基于SNP标记的荷包红鲤与兴国红鲤鉴别研究

兴国红鲤和荷包红鲤是宝贵的红鲤品种,作为优良杂交亲本,广泛应用于品种改良和新品种的选育。由于形态相近、差异较小,在选择杂交亲本的过程中,极易发生两种红鲤的混淆,影响新品种的养殖经济效益。通过阅读参考文献,使用数据库位点挑选和性状基因位点挑选,获得了8个SNP候选标记,理论上使用7个SNP标记,即可实现两种红鲤的鉴别,且鉴别错误率为6.30E-05,这对以两种红鲤为杂交亲本的新品种选育及养殖效益的提升意义重大,也有利于两种红鲤的种质资源保护。     

抗出血病草鱼子代抗病力的分析

草鱼出血病（Grasscar’phemorrhagicvirus,GCHV）是草鱼鱼种养殖阶段危害最为严重的病毒性疾病I’一’］,抗出血病草鱼新品种的培育是解决该病危害的根本途径［‘］。作者等从“七五”开始,开展了基因转移进行草鱼抗出血病育种的研究,建立了鱼类总DNA介导基因转移的实验模型I’］。将抗草鱼出血病的团头勤的总DNA转移到草鱼的受精卵,用GCHV人工攻毒方法,筛选出一批抗出血病草鱼个体。这批抗病个体已经成熟并繁殖子代。l材料与方法1．回实验草鱼实验用亲代草鱼为1990年经转移团头饬总DNA后,经GCHV攻毒筛选存活的草鱼【Cten…     

花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选

为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基础,鉴定出红细胞发育相关基因KLF17启动子序列,以其启动子DNA为诱饵,对花斑裸鲤肾脏组织蛋白进行筛选,采用LC-MS/MS技术对候选结合蛋白进行鉴定分析,并进行生物信息学分析。结果表明,在花斑裸鲤肾脏组织中共筛选到576个与KLF17启动子区域特异性结合的蛋白,去除未能鉴定到的蛋白,共有306个候选结合蛋白,其中包括真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶、丙酮酸脱氢酶、红细胞膜蛋白带4.1蛋白等与红细胞或造血相关的蛋白。GO功能富集分析表明,这些候选结合蛋白涉及多种生物学功能,包括参与细胞生长、细胞周期、免疫反应、信号传导、核酸与转录因子结合等过程。KEGG通路分析表明,以上蛋白参与多条信号通路,包括氨基酸代谢通路、细胞凋亡信号通路、PPAR信号通路、Hippo信号通路、细胞色素P45...     

人工复合三倍体鲤与亲本相对DNA含量及倍性分析

本文通过显微荧光光度术测量了人工复合三倍体鲤的红细胞及亲本红鲤、红鲫与散鳞镜鲤个体的红细胞和精子的相对DNA含量。结果表明：每一种亲本的精子DNA含量是其红细胞DNA含量的二分之一,人工复合三倍体鲤DNA含量等于三个亲本精子DNA含量之和,为三个亲本血液红细胞DNA含量之和的二分之一。以外周血淋巴细胞制备染色体标本,人工复合三倍体鲤染色体数为150,其亲本红鲤、红鲫和散鳞镜鲤的二倍体染色体数均为100。研究进一步证明人工复合三倍体鲤与二倍体亲本的染色体倍性和相对DNA含量存在着明显的相关性。     

从ATPase8-6基因研究杂交多倍体鱼线粒体母性遗传

异源四倍体鲫鲤是世界上首例人工培育的两性可育并形成群体的且能自然繁殖的四倍体鱼。本文采用质粒克隆测序法测定了红鲫、异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和三倍体湘云鲤的ATPase8和ATPase6基因全序列 ,结合鲤鱼、日本白鲫和斑马鱼的同源序列 ,对不同倍性水平鲤科鱼类的ATPase8和ATPase6基因进行了比较 ,分析了碱基组成、变异情况以及核苷酸和氨基酸序列差异。红鲫、鲤鱼、异源四倍体鲫鲤、日本白鲫、三倍体湘云鲫和三倍体湘云鲤之间的序列差异为 0 0 % - 1 3 4 % ,它们与外群斑马鱼之间的序列差异为 2 7 9% -31 0 %。用MEGA软件中的MP法、ME法、NJ法和UPGMA法构建分子系统树 ,得到了相似的拓扑结构。结果分析表明 ,人工杂交多倍体异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和三倍体湘云鲤在线粒体ATPase8和ATPase6基因上具有严格的母性遗传特征。值得注意的是 ,异源四倍体鲫鲤经过 1 1代的繁育后 ,与其原始母本红鲫仍然保持了非常高的同源性 ,说明了新的异源四倍体基因库在线粒体ATPase8和ATPase6基因上拥有稳定的遗传特性。对不同倍性鲤科鱼类线粒体ATPase8和ATPase6基因的研究表明 ,ATPase8和ATPase6基因是杂交鱼后代遗传变异研究的一个很好的分子标记     

