一种新香菇病毒基因组部分cDNA序列及病毒RT-PCR检测

本文报道从香菇菌丝体和子实体中分离到一种大小约20nm×(100-200)nm的杆形病毒颗粒,病毒基因组是大小约8.0kb的dsRNA。对病毒基因组部分cDNA序列进行克隆,完成1457bp的核酸序列测定(Accession No:GQ372842),该序列含1个不完整ORF,编码314个氨基酸残基,推测为病毒RNA聚合酶部分序列。病毒基因组部分cDNA序列与GenBank中的已知核酸序列无明显同源性,表明它可能是新发现食用真菌病毒。为了对实验室和野外的香菇病毒进行快速检测,我们根据得到的病毒基因组部分cDNA序列设计特异性引物,建立了一种方便、有效检测香菇病毒的RT-PCR方法,对感染病毒异常菌丝体中的病毒成功地进行了检测。     

新疆大麦条纹花叶病毒的研究 Ⅱ.病毒核酸cDAN的合成及克隆

本文采用改进的新技术从大麦条纹花叶病毒核酸合成互补脱氧核糖核酸,重组质粒及选择特异性克隆。由于技术的改进,简化了操作程序,提高了工作效率。我们以大麦条纹花叶病毒三个组分核酸混合物为模板,寡(dT)8为引物,合成cDNA第一条链,用Gubler和Hoffman缺口翻译法合成第二条链,采用加HindⅢ人工接头的方法将cDNA插入pUC 9质粒载体上,于大肠杆菌JM-103中进行克隆,并以克隆颜色变化表示有无β-半乳糖苷酶活性的直观法,选择含有外源DNA的克隆。再以克隆原位分子杂交法检查克隆对病毒RNA各组分的特异性。仅对RNA_1或RNA_2有特异性的克隆,分别称为pBV_1和pBV_2,另有相当数量的克隆既与RNA_2也与RNA_3杂交,所以称为pBV2 3。用HindⅢ内切酶对一部分RNA_3杂交阳性的PBV2 3进行分析表明,插入的外源基因长度在500～1,000碱基对之间。文中讨论了RNA_2与RNA_3存在同源的可能性。     

流行性出血热病毒R22株cDNA克隆及其特异性鉴定

用家鼠型流行性出血热病毒R22株RNA,经polyA接尾,以Oligo-dT做引物,合成cDNA。用pUC18为载体转染E.coli Mc1061,建立cDNA克隆。再经菌落杂交,选择病毒特异性的5个阳性克隆制成缺口翻译探针,与病毒RNA3个片段进行反杂交,确定RNA片段的特异性。结果表明,3个克隆为中(M)片段的cDNA,另两个分别为大(L)和小(S)片段cDNA。核苷酸序列分析证明,克隆的DNA中含病毒特异的核苷酸序列。     

甘薯羽状斑驳病毒cDNA探针的克隆及其应用

从表现病毒症状的甘薯叶片中直接提取甘薯羽状斑驳病毒(Sweet Potato Feathery Mo-ttle Virus,SPFMV),用酚-SDS-蛋白酶K法提取SPFMV RNA,以Oligo(dT)作引物合成eDNA。以质粒pUC19为载体,转化E.Coli DH5a,筛选出插入片段长度为1．9kb的阳性克隆,以此制备探针,与SPFMV(RC株)感染的巴西牵牛(Ipomoea setasa)和牵牛(I.nil)叶片总核酸抽提液进行斑点杂交呈阳性反应。52P和生物素标记的cDNA探针杂交试验均得到理想结果。     

