安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析

【背景】猪圆环病毒(Porcinecircovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaningmultisystemicwastingsyndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。     

家养野猪源猪圆环病毒2型安徽株的分离鉴定及其全基因组序列分析

目的对安徽省临诊疑似PMW S家养野猪病例进行猪圆环病毒2型(PCV2)分离鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆与序列分析。方法应用PK-15细胞进行PCV2的分离与增殖,根据PCR、IFA、电镜技术进行PCV2分离株的鉴定,克隆分离株的全基因组,并对序列进行分析。结果获得1株来自安徽家养野猪源PCV2分离株,命名为YZ0901。该毒株全基因组长为1 767 bp,属于PCV2b基因型。与GenBank已发表的国内外参考毒株的同源性介于93.9%~99.2%,与安徽分离毒株彼此之间的同源性介于93.4%~99.5%。结论安徽省家养野猪中存在PCV2感染,分离毒株与家猪源病毒差异不大,PCV2核苷酸序列比较稳定,其进化不存在明显的地域相关性,家养野猪源PCV2的基因型与当地PCV2流行株的基因型密切相关。     

猪Ⅱ型圆环病毒全基因组的克隆及感染性鉴定

设计合成一对扩增猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组的特异性引物,从3份患断奶后仔猪多系统衰弱综合征（PMWS）的死亡仔猪病料中,PCR扩增和克隆了3株PCV2全基因组序列。将所测序列与已公布的PCV毒株序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的核苷酸同源性为957%～994%,与其它毒株的同源性较高,达951%以上;ORF1的核苷酸同源性高达978%以上,氨基酸同源性大于98%;ORF2的核苷酸同源性较低,为90%～98%不等,推导的氨基酸序列同源性介于87%～991%。进化树分析表明各分离毒株在进化上存在地域上的相关性。将克隆到的PCV2基因组环化后,脂质体介导转染PK15细胞,盲传3代。间接免疫荧光检测表明,克隆到的基因组具有感染性。     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型（PCV－2）基因序列,设计两对特异性引物,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入pGEM-T easy载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插入片段进行测序拼接,获得2株均为1768bp的全基因组序列。应用DNA star序列分析软件,对所测PCV－2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行同源性比较,并绘制系统发生树,结果发现：所测两毒株之间的核苷酸序列同源性极高,可达99．8％,亲缘关系密切;与PCV－2参考毒株的同源性介于95．3％－99．7％之间,其中与美国的一株PCV－2同源性最高,分别为99．5％和99．7％,亲缘关系很近;与国内两分离株同源性分别为96．4％和98．8％－98．9％;与PCV－1参考毒株同源性仅为77．1％－77．5％。     

感染性猪圆环病毒2型基因组DNA的分子克隆

本研究通过PCR扩增出猪圆环病毒2型(PCV-2)的全基因组(1 768bp),克隆入pcDNA3载体的EcoRI酶切应点,获得含有PCV-2全基因组的重组质粒,命名为pcDNApcv2.将重组质粒大量扩增后,用EcoRI切出1 768bp的PCV-2全基因组,在体外用T4 DNA连接酶使其连接环化.用脂质体法将体外连接产物转染无PCV污染的PK-15细胞,经4次连续传代,用间接免疫荧光实验(IFA)及电镜观察证实已获得复制能力的PCV-2病毒.由此可见,本试验构建的环化的PCV-2全基因组DNA具有感染性.     

一株A型口蹄疫流行毒株全序列的测定及其全长感染性克隆的构建

【目的】测定一株A型口蹄疫流行毒株的全基因组序列,并构建其全长感染性克隆。【方法】参照已公布的A型口蹄疫病毒序列设计引物,将分离的口蹄疫病毒株A/Sea-97/CHA/2014全基因组分为4个重叠的片段进行RT-PCR扩增,并对其进行序列测定与分析。利用酶切连接法将4个基因片段依次克隆至p Blue Script SKhdv载体中,构建该流行毒株的全长c DNA克隆p QAHN。pQAHN经NotⅠ线性化后转染表达T7 RNA聚合酶的BSR/T7细胞,拯救病毒。【结果】口蹄疫病毒全基因组序列测定结果表明该毒株基因组全长8 171 bp[不包括poly(C)区段和poly(A)尾巴],开放阅读框为6 996 bp,编码2 332个氨基酸,5′和3′非编码区分别为1 091 bp和95 bp。VP1系统发生树分析表明该毒株与A/GDMM/CHA/2013毒株亲缘关系最近,相似性为99.1%。线化全长质粒转染BSR/T7细胞68 h后可观察到典型的细胞病变。拯救病毒的间接免疫荧光、RT-PCR和序列测定结果表明成功拯救出了具有感染性的FMDV。拯救病毒与亲本病毒的噬斑表型及生长曲线试验表明二者具有相似的生长表型和增殖能力。【结论】该研究为我国口蹄疫病原生态分布、分子流行病学调查以及A型FMD新型疫苗的研究提供了有益的材料。     