转基因异源四倍体鲫鲤F1的研究

采用显微注射法将含有鲁鱼β－actin基因启动子的草鱼生长激素基因“全鱼”基因pCAgcGHc转入异源四倍体鲫鲤,然后使其自交得到转基因异源四倍体鲫鲤F1,对150日龄F1体重和体长进行检测,可明显看见转基因异源四倍体鲫鲤F1的生长优势;取F120尾,提取尾鲤基因组DNA,采用合适的引物,PCR方法检测转基因异源四倍体鲫鲤F1是否含有外源生长激素基因,结果150日龄F1阳性率达到90％,且有些雄性个体可以挤出少量精液,而普通150日龄异源四倍体鲫鲤无此现象,文章阐明了通过近交筛选转基因异源四倍体鲫鲤种系具有重要意义。     

大头鲤原种种群的遗传现状

大头鲤(Cyprinus pellegrini)是一种云南高原湖泊特有的国家Ⅱ级重点保护鱼类。土著种大头鲤与外来种鲤(C.carpio)的渐渗杂交在星云湖野生种群中已经广泛发生。本研究结合形态和微卫星及线粒体DNA分析检测了螺蛳铺大头鲤原种种群的遗传现状。结果显示,螺蛳铺大头鲤样本所有个体在形态上位于大头鲤与鲤的参照样本之间;在微卫星因子对应分析中也显示,其位于大头鲤与鲤的参照样本之间,但与大头鲤参照样本较为相似;在线粒体DNA分析中显示,都具有鲤的单倍型。中间性形态特征以及核基因组成与线粒体基因组成的不一致现象,表明螺蛳铺大头鲤样本均为杂种个体。因此,螺蛳铺大头鲤原种种群可能是一个杂种种群,有必要重新建立大头鲤人工繁殖计划。     

中国红鲤线粒体COⅡ基因的遗传变异和亲缘关系

通过线粒体COⅡ基因的序列分析,研究了我国4种红鲤——兴国红鲤(C．c．var．singuonensis)、荷包红鲤(C．c．var．wuyuanensis)、玻璃红鲤(C．c．var．wananensis)、瓯江彩鲤(C．c．var．color)和1种野鲤(Cyprinus carpio)的遗传变异和亲缘关系。结果表明：在所分析的607bp片段中,共有19个核苷酸变异位点,可归结为15种基因单倍型,其中5个变异位点可作为群体鉴别的单核苷酸标记(SNP);荷包红鲤的基因多样性(h)和核苷酸多样性(π)最高,玻璃红鲤最低;所有红鲤均存在极显著的遗传分化,其中兴国红鲤与玻璃红鲤的遗传分化指数(Fst)最高,而兴国红鲤与瓯江彩鲤的遗传分化指数最低。用邻接法构建的分子系统树表明,兴国红鲤与瓯江彩鲤属同一进化分支,而玻璃红鲤与荷包红鲤属另一进化分支。     

核糖体转录间隔子2应用于鱼类种属的鉴别

为了防止珍稀鱼类的非法捕捞和销售, 鱼类种属的鉴别就成为非常关键的问题, 特别是形态学方法无法区分的样品(如鱼苗、鱼鳞、鱼卵、鱼肉及其加工产品等)。为了帮助珍稀鱼类资源的管理和保护, 文章报道了一种利用核糖体基因的转录间隔子2鉴别鱼类种属的分子遗传学方法: (1) 利用同一目鱼类5.8S rRNA和28S rRNA基因的保守性, 设计出扩增鲤形目鱼类这两个基因间转录间隔子2 DNA片段, 测序获得它们的碱基排列顺序; (2) 再根据不同鱼类转录间隔子2序列的差异, 设计出每种鱼的种属特异引物、种属鉴别标准物, 构建鱼类分子分类图谱, 利用PCR复合扩增技术鉴别鱼类种属。通过对国内不同地方采集的5种鲤形目鱼类的210个单一品种样本和40个混合样本的鉴别检验, 该方法能够准确、灵敏和快速鉴别这5种鱼, 可用于鱼类资源保护和评估、管理和开发, 特别是在渔业管理人员渔业执法、海关打击珍稀鱼类走私、防止商业欺诈和外来有害生物入侵等方面非常有用     

