基于异源cDNA基因芯片杂交的鳜鱼肌肉组织基因表达谱初步分析

cDNA基因芯片技术已广泛应用于生物物种间功能基因组和表达谱学研究。然而,鱼类基因芯片开发和应用相对落后。为了筛选与肉质性状相关功能基因,本研究首次试用异源斑马鱼基因cDNA芯片,对两种肉质性状明显差异的鳜鱼和鲢鱼肌肉组织中基因表达进行了比较分析。从两种鱼肌肉组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片（Affymetrix）杂交后,检测出375个表达基因。与鲢鱼比较,鳜鱼肌肉组织锁定的基因中有180个上调表达基因和195个下调表达基因。在鳜鱼肌肉组织180个上调基因中,49个为已知功能基因,131个为未知功能基因。根据基因文库同源功能基因分析,我们将49个已知上调基因按功能大约分为七大类,其中与肌肉结构相关基因包括肌球蛋白重链基因（MYH）、肌纤维间连接基因和细胞骨架结构基因等。同时,我们对与肉质结构性状密切相关的功能基因进行了分析,并结合与鳜鱼优良肉质结构和功能基因表达关系进行了讨论。     

小鼠胚胎干细胞分化为肝细胞的基因芯片分析

弄清胚胎肝脏发育的分化调节机制,对指导干细胞在肝再生中的应用以及研究肝分化相关疾病分子机制具有重要意义．胚胎干细胞的全能性使得体外建立肝向分化模型成为可能,采用单层贴壁培养方式,分阶段加入成纤维细胞生长因子(FGF)、肝细胞生长因子(HGF)、制瘤素(OSM)等因子,诱导小鼠胚胎干细胞D3(mESC-D3)的肝向分化．分化细胞在光镜和电镜下呈现肝样细胞形态,RT-PCR、细胞免疫荧光检测以及PAS染色分析表明,这些细胞具有肝细胞特征性的基因表达和生化功能．采用干细胞分化相关基因芯片比较早期肝定向分化前后的基因表达差异,结果显示,48个差异表达基因中(大于2倍),20个上调、28个下调．进一步的生物信息学分析发现,它们集中体现在细胞外基质、细胞连接、FGF、BMP分子及Notch、Wnt信号通路上,提示这些改变可能与胚胎早期的肝向分化密切相关．     

阿维链霉菌基因表达谱芯片的初步研究

用表达谱芯片分析阿维链霉菌在发酵过程中转录组表达情况,优化微生物转录组分析条件。提取RNA,进行荧光探针的合成,杂交,扫描对数据进行分析。RNA的提取要注意破壁方法的选择以及茵体量;合成cDNA时,RNA的加入量一般在10μg左右;当cDNA用逆转录的方法得到时,用专门的纯化试剂盒要比传统的异丙醇纯化效果好;杂交温度对于合成基因来说一般在42％,对于比较长的PCR产物来说,温度相比较要高点;对于杂交时间来说,杂交12h之上,效果要明显比6h的好,所以杂交时间一般选择12h之上。对芯片上的197个合成基因进行分析：大约有60个基因进行了表达,其中包括18个双组分或激酶基因;10个糖酵解或者三羧酸循环途径基因;3个阿维基因簇;7个调节基因;5个细胞分化或孢子形;4个运输或固定基因;两个伴侣分子;5个RNA聚合酶σ因子;3个转录基因;两个脂肪酸合成基因;1个RNA聚合酶β亚基。     

猪链球菌2型强毒株05ZYH33转录调控因子Rgg基因敲除突变体与野生株的基因表达差异分析

目的:为了解猪链球菌2型强毒株05Z33转录调控因子Rgg的调控作用,用基因芯片方法分析野生株与rgg基因敲除突变体之间的差异表达基因。方法:用猪链球菌2型全基因组序列点样制备芯片,将芯片运用于rgg敲除株与野生株的基因表达差异研究,采用定量real-time PCR(qRT-PCR)验证表达谱结果。结果:在突变体中共发现45个基因表达量变化在2倍以上,其中19个基因表达上调,26个基因表达下调。这些基因在细菌毒力、免疫抗原、DNA合成和修复、基础代谢和ABC转运系统等方面起着重要作用。结论:转录调控因子Rgg是一个全局调控因子,但rgg敲除后并不影响猪链球菌的毒力。     

