应用死端排除法考虑分子对接中的侧链柔性

假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用９个晶体结构对这一假设进行检验。结果表明假设基本正确。对２个蛋白酶和抑制剂的应用比较成功。９个配体中的７个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小,说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果,提出一个新的分子对接流程图,即在刚体对     

配体与受体相互作用诱导的膜蛋白构象变化WGA与GPA作用对膜蛋白构象的影响

用ＦＴＩＲ、ＣＤ、微量ＤＳＣ和ＳＴＭ、ＡＦＭ等研究重组脂质体,血影和完整红细胞在配体与膜受体相互作用下膜蛋白构象改变以及纳米水平上膜表面蛋白的形貌、结果表明ＷＧＡ可诱导重组脂质体膜、血影膜和完整红细胞膜蛋白发生一定的不同的构象变化,红细胞及其膜的热力学行为变更,以及红细胞膜表面蛋白的可能交联。     

天花粉蛋白小结构域N端同源片段的溶液构象,T18肽的圆二色性…

应用圆二色性,内源荧光和疏水荧光探针法进一步研究Ｔ１８肽的溶液构象及其相互转化,发现Ｔ１８肽在水溶液中为β折叠结构,且在高浓度（〉１ｍｇ／ｍｌ）时形成疏水聚合物,Ｌｙｓ１５和Ｉｌｅ３－Ｉｌｅ４是形成β折叠疏水簇的关键因素,并讨论了蛋白质链和溶剂环境对肽段二级结构的调制作用。     

乙醇能消除二环己基碳二亚胺对H~ -ATPase复合体的抑制效应

本文发现线粒体H~ -ATPase复合体先用0.5μg/ml的DCCD(二环己基碳二亚胺预保温处理,再经12.5%(V/V)乙醇进一步保温处理,则乙醇可完全消除DCCD引起的H~ -ATPase的抑制效应。若H~ -ATPase用DCCD和乙醇同时预保温处理,则DCCD同样消失其抑制作用。用相同浓度的甲醇代替乙醇,则仅可部分的消除DCCD的抑制作用。用相同浓度的DMSO(二甲基亚砜)代替乙醇,则不能消除DCCD的抑制作用。同样浓度的乙醇保温处理经预先用2μg/ml的寡霉素(Oligomycin)处理的H~ -ATPase,并不对寡霉素的抑制作用发生任何影响。表明此浓度的乙醇并未对H~ -ATPase产生解偶联效应。动力学研究表明乙醇对H~ -ATPase水解活力呈现非竞争抑制行为,推测乙醇可能导致H~ -ATPase中的F_1构象的改变,因而影响酶的活性。DPH标记的荧光偏振度,N-[1-P]M标记的荧光强度和内源荧光强度的测定结果显示,乙醇消除DCCD抑制作用的机理,是由于乙醇和DCCD所引起的构象间的相互作用的结果。     

HMR法研究天花粉蛋白TDK肽片段的溶液构象

用１ＨＮＭＲ法测定ＴＤＫ肽在Ｈ２Ｏ（ＨＯＤＫ）,５０％六氟丙醇（ＦＰＤＫ）和２ｍｏｌ／ＬＧｕ·ＨＣｌ（ＧＵＤＫ）中的溶液构象。在ＨＯＤＫ和ＦＰＤＫ中,ＴＤＫ肽的两段序列Ａｓｐ０～Ｉｌｅ４,Ｓｅｒ９～Ｉｌｅ１７分别具有较稳定的α－螺旋含量;而ＧＵＤＫ的ＳＡＬＳ序列仍能检测到有序残存结构。并假设ＳＡＬＳ序列是肽链形成二级结构的原始核心。     

脱金属硫蛋白与镉离子的络合作用及构象研究

用圆二色（ＣＤ）谱地研究兔肝脱金属硫属蛋白的两个亚型与Ｃｄ＾２＋的络合作用及对重组ＭＴ构象的影响。观测了ａｐｏ－ＭＴ垢巯基在空气和室温下的稳定性。在ＰＨ４．７１,镉重组ＭＴ１的ＣＤ谱特征峰在２５７ｎｍ（＋）,２３８ｎｍ（－）,２２６ｎｍ（＋）与镉诱导的天然ＭＴ１相同。在空气存在和ＰＨ７．９０的ＣＤ谱只有２４３ｎｍ（＋）一个峰。向两亚型分别加入７ｅｑＣｄ＾２＋测定ＣＤ谱随ＰＨ值的变化,发现在ＰＨ２．     

左手螺旋Z-DNA的研究 Ⅴ 环境因子对Oligo-d(G-C)_6构象的影响

脱氧寡聚核苷酸ｄ（Ｇ－Ｃ）６是迄今所报道的同类脱氧多聚核苷酸中能形成左手螺旋ＤＮＡ（Ｚ－ＤＮＡ）的最短序列。环境因子如ＰＨ,温度和离子的类别与浓度对ｄ（Ｇ－Ｃ）６在溶液中的Ｚ－构象的形成和Ｂ－、Ｚ－构象的相对稳定性有着明显的影响。在合适的条件下,ｄ（Ｇ－Ｃ）６在溶液中可呈现Ｂ－构象区,Ｚ－构象相对稳定区和Ｂ－、Ｚ－构象跃迁过渡区。     

低浓度蜂毒素在溶液中的自聚集

低浓度蜂毒素在溶液中的自聚集韩学海,隋森芳（清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室,北京１０００８４）关键词蜂毒素;自聚集;多肽构象蜂毒素（ｍｅｌｉｔｔｉｎ）是由２６个氨基酸残基组成的多肽,是欧洲蜜蜂（Ａｐｉｓｍｅｌｌｉｆｉｃｅｒａ...     

寡聚脱氧核苷酸d（CCGTACGG）质子共振谱线归属和溶液物象表征

寡聚脱氧核苷酸ｄ（ＣＣＧＴＡＣＧＧ）质子共振谱线归属和溶液物象表征王萍,石根斌,宋国强,陈凯先,嵇汝运（中国科学院上海药物研究所,２０００３１）关键词寡聚脱氧核苷酸;２ＤＮＭＲ;溶液构象石蒜内铵是一种新型ＤＮＡ嵌合剂,它可以显著改变ＤＮＡ螺旋的构象。...     

胆碱脱氢酶光谱性质的研究

胆碱脱氢酶（ＣＤＨ）蛋白质部分内源荧光发射峰在３３５ｎｍ,并不受底物的影响,但底物可改变辅基ＦＡＤ部分的内源荧光光谱。应用ＦＴＩＲ技术研究了增溶ＣＤＨ的二级结构,其结果如下：５３．４％α－螺旋,２４．５％β－片层,１３．９％３１０－螺旋及０．５％β－回折。在ＣＤＨ处于非底物结合状态时,分子内部结构表现为α－螺旋以及β－片层优势构象,呈现出球状蛋白样的空间结构特征。在与底物作用过程中,３１０－螺旋的比例逐渐上升至４２％左右,与此同时α－螺旋结构则降低到３５％。提示了底物诱导ＣＤＨ分子内部发生了蛋白分子的重新折叠。