一种用于构建红色红曲霉基因组Cosmid文库的大片段DNA制备方法

摘要：【目的】制备用于构建红色红曲霉cosmid文库的大片段基因组DNA。【方法】采用优化的酚氯仿抽提法制备DNA,并利用Sau3AI切割至平均大小为40 kb,然后使用Stratagene包装蛋白构建cosmid文库。基于PCR法使用同源探针从该文库中进行了目的基因的筛选。【结果】制备了浓度为5 μg/μL,平均片段大小大于48 kb的红色红曲霉大片段基因组DNA。利用该DNA构建的cosmid文库基因组覆盖倍数为10,并筛选到了含有目的片段的cosmid。【结论】通过该方法制备红色红曲霉大片段基因组D     

异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们父母本线粒体DNA 12S rRNA基因遗传变异的分析

采用质粒克隆测序方法,获得了异源四倍体鲫鲤5个个体、异源四倍体鲫鲤雌核发育二倍体后代2个个体、三倍体湘云鲫2个个体及红鲫、湘江野鲤和日本白鲫各1个个体的线粒体DNA 12S rRNA基因的全序列。经对比发现,异源四倍体5个个体共享2种单元型,异源四倍体鲫鲤雌核发育二倍体后代2个个体、三倍体湘云鲫2个个体以及红鲫、湘江野鲤和日本白鲫各1个个体分别共享1种单元型。用MEGA 1.0 软件分析了它们的碱基组成和核苷酸序列差异,用邻接法构建系统进化树。它们间的序列同源性在95%~99%之间,异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们母本（分别为红鲫和日本白鲫）之间的序列同源性大于异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们父本（分别为湘江野鲤和异源四倍体鲫鲤）之间的序列同源性,结果表明：异源四倍体鲫鲤和三倍体湘云鲫在线粒体DNA 12S rRNA基因上具有母性遗传特征。本研究另一值得注意地方的是异源四倍体鲫鲤经过9代(F3-F11)繁殖后,在5个个体中发现了2种单元型,说明在四倍体基因库中存在遗传多样性,为四倍体基因库的繁殖、保护和种群复壮提供了一些有价值的信息。     

DNA聚合酶iota在HEK-293细胞中高表达体系的建立

目的:将带有DNA聚合酶iota(DNA Polymerase iota,Polι)目的基因的真核表达质粒PCDNA3.1转入HEK-293细胞,建立DNA聚合酶iota在HEK-293细胞中的高表达体系,为进一步研究DNA聚合酶在DNA损伤修复中的生物学功能奠定了基础.方法:用脂质体2000(Lipofectamine2000)将带有目的基因的真核表达质粒PCDNA3.1转入HEK-293细胞,通过G418筛选抗性克隆,用一步法提取细胞总RNA,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术检测出高表达克隆.结果:通过G418筛选筛选出了具有G418抗性的克隆,通过RT-PCR技术检测出高表达DNA聚合酶iota的HEK-293细胞系.结论:建立了高表达DNA聚合酶iota的HEK-293细胞系.为进一步研究DNA聚合酶在DNA损伤修复中的生物学功能奠定了基础.     

CDH17/pcDNA3.1(-)真核表达载体的构建与鉴定

目的:构建肝肠钙黏连蛋白(CDH17)基因pcDNA3.1(-)真核表达质粒,为进一步研究胃癌发病的分子机制和生物学行为以及寻找新的抗转移措施奠定理论基础。方法:用Trizol Reagent抽提胃腺癌组织中总RNA,采用逆转录巢式PCR方法扩增CDH17目的片段,双酶切纯化PCR产物及pcDNA3.1(-),再将CDH17基因片断插入pcDNA3.1(-)线性质粒,即构建成CDH17/pcDNA3.1(-)真核细胞表达质粒,将质粒转染感受态细胞DH5a,筛选阳性克隆行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果:DNA测序结果与预期目的片段序列一致。结论:CDH17/pcDNA3.1(-)真核细胞表达质粒构建成功。     

兴国红鲤ER基因克隆表达及EE2暴露对肝中ER表达的影响

为评估环境内分泌干扰物对鱼类的影响,研究克隆了兴国红鲤雌激素受体（Estrogen receptor,ER）4种亚型ERα、ERβ、ERβ1、ERβ2的全长cDNA序列,氨基酸序列比对发现兴国红鲤ERs分别与3种鲤科鱼类相应亚型具有较高的同源性。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测结果表明,4种ER亚型mRNA在雌雄成体组织中呈现差异表达,雌性个体中,肝、卵巢和肠中4种ERs的表达量均较高;在雄性个体中,ERα和ERβ主要在肝中表达,ERβ1、ERβ2分别在肠和精巢中的表达量最高。将150日龄的兴国红鲤幼鱼分别暴露在0.01、0.1和1 nmol/L的17α-乙炔基雌二醇（EE2）中4周,检测了雌性幼鱼肝中4种ER基因的表达变化情况。在EE2中暴露1-2周后,兴国红鲤雌性幼鱼肝中ERα基因的表达水平有极显著的提升;各浓度EE2能持续显著促进其肝中ERβ的表达;在1-2周内各浓度EE2对ERβ1表达有所抑制;第1周EE2能够抑制ERβ2基因mRNA的表达,并在0.01 nmol/L时抑制作用达到了显著的水平。上述研究结果表明,EE2暴露能诱导或抑制兴国红鲤雌性幼鱼肝中ER亚型的表达,相对于ERβ、ERβ1和ERβ2、ERα可作为EE2短期（1-2周）敏感性生物学标记。     

