岷县黑裘皮羊微卫星多态性及与生产性状的关联分析

分析10个微卫星位点在岷县黑裘皮羊群体中的遗传多样性及与生产性状的关联效应,为该品种种质资源的保护、利用和性状改良提供理论依据。选取12、24和36月龄的岷县黑裘皮羊各48只,测定其体重、体高、体长、胸宽、胸深和胸围性状,利用10对微卫星引物,采用PCR扩增和毛细管电泳技术,对岷县黑裘皮羊进行遗传多样性检测,并分析各位点基因型与生产性状的关联效应。10个位点在该群体中共检测到112个等位基因,平均等位基因数为11.2个,平均有效等位基因数为4.4508,平均观测杂合度为0.521 8,平均期望杂合度为0.765 7,平均多态信息含量为0.728 9;且10个位点均与不同月龄岷县黑裘皮羊体重、体高、体长、胸宽、胸深及胸围具有不同程度的关联效应。所选的10个微卫星位点多态性丰富,可用于评估岷县黑裘皮羊的遗传资源。此外,所选位点与生产性状均具有不同程度的关联性,可用于指导岷县黑裘皮羊的性状改良及育种工作。     

微卫星DNA标记分析德国镜鲤的遗传潜力

结合体重、体长、体高等数量性状, 用30个微卫星分子标记, 评估了3个德国镜鲤群体的遗传潜力, 共检测到287个等位基因, 559种基因型, 片段长度109~400 bp, 有效等位基因数1.1014~6.4665, 观察杂合度0.0968~0.9892, 期望杂合度0.0926~0.8554, 位点多态信息含量0.08787~0.8559, 其中中度多态(0.25≤PIC≤0.5)13个, 高度多态(PIC≥0.5)13个。统计结果显示: 3个群体的遗传潜力处于中度水平, 双来养殖群体的遗传潜力比换新和松浦繁殖群体低。同时, 用30个基因座的不同等位基因和基因型与双来群体的体重、体长、体高进行了连锁分析, 得到2个与镜鲤体长相关的微卫星分子标记(HLJ319, HLJ693)和1个与体高相关的位点(HLJ677), 与体长相关的1个位点(HLJ693)还与体重连锁。将此遗传标记在鲤鱼重组自交系中验证, 结果显示: 主要经济性状相连锁的3个遗传标记中HLJ319与鲤鱼体长性状的QTL定位结果基本一致。     

大口黑鲈微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析

以国内目前养殖的大口黑鲈[Micropterus salmoides(Lacépède)]群体(CH)、2009年引进的佛罗里达亚种(FL-09)、2010年引进的佛罗里达亚种(FL-10)、2010年引进的北方亚种(NT-10)为实验材料,应用43个微卫星DNA标记对这4个大口黑鲈群体进行遗传检测,构建了各群体的微卫星DNA指纹图谱,并对其遗传结构进行分析。结果显示:CH、FL-09、FL-10和NT-10群体的平均等位基因数(A)分别为2.58、3.74、3.70和4.21,平均期望杂合度(He)分别为0.4549、0.4896、0.5010和0.6138,平均多态信息量(PIC)分别为0.3786、0.4443、0.4566和0.5546,表明国内目前养殖的大口黑鲈群体遗传多样性水平远远低于国外新引进的大口黑鲈群体。利用UPGMA法对4个群体进行聚类,结果 FL-09和FL-10聚为一支,遗传距离为0.0506;NT-10和CH聚为另一支,遗传距离为0.4244,推测FL-09和FL-10两个佛罗里达亚种属于相同的群体,而NT-10和CH两个北方亚种来自不同的群体,甚至不同的水系。同时从指纹图谱中,筛选到5个特异的微卫星标记(JZL114、MiSaTPW11、Lma120、Mdo6和Msal21),可以鉴别FL、NT-10和CH群体,其中MiSaTPW11和Msal21这两个标记组合可以完全鉴别这3个群体。将5个特异性微卫星标记的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹,可以方便应用于大口黑鲈不同群体及其杂交种的鉴定。研究结果可以为我国大口黑鲈种质资源保存、品种鉴定和良种选育提供理论依据。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

