四膜虫基因表达数据库: 四膜虫全基因组基因表达芯片和协同表达分析的数据资源

嗜热四膜虫是一种优良的真核模式生物, 对其功能基因组学的分析将为研究细胞和分子生物学的基础性重大问题提供新的机遇. 四膜虫基因表达数据库(TGED)是原生动物纤毛虫中第一个基因表达数据库, 整个数据库包括了四膜虫3个重要的生理和发育阶段20个时间点的全基因组基因表达数据, 提供了友好的网页界面(http://tged.ihb.ac.cn)供用户获取这些数据. 通过基因的标识号或描述信息, 用户可以获取基因表达谱信息和协同表达基因. 此外, TGED同时提供了制备四膜虫基因表达芯片的样品制备方法. 欢迎研究者上传和分享其所有的基因芯片数据, 以期为四膜虫或纤毛虫研究提供重要的功能基因组学资源.     

急性冷应激对牦牛乳腺上皮细胞 HSP70 mRNA 表达的影响

本文主要研究了急性冷应激对牦牛乳腺上皮细胞热休克蛋白７０ （Heat stress protein,ＨＳＰ７０） 表达量的影响。采用实时荧光定量ＰＣＲ 技术,以急性冷刺激１０℃ 为典型研究环境,分析了ＨＳＰ７０ ｍＲＮＡ 表达的变化规律。结果显示,乳腺上皮细胞在１０℃分别冷处理２ ｈ、４ ｈ、６ ｈ 和８ ｈ,其ＨＳＰ７０ ｍＲＮＡ 的表达量变化均不显著（Ｐ ＞０. ０５）;分别在１０℃冷处理２ ｈ、４ ｈ、６ ｈ 和８ ｈ,再复温培养４ ｈ,ＨＳＰ７０ ｍＲＮＡ 的表达量均极显著增加（Ｐ ＜０. ０１）,于６ ｈ 达到峰值;在１０℃先冷处理４ ｈ,然后分别复温２ ｈ、４ ｈ、６ ｈ 和８ ｈ,ＨＳＰ７０ ｍＲＮＡ 的表达量亦均显著增加（Ｐ ＜０. ０１）,并于４ ｈ 达到峰值。结论：急性冷应激诱导牦牛乳腺上皮细胞ＨＳＰ７０ 表达量的增加不是发生在冷处理过程中,而是发生在复温过程中,并且在一定范围内随冷处理时间的增长表达量增高。     

粉被虫草静置发酵产N6-(2-羟乙基)腺苷培养基组分及前体物的筛选

在静置培养条件下,对粉被虫草cp菌株产N6-(2-羟乙基)腺苷（简称HEA）的培养基及其组分进行优化。采用单因素实验方法,以HPLC法对cp菌丝体中HEA进行检测,以HEA的产量为指标,结果表明查氏培养基有利于cp菌株产HEA,其产量是沙氏和PD培养基的3.7倍和4.48倍。以查氏培养基为基础培养基,进行碳、氮源的筛选中,最有利于cp菌株产HEA的是蔗糖和硝酸钠;在无机盐的筛选中,K2HPO4是促进cp菌株累积HEA最主要的无机盐,其HEA产量较CK增长了5 822.37%（提高了58.2倍）;在查氏培养基上添加不同前体物和氨基酸,发现其结构类似物腺苷、次黄嘌呤和腺嘌呤都有促进cp菌株累积HEA的能力,其中腺苷和次黄嘌呤能提高其产量60%以上;而组氨酸是最有利于cp菌株累积HEA的氨基酸,产量达到（45.56±2.8）mg/L,较CK提高HEA产量251.68%,其次是L-谷氨酸增产184.19%。     

人甲状腺激素受体相互作用蛋白15的初步结晶实验及其在人组织表达的研究

目的：构建人甲状腺激素受体相互作用蛋白15（thyroid hormone receptor interacting protein 15,TRIP15）的原核表达载体,在大肠杆菌表达并纯化、结晶表达产物;证实TRIP15在人脐静脉内皮细胞株、血小板、二尖瓣、胆囊和胶质瘤存在表达。方法：以人肝细胞cDNA文库为模板,通过PCR扩增TRIP15的全长编码区序列,双酶切后连接到pGEX-6P-1载体上,转化E.coli BL21（DE3）菌株,通过亲和层析及分子筛对表达产物进行纯化,采用气相扩散悬滴法筛选并优化结晶条件,通过X射线晶体衍射技术检测晶体衍射;采用RT-PCR和Western blot研究TRIP15在人脐静脉内皮细胞株、血小板、二尖瓣、胆囊和胶质瘤的表达情况。结果：成功构建了TRIP15的原核表达载体,获得了电泳纯TRIP15蛋白,得到了蛋白质晶体,但衍射能力很弱;通过RT-PCR证实其在人脐静脉内皮细胞株、血小板、二尖瓣、胆囊和胶质瘤存在表达。结论：成功构建了TRIP15的原核表达载体、建立了表达纯化策略并获得了初步结晶的实验条件,为最终解析其三维结构奠定了基础;初步证实TRIP15在人脐静脉内皮细胞株、血小板、二尖瓣、胆囊和胶质瘤存在表达,为相关研究的开展奠定了基础。     

