红莲型水稻杂种F1花药噬菌体展示文库的构建

噬菌体展示是研究蛋白质相互作用的重要手段, 为深入研究红莲型水稻不育和育性恢复的分子机理, 以红莲型水稻杂种F1花药为材料, 分离纯化mRNA, 经反转录合成双链cDNA, 在双链cDNA 末端加上定向EcoRⅠ/HindⅢ接头, 再用EcoRⅠ和HindⅢ消化接头, 形成两端分别带有EcoRⅠ和HindⅢ粘性末端的双链cDNA。经Mini Column 纯化后, 收集300 bp 以上的双链cDNA 片段, 将其连接到带有EcoRⅠ和HindⅢ末端的T7 Select 10-3b 载体上, 经体外包装后, 以BL T5403 为受体菌构建了红莲水稻杂种F1花药的噬菌体展示文库。经测定显示, 该噬菌体展示文库容量为1.03×106 pfu/mL, 重组率为100%, 扩增后文库滴度为2.14×1012 pfu/mL。对随机挑取的100 个噬菌斑进行PCR 鉴定, 97%的插入片段大于300 bp。     

结核病阳性血清特异结合蛋白的筛选与鉴定

[目的]从T7噬菌体展示的结核分枝杆菌基因组DNA文库中筛选结核病阳性血清特异结合蛋白。[方法]以饱和硫酸铵法初步纯化的结核病阳性血清为靶分子,对结核分枝杆菌基因组DNA文库进行3轮生物淘选; PCR扩增阳性噬菌体的外源DNA片段,测序后进行BLAST分析;间接ELISA和斑点免疫印迹试验检测阳性噬菌体与结核病阳性血清能否特异结合。[结果]经过3轮生物淘选,与结核病阳性血清特异结合的噬菌体得到明显富集; BLAST结果表明随机挑取的19个阳性噬菌体包括4种不同的序列,其中编码核糖激酶的序列出现次数最多;这些代表性噬菌体均能与结核病阳性血清特异结合。[结论]成功筛选到能与结核病阳性血清特异结合的4种蛋白,其中核糖激酶可能为与结核病阳性血清特异结合的优势抗原。     

系统性红斑狼疮(SLE)患者血清免疫复合物中DNA的提取及电镜观察

从活动期SLE患者血清DNA/抗-DNA免疫复合物中分离DNA,用电镜观察结果表明:这些DNA是很不均质的双链片段。它们的分子量范围很宽,镜下可见的最小片段长553A(约150bp),最大片段长10431A(约2800bp),多数DNA片段长约200—400bp,与正常对照相比较有明显区别。另外,还观察到具有单链末端的双链DNA片段。     

SPF鸡肝脏细胞cDNA文库的构建及鉴定

旨在构建SPF鸡肝脏组织细胞的cDNA文库并且对文库质量进行鉴定。用TRIzol方法从SPF鸡肝脏组织细胞中提取总RNA,用紫外分光光度仪测定其含量后,应用SMART技术经过LD-PCR合成双链cDNA。利用CHROMA SPIN-400纯化柱纯化得到双链cDNA,并与线性pGADT7-Rec共转化进酵母Y187感受态,以同源重组的方式在酵母细胞内构建鸡肝脏酵母双杂交cDNA表达文库。结果显示,成功构建含有1.70×10~7个重组子的SPF鸡肝脏细胞cDNA文库,插入片段多数在0.4~2.0 kb之间,重组率达100%,重组子中平均插入的片段长度为1.0 kb,文库滴度为1.30×10~7 cfu/mL。结果表明,该文库达到了高质量文库所应具备的条件,为进一步筛选此文库与ARV相互作用的宿主蛋白以及研究其功能提供了数据依据。     

利用SMART技术构建鸡肺酵母双杂交cDNA文库

以1月龄SPF鸡肺为材料,用Trizol方法提取总RNA,并用mRNA纯化试剂盒纯化PolyA+mRNA,利用SMART技术合成双链cDNA(ds cDNA).合成的ds cDNA通过CHROMA SPINTM TE-400 Column进行纯化,纯化后的ds cDNA与线性pGADT7-Rec共转化酵母感受态细胞AH109中,以同源重组的方式,在酵母细胞内构建成鸡肺的cDNA文库.获得的文库容量为3.9 × 106 cfu,随机选取20个克隆进行PCR检测,插入片段大小集中在0.3～3.0 kb之间,平均插入片段约为1.4 kb左右,文库重组率为100％.结果表明该文库达到了高质量文库所应具备的条件,为酵母双杂交技术筛选与IBV-N相互作用的宿主细胞蛋白奠定基础.     