猪圆环病毒2型双拷贝感染性DNA的构建及体外拯救

感染性分子克隆是研究病毒复制和致病机制的有力工具。本研究应用PCR诱变技术解决了外源片段易于自连的难题,成功将2个PCV2SD1株全基因组(DQ346683)头尾相接插入到真核生物表达载体pSK的多克隆位点中,构建重组质粒pSK-2PCV2;另外课题组成功构建含单个PCV2全基因组的pSK-PCV2和自身环化质粒ds-PCV2。将所得3种质粒分别转染无PCV污染的PK-15细胞系,经10次连续传代后,间接免疫荧光试验检测显示三者均在细胞核中聚集大量的病毒抗原;经RT-PCR检测都有PCV2特异性基因转录;透射电镜下可观察到直径约为17～20nm的典型PCV2病毒粒子;经测序鉴定所拯救出的病毒与亲本病毒核苷酸同源性为100%。拯救出的PCV2与亲本病毒具有相同的病毒学及分子生物学特性。本研究应用PCR诱变技术成功构建PCV2双拷贝感染性克隆,并经体外拯救证实其具有感染性,为进行PCV2分子特性及致病机理研究打下了基础。     

一株家养野猪源猪圆环病毒2型的分离与鉴定

应用PCR方法从临诊疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)家养野猪病例的淋巴结和脾脏中扩增出预期长度的猪圆环病毒2型(PCV2)的DNA片段,在Dulac细胞中进行分离和培养,扩增全基因组序列后进行同源性分析.结果显示,扩增产物与家猪源参考毒株的序列同源性均在98%以上,该病毒与家猪源病毒差异不大.     

载体表达的siRNA分子对猪圆环病毒2型复制的抑制作用

[目的]寻找一种基于RNA干扰技术的猪圆环病毒2型感染的防控方法.[方法]根据猪圆环病毒2型毒株基因组核苷酸序列,设计了3条特异性小干扰RNA(short interfering RNA,siRNA)分子,其中2条针对猪圆环病毒1型和2型复制酶基因(rep),1条针对猪圆环病毒2型核衣壳蛋白基因(cap),将合成的DNA片段退火形成双链,分别连接到RNAi-Ready pSIREN-RetroQ ZsGreen载体鼠源U6启动子下游,转化大肠杆菌得到阳性克隆,测序鉴定后分别命名为Retro-SH1,Retro-SH4,Retro-SH6.用上述质粒转染PCV2感染前、后的Dulac细胞及肌肉注射PCV2感染前、后的BALB/c小鼠,应用实时定量PCR试验评价其对病毒在细胞及小鼠体内复制的抑制作用,免疫组化法检测脾脏中病毒的存在.[结果]感染PCV2前或后转染500 ng Retro-SH1,Retro-SH4,Retro-SH6质粒能有效抑制PCV2在Dulac细胞上的复制,抑制率最高可达99%以上,对10株不同来源的临床分离株在细胞中复制的抑制作用同样明显,且不同毒株间差异不大.动物试验中,肌肉注射10μg上述不同siRNA分子对小鼠体内PCV2的复制有一定的抑制作用,其抑制率在26%至99%之间.[结论]载体表达的siRNA分子可能成为防控猪圆环病毒2型感染的一种新工具.     

猪圆环病毒2型福建株的全基因组克隆与序列分析

根据GenBank上公布的猪圆环病毒2型全基因序列设计一对扩增PCV-2全基因的引物,建立扩增PCV-2全序列的PCR方法,并应用此方法从福建省不同地区采集的疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪肺组织病料中扩增出PCV-2全基因组(1 767 bp),将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV-2,并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,福建省不同地区采集的猪肺组织扩增出的PCV-2全序列与GenBank上公布的的全基因组同源性介于94.9%-99.8%之间,ORF1的同源性介于97.2%-99.9%,ORF2的同源性也很高,介于97.7%-99.8%之间。其中福州株、福清株和漳州株与中国农大报道的12株、郑州株5株、杭州4株、武汉株3株、上海株2株、扬州2株、南京1株和兰州1株共30株在一个进化分支上,同源性也高达99.3%。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究福建省生猪猪圆环病毒来源奠定一定基础。     

植物抗坏血酸过氧化物酶的作用机制、酶学及分子特性

介绍叶绿体中H2O2的产生和清除,抗坏血酸过氧化物酶(APX)的酶学和分子特性,APX同工酶在植物体内的分布和功能及其相互之间的区别,APX与细胞色素C过氧化酶(CPX)和谷胱苷肽过氧化物酶(GPX)等一些在不同生物中的H2O2清除酶的异同之处,以及有关APX基因工程的研究进展.     

