黑籽南瓜ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

以云南个旧黑籽南瓜叶片基因组DNA为模板,固定反应程序,采用L_(16)(4~5)正交试验设计的方法,对影响ISSR-PCR反应的五因素(dNTPs,Mg~(2+),引物,Taq DNA聚合酶,模板DNA)在四个水平上进行优化试验。研究建立起了适于云南黑籽南瓜ISSR-PCR的最佳反应体系:25μl反应体系中含10×buffer 2.5μl、0.15mmol/L dNTPs、2.5mmol/L Mg2+、0.40μmol/L引物、1.5U Taq DNA聚合酶、DNA模板15ng。扩增程序为:95℃预变性5min,94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸90s,进行35个循环,最后72℃延伸7min。该优化体系的建立为今后用ISSR标记技术进行黑籽南瓜种质资源的分类鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

芋ISSR-PCR扩增反应体系的建立

目的:获得清晰可靠、重复性较好的ISSR-PCR扩增反应体系,应用于芋种质资源进行遗传多样性的研究中.方法:以芋的幼叶提取基因组DNA为材料,采用正交试验设计L16(45),从模板DNA浓度、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度及TaqDNA聚合酶的用量5因素4水平出发,构建芋最佳反应体系.结果:芋ISSR-PCR的最佳反应体系为:在25μl的反应体系中,40ng DNA模板、0.4μmol/L引物浓度、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、1 U Taq DNA聚合酶.结论:利用芋种质资源对最佳反应体系的验证,结果显示该反应体系具有扩增稳定性.     

散斑壳属真菌RAPD-PCR反应条件的优化

以分离自四川省二郎山林场云南松上的松针散斑壳菌(Lophodermium pinastri)为材料,提取其总基因组DNA做为RAPD-PCR体系优化的模板。研究了dNTPs、Mg~(2+)、DNA模板、Taq酶、引物等组分对RAPD反应结果的影响,并建立了最佳反应体系:25μL PCR反应体积,10×Taq酶缓冲液2．5μL,1．5 U Taq酶,20 ng DNA模板,0．4 mmol/L dNTPs,4．0 mmol/L Mg~(2+),0．48μmol/L引物,10．2μL ddH_2O。     

毛薯ISSR-PCR反应体系的建立

本研究主要建立毛薯ISSR-PCR的最佳反应体系。研究采用改良CTAB法提取毛薯总基因组DNA,应用单因子实验法设定模板DNA,Mg2+浓度,dNTP浓度,Tap酶浓度以及退火温度的5个不同梯度,探讨单因素变化对毛薯ISSR-PCR扩增的影响。实验结果表明,毛薯ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积20μL,模板DNA为50ng、Taq酶为0.8U、Mg2+浓度为2.0mmol/L、引物浓度为0.5μmol/L、dNTPs浓度为0.5mmol/L。     

散斑壳属ISSR-PCR反应条件的优化

以散斑壳属 (Lophodermium) T29、T50、T62、R111菌株为研究材料,对该属ISSR-PCR反应体系中的模板DNA浓度、引物浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度以及退火温度等条件进行优化,寻找出适合此类真菌ISSR-PCR反应的最佳反应体系为15 μL反应体系中,模板DNA浓度为 4～8 ng/μL、引物浓度 0.4～0.5 μmol/L、Mg2 浓度 2.0～2.5 mmol/L、dNTPs浓度 0.15～0.30 mmol/L、Taq DNA聚合酶量1.5～2.5 U,退火温度为 52 ℃.     

高粱抗丝黑穗病SSR-PCR反应体系的优化

目的:找到一种可用于高粱抗丝黑穗病SSR-PCR扩增最适宜的反应体系。方法:利用单因素体系优化的方法,对SSR-PCR反应体系中Taq酶、dNTPs、MgCl2、模板DNA以及引物用量进行了优化,并且用不同引物、不同模板DNA对该优化结果进行验证。结果:实验表明,Taq酶、dNTPs、MgCl2、模板DNA以及引物的不同用量均对PCR反应结果有显著的影响。最适宜高粱抗丝黑穗病20μl SSR-PCR的反应体系为1U/μl Taq酶2.5μl,10mmol/L dNTPs 1.0μl,25mmol/L MgCl21.5μl,模版DNA2.0μl(50ng),10μmol/L引物1.5μl,10×Buffer 2.0μl。验证结果表明,该体系扩增出的条带清晰且稳定。结论:该结果为今后利用SSR-PCR标记技术研究分析高粱抗丝黑穗病奠定了基础。     

