Tup1突变对转录抑制局部网络中基因表达的非线性影响

研究基因网络的非线性行为特征是研制基因网络技术的基础。Tup1基因是酵母中作用最为广泛的转录抑制因子之一,利用酵母生物信息学数据库中蛋白相互作用关系,构建一个以Tup1为中心,4个层次741个基因的局部基因网络。统计分析六张Tup1不同突变的基因表达芯片数据,将局部基因网络中的全部基因按照3个网络特征进行统计分析：必需、非必需基因、网络层次和网络节点,并研究这些特征与基因表达之间的关系。初步发现基因表达变化的强度与节点数目成一定的反比关系,必需基因的平均变化程度较非必需基因为低,且由Tup1突变引发的其他基因的表达变化在以Tup1为中心的局部基因网络中近层次网络变化程度较大,远层次网络变化程度较低。     

融合酶表达载体的构建及出现问题的初探

目的:将限制性内切酶FokⅠ催化区域基因(631bp)和PI-SceⅠ识别区域的基因(546bp)连接到一起,克隆入载体质粒pET28a+中,为表达新的限制性内切酶融合酶做准备。方法:分别以啤酒酵母和海床黄杆菌作模板,PCR扩增PI-SceⅠ和FokⅠ基因片段,再将它们克隆入载体质粒pET28a+,然后对整合质粒进行双酶切检测。结果:整合过程中,无论是PI-SceⅠ还是FokⅠ基因片段,都能单独成功插入载体,但当插入第二段基因片段时,酶切结果显示大约600bp的基因片段缺失了。结论:缺失可能因为两段连在一起的新基因在转化过程中对宿主细胞有毒性,宿主细胞对其进行了剪切;也可能这两段基因会形成某种高级结构而导致其不能很好的连接,产生缺失现象。     

一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法

在原有的生物大分子序列比对算法的基础上,结合图论中的关健路径法,提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法,能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。     

枯草杆菌碱性蛋白酶E的纯化和性质

目前国内外研究较多的是地衣芽孢杆菌(bacillus licheniformis)碱性蛋白酶Carlsberg和解淀粉芽孢杆菌(bacillus amyloliquefaciens)碱性蛋白酶BPN’的纯化。鉴于蛋白酶E和蛋白酶BPN’在结构上有15％的非同源性,故我们用修饰纯化蛋白酶BPN’的方法来纯化蛋白酶E(subtilisin E)。     

DNA计算机的分子生物学研究进展

DNA(脱氧核糖核酸)计算机研究是一个新领域。从字面上看,它既包含DNA研究也包含计算机的研究,因而也包含DNA技术与计算机技术如何交融的研究。1994年,Adleman在Science上报道了首例DNA计算的研究结果;2001年,Benenson等在Nature报道了一种由DNA分子和相应的酶分子构成的、有图灵机功能的可程序试管型DNA计算机,标志着DNA计算机研究的重大进展。DNA计算机最大的特点是超大规模的并行运算能力和潜在的巨大的数据储存能力。目前DNA计算机研究已涉及许多领域,包括生物学、数学、物理、化学、计算机科学和自动化工程等具体应用,是计算概念上的一次革命。DNA计算机的研究大大促进了DNA分子操作技术尤其是在纳米尺度下操作DNA分子的研究速度。从DNA计算机的基本原理、应用形式、与基因组学研究的重要关系等方面总结和评述了相关研究进展。     

碱性条件下溶解包涵体提高凝乳酶原复性率的机制

重组凝乳酶原的复性效率不仅依赖于复性条件,而且与包涵体的溶解条件(即变性条件)有关.含有凝乳酶原的包涵体在pH11,8mol/L脲中溶解后,其复性率较在pH8,8mol/L脲中溶解的可提高1倍,由20%左右提高到40%左右.其机制是碱性条件有利于破坏分子间交联的二硫键从而增加凝乳酶原的溶解度.更为重要的是碱性条件使凝乳酶原分子处于一种还原性更强更为伸展的状态,这种状态容易进行正确再折叠.     

从系统生物学到配伍西药:中药现代化的一个核心战略

国际范围内系统生物学的兴起和发展在为中药现代化发展提供机遇的同时,更容易为西药的创新研发提供方便的手段,因为西药在分子水平上的研究基础比中药要强大得多。系统生物学对分子网络包括基因网络的深层把握将自动把西药的设计引向配伍的道路,而配伍西药可能就是中药现代化的一个终极目标。所以说中药现代化其实面临着潜在的巨大危机。如何化不利形势为有利形势,需要中药现代化的决策部门在战略战术上提出及时的应对方案。需要从国家利益的角度吸纳不同领域的研究力量并在分子水平上极大地拓展相关研究,不失时机地开展与西药配伍潜势相结合的具体研究。     

检测纳米材料毒性的若干实验方法

纳米材料进入生命体和环境以后可能带来的生物安全问题需要定量的测定。现有的检测纳米材料生物安全性的方法大致可分为体内和体外实验两种,但是还没有证据表明既有的某个方法单独能作为一种检测所有纳米材料毒性的通用方法,也没有证据表明这些方法合在一起就能全面评估纳米材料的生物安全性。本文在总结既有的若干方法的同时,报道了一种基于rpsL基因的复制保真性来定量检测纳米材料毒性的方法。纳米材料对rpsL基因的体内体外复制过程保真性的影响均可方便地定量测定。     

乙二醇和1，2-丙二醇增强富含GC碱基人类基因组DNA模板的PCR扩增

基因（组）操作者常会遇到高GC序列难于扩增的问题。全球范围内也还没有很成熟的通用方法来解决这个问题。经过系统的摸索,发现选用有机试剂乙二醇和1,2-丙二醇能得到比较满意的特异的PCR产物。104段随机选取的GC含量在60%~80%之间的人类基因组序列（长度在700~800bp）基本上全部得到较好的扩增。     

Mechanism of enhancement of prochymosin renaturation by solubilization of inclusion bodies at alkaline pH

The renaturation efficiency of recombinant prochymosin depends on not only the renaturation condi-tions but also the solubilization (denaturation) conditions. Compared with pH 8, solubilization of prochymosin-contain-ing inclusion bodies at pH 11 (8 mol/L urea) results in onefold increase of renaturation efficiency ( ~ 40% vs. ~ 20 % ). Alkaline pH facilitates the solubilization of inclusion bodies via the breakage of intermolecular disulfide bonds. Moreover, alkaline pH renders prochymosin molecules to be in a more reduced and more unfolded state which undergoes refolding readily.