人尿道(阴茎)鳞癌上皮细胞(HUS-98)cDNA文库的构建及鉴定

为了进一步分离人尿道(阴茎)鳞癌组织特异性表达基因和鳞癌特异性相关基因,采用SMART技术,构建了人尿道 (阴茎)鳞癌上皮细胞cDNA文库,从人尿道(阴茎)鳞癌上皮细胞中分离总RNA并纯化mRNA,利用经修饰的oligo(dT)引物 合成cDNA第一链,利用SMART核苷酸作为cDNA第一链在mRNA5′端延伸出去的模板,采用LD-PCR合成双链cDNA,双链 cDNA经酶切和过柱分级分离后,克隆入λTriplEx2载体后经体外包装而成cDNA文库。结果表明原始人尿道(阴茎)鳞癌上 皮cDNA文库获得1.57×107个重组子,重组率达到98%。文库扩增后,滴度达到4.0×109pfu/ml,插入cDNA平均长度为2.5kb。 构建的人尿道(阴茎)鳞癌上皮cDNA文库具有良好的质量,该cDNA文库为进一步筛选鳞癌抑癌基因及鳞癌特异性表达基因 奠定了基础。     

利用噬菌体展示技术构建Mhp168株Hsp70随机肽库

[目的]构建Mhp168株Hsp70 C端基因的噬菌体展示随机肽库。[方法]扩增猪肺炎支原体168株热休克蛋白Hsp70 C端1 803 bp的DNA序列。回收Hsp70 DNaseⅠ消化产物中80～150 bp的DNA片段与p C89载体连接。辅助噬菌体超感染转化重组噬粒的E.coli XL1-Blue细胞。检测肽库的多样性,测定库容。[结果]在噬菌体表面展示出Hsp70 C端基因的随机片段融合蛋白。随机肽库库容约为9.9×10~3,滴度约为1.5×10~(13)PFU/ml。[结论]所构建的随机肽库可以满足Hsp70构象型抗原表位筛选。     

噬菌体gp17基因2种重组产物的抗菌效应比较

通过重组技术获得大肠埃希菌噬菌体内溶素纯化蛋白和表面展示噬菌体,并观察产物的生物效应。将肠侵袭性大肠埃希菌EIEC 8401噬菌体LSB-1内溶素基因gp17构建到质粒pET300中,并在大肠埃希菌BL21中诱导表达,通过Ni柱纯化系统纯化产物;利用噬菌体展示技术构建T7-LSB-gp17重组噬菌体,通过双层琼脂法纯化噬菌体,并观察2种产物的抗菌效应。2 139 bp的gp17基因通过重组技术表达出78.3 ku的可溶性蛋白,纯化后浓度为2.38 mg/mL,其对EIEC8401有良好的抑菌活性,但对其他试验菌无抗性;通过噬菌体展示技术构建的重组噬菌体T7-LSB-gp17通过SDS-PAGE电泳显示在78 ku处有表达增强,对EIEC8401无感染、裂解作用,但对EIEC8401及其他试验菌有明显溶菌作用,宿主谱增加。通过重组技术获得的噬菌体LSB-1内溶素基因gp17的产物对LSB-1噬菌体原宿主具有明显的抑制效应。其中gp17表达的纯化蛋白具有明显的宿主专一性,重组噬菌体悬液有较宽种类的抗菌作用。这可能是因为gp17蛋白与噬菌体表面复杂空间结构的相互作用产生的生物效应。     