灰毡毛忍冬次皂苷乙抑制白血病细胞HL-60的增殖及其机制研究

研究了灰毡毛忍冬次皂苷乙(MB)在体外对白血病细胞HL-60和结肠癌细胞LOVO增殖的抑制作用,并初步探讨其分子机制。采用MTT法检测MB的增殖抑制作用;利用RT2ProfilerTMPCR Array芯片实时定量PCR扩增肿瘤发生中84个关键基因。结果表明MB对两种肿瘤细胞生长均有抑制作用,且对HL-60效果更好。以HL-60作为细胞模型,总共发现差异基因20个,其中上调基因14个,下调基因6个,主要作用是阻滞细胞周期和降低细胞侵袭转移。     

《自然-方法学》：研究用新技术解析细胞表面聚糖

近日来自美国埃默里大学医学院的研究人员通过基因芯片微阵列技术和一种他们称之”散弹糖组学”（shotgun glycomics）的方法对聚糖展开了研究。埃默里研究小组开发了一种新的化学方法可将一种荧光染料粘附到纯化的聚糖上,再将个别的聚糖分成多个小点固定到在玻片上进行检测。这种方法的详细描述发表在本周的《自然一方法学》（Nature Methods）期刊上。     

大鼠胰腺发育不同阶段基因表达分析

目的:探讨大鼠胰腺发育不同阶段基因表达规律.方法:运用高通量基因芯片技术检测大鼠胰腺从胚胎12.5天(E12.5)到成年不同时期基因表达情况.结果:基因芯片所涵盖的基因59%在E12.5有表达,65%在15.5有表达,63%在E18.8有表达,53%在新生胰腺中有表达,38%在成年胰腺中有表达.E18.5相对于E15.5表达上调的基因中代谢相关的酶类有121条,占上调基因的18.2%,E18.5相对于E15.5表达下调的基因主要是一些转录因子和骨架蛋白.结论:在大鼠胰腺的发育过程中,早中期以细胞分化为主,而后期则是以细胞功能成熟为主.     

PsV中和技术检测方法在HPV检测中的应用

目的:研究假病毒(pseudovirions,PsV)中和技术检测方法在人乳头瘤病毒(HPV)检测中的应用.方法:分别用基因芯片技术和PsV中和技术检测新疆伽师县夏普吐勒乡维族妇女血清HPV16感染率;数据用EpiData3.0录入和整理,运用SPSS13.0软件进行统计学处理和分析.结果:基因芯片技术检测HPV16感染率为6.1%,PsV中和技术检测HPV16感染率为7.0%,两种方法检测HPV16感染率差异无统计学意义(p>0.05).结论:PsV中和技术检测方法是一种方便,快捷的HPV抗体检测方法.     

利用基因表达谱挖掘差异表达功能类的稳健性

Gene Ontology广泛地应用于基于基因芯片数据的差异表达功能类分析。基因芯片技术存在检测缺失与检测误差等问题。本文探讨上述这二个因素对利用基因表达谱挖掘Gene Ontology中差异表达功能类的影响。结果显示,差异表达功能类对于检测缺失与检测误差干扰等有一定的稳健性。     

基因芯片技术及其在补血中药研究中的应用

补血中药在我国中医药宝库中占有十分重要的地位,中药调控造血的分子机制与细胞因子网络直接相关。多维超高通量药物筛选体系的建立和从分子水平系统说明中药作用的药理学机制,使传统的中药理论与国际通用的医学理论模式接轨,是中药现代化、国际化的迫切要求。由于中药重整体、多靶点、多环节的作用方式,使得传统的研究技术难以完整地阐明其作用机制;而现今发展起来的高密度基因芯片技术,可以同时研究上千种基因的作用模式,进行平行基因分析,因此可以用来检测疾病状态下和中药作用后成千上万个基因的表达模式,并对其进行定性和定量分析,从而使从整体和分子水平上阐明中药作用机制成为可能。基因芯片这种高通量、快速、平行的基因信息处理和分析技术,是实现这一目标的绝佳实验手段。在药物领域对于药物靶标的发现、多靶位同步超高通量药物筛选、药物作用的分子机理、中医药基础理论现代化、药物活性及毒性评价等都有其他方法无可比拟的优越性。因此,建立以基因芯片技术为核心的多靶点、多层次、多水平的中药多维超高通量筛选体系具有极其重要的意义。