淋巴结转移组表达明显高于无转移组(P＜0.05).免疫组化也显示SATB1蛋白在上皮性卵巢癌中表达高于正常卵巢组织,差异具有统计学意义(P＜0.05).结论:SATB1的表达水平可能与上皮性卵巢癌发生,进展及转移有关.     

PDCD4和DNMT1在卵巢上皮性癌中的表达及其临床意义

目的:检测PDCD4和DNMT1在正常卵巢组织、卵巢良性肿瘤组织、卵巢上皮性癌组织中的表达,并探讨其临床意义。方法:采用免疫组化法检测20例正常卵巢、25例卵巢良性肿瘤、40例卵巢上皮性癌组织中PDCD4和DNMT1的表达情况,分析其与卵巢上皮性癌临床病理参数之间的关系。结果:正常及良性卵巢组织中PDCD4的阳性表达率明显高于卵巢癌组(P0.05),卵巢癌的FIGO分期越高,PDCD4的表达越低,卵巢癌的病理分化程度越低,PDCD4的表达也越低,PDCD4的表达与卵巢癌的组织类型、腹水、年龄、是否绝经无关。正常及良性卵巢组织中DNMT1的阳性表达率明显低于卵巢癌组(P0.05),卵巢癌的病理分化程度越低,DNMT1的表达越高,但其与卵巢癌的FIGO分期、组织类型、腹水、年龄、是否绝经均无关。卵巢癌中DNMT1的与PDCD4的表达呈显著负相关(P0.05)。结论:PDCD4和DNMT1在卵巢癌中的表达呈负相关,PDCD4的表达下调和DNMT1的表达上调可能在卵巢癌的发生及发展中起重要作用。     

恶性胸膜间皮瘤中EFEMP1基因mRNA的表达及其临床病理学意义

目的:探讨人表皮生长因子含纤蛋白样胞外基质蛋白1(EFEMP1)基因mRNA表达量与恶性胸膜间皮瘤(MPM)临床病理之间的相关性及其预后意义。方法:利用Oncomine数据库对非肿瘤组织与MPM组织中EFEMP1基因的mRNA表达量进行比较分析;采用R3.6.3软件下载美国公共癌症基因数据库(TCGA)中MPM数据集并分析EFEMP1基因mRNA表达的病理相关性;采用基因表达谱动态分析(GEPIA)构建Kaplan-Meier生存模型,探究EFEMP1基因mRNA表达量对MPM患者预后的影响;使用cBioportal进行EFEMP1基因相关性的可视化分析。结果:EFEMP1基因mRNA在正常组织中低表达,在MPM组织中高表达;EFEMP1基因mRNA表达水平与MPM的T分期(P=0.046)、病理类型(P=0.031)及组织学诊断类型(P=0.031)具有显著相关性;在MPM患者中,EFEMP1基因mRNA表达量与患者的总生存率和无疾病进展生存率均无显著相关性(logrank P0.05)。基因表达相关性分析结果表明,UGP2、RRAS2、ANXA3、UPK1B、ADH6、XPC与EFEMP1基因表达量呈显著性正相关(P0.05),TCF4、NFATC4、SMTN与EFEMP1基因表达量呈显著性负相关(P0.05)。结论:EFEMP1基因有望作为MPM诊断和治疗的潜在靶点,但EFEMP1基因mRNA表达量不是判断MPM患者预后的有效指标。     

基于数据挖掘分析POLR2A基因在脑胶质瘤的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤及正常脑组织中的表达情况,进一步探讨POLR2A基因对低级别脑胶质瘤患者的预后意义。方法:利用Oncomine和GEPIA数据库对POLR2A基因mRNA在正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织中的表达进行分析;通过cBioportal分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中的突变情况;利用Onco Lnc数据库对POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者生存率做Kaplan-Meier生存分析;使用String-DB数据库探索真核生物表达调控过程中的POLR2A相关蛋白。结果:与正常脑组织相比,低级别脑胶质瘤组织中的POLR2A基因mRNA水平呈显著高表达(P≤0.05);POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者的总生存时间无明显相关性;POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中存在高突变率;真核生物RNA聚合酶POLR2E、POLR2F、POLR2G、POLR2K、POLR2L等与POLR2A有明显的相互作用。结论:数据库中荟萃了POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中表达的相关信息,证实POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中呈高表达。     

Vasohibin-1基因在上皮性卵巢癌中的表达和临床病理意义

目的:探讨卵巢癌中Vasohibin-1的表达情况及临床病理学意义。方法:采用实时定量PCR和免疫组化方法检测在60例上皮性卵巢癌和12例正常卵巢组织中Vasohibin-1的表达情况,ELISA法检测卵巢癌组织中VEGF蛋白表达,分析vasohibin-1表达与VEGF之间的关系及其与卵巢癌分期,分级和预后之间的关系。结果:卵巢癌中vasohibin-1表达明显高于正常卵巢(P0.05)。Vasohibin-1表达水平与卵巢癌分期相关(P0.05),而与卵巢癌分级和淋巴转移无关。Vasohibin-1表达与VEGF蛋白水平呈正相关(P0.01)。高vasohibin-1表达卵巢癌患者三年生存率(50%)低于低vasohibin-1表达的患者(83%)。结论:vasohibin-1可以反映卵巢癌的血管生成潜能,是卵巢癌的不良预后因素。     

PYCARD基因在乳腺癌的表达情况及预后分析

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,准确的早期诊断和预后生物标志物可以提高治疗的效率.细胞凋亡相关的斑点样蛋白(apoptosis-associated specklike protein,ASC)是一种衔接蛋白,在肿瘤发生中有重要的作用.为了进一步探究ASC的作用机制,通过分析ASC蛋白的编码基因PYCARD在Oncomine数据库mRNA表达情况,MethHC数据库分析甲基化水平,bc-GenExMiner v4.3分析PYCARD在不同乳腺癌类型中的表达情况,再利用PrognoScan数据库分析PYCARD与乳腺癌患者预后的关系,并发现PYCARD基因在乳腺癌中8例高表达,癌症组织中PYCARD的甲基化水平比正常组织显著升高,乳腺癌患者PYCRAD基因与临床病理参数有关系.预后结果分析发现PYCARD mRNA高表达患者在总生存期(overall survival,OS)、无远处转移生存率(distant metastasis free survival,DMFS)、和无复发生存期存活率(relapse free survival,RFS)上高于低表达患者.PYCARD基因在乳腺癌高表达,而预后结果又显示高表达患者的存活率高于低表达,这很有可能与PYCARD基因甲基化水平有关.本研究在指导乳腺癌治疗和评估预后方面具有一定临床意义.     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中共收集了417项不同类型的研究,其中COL5A2高表达有75项研究,低表达有3项研究。共有7项研究涉及COL5A2在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括178例样本,与正常组织相比,COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析同样发现COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05),与达沙替尼(dasatinib)敏感细胞株相比,达沙替尼耐药细胞株中COL5A2表达升高,进一步分析发现TGF-β处理48 h后COL5A2表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL5A2高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.45,95%CI:0.96～2.18,P=0.077),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存率(RFS)明显差于低表达组(HR=4.13,95%CI:1.46～11.72,P=0.0045)。结论:基于Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库分析发现COL5A2在胰腺癌组织高表达,且与胰腺癌患者的无复发生存及达沙替尼耐药性密切相关,有望成为胰腺癌诊断和治疗的重要靶标。