西花蓟马检测鉴定技术研究进展

西花蓟马是一种世界性的入侵害虫,2003年首次在北京发现,目前仅在我国局部地区发生。其危害严重,潜在适生区广,且具有进一步扩散蔓延的趋势。快速准确的检测鉴定技术是防止其进一步扩散蔓延,保障我国农业生产健康发展的必要前提。综合相关报道,用于西花蓟马的检测鉴定技术包括传统的形态学特征鉴定法、由此衍生的计算机软件识别法,以及分子检测技术,如RAPD-PCR法、DNA序列分析法、PCR-RFLP法、SCAR分子标记技术、实时荧光定量PCR检测技术以及蛋白质分析技术等。其中,基因芯片和DNA条形编码技术作为新兴的物种鉴定手段,在西花蓟马等入侵物种的检测鉴定中具有广阔的应用前景。     

LMP1羧基端活化区3对鼻咽癌干细胞SP18迁移与侵袭的影响

为了观察潜伏性膜蛋白1(LMP1)羧基端活性区3(CTAR3)对鼻咽癌干细胞SP18迁移与侵袭的影响,本研究通过建立稳定表达LMP1及CTAR3突变型LMP1(LMP1△252-351)的SP18细胞系(即SP18-LMP1和SP18-LMP1△252-351),观察LMP1-CTAR3缺失突变后对SP18细胞增殖、迁移与侵袭的影响.采用基因芯片分析SP18-LMP1和SP18-LMP1△252-351间的差异表达基因,并验证基因的表达,用生物信息学分析差异表达基因间的相互关系.结果显示:a.SP-LMP1△252-351细胞生长速度较SP-LMP1细胞明显变缓,克隆形成和迁移与侵袭能力降低(n=3,P0.05);b.鉴定出LMP1羧基端CTAR3影响SP18细胞迁移与侵袭的18个基因(其中表达上调基因13个,下调基因5个),经荧光定量PCR验证与基因芯片检测结果基本一致.c.13个差异基因间相互联系,网络节点联系最多的基因是FN1、MMP14、THBS1、ITGA2、IL1B和IL6基因.结果提示,LMP1羧基端CTAR3可能通过调节FN1、MMP14、THBS1、ITGA2、IL1B和IL6基因的表达,发挥其促鼻咽癌干细胞SP18细胞迁移与侵袭的功能.     

小鼠脑微血管内皮细胞与新生隐球菌GXM作用后基因表达谱分析

目的探索新生隐球菌GXM能否影响脑微血管内皮细胞基因的表达,为进一步研究隐球菌嗜中枢性的分子机制提供线索。方法使用Roche Nimble Gen 12×135K小鼠基因表达谱芯片,筛选小鼠脑微血管内皮细胞系b End.3与不同浓度新生隐球菌GXM作用后差异表达的基因;结合基因本体论(Gene Ontology),使用top GO进行差异基因GO分析,结合GO语义挖掘与隐球菌侵袭中枢神经系统能力相关的差异表达基因的信息;采用荧光实时定量PCR对重要基因PIK3C2G和ADAMDEC1的表达水平变化加以验证。结果 b End.3细胞与新生隐球菌GXM作用前后基因表达对比发现,实验组GXM(90μg/m)组总共有402个基因表达上调,296个基因表达下调,GXM(180μg/m)组总共有421个基因表达上调,564个基因表达下调,细胞膜、细胞骨架、磷酸肌醇-3-激酶活化、1-磷酸肌醇-3-激酶活化、细胞紧密连接等生物过程差异表达基因较为富集;对PIK3C2G基因和ADAMDEC1基因表达水平变化进行荧光定量PCR验证,结果与芯片结果一致,基因表达水平不同程度上升,且与GXM浓度正相关。结论新生隐球菌GXM能够影响脑微血管内皮细胞基因表达,PIK3C2G基因、ADAMDEC1基因表达上调可能和隐球菌穿越血脑屏障有关。     