正交设计优化狗牙根SSR-PCR反应体系

为了对狗牙根进行SSR-PCR分子标记分析,本研究对狗牙根的SSR-PCR反应体系进行了优化,利用L16(45)正交设计对狗牙根SSR-PCR反应体系中的Taq酶、Mg~(2+)、dNTPs和引物4个因素的多个水平进行了筛选,PCR结果用SAS进行方差分析,并利用筛选出的最优体系对退火温度进行了筛选。结果表明:(1)Taq酶、Mg~(2+)和引物3个因素对狗牙根SSR-PCR扩增结果有极显著影响,影响程度为Taq酶Mg~(2+)引物,而d NTPs对扩增结果影响不显著;(2)筛选出了20μL的狗牙根SSR-PCR最优反应体系为0.5 U Taq酶、2 mmol/L Mg~(2+)、0.4μmol/L引物、0.2 mmol/L dNTPs、30~60 ng模板DNA;(3)退火温度50~62℃对本试验所选引物的SSR-PCR扩增结果影响不大,本研究选用55℃作为退火温度。     

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)基因组DNA提取及RAPD分子标记反应体系的建立

本研究以改良的CTAB法提取酥瓜基因组DNA,利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜RAPD-PCR反应体系的5个影响因素(引物,dNTPs,Taq DNA聚合酶,Mg~(2+)和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在30~50℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜RAPD-PCR反应体系。研究表明,在25μL反应体系中,含有引物0.8μmol/L、dNTPs 0.3μmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、Mg~(2+)0.5 mmol/L、DNA模板30 ng为最佳反应体系,RAPD-PCR扩增程序中最佳退火温度为37.6℃。该体系有助于酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价。     

益智ISSR-PCR反应体系建立与优化

目的：获得适合的益智ISSR-PCR扩增反应体系。方法：利用正交设计L46（4^5）和单因素试验对益智ISSR-PCR反应体系的5因素（Taq酶,Mg^2＋,模板DNA．dNTPs,引物）在4个水平上进行优化试验,将二者所得结果进行综合比较分析。结果：最终扶得益智ISSR-PCR反应的最优体系（20μl）为：模板DNA 100ng,Mg^2＋ 3．0mmol／L,引物0．8μmol／L,dNTPs0．25mmol／L,Taq DNA聚合酶1．0U。最后,对益智ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火,得到最佳退火温度为50℃。结论：这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术研究分析益智遗传多样性奠定基础。     

柑橘基因组DNA快速提取及ISSR-PCR扩增体系优化

对CTAB-mini法进行改良,得到一种效率较高的柑橘DNA提取方法.试验结果表明,得到的高质量DNA适合柑橘ISSR分析.同时,采用正交设计对影响柑橘ISSR-PCR因子进行优化.试验结果表明:20 μl反应体系中采用5 ng模板DNA、0.35 mmol/L dNTPs、0.15 μmol/L Primer、1U Taq酶和3 μl 10×Buffer(含Mg2+)为柑橘ISSR-PCR最优反应体系.     

黄皮SRAP反应体系优化正交实验研究

以黄皮(Clausena lansium)‘甜黄皮’品种为试材,利用正交设计L₁₆(4⁵)对黄皮SRAP-PCR反应体系中的5因素(Taq聚合酶、Mg²⁺、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验。结果表明,不同因素对黄皮SRAP反应体系影响从大到小的顺序为:Mg²⁺和Taq聚合酶> 模板DNA> 引物> dNTPs;初步确立了适合黄皮的SRAP-PCR扩增体系为:在25 μl反应体系中,包括10×PCR buffer 2.5 μl、Taq DNA聚合酶0.75U、Mg²⁺ 2.0 mmol/L、模板DNA 60 ng、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.2 μmol/L。     

正交设计优化缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系

目的：建立缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法：利用正交设计实验的方法,采用引物562,10号材料Ptychomitrium gardneri为模板对缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系中的5种主要因素（Mg2＋d、NTPs、引物、模板量、Taq酶量）在4个水平上进行体系优化。结果：确定了缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系（25μl）为：Mg2＋浓度为3.2mmol/L、dNTPs浓度为0.96mmol/L、引物浓度为1.04μmol/L、模板量10ng、Taq酶量1.5U。利用该体系,采用引物564在16个材料中能有效扩增。结论：这一优化体系的建立为以后缩叶藓属植物的ISSR遗传多样性的分析奠定了基础。     