用氨甲蝶呤偶联琼脂糖亲和吸附法从人肝脏cDNA噬菌体展示文库中筛选氨甲蝶呤相互作用蛋白

目的:利用氨甲蝶呤(MTX)偶联琼脂糖凝胶吸附法从人肝脏细胞cDNA噬菌体展示文库中筛选与MTX相互作用的蛋白.方法:以偶联于琼脂糖凝胶表面的MTX为配基,通过"结合-洗脱-扩增"过程筛选与MTX相互作用的噬菌体.利用PCR对筛选结果进行监测,对筛选得到的噬菌体PCR产物进行序列测定和基因同源性分析.结果:通过五轮亲和筛选富集到特异噬菌体克隆,再通过PCR获得cDNA插入片段.通过BLAST程序搜索GenBank,证明筛选到的片段与人PI-3K相关蛋白激酶SMG-1异构体1蛋白同源性达100%.结论:利用偶联MTX的琼脂糖凝胶作为筛选基质,从T7噬菌体展示cDNA文库中富集特异噬菌体是一种方便、高效的MTX相互作用靶蛋白筛选方法,可为探讨小分子药物的分子作用机制提供借鉴和参考.     

利用氨甲蝶呤－琼脂糖凝胶进行噬菌体展示人肝脏cDNA文库筛选的方法研究

目的：利用氨甲蝶呤（MTX）偶联琼脂糖凝胶吸附法从人肝脏细胞cDNA噬菌体展示文库中筛选与MTX相互作用的蛋白。方法：以偶联于琼脂糖凝胶表面的MTX为配基,通过"结合－洗脱－扩增"过程筛选与MTX相互作用的噬菌体。利用PCR对筛选结果进行监测,对筛选得到的噬菌体PCR产物进行序列测定和基因同源性分析。结果：通过五轮亲和筛选富集到特异噬菌体克隆,再通过PCR获得cDNA插入片段。通过BLAST程序搜索GenBank,证明筛选到的片段与人PI-3K相关蛋白激酶 SMG-1异构体1 蛋白同源性达100％。结论：利用偶联MTX的琼脂糖凝胶作为筛选基质,从T7噬菌体展示cDNA文库中富集特异噬菌体是一种方便、高效的MTX相互作用靶蛋白筛选方法。本方法可为探讨小分子药物的分子作用机制提供借鉴和参考.     

抗CD133纳米抗体的分离与鉴定

[目的]获得骆驼来源的与人CD133抗原特异性结合的纳米抗体。[方法]从3峰新疆双峰驼外周血中分离淋巴细胞,采用巢式PCR扩增获得cDNA并构建VHH天然噬菌体展示文库。包被CD133-606于ELISA板,对天然文库进行3轮亲和筛选,菌落PCR和基因测序确定能结合CD133的候选克隆。挑选重复序列VHH克隆构建到pET28a并转BL21用IPTG诱导表达。IMAC方法纯化重组VHH抗体蛋白,Western Blot和ELISA检测与CD133的抗原结合性。[结果]从109淋巴细胞中构建了库容为1.4×109cfu的噬菌体展示文库,Western Blot及ELISA结果显示重复4次核苷酸序列的VHH-13的纳米抗体能与CD133-606有较好的结合活性。[结论]通过对VHH天然展示文库的亲和筛选及鉴定,成功获得了能与人重组CD133胞外区特异结合的纳米抗体。     

染色体特异DNA文库的构建与鉴定

为构建人类21号染色体特异DNA文库, 以应用于人类遗传疾病的鉴定和研究, 文章采用循环温度梯度法溶解释放微分离的人外周血细胞21号染色体DNA, 将其进行简并寡核苷酸引物PCR(Degenerate oligo nucleotide primer-PCR, DOP-PCR)扩增后, 利用100~500 bp和500~2 000 bp分段回收纯化的两种不同片段大小的DOP-PCR产物构建染色体特异DNA文库, 并分别采用荧光原位杂交(Florescence in situ hybridization, FISH)和斑点杂交对DOP-PCR产物的来源和随机取样的文库克隆进行检测以评估所构建DNA文库的特异性。结果表明: 循环温度梯度法能有效溶解释放微分离的21号染色体DNA; 通过对DOP-PCR产物的分段回收纯化和克隆, 增加了大片段DNA的连接效率; 利用FISH技术和斑点杂交双重鉴定实验证明了文库的特异性, 从而构建了21号染色体特异的DNA文库, 并建立了构建染色体特异DNA文库及检测其特异性的方法, 为21号染色相关遗传疾病的鉴定和研究奠定了基础。     