厦门同安湾定置网捕获鱼类的多样性及营养级特征

利用2012年4月至2013年3月在同安湾进行的定置网渔业资源调查资料, 探讨了该海域鱼类多样性及平均营养级特征。结果表明, 周年逐月共鉴定鱼类112种, 隶属于15目53科88属。渔获物组成以沿岸小型底层鱼类为主, 其中中上层鱼类15种, 中下层鱼类18种, 底层鱼类79种; 暖水性种类84种, 暖温性种类28种, 亚热带动物区系特征明显; 杂食性鱼类8种, 低级肉食性鱼类71种, 中级肉食性鱼类30种, 高级肉食性鱼类3种, 以低级肉食性鱼类为主。中华海鲶(Tachysurus sinensis)是夏、秋、冬三季的优势种, 六指多指马鲅(Polydactylus sextarius)、锯脊塘鳢(Butis koilomatodon)和髭缟鰕虎鱼(Tridentiger barbatus)是春、冬两季的优势种。重量和尾数多样性指数最高值均在11月, 分别为3.26和3.29; 最低值均在2月, 分别为1.78和1.77。鱼类种类存在明显的季节更替现象, 其月更替率6月最低, 为40.1%; 3月最高, 达68.6%。鱼类平均营养级也存在明显的季节变化, 其中3月最低, 为3.02; 1月最高, 为3.92; 周年平均营养级为3.52。与2003年调查资料相比, 鱼类种类数明显减少, 鱼类组成和优势种发生了很大的变化, 导致变化的主要原因可能是过度捕捞、栖息地破坏和环境污染等。     

拟南芥VHA-c3启动子的GUS基因融合表达

VHA-c3基因是拟南芥液泡H+-ATPase c亚基的5个同源基因之一,已有研究结果表明其与植物抗非生物胁迫有关。本论文在克隆不同长度VHA-c3基因上游调控序列的基础上,利用GUS报告基因,研究了VHA-c3基因的植物组织及器官定位。结果表明：VHA-c3起始密码子上游772bp的序列内存在着VHA-c3基因的基本启动子元件,可指导基因组成型表达在拟南芥的叶片、表皮毛、叶柄、根、雄蕊、柱头和萼片;在VHA-c3起始密码子ATG上游2812bp-2234bp片段和1496bp-772bp片段中各存在一个负调控元件,在2234bp-1496bp片段中存在一个正调控元件,它们的存在可控制基因在气孔中的表达。     

Gln49-磷脂酶A2基因工程定点突变及酶活性分析

为了确认49位谷氨酰胺磷脂酶A2（Glutamine 49 phospholipase A2, Gln49-PLA2）酶活性缺失与氨基酸序列的相关性,对Gln49-PLA2编码基因第49位氨基酸进行PCR定点突变,利用pET32a+质粒载体在大肠杆菌中表达Gln49-磷脂酶A2的突变体--天冬氨酸磷脂酶A2（Aspartic acid 49 phospholipase A2, Asp49-PLA2--Q49D-PLA2）。将表达的包涵体蛋白变性,采用固定化金属离子亲和层析进行柱上复性、纯化获得突变体融合蛋白（fusion Q49D-PLA2--fQ49D-PLA2）;突变体融合蛋白经蛋白水解酶Factor Xa酶切后,采用Hitrap SP阳离子交换层析和Superdex 75凝胶层析进一步纯化,得到突变体蛋白Q49D-PLA2,得率为1.3%,比酶活为72U/mg。从而证实Gln49-PLA2酶活性缺失的关键原因是49位氨基酸为谷氨酰胺。     

青藏高原栽培青稞淀粉粒蛋白多态性及其与淀粉含量的关系

淀粉粒蛋白(Starch granule proteins, SGPs)是一类与淀粉粒结合的微量蛋白, 其变异可能与淀粉特性相关。实验率先研究了我国青藏高原栽培青稞的SGP组成, 初步探索了所分离的SGP蛋白与淀粉合成的关系。青藏高原青稞的SGP组成存在多态性, 66份青稞材料中分离了10种主要的SGPs, 16种组合带谱。西藏青稞和四川青稞的SGP组成有很大差异, SGP组成具有地域差异性。不同组合带谱材料间淀粉含量差异显著性检验显示, 实验所分离的淀粉粒蛋白可能与淀粉的合成相关。     

宫颈癌相关blcap基因的生物信息学分析

宫颈癌是发展中国家最常见的妇科恶性肿瘤之一,其死亡率居女性肿瘤的第二位,已成为危害女性身体健康的最主要杀手[1].过去常认为高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus, HPV)如HPV16,18等型的感染是导致宫颈癌的主要原因之一,但近年众多的研究表明,细胞内遗传因素的改变也起着非常重要的作用[2].因此,确定宫颈癌相关基因,从而对从分子水平上了解细胞癌变机制,为宫颈癌的临床诊断、预防、易感性预测及治疗提供分子标记具有十分重要的意义.     

细胞膜磷脂棕榈酸含量对自絮凝颗粒酵母耐酒精能力的影响及作用机制

研究揭示细胞膜磷脂脂肪酸组成与酵母菌耐酒精能力的一种新颖关系及其机制。分别培养于添加 0 6mmol L棕榈酸、亚油酸或亚麻酸不同条件下的自絮凝颗粒酵母 ,其细胞膜富含各自所添加的脂肪酸。细胞膜富含棕榈酸、亚油酸或亚麻酸的三种菌体于 30℃经 2 0 %(v v)酒精冲击 6h的存活率分别为 5 2 %、1 8%和 0。通过考察三种菌体于 30℃在 1 5 %(v v)酒精冲击下的细胞膜透性发现 ,细胞膜富含棕榈酸的菌体的胞外核苷酸平衡浓度分别仅为细胞膜富含亚油酸或亚麻酸菌体的 48%和 32 %,其细胞膜透性系数 (P′)分别仅为后者的 37%和 2 0 %,且三者的胞外核苷酸浓度和P′由小到大的排列顺序均与它们的存活率由高到低的排列顺序完全一致。因此 ,细胞膜富含棕榈酸的菌体具有较强的耐酒精能力是与其在高浓度酒精冲击下可维持较低的细胞膜透性密切相关的 的。