狭边大叶藓（Rhodobryum ontariense）ISSR-PCR反应体系的建立与优化

研究目的是获得适用于狭边大叶藓（Rhodobryum ontariense）遗传多样性研究的ISSR—PCR反应标准化程序。通过单因素试验设计,对Mg^2＋、dNTPs、Taq DNA聚合酶、模板、引物浓度,以及退火温度、循环次数等影响ISSR扩增的主要因素进行了研究和优化。结果表明,UBC808、UBC811、UBC812、UBC825、UBC826、UBC841、UBC888及UBC891引物适用于该研究;20μL ISSR—PCR最适反应体系包括：6ngDNA模板、0．4μmol／L引物、2．25mmoL／LMg^2＋、0．6U Taq DNA聚合酶、0．4mmol／LdNTPs。扩增程序为：94℃预变性4min;然后94℃变性1min,48～50℃（根据不同引物确定）复性2min,72℃延伸1min,共进行40个循环;最后,72℃延伸7min,4℃保存。     

水稻RAPD反应体系的正交优化

以焦旱1号总DNA为材料,首先对影响RAPD-PCR反应的模板DNA、Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等因素进行了初步优化,分析了各因素对RAPD-PCR扩增结果的影响.在此基础上对影响RAPD-PCR反应的Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等4个主要因素进行正交优化,研究结果表明:在25 μl RAPD-PCR反应体系中,模板DNA 20 ng;Mg~(2+)浓度1.5mmol/L;dNTP的浓度0.2mmol/L;引物量15 pmol;Taq DNA聚合酶1.0 U.在此最佳条件下,利用引物B8对18个北方粳稻品种进行了成功的扩增.     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

怀地黄ISSR扩增条件优化的研究

用CTAB法提取怀地黄嫩叶DNA,进行简单重复间序列标记(ISSR)分析.通过单因子实验分别研究了退火温度、Taq酶单位、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR反应的影响,找出各自的合适条件,而且每一个合适条件确定以后都被作为后续研究的一个条件.通过各个因子的组合研究建立了适宜于怀地黄ISSR分析的扩增体系25 μL PCR反应体积,1×Taq DNA酶缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,50 mmol/L KCl,0.1% Trion X-100,pH9.0 ),2.5 mmol/L MgCl2,1.5～1.0 U Taq酶,60 ng模板DNA,0.4 μmmol/L引物,各0.4 mmol/L的dATP、dGTP、dCTP和dTTP.合适的退火温度为53～55℃.为用ISSR技术分析鉴定怀地黄种质资源奠定了良好的基础.     

罗汉果SRAP反应体系的建立与优化

建立适合罗汉果的SRAP-PCR扩增体系,为罗汉果的遗传图谱构建及基因定位奠定基础。实验对罗汉果SRAP-PCR反应体系的影响因素(引物,dNTP,Taq酶,Mg~(2+),模板DNA)在多个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了罗汉果SRAP-PCR反应的最佳体系(10μL):引物0.6μmol/L、dNTP0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、Mg~(2+)2.0 mmol/L和模板DNA 30 ng。该体系的建立能很好的满足罗汉果基因组DNA的扩增要求,SRAP标记应用于罗汉果遗传研究是可行的。     

朝鲜碱茅ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为进一步开展朝鲜碱茅种质资源遗传多样性的研究,以野生朝鲜碱茅(Puccinellia chinampoensis)为材料,通过单因子试验对ISSR-PCR反应进行优化。确立最佳的PCR反应体系:在20μL反应体系中,含有模板DNA 40 ng,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.8μmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,MgCl22.5 mmol/L和10×PCR Buffer(Mg2+free)2μL。此外,还筛选到10条扩增稳定、条带丰富的候选引物,并确定了各自的最佳退火温度。     

狗牙根SRAP-PCR反应体系的优化

本研究以狗牙根幼叶为为试材,采用单因子试验和正交设计试验2种方法,对SRAP-PCR反应体系进行优化试验,结果表明狗牙根25μL SRAP-PCR最佳反应体系为:1.5 mmol/L Mg~(2+)、0.25 mmol/L dNTP、0.4 μmol/L引物、1.5 U Taq酶和80 ng模板DNA,最佳退火温度为50.6℃.运用该体系对30份狗牙根种质进行验证,电泳结果显示扩增条带清晰、多态性高,证明该体系稳定可靠,这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对狗牙根进行分子生物学研究提供了帮助.