藏酋猴微卫星富集文库的构建及微卫星分子标记的筛选

通过磁珠富集法构建了藏酋猴AC重复和AAAG重复的微卫星富集文库,分离微卫星序列并对其进行分析。将藏酋猴基因组DNA经Sau3AI酶切后纯化回收,连接特定接头。用生物素标记的探针与酶切片段杂交,捕获300～1000bp片段,随后将获得的片段连接到pMD-19T载体上,转化至JM109中,成功构建藏酋猴微卫星富集文库。(AC)n富集文库和(AAAG)n富集文库的阳性克隆率分别为50%和10%左右。根据测序得到的48个微卫星序列成功设计了24对引物,最终筛选出6个微卫星标记,这些标记将为藏酋猴的遗传多样性研究、圈养种群结构的分析和遗传图谱的构建等奠定一定的基础。     

高效构建卵清白蛋白scFv噬菌体文库及其筛选

目的:建立一种高效噬菌体文库构建方法,获得抗鸡卵清蛋白(ovalbumin,OVA)的单链抗体(scFv)噬菌体展示文库,筛选鉴定获得OVA单链抗体。方法:用OVA蛋白免疫Balb/C小鼠,选取血清抗体效价高的小鼠提取脾脏RNA,利用RT-PCR方法扩增获得小鼠重链和小鼠轻链基因。通过无缝连接酶一步将小鼠重链基因、轻链基因和linker DNA连接起来,插入噬菌体表达载体中,构建OVA scFv噬菌体展示文库。测定文库容量,对文库进行富集筛选,ELISA鉴定阳性克隆,测序后构建真核表达载体,转入Expi-CHO悬浮细胞进行真核表达,利用Western blot进行鉴定。结果:成功获得库容量为1. 2×10~7cfu的OVA scFv噬菌体展示文库,并从中筛选出8个阳性克隆,选取效价最高的2号克隆,在Expi-CHO悬浮细胞中表达获得可溶性抗体。结论:建立了一种高效构建scFv噬菌体文库的方法,筛选获得高结合活性的OVA单链抗体,并成功进行了真核表达,为OVA ELISA检测试剂盒的研制奠定了基础。     

野生大豆基因文库的构建

以氯化铯密度梯度离心法纯化噬菌体λEMBL4,将纯化的EMBL4 DNA用BamH1/SalI双酶切制成载体。用CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取野生大豆(种名待定)大分子DNA,Sau3A部分酶解,从琼脂糖凝胶中回收10—22kb“目的”DNA片段,与载体连接,体外包装成重组噬菌体。所得重组子值为8×10(?)pfu(噬菌斑形成单位),达到了构建野生大豆基因文库要求的理论值。以栽培大豆7S贮藏蛋白a′-cDNA作探针,用噬菌斑原位杂交法从文库中筛选出一个阳性克隆。     