超级杂交稻乙烯反应元件结合蛋白cDNA的生物信息学分析与克隆

目的：从超级杂交稻中克隆乙烯反应元件结合蛋白（EREBP）的cDNA。方法：利用模式植物拟南芥中编码乙烯反应元件结合蛋白的cDNA,对现有的水稻基因组数据库进行搜索,获得一条高同源的未知序列。对这条未知序列的核酸序列蛋白质序列及其结构、性质、功能等进行生物信息学分析后,以超级杂交稻为材料,用未知序列设计一对简并引物,用RTPCR技术扩增后进行T-A克隆。结果：生物信息学分析结果表明,这个未知序列应为水稻中编码EREBP的cDNA;克隆后经测序获得一条915bp的cDNA,BLAST表明这条cDNA序列与未知序列的部分核酸序列的同源性达到了99％;提NCBI的GenBank后被接受,登录号为EF507537。结论：以生物信息学分析为基础,结合RT-PCR和T-A克隆技术,成功地从超级杂交稻中克隆了EREBP cDNA。     

人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定

目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSV Long株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSV LZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入Kpn I、Xma I和Sal I酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的p RSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSV LZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSV LZ 01/09的基因组全长为15 204 bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体p BSKS-MCS(简称p RSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体p RSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSV LZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。     

水稻普矮病毒基因组第十片段cDNA的克隆及其体外转录

由提纯的水稻普矮病毒(Rice Dwarf Virus,简称RDV)中分离出其基因组dsRNA,以人工合成的分别与RDV第十片段(RDV—S10)3’末端互补的两段核苷酸作为引物,合成并克隆S10全长sDNA,体外转录成RNA。用同位素标记的其cDNA作为探针,打点杂交,能检测出浓度为2xl0-11g的病毒核酸和直接测出1．25×10-4g染病水稻中的病毒核酸。     

对虾白斑综合症病毒重组cDNA克隆的构建与分析

取经人工注射感染了对虾白班综合症病毒40-45h的凡纳对虾鳃组织,分离mRNA,以mRNA为模板合成双链cDNA,并克隆于PUC质粒的Not I/Sal I位点,构建了1000余株对虾感染后期鳃细胞的重组cDNA克隆,重组质粒经PCR鉴定插入片段,DNA斑点杂交分析目的片段,测定了20株对虾白斑综合症病毒的重组cDNA克隆的末端DNA序列,并对其进行了包含存在的开放阅读框架,启动区上游序列、编码产物的特性等分析。结果显示,PCR产物在0.3-1.6kb之间;大于1kb的克隆中有31.8%的克隆为白斑综合症病毒的重组cDNA克隆。已测序的不包含同源序列的13株克隆中含有14个开放阅读框,其中11个上游可检出启动子基序,4个可检出启动子调制元件,ORF转译产物的特性基序分析显示,有2个ORFs可检出锌指基序,3个ORFs可检出亮氮酸拉链基序,2个ORFs可检出NTP结合基序,未检定核定位信号基序。     

牛病毒性腹泻病毒RNA的cDNA合成及其分子杂交的研究

BVDV(牛病毒性腹泻病毒)是一类有重要经济价值的病毒,其核酸为单链RNA。该病毒提纯以后.用苯酚-氯仿-异戊醇提取RNA.在提取的BVDy RNA中所含的DNA杂质用DNase I降解除去,然后进一步用oligo dT纤维素拄亲和层析,琼脂糖凝胶电泳等方法纯化。纯化的BVDV RNA在E.coli,poly A聚合酶的催化作用下,在3’羟基末端聚腺化。cDNA在逆向转录酶的作用下,用polyA接尾的BVDV RNA作模板,oligodT_12—18作引物合成。琼脂糖凝胶电泳结果说明它与BVDV RNA相似。该cDNA的探针用斑点杂交方法与BVDV RNA,HCV RNA和酵母tRNA杂交,BVDV RNA和HCVRNA显阳性反应,酵母tRNA显阴性反应,结果说明合成的cDNA为BVDV RNA的cDNA。BVDV和HCV同为披盖科疫病毒属成员,它们具有部分相同的抗原,因此编码病毒蛋白的RNA序列具有同源序列,本研究证实了这种假设。     