制备炭疽芽胞杆菌检测基因芯片的初步研究

建立制备炭疽芽胞杆菌检测基因芯片的技术,并探讨研制检测炭疽芽胞杆菌基因芯片的方法。酶切炭疽芽胞杆菌的毒素质粒和荚膜质粒,通过建立质粒DNA文库的方法获取探针,并打印在经过氨基化修饰的玻片上,制成用于炭疽芽胞杆菌检测的基因芯片。收集了290个阳性克隆探针,制备了检测炭疽芽胞杆菌的基因芯片。提取炭疽芽胞杆菌质粒DNA与基因芯片杂交,经ScanArray Lite芯片阅读仪扫描得到初步的杂交荧光图像。通过分析探针的杂交信号初步筛选出273个基因片段作为芯片下一步研究的探针。     

基因芯片及其在环境微生物研究中的应用

基因芯片因其具有高密度、高灵敏度、快速 (实时 )检测、经济、自动化和低背景水平等特点 ,而广泛应用于不同的研究领域。目前 ,应用于环境微生物研究的基因芯片主要有功能基因芯片 (FGAs)、系统发育的寡核苷酸芯片 (POAs)和群落基因组芯片 (CGAs)。综述了基因芯片在环境微生物研究中的应用 ,包括自然环境中微生物的基因表达分析、比较基因组分析和混合微生物群落的分析等。讨论了基因芯片面临的挑战和前景展望     

基因芯片技术检测肾综合征出血热病毒核酸的研究

To establish a rapid, sensitive and specific diagnostic assay for Hantavirus with microarray techniques, specific primers and probes were designed according to the conservative and specific DNA sequence of 76-118 strain and R22 strain. The probes were spotted on glass slides to form microarrays.The Cy3-1abled single stranded DNA fragments prepared by dissymmetical PCR were hybridized with the probes on the glass slides. The microarrays were scanned and analyzed with a scanner. The results showed that the DNA microarray could detect the different typed DNA of HTN and SEO with adequate specificity and sensitivity. The developed DNA microarray and techniques might be a very useful method for diagnosis and prevention, and could be widely applied in specific pathogens detection ofinfectious diseases such as hemorrhagic fever with renal syndrome.     

纳米金新型基因芯片检测系统的研制及其在临床病原微生物快速检测中的应用

本研究在纳米放大基因芯片检测专利技术的基础上 ,研制纳米金新型基因芯片检测系统 ,从而充分利用纳米金与银反应可将信号放大 10 6倍的优势以取代目前通用的荧光、同位素、酶标等信号报告材料 ,实现芯片技术与纳米技术的有机结合 ,使之具有设备简单 ,技术稳定易于掌握 ,灵敏度高 ,应用范围广等特点。并在此基础上构建针对临床常见致病菌的实用型纳米金基因芯片 ,从而为临床致病性病原微生物的快速、简便、准确诊断探索一条新的途径。试验的主要方法及结果如下 :(1)扩增实验表明 :引物巯基修饰后必须经过TCEP预还原处理 ,才能获得较好的P…     

应用RT-PCR制备登革病毒诊断基因芯片探针

根据GenBank数据库中的生物信息,利用BLAST免费分析软件找出4种型别登革病毒的保守序列及各型特异性序列,针对上述序列设计引物经RT-PCR扩增登革病毒的特异片段,利用此RT-PCR法收集探针是一种快速、简便制备基因芯片探针的实用方法。     

一种基于预测搜索的基因芯片优化方法

掩模板在高密度基因芯片的探针合成过程中起着重要的作用 ,由于其制造工艺复杂、造价较高 ,因此在不改变探针合成结果的条件下 ,需要尽可能的减少基因芯片探针合成过程中所用的掩模板数量。提出了一种新的预测搜索算法 ,对掩模板进行了优化设计 ,对设计结果的测试显示 ,其减少的掩模板数量超过了传统方法的 2 0 % ,表明了该算法的有效性