两个镜鲤半同胞家系的遗传多样性及经济性状分析

在两个镜鲤半同胞家系中,各随机选取47尾作为实验鱼,测量体重、体长、全长等数量性状,利用24个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到57个等位基因,每个基因座的等位基因数为1－6个不等,平均等位基因3.21个,片段长度在134－371bp之间,有效等位基因数Ne为1.00－2.89, 平均观察杂合度Ho为0.00－0.83,平均期望杂合度He为0.00－0.66,平均多态信息含量PIC为0.00－0.58。结果表明：2个家系的遗传多样性处于中度水平,但连锁不平衡分析表明这两个家系在较大的选择压力下,已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对24个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ519,HLJ848、HLJ855、HLJE8 4个微卫星位点对镜鲤体重显著影响(p<0.05),其中,位点HLJ519,HLJ848、HLJ855还对体长和全长存在显著影响(p<0.05)。对这些位点基因型所对应的表型均值进行了多重比较,找到了一些对主要经济性状有利的基因型。     

中华绒螯蟹微卫星标记与生长性状相关性的初步分析

研究采用30个微卫星标记分析同池养殖的长江水系中华绒螯蟹群体,以筛选生长性状(体重、体长和体宽)相关的分子标记。结果表明,位点ESIN33、ESC29和ESC57与体重、体宽和体高呈极显著相关(P<0.01);位点ESC65与体高、体宽呈极显著相关(P<0.01),与体重呈显著相关(P<0.05)。不同基因型间的多重比较表明,ESIN33位点的AC基因型、ESC29位点的DD基因型、ESC65位点的BB基因型的平均体重、体宽和体高均高于其他基因型,且差异显著,是生长性状的优势基因型。研究结果可为中华绒螯蟹的分子标记辅助选育提供参考。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

大口黑鲈NPY基因多态性及与生长的关联分析

神经肽Y (NPY)是鱼类摄食调控网络中具有促进食欲的摄食因子,NPY基因上的多态性可能影响鱼类的摄食进而对生长性状产生影响。本研究通过PCR扩增和直接测序在大口黑鲈NPY基因5'非编码区筛选获得1个SNP位点S1 (A-85C)。随机选取同塘饲养的12月龄大口黑鲈327尾作为分型群体,采用SNaPshot方法检测每尾鱼中S1位点的基因型,运用Popgene 32软件进行群体遗传结构分析。结果表明,S1位点共有3种基因型:AA、AC和CC,其分布频率分别为0.560、0.416和0.024。该位点在群体中的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为1.928、0.450和0.449,处于哈温平衡。采用一般线性模型分析不同基因型与大口黑鲈生长性状之间的相关性,结果显示:AC基因型群体的平均体质量、体宽、全长和体高分别高于AA基因型群体和CC基因型群体,其中AC基因型个体的平均体质量比CC基因型个体的平均体质量增加了15.37%,但在统计上均没有达到显著相关(p0.05)。这可能与CC基因型个体明显偏少,只占分型群体的2.4%有关。     

微卫星分子标记与松浦镜鲤3个表型性状的相关分析

本文利用SPSS 13.0分析软件对194尾松浦镜鲤的体重、体长和尾长值进行相关分析,并选用扩增效果好的30个微卫星标记,检测新品种松浦镜鲤繁殖群体的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)等遗传参数,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡,最后还将30个基因座的不同基因型与个体的体重、体长和尾长进行了相关分析.结果显示,体重与体长高度线性相关,差异极显著;尾长与体重、体长分别呈显著相关,差异显著.多样性指数结果表明共检测到172个等位基因,片段长度在115～432 bp之间,有效等位基因数为1.14～5.32;观测杂合度为0.07～0.92,期望杂合度为0.13～0.91;多态信息含量为0.12～0.79,其中高度多态(PIC≥0.5) 21个,中度多态(0.25≤PIC≤0.5) 7个,表明这个群体的多样性较高,信息含量比较丰富.我们还发现有4个遗传位点:HLJ328、HLJ693、MFW29和MFW48与体长性状显著相关(P<0.05),其中,位点HLJ328、HLJ693和MFW48还与体重性状显著相关(P<0.05),未发现与尾长性状相关的位点.本文获得的这些标记具有生长特性优势,可作为松浦镜鲤分子辅助育种的参考标记.     

