Tup1突变对转录抑制局部网络中基因表达的非线性影响 |
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引用本文: | 丛建国,王志伟,任德华,张治洲.Tup1突变对转录抑制局部网络中基因表达的非线性影响[J].生物信息学,2009,7(4):272-276. |
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作者姓名: | 丛建国 王志伟 任德华 张治洲 |
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作者单位: | 1. 泰达BIO-X系统生物技术研究中心,天津,3000457 2. 计算机科学与信息工程学院,天津科技大学,天津,300457 3. 泰达BIO-X系统生物技术研究中心,天津,3000457;哈尔滨工业大学BIO-X海洋生物技术研究中心,威海,264209 |
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基金项目: | 教育部新世纪优秀人才计划,国家自然基金 |
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摘 要: | 研究基因网络的非线性行为特征是研制基因网络技术的基础。Tup1基因是酵母中作用最为广泛的转录抑制因子之一,利用酵母生物信息学数据库中蛋白相互作用关系,构建一个以Tup1为中心,4个层次741个基因的局部基因网络。统计分析六张Tup1不同突变的基因表达芯片数据,将局部基因网络中的全部基因按照3个网络特征进行统计分析:必需、非必需基因、网络层次和网络节点,并研究这些特征与基因表达之间的关系。初步发现基因表达变化的强度与节点数目成一定的反比关系,必需基因的平均变化程度较非必需基因为低,且由Tup1突变引发的其他基因的表达变化在以Tup1为中心的局部基因网络中近层次网络变化程度较大,远层次网络变化程度较低。
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关 键 词: | 局部基因网络 基因表达变化 非线性 Tup1基因 |
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