脊髓灰质炎病毒重组体的构建及其抗原性状分析

以脊髓灰质炎病毒（以下简称脊灰病毒）为载体构建的重组体活病毒可以做为探讨脊灰病毒的抗原结构和特性的有益手段。在构建重组有甲型肝炎病毒小片段抗原多肽的重组脊灰病毒基础上,分析了脊灰病毒VP1上中和抗原位点I的空间构象特点,并探讨了插入的外源抗原片段对其空间结构的可能影响。     

鲤鱼垂体mRNA反转录模板活性的研究

 本实验用不同方法研究鲤鱼垂体mRNA反转录为互补DNA的活性。用硫氰酸胍法,从垂体中提取总RNA,经过Oligo(dT)-纤维素柱层析,得到poly(A)~+RNA。 以mRNA为模板,30％反转录成单链cDNA。利用RNaseH-DNA聚合酶Ⅰ-E.coli DNA连接酶合成双链cDNA。单链cDNA拷贝成双链cDNA。经放射自显影分析,证明合成了全长cDNA。用水解法合成双链cDNA,大多数为不完整的双链cDNA。平末端的双链cDNA连接上Eco RI-linker经Sepharose-4B分离,收集大片段cDNA,与pUC 19载体相连接,经转化构建成10~5克隆/μg mRNA的cDNA文库。     

Rapid synthesis and cloning of complementary DNA from any RNA molecule into plasmid and phage M13 vectors

We describe several modifications of the Gubler and Hoffman procedure [Gene 25 (1983) 263-269] for complementary DNA (cDNA) synthesis that expand the versatility of this method for the rapid synthesis and cloning of double-stranded (ds) cDNA. These modifications include: (1) The combination of first and second strand synthesis into a single two-step reaction, which reduces the time for synthesis of blunt-ended ds-cDNA to less than 4 h. (2) The use of random hexadeoxyribonucleotide primers (RP) for the synthesis of ds-cDNA, which allows the synthesis of cDNA from any RNA template. (3) The combined use of random primers and DNA ligase treatment of cDNA/RNA hybrids prior to second-strand synthesis, which promotes the production of nearly full length ds-cDNA molecules. (4) The use of gel filtration to size-fractionate ds-cDNA, which allows the selection of specific size classes of ds-cDNA for cloning. (5) The use of blunt-end ligation to insert the ds-cDNA into the vector, which reduces the total time required for the construction of cDNA libraries to less than 24 h.     

Human apolipoprotein A-II: complete nucleic acid sequence of preproapoA-II

The complete cDNA nucleic acid sequence of preproapolipoprotein (apo) A-II, a major protein constituent of high density lipoproteins, has been determined on clones from a human liver ds-cDNA library. Clones containing ds-cDNA for apoA-II were identified in the human liver ds-cDNA library using synthetic oligonucleotides as probes. Of 3200 clones screened, 4 reacted with the oligonucleotide probes. The DNA sequence coding for amino acids ?17 to +17 of apoA-II were determined by Maxam-Gilbert sequence analysis of restriction fragments isolated from one of these clones, pMDB2049. The remainder of the cDNA sequence was established by sequence analysis of a primer extension product synthesized utilizing a restriction fragment near the 5'-end of clone pMDB2049 as primer with total liver mRNA. The apoA-II mRNA encodes for a 100 amino acid protein, preproapoA-II that has an 18 amino acid prepeptide and a 5 amino acid propeptide terminating with a basic dipeptide (Arg-Arg) at the cleavage site to mature apoA-II.     