三个野生群体日本囊对虾遗传多样性的SSR分析

为了解野生种群日本囊对虾遗传分化和改良遗传育种,用SSR技术对福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)3个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。采用了10对微卫星引物对3个野生种群进行分析,10个微卫星位点在3个种群中均表现为高度的多态性,每个位点平均检测到3.87个等位基因;平均多态信息含量为0.5893;3个群体的观测杂合度分别为0.6243、0.5704、0.4661,全部群体观测杂合度平均为0.5536;期望杂合度分别为0.7193、0.6189、0.6226,全部群体平均期望杂合度为0.6536。这说明3个野生种群在10个微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示厦门群体和湛江群体的遗传距离较近。     

罗氏沼虾转录组SSR标记筛选及其与体质量相关性分析

研究通过转录组测序对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)SSR标记进行了发掘, 获得SSR位点18592个。随机选取了63个SSR位点设计引物并利用10个个体进行多态性位点筛选, 共获得31个具有多态的SSR标记, 利用其中19个SSR标记对全同胞家系群(FS)119尾虾及孟加拉F3代野生群(MJL)199尾虾的群体遗传多样性进行分析, 并对SSR位点与体质量性状进行关联性分析。结果表明: FS群体共检测到40个等位基因, 平均等位基因数为2.1053, 平均观测杂合度0.4525, 平均期望杂合度0.3804, 平均多态信息含量0.3076, 处于中度遗传多态水平; MJL群体共检测到65个等位基因, 平均等位基因数为3.4211, 平均观测杂合度0.4105, 平均期望杂合度0.4496, 平均多态信息含量0.3882, 处于中度遗传多态水平。 19个SSR位点与FS群体体质量没有相关性(P>0.05), 而在MJL群体中, 4个SSR位点与体质量显著相关(P<0.05)。对差异显著的位点进行不同基因型体质量性状的多重比较, MR28位点277/285基因型体质量均值极显著高于277/289和285/285基因型(P<0.01), 显著高于285/289、273/289、270/273和285/293基因型(P<0.05); MR32位点266/266和266/270基因型体质量均值显著高于270/270基因型(P<0.05); MR34位点210/214基因型体质量均值显著高于210/210和214/214基因型(P<0.05); MR45位点174/190基因型体质量均值显著高于182/182和182/190基因型(P<0.05)。研究结果为罗氏沼虾分子标记辅助育种奠定了基础。     

Microsatellite polymorphism and its association with body weight and selected morphometrics of farm red fox (Vulpes vulpes L.)

Polymorphism of 30 canine-derived microsatellites was studied in a group of 200 red foxes kept on 2 Polish farms. 22 out of 30 microsatellites were selected to study association between marker genotypes and body weight (BW), body length (BL), body circumference (BC), tail length (TL), ear height (EH), length of the right front limb (FRLL), length of the right rear limb (RRLL), length of the right front foot (FRFL) and length of the right rear foot (RRFL). A total of 112 alleles and 243 genotypes were found at 22 autosomal microsatellite loci. Three monomorphic loci deemed as uninformative were excluded from the study. The association between marker genotypes and the studied traits was analysed using general linear model (GLM) procedure and least squares means (LSM). Linkage disequilibrium (LD) was estimated to assess non-random association between microsatellite loci. Out of 19 microsatellites studied four markers showed no association with the studied traits, three markers had a significant effect on one trait, and another three markers had significant effect on two traits. Among ten microsatellites with significant effect on four economically important traits (BW, BL, BC, TL) four were associated with two characters: marker FH2613 with BW and BC, marker FH2097withBL and BC, marker ZUBECA6 with BW and BC, whereas marker REN75M10 was associated with BL and TL. The strongest LD (r² ranged from 0.15 to 0.33) was estimated between nine loci with significant effect on economically important traits (BW, BL, BC, TL).     

SSR-based assessment of genetic diversity in South American Vitis vinifera varieties

Six SSR loci, previously developed for grapevine, were analyzed to evaluate the genetic variability and cultivar relatedness in a collection of 25 autochthonous Vitis vinifera varieties from Perú and Argentina.