依纽小单孢菌接合转移体系的构建

以依纽小单孢菌HP变种基因组DNA为模板,扩增位于西索米星3′,4′-双脱羟基酶基因sisI上下游序列的两端同源交换臂,在两臂之间添加抗性筛选标记ermE基因,并在该基因上游加入组成型强启动子ermE*,以强化筛选标记.将该外源DNA序列插入到质粒pKC1139,构建重组质粒pFD57.转化大肠杆菌ET12567后,经接合转移导入依纽小单孢菌中,经抗性筛选得到两株阳性菌株,命名为HP-I-1和HP-I-2.经PCR验证和测序,结果表明,重组质粒已整合到染色体DNA上.依纽小单孢菌接合转移体系的构建达到了预期目的,并实现了对该体系的优化.     

利用PCR技术鉴定河豚鱼的探索

目的:利用聚合酶链反应(PCR)技术,建立鱼类制品中河豚鱼成分的分子生物学鉴定方法,弥补河豚鱼形态学鉴定的缺陷。方法:通过阅读文献,确定河豚鱼鉴定的靶基因并筛选特异性引物,提取河豚鱼DNA,优化PCR反应条件,扩增河豚鱼特异性DNA片段,并通过DNA电泳显示特异性扩增的DNA条带。结果:选择细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)作为河豚鱼成分鉴定的靶基因,PCR最佳反应条件是退火温度68℃,镁离子浓度2.0 mmol/L,DNA模板加入量0.07～0.1μg。河豚鱼特异性引物具有较好的特异性,与市场上常见的鲤鱼、草鱼等水产品无交叉反应。结论:所建立的PCR方法可以有效鉴定鱼类制品中河豚鱼成分。     

选择性标记基因和V-erbB基因对哺乳动物细胞的转移及其转录产物的检测

近十几年来,应用DNA转移的方法将克隆基因或细胞总DNA导入离体培养的哺乳类细胞,已成为研究真核细胞基因调控的一个重要方法。一般要获得克隆基因稳定表达的细胞系,需要用选择性标记的基因。对于具有TK~-、aprt~-或hprt~-缺陷的细胞,通常可以用相应的互补基因作为选择基因。对于不具有特殊遗传缺陷的细胞,可以用显性转移基因Xgpt,neo或dhfr基因作为选择基因,加     

鲤和鲫线粒体(mtDNA)全基因组分析

为研究鲤(Cyprinus carpio)和鲫(Carassius auratus) mtDNA上的基因分布特征,丰富鱼类mtDNA数据库。本研究通过PCR扩增和测序,获得了鲤和鲫mtDNA基因组序列,经比对分析表明,鲤和鲫的mtDNA序列全长均为16 596 bp,共有13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-Loop区。鲤和鲫的mtDNA序列中(A+T)百分含量分别为57.2%和57.1%,其碱基组成均具有一定的A/T碱基偏向性。N-J系统发育树分析表明,鲤和鲫与琵琶湖鮈亲缘关系最近,与达氏深水尾魟亲缘关系最远。本研究揭示了鲤和鲫mtDNA遗传变异特征及基因分布规律,为鱼类遗传资源保护及开发利用提供了参考依据。     

异育银鲫及其人工杂合种外源遗传物质的检测分析

采用 DNA 杂交的方法,对异育银鲫及其人工杂合种进行了外源 DNA 的检测分析,发现两个雌核发育系的异育银鲫及其人工杂合种的 DNA 与红鲤 DNA 片段间的分子杂交均有阳性斑点出现,这表明,在异育银鲫及其人工杂合种产生过程中,父本(红鲤)的 DNA 片段的确可以随机地掺入到母本细胞的 DNA 中,从而产生了异精效应,使其子代生长加快,并出现父本性状。     

斑马鱼肌肉高表达基因近端非编码元件分析及功能检测

为鉴定鱼类肌肉组织特异性顺式调控元件,通过分析斑马鱼多个组织的转录组数据,筛选出肌肉高表达基因及低表达基因.通过MEME对肌肉高表达基因和低表达基因非编码区序列特征进行分析,在5个肌肉高表达基因的转录起始位点上游发现了序列保守的DNA区域,包含6个排列顺序一致的DNA基序.将其中一段目标片段插入具有Tol2转座子元件的...