野生大豆未成熟种子总mRNA的分离及其cDNA的分子克隆

用氯化锂沉淀法从野生大豆(G.soja)未成熟种子中制备总RNA,经oligo(dT)-纤维素柱亲和层析,获得总mRNA,在兔网织红细胞体系中表现出一定翻译活性。以总mRNA为模板,oligo(dT)_(12)(?)为引物,反转录酶催化合成第一链cDNA,RNase H-DNA聚合酶Ⅰ协同合成第二链cDNA。双链cDNA的长度大约为200—5000 bp,且不存在发夹结构。将双链cDNA修补后钝端连接到pUC 19质粒的Sma 1位点,转化E.coli JM107,获得800多个白色重组子克隆。快速电泳检测及酶切分析表明,多数重组子带有插入片段,其中3个重组子的插入片段长度大致为1700 bp、2600 bp和1400 bp。     

家蝇cDNA文库的构建

自Ｂｏｍａｎ小组 (Ｓｔｅｉｎｅｒ ,1981)从惜古比天蚕(Ｈｙａｌｏｐｈｏｒａｃｅｃｒｏｐｉａ)中分离、纯化出第一种抗菌肽天蚕素以来 ,人们已在昆虫和其他无脊椎动物中发现了 170多种抗菌肽 (Ｌｏｗｅｎｂｅｒｇｅｒｅｔａｌ ,1999)。目前 ,人们不仅搞清楚了多数抗菌肽的氨基酸序列、结构和功能特点 ,而且还对一些抗菌肽的基因进行了克隆 (陈留存和王金星 ,1999)。我们以家蝇为材料 ,分离、纯化出了抗菌肽 ,在此基础上 ,构建了经过诱导的家蝇ｃＤＮＡ文库 ,以克隆其基因。1　材料和方法1 1　实验材料家蝇 (Ｍｕｓｃａｄｏｍｅｓｔｉｃａ)…     

中国首次分离的辛德毕斯病毒XJ-160病毒株感染性全基因组cDNA克隆的构建与分析

报告了中国首次分离的辛德毕斯病毒XJ-160株的感染性全基因组cDNA克隆的构建与鉴定。利用RT—PCR方法获得覆盖病毒全长基因组的cDNA片段,以低拷贝质粒pBR322作为骨架,将基因组cDNA置于SP6RNA聚合酶启动子之后,基因组3’末端带有35个连续的A,通过DNA重组技术组装成病毒基因组全长cDNA克隆。该克隆可在大肠杆菌DH5a中稳定扩增。经体外转录,RNA转录体转染BHK-21细胞,细胞发生病变,恢复病毒滴度达到10^7～10^8PFU／ml。全基因组cDNA克隆构建过程中引入的沉默突变(8453位核苷酸由C变为T)产生XbaⅠ酶切位点作为遗传标记,在子代恢复病毒的基因组中稳定存在。从细胞病变的特征、BHK-21细胞的空斑形态、病毒的抗原性、病毒在细胞中的生长动力学特征以及对乳鼠的致病性等方面比较,恢复病毒和亲本病毒XJ-160没有显著区别,提示获得了具有感染性的XJ-160病毒全长cDNA克隆。该病毒感染性全基因组cDNA克隆可以作为反向遗传学系统,为进一步研究病毒复制和致病机制,以及开发相应的载体表达系统提供分子生物学工具。     

表达绿色荧光蛋白的重组鸡传染性支气管炎病毒的构建

为探讨鸡传染性支气管炎病毒(IBV)作为载体表达外源基因的可行性,本研究根据IBV H120疫苗株的全基因组序列设计引物,采用RT-PCR方法分10个片段对其基因组进行扩增,并克隆至pMD19-T载体中;同时构建IBV基因组5a基因编码区被增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因替换的重组质粒。采用体外拼接策略,将BsaI酶切处理的10个基因片段顺序连接,构建5a基因编码区被EGFP基因替换的基因组全长cDNA,其5’端具有完整的T7 RNA聚合酶启动子核心序列,3’端具有polyA尾巴结构。然后通过T7 RNA聚合酶体外转录系统合成病毒基因组RNA,脂质体转染BHK-21细胞进行病毒拯救。结果表明成功的从基因组全长cDNA拯救出重组病毒H120-5a/EGFP株,其在鸡胚中能有效的复制和传代,并表达绿色荧光蛋白;5a基因的缺失并不影响病毒对鸡胚的致病性。本研究为进一步开展IBV的分子致病机理、载体疫苗等研究奠定了基础。