The number of alleles per locus ranged from 6 to 13, while the number of microsatellites genotypes varied between 9 and 16. The expected heterozygosity varied between 0.71 and 0.89 and the polymorphism information content ranged from 0.70 to 0.88 indicating that the SSRs were highly informative. It was possible to identify 76 different genotypes, with all accessions showing-at least one-specific combination of alleles. Triallelic loci were observed with some SSR. Sequence analysis revealed that variation in the number of repeats and insertion/deletions (InDels) accounted for the polymorphisms observed. Clustering analysis resulted in four separate groups of varieties sharing at least 75% of the markers. A few cases of synonymies were found within the Peruvian accessions. Varieties were clustered following a general pattern of shared morphological and enological traits, rather than geographical origin.     

Characterization of 35 novel microsatellite DNA markers from the duck (Anas platyrhynchos) genome and cross-amplification in other birds

In order to study duck microsatellites, we constructed a library enriched for (CA)n, (CAG)n, (GCC)n and (TTTC)n. A total of 35 pairs of primers from these microsatellites were developed and used to detect polymorphisms in 31 unrelated Peking ducks. Twenty-eight loci were polymorphic and seven loci were monomorphic. A total of 117 alleles were observed from these polymorphic microsatellite markers, which ranged from 2 to 14 with an average of 4.18 per locus. The frequencies of the 117 alleles ranged from 0.02 to 0.98. The highest heterozygosity (0.97) was observed at the CAUD019 microsatellite locus and the lowest heterozygosity (0.04) at the CAUD008 locus, and 11 loci had heterozygosities greater than 0.50 (46.43%). The polymorphism information content (PIC) of 28 loci ranged from 0.04 to 0.88 with an average of 0.42. All the above markers were used to screen the polymorphism in other bird species. Two markers produced specific monomorphic products with the chicken DNA. Fourteen markers generated specific fragments with the goose DNA: 5 were polymorphic and 9 were monomorphic. But no specific product was detected with the peacock DNA. Based on sequence comparisons of the flanking sequence and repeat, we conclude that 2 chicken loci and 14 goose loci were true homologous loci of the duck loci. The microsatellite markers identified and characterized in the present study will contribute to the genetic map, quantitative traits mapping, and phylogenetic analysis in the duck and goose.     

荷斯坦牛Nramp1基因遗传多态性及其与乳房炎相关性的研究

利用PCR-SSCP技术检测了344头中国荷斯坦牛Nramp1基因exon 11的基因多态性, 并分析了其不同基因型与乳房炎及产奶量性状的关系。结果表明: 实验群体发现3种基因型AA、AB、BB, 其中A等位基因为优势等位基因, 等位基因频率为0.767, 而B等位基因频率则为0.233。经χ2适合性检验, 群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。测序结果显示: 扩增片段分别在200 bp(C/G)和254 bp(T/G)存在碱基突变, 并导致了氨基酸改变, 分别为丙氨酸替换为脯氨酸(Ala356Pro)、亮氨基酸替换为蛋氨酸(Leu374Met)。通过构建最小二乘线性模型, 进行Nramp1基因多态性与产奶量、体细胞评分(SCS)的相关性分析表明, AA型个体的SCS最小二乘均值显著低于BB﹑AB型(P<0.05), 而AA型﹑AB个体的产奶量最小二乘均值显著高于BB型(P<0.01, P<0.05), AA基因型可作为乳房炎抗性的优良基因型。因此, 可将Nramp1作为奶牛乳房炎候选基因应用于分子标记辅助选择育种。     

郏县红牛ZAG基因多态性与生长性状的相关性

摘要: ZAG基因的功能主要是促进脂肪分解, 减少脂肪含量。文章利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究了145头郏县红牛ZAG基因编码区4个位点(Z1、Z2、Z3、Z4)的多态性, 发现Z1、Z3、Z4 位点存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行了测序分析, 共发现6个新的SNP多态位点(C115T、A3257G、A4013G、T4027C、C4032T、T4120C)。Z3位点处于Hardy-Weinberg平衡状态, Z1、Z4 位点处于非平衡状态。不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示, Z4位点上, AC基因型个体的体斜长、胸围、管围、体重指标显著(P<0.05)或极显著(P<0.01), 大于AA、AB基因型个体, 暗示该位点有可能作为郏县红牛生长性状标记辅助选择的标记之一。     