抗Cu2+嗜酸氧化亚铁硫杆菌的驯化及诱变育种

从我国三大铜矿的酸性矿坑水中富集分离出9个具有较强活性的嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株,经过Cu~(2 )的系列浓度梯度的培养,选出其中天然抗铜能力最强的菌株26~#,在Cu~(2 )浓度为0．20mol/L的9K培养基中能在72h内完全氧化培养基中的Fe~(2 ),在含0．22mol/L Cu2~(2 )的9K培养基中能在192h内完全氧化培养基中的Fe~(2 )。以CuSO_4·5H_2O为单变量驯化介质驯化该26~#抗铜菌株,26~#驯化菌株的Fe~(2 )氧化能力明显增强:在含0．25mol/LCu~(2 )的9K培养基中能在84h内完全氧化其中的Fe~(2 )。为了提高驯化菌的稳定性,将驯化后的26~#菌株用紫外线进行诱变。研究结果表明:驯化诱变对菌种的改良有重要的作用,诱变后菌株的生长性能稳定,氧化活性进一步提高,26~#驯化诱变菌在0．25mol/LCu~(2 )存在的条件下完全氧化9K培养基中Fe~(2 )的时间约为60h,对Fe~(2 )氧化能力明显强于驯化菌及野生菌。     

植物细胞中蓝光诱导ROS生成的识别和亚细胞定位检测

以2’,7’-二氯二氢荧光素二乙酯(dichlorofluorescein diacetate,H2DCF-DA)为荧光探针孵育拟南芥叶表皮条,利用荧光光谱和激光共聚焦扫描显微技术,对高辐照蓝光诱导下叶肉细胞活性氧(reactive oxygen spe-cies,ROS)的生成,进行了分子识别和亚细胞定位检测。结果表明:植物细胞在蓝光诱导下,可以产生大量的ROS。过氧化氢酶清除实验表明:高辐照蓝光诱导产生的ROS,主要成分是H2O2,并且主要定位在叶绿体和细胞膜上。     

流加H_2O_2对提高供氧及微生物代谢的影响

在大部分的需氧发酵中 ,供氧通常是通过向发酵液通气来实现的。在某一临界细胞浓度时 ,供氧不能满足细胞生长所需 ,成为细胞生长的限制基质 ,进而导致细胞密度和产品浓度较低[1] 。传统方法改善供氧主要是从反应器设计和工艺等方面考虑 ,如增大搅拌速率 ,提高通气速率 ,使用纯氧通气 ,提高罐压等。但由于氧气的溶解度低以及机械和操作上的原因 ,其操作范围有限。近年来出现了一些新的方法来改善发酵过程中的供氧问题 ,如加入氧载体[1～ 3 ] ,流加Ｈ2 Ｏ2[4～ 7] ,与藻类共培养[8～ 10 ] ,以及通过基因克隆转入携带氧的基因等方法。本文将着…     

PIP2信号与PIP2的再合成

磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate,PIP2）是一种分布在细胞膜内侧面的微量磷脂。虽然含量很低,但PIP2在细胞信号转导以及膜蛋白功能调节等方面却起着十分重要的作用。细胞膜中PIP2的含量水平呈动态平衡,在其代谢调节改变时,PIP2局部浓度的变化可影响特定蛋白的功能。该文就近二十年来针对PIP2信号和PIP2代谢调节相关的研究作一综述。     

RNA诱导沉默复合体中的生物大分子及其装配

在RNA干扰机制中,双链RNA诱导同源RNA降解的过程依赖于RNA诱导沉默复合体（RISC）的活性。RISC由Dicer酶,Argonaute蛋白,siRNA等多种生物大分子装配而成,对这些大分子的结构和功能进行深入细致的研究,有助于进一步了解RISC的形成过程、作用方式,以及阐明整个RNAi过程的作用机制。研究表明,RISC中的Dicer具有RNaseIII结构域,在RNAi的起始阶段负责催化siRNA的产生,在RISC装配过程中起稳定RISC中间体结构和功能的作用;Argonaute蛋白是RISC中的核心蛋白,有PAZ和PIWI两个主要的结构域,前者为siRNA的传递提供结合位点,后者是RISC中的酶切割活性中心;siRNA是RISC完成特异性切割作用的向导,在成熟的RISC中虽然只包含siRNA的一条链,但siRNA在RISC形成过程中的双链结构是保证RNAi效应的决定因素。尽管RISC中还存在其他一些功能未知的蛋白质,但在RISC组分结构及功能研究方面取得的进展为建立一个可能的RISC装配模型提供了理论基础。     

拟南芥H_2O_2突变体的筛选及特性分析

通过化学诱变剂甲基磺酸乙酯(EMS)诱变模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)获得突变体筛选群体.在5 mmol/L H2O2胁迫下,以叶片温度差异为筛选指标,利用远红外成像技术进行突变体的筛选,获得了对H2O2不敏感突变体hpi1(hydrogen peroxide-insensitive1)和敏感突变体hps1(hydrogen peroxide-sensitive1).进一步研究发现,两种突变均为单基因隐性突变,气孔密度同野生型一样,而叶片温度、气孔开度和叶片失水率则有明显的差异.种子萌发实验表明,hpi1对甘露醇(Man)和NaCl不敏感而对ABA敏感,hps1则对3种胁迫都表现出敏感特性.     