霍乱弧菌分型噬菌体VP3基因组序列的测定与分析

测定和分析霍乱弧菌分型噬菌体VP3基因组序列,并为ElTor型霍乱弧菌两类菌株的分型方法原理提供研究基础。鸟枪法构建VP3噬菌体全基因组随机文库;测序拼接成最小重叠群,引物步移法填补缝隙序列,拼接后获得VP3全基因组序列。PCR随机扩增噬菌体DNA片段并酶切鉴定;预测可能存在的开放读码框(ORF);对VP3和相关噬菌体的DNA聚合酶基因作进化树分析,协助判定VP3的分类;对预测的部分启动子区利用报道基因进行活性分析。VP3全基因组为环状双链DNA,长度39504bp;酶切鉴定结果与序列一致。确定了49个ORF,注释了27个ORF的编码产物,其中有20个基因产物与T7样噬菌体同源,包括RNA聚合酶(RNAP)、参与DNA复制的蛋白、衣壳蛋白、尾管及尾丝蛋白、DNA包装蛋白等。DNA聚合酶(DNAP)进化树分析表明VP3与T7样噬菌体有同源性。将预测的10个启动子序列克隆到lacZ融合质粒pRS1274上,经检测均具有启动子活性。测定和分析VP3的基因组序列,基因组结构与进化树分析提示VP3属于T7噬菌体家族。     

猪肺炎支原体P97基因随机肽库的构建

目的:构建能用于抗原表位筛选的猪肺炎支原体(Mhp)P97基因C-端序列噬菌体随机肽库.方法: 以Mhp Z株(强毒)基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得Mhp P97基因的C-端部分序列,扩增产物用DNaseⅠ消化并回收50 bp～100 bp的随机片段,将回收的随机片段插入pC89pⅧ型噬菌粒载体中,转化大肠杆菌XL1-Blue,辅助噬菌体VCSM13超感染,使P97基因随机片段以融合蛋白的形式展示于噬菌体表面, 从而成功构建了P97基因特异性噬菌体随机肽库.用PCR及DNA测序法鉴定所建文库的随机性和多样性,测定肽库的滴度并计算库容量.结果: 所建肽库的容量约为1.8×104,滴度约为1.3×1012 TU/mL,PCR检测及DNA测序结果显示插入片段具有随机性和多样性.结论: 所建随机肽库具有较好的随机性和多样性,能够满足后续的抗原表位筛选,为进一步的深入研究奠定了基础.     

噬菌体呈现技术制备结肠癌抗独特型抗体

 以纯化的鼠抗人结肠癌细胞单克隆抗体 (简称单抗 )MC5与钥孔血蓝素 (KLH)的交联物经腹腔免疫Balb c小鼠 ,取脾分离mRNA .RT PCR分别扩增抗体重、轻链可变区基因片段 (VH 和VLcD NA ,大小分别约为 340bp和 32 0bp) ,二者经linkerDNA连接形成ScFv(singlechainvariablefragment)DNA(约 75 0bp) .将ScFvDNA与噬菌粒载体pCANTAB5E的连接产物转化于大肠杆菌TG1,经辅助噬菌体M13KO7感染后 ,获得重组噬菌体抗体ScFv文库 .以单抗MC5对ScFv文库进行 4轮亲和筛选后 ,随机挑取 80个克隆经酶联免疫吸附实验 (ELISA)筛选出 2 2个呈现ScFv形式抗独特型抗体(抗 IdScFv)的噬菌体单克隆 .竞争抑制实验表明 ,在 2 2个阳性克隆中有 4个克隆所呈现的抗 IdScFv属β或γ型 .针对单抗MC5的噬菌体呈现型抗 IdScFv的制备 ,为筛选新的结肠癌重组抗 Id瘤苗候选分子奠定了基础     

肾癌相关基因克隆——肾癌cDNA消减文库的构建

应用抑制性消减杂交技术,构建人肾癌与正常肾差异表达的cDNA消减文库.分别从肾癌及正常肾细胞系中提取poly(A)⁺RNA,依次合成单链及双链cDNA,经酶切成平均大小为400～600 bp的片段,将肾癌cDNA分为两组,分别与两种不同的接头衔接,再与正常肾cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR后,将产物与T/A载体连接构建成功cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增.构建成功具有高消减效率的人肾癌cDNA消减文库,非特异性cDNA片段被有效地消减,特异表达的cDNA得到富集.文库扩增后得到6 500个克隆,随机挑取350个制备质粒,酶切分析均得到400～600 bp插入片段.所构建的人肾癌cDNA消减文库为进一步大批量筛选、克隆肾癌特异性表达的未知新基因奠定了基础.