菲律宾蛤仔EST_SSR标记与生长性状的相关分析

研究利用20个微卫星标记对菲律宾蛤仔斑马蛤F2代家系107个个体进行遗传多样性分析,并对标记位点与生长相关性状进行分析。在20个微卫星位点共检测到41个等位基因,各位点等位基因数为2—3个,等位基因片段大小为109—430 bp,平均等位基因数为2.05个。平均有效等位基因数为1.71个,观测杂合度平均值为0.504,期望杂合度的平均值为0.431,平均多态信息含量为0.324。经卡方检验,3个位点SSR11,SSR164和SSR213的基因型分布显著偏离了孟德尔定律(P0.01)。运用SPSS 20.0对20个微卫星位点与菲律宾蛤仔斑马蛤家系生长性状的相关性(壳长、壳宽、壳高和体重)进行连锁显著性检验。结果表明,SSR9位点与壳高存在显著的相关关系(P0.05),SSR135和SSR164位点与壳宽呈显著相关(P0.05),SSR142位点与体重呈显著性相关(P0.05)。研究结果可为菲律宾蛤仔的分子标记辅助选育提供参考。     

辽宁新品系绒山羊微卫星标记与经济性状相关关系的研究

利用微卫星技术对我国特有遗传资源150头辽宁新品系绒山羊的11个微卫星位点进行了研究,对其进行群体遗传学特性分析,并利用SAS程序下的GLM分析了体重、产绒量和绒细度3个经济性状与标记基因型的关系,结果表明：红LSCV13位点,AA和BC型为体重性状的优势基因型,AB型为绒产量性状的优势基因型。在CSSM11付点,AD和BE犁为绒产量性状的优势基凶型,AA型为绒细度性状的优势基因型。在IDVGA64位点DE为体重性状的优势基因型,BD和CC型为绒产量性状的优势基凼犁,BC和DE型为绒细度性状的优势基因型。在BMS2782何点,BB型为体重性状的优势基凼型,BC和DE型为绒产量性状的优势基凶型,CD型为绒细度性状的优势基因型。     

鲤鱼微卫星标记与体重、体长和体高性状的相关分析

利用47个鲤鱼微卫星标记, 对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系自交F2代的92个个体基因组DNA进行检测, 得到162个等位基因, 各座位等位基因数2~6个, 片段长度100~444 bp, 有效等位基因数1.3069~4.2288, 杂合度0.2361~0.7677, 位点多态信息含量0.5368。利用统计软件SPSS的GLM程序对47个微卫星标记与鲤鱼体重、体长和体高相关性进行了分析, 结果表明HLJ695、HLJ716、HLJ739、HLJ759、HLJ774、K16与体重、体长和体高相关, HLJ776与体高相关。对同一标记不同基因型间进行多重比较, 找到与3种性状相关的基因型。     

Fine mapping of porcine chromosome 6 QTL and LEPR effects on body composition in multiple generations of an Iberian by Landrace intercross

The leptin receptor gene (LEPR) is a candidate for traits related to growth and body composition, and is located on SSC6 in a region where fatness and meat composition quantitative trait loci (QTL) have previously been detected in several F2 experimental designs. The aims of this work were: (i) to fine map these QTL on a larger sample of animals and generations (F3 and backcross) of an Iberian x Landrace intercross and (ii) to examine the effects of LEPR alleles on body composition traits. Eleven single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected by sequencing LEPR coding regions in Iberian and Landrace pig samples. Three missense polymorphisms were genotyped by pyrosequencing in 33 F0, 70 F1, 418 F2, 86 F3 and 128 individuals coming from the backcross of four F2 males with 24 Landrace females. Thirteen microsatellites and one SNP were also genotyped. Traits analysed were: backfat thickness at different locations (BF(T)), intramuscular fat percentage (IMF(P)), eye muscle area (EM(A)), loin depth (LO(D)), weight of shoulder (SH(W)), weight of ribs (RIB(W)) and weight of belly bacon (BB(W)). Different statistical models were applied in order to evaluate the number and effects of QTL on chromosome 6 and the possible causality of the LEPR gene variants with respect to the QTL. The results support the presence of two QTL on SSC6. One, at position 60-100 cM, affects BF(T) and RIB(W). The other and more significant maps in a narrow region (130-132 cM) and affects BF(T), IMF(P), EM(A), LO(D), SH(W), RIB(W) and BB(W). Results also support the association between LEPR alleles and BF(T) traits. The possible functional implications of the analysed polymorphisms are considered.