Mutagenic activity of carcinogenic and noncarcinogenic nitrofurans and of urine of rats fed these compounds

The nitrofurans, 2-(2-furyl)-3-(5-nitro-2-furyl)acrylamide (AF-2), N-[4-(5-nitro-2-furyl)-2-thiazolyl]formamide (FANFT), nitrofurantoin, 5-nitro-2-furoic acid, 5-nitro-2-furamidoxime, 5-nitrofurfurylidene diacetate and the urine of rats fed these compounds, were assayed for mutagenic activity in Salmonella typhimurium strains TA100 and TA100FR1. All the nitrofurans were mutagenic in the order: AF-2 and FANFT > nitrofurantoin > 5-nitro-2-furamidoxime > 5-nitrofurfurylidene diacetate > 5-nitro-2-furoic acid. Strain TA100 was more sensitive than TA100FR1 to the mutagenic influence of these nitrofurans. Only the urine of rats fed AF-2, FANFT and nitrofurantoin had mutagenic activity. Again, TA100 was more sensitive than TA100FR1. The mutagenicity of the urine was not increased by treatment with β-glucuronidase. AF-2, 2-amino-4-(5-nitro-2-furyl)thiazole (deformylated product of FANFT) and nitrofurantoin were excreted in the urine of rats fed these compounds; whereas the other nitrofurans were not excreted.     

Cd2+ 、Zn2+单一及复合胁迫对凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性的影响

采用水培法研究了不同浓度Cd2+ 、Zn2+单一及复合胁迫(0.05和0.50 mmol·L-1 Cd2+,0.5和5.0 mmol·L-1 Zn2+)对凤眼莲[Eichhornia crassipes (Mart. ) Solms]幼苗根质膜3种氧化还原酶[NADH氧化酶、Fe(CN)63-还原酶和EDTA-Fe3+还原酶]活性的影响. 结果表明, Cd2+ 、 Zn2+单一及复合胁迫对凤眼莲根质膜NADH氧化酶、Fe(CN)63-还原酶及EDTA-Fe3+还原酶活性的影响效应有明显的差异.0.05或0.50 mmol·L-1 Cd2+单一胁迫处理20 h可使凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性均较对照显著降低(P≤0.05),0.5或5.0 mmol·L-1 Zn2+单一胁迫20 h可导致凤眼莲根质膜NADH氧化酶和EDTA-Fe3+还原酶活性也均较对照显著降低(P≤0.05).随胁迫时间的延长,Cd2+ 、 Zn2+单一及复合胁迫处理均可使凤眼莲根质膜氧化还原酶活性增强,胁迫处理20 d时凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性均高于胁迫20 h的活性.Cd2+-Zn2+复合胁迫对凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性的影响效应因作用时间和胁迫浓度的不同而有一定的差异;在胁迫20 h时,Cd2+与Zn2+之间对凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性的作用关系较复杂,因胁迫浓度的不同表现出协同或拮抗的关系;胁迫20 d时,Cd2+与Zn2+对凤眼莲根质膜3种氧化还原酶活性的复合影响表现出明显的拮抗关系.研究结果显示,Cd2+ 、 Zn2+对凤眼莲根质膜氧化还原酶的复合作用效应与Cd2+和Zn2+的浓度比例及胁迫时间均相关.     

拟南芥血红蛋白1(AtGLB1)与过氧化氢的相互作用

拟南芥的血红蛋白1(AtGLB1)属于非共生的血红蛋白。在低氧胁迫中对植物细胞中过氧化氢(H2O2)内稳态的维持起了很重要的作用。为了检测AtGLB1与H2O2能否直接相互作用,我们扩增了拟南芥的AtGLB1基因,并将其克隆到原核表达质粒pET32a中,测序鉴定正确后转化大肠杆菌BL21。IPTG诱导目的蛋白表达后,镍离子亲和层析柱(Ni2+-NTA)纯化了靶蛋白。体外表达的氧合的AtGLB1能与H2O2直接相互作用。因此,与H2O2反应可能是AtGLB1清除低氧胁迫下产生的H2O2的一种方式。