两种泥鳅中Sox基因的检出

性别决定基因SRY都具有一个高度保守的基因序列——HMG-box,编码Sox蛋白,在胚胎发育过程中起重要作用。本文利用两种引物检测了泥鳅和大鳞副泥鳅的Sox基因。第一对引物特异扩增人类SRY基因的保守区。在扩增泥鳅的基因组DNA时可见长度分别为200、550、940和1000bp的四条扩增带。在大鳞副泥鳅中可以扩增出200、550、900bp三条带(Fig.1)。Southem杂交表明200和550bp两条带可以和SRY基因探针杂交(Fig．2)。第二对引物是兼并引物,可以特异扩增Sox基因的HMG-box区域。以基因组DNA为模板可以在大鳞副泥鳅中扩增出220、550、700和1500bp四条带(Fig．3);而在泥鳅中则为220、530、570乖1500bp四条带(Fig.4)。PCR产物的长度差异被认为是由于部分Sox基因的HMG-box区域中存在着内含子。没有发现性别特异扩增带。以上结果说明哺乳动物与性决定有关的组分在脊椎动物中是广泛存在的。但这些组分在鱼类中是否与性决定有关,或仅是哺乳动物性决定因子的进化前体尚不得而知。无论如何广泛深入研究鱼类的Sox基因对于揭示性决定系统和因子的进化方式是十分有意义的。     

黑斑蛙3个Sox基因HMG-box区的序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,扩增了黑斑蛙Sox基因并对扩增产物进行了克隆及测序.结果在雌雄个体中共筛选出三个不同的Sox基因,rnSox3,rnSox21,rnSox4其序列与人相应SOX基因的相似性分别为86%、82%、83%,与人类相应SOX基因编码氨基酸的一致性分别为94%、93%、78%.本研究为探索黑斑蛙的性别决定机制提供了分子资料.     

虎纹蛙四个Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG－box保守区的序列,设计一对兼并引物,扩增了虎纹蛙的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果在雌雄个体中共筛选出四个不同的Sox基因,其序列与人相应SOX基因的相似性分别为92％、94％、985和98％。本研究为探索虎纹蛙的性别决定机制提供了分子资料。     

东北虎中五个Sox基因的保守区序列分析(英文)

在哺乳动物中,Y染色体决定着雄性性别,这是由于在其短臂上存在一个编码睾丸决定因子 (TDF) 的基因。1990年,人们克隆了睾丸决定因子基因并命名为SRY。序列分析表明SRY基因中存在一个保守区,与染色体高迁移率组 (HMG) 蛋白质上的DNA结合结构域具有一定的相似性。基于HMG基序的保守性人们发现了一个新的基因家族Sox基因家族。凡是在HMG区域与SRY基因具有50%以上相似性的基因被称为Sox基因。Sox基因在早期胚胎发育过程中参与多种发育途径,具有重要的作用。参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成过程、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。 虎(Panthera tigris)作为世界上最濒危的兽类之一,东北虎(Panthera tigris altaica Temminck)是其中的一个亚种,被列为一类珍稀动物。本文对其发育基因家族—SOX基因进行了研究。 利用肌肉组织为材料制备基因组DNA, 应用特异于HMG-box区域的兼并引物, 扩增了东北虎的SOX基因。在扩增产物中发现一条220bp的扩增带。经过克隆与序列测定和同源性检索,发现5个基因片段(Fig.1&2)。其与人SRY基因的相似性分别为75%、56%、51%、67% 和48%;与小鼠Sry基因的相似性分别为73%、54%、57%、66% 和 48% (Table 1)。因此这5个DNA片段为东北虎的5个Sox基因片     

赤链蛇Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,采用PCR技术扩增了赤链蛇的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中共筛选出三个Sox基因,其中有一个为雌雄共有,显示出性别差异性;三个Sox基因编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX4,SOX22基因的相似性分别为96%,98%,96%。显示出Sox基因在进化上的高度保守性,本文为赤链蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

中华鳖4个Sox基因保守区的序列分析

采用PCR技术,扩增和克隆了中华鳖Sox基因（TSSox）。经DNA序列分析显示,Sox基因在系统进化上十分保守,其中TSSox4与鸟类LF4基因编码的氨基酸序列完全相同、与人类SOX4和Sox4编码的序列仅一个氨基酸的差异;TSSox5与鸟类的LF5基因的编码也仅一个氨基酸发生了改变;TSSox2与海龟的TSox2相似性最高。4条TSSox序列中,TSSox与人SRY基因序列相似性最高,达75％;序列上的相似性可能暗示了它们在功能上的保守性。     

中华绒螯蟹两个Sox基因HMG－box的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列设计一对兼并引物,PCR扩增中华绒螯蟹的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果表明：在雌雄性个体中筛选出两个不同的Sox基因ESSox3和ESSox22,尽管中华绒螯蟹属甲壳类动物,但所测序列ESSox3和ESSox22的DNA序列和编码的氨基酸序列与人相应SOX基因的相似性分别为84%,85%和97%,81%,表明该基因在进化上具高度的保守性。本研究为探索中华绒螯蟹的性别决定机制以及Sox基因的进化提供了分子资料。     

扬子鳄4个Sox基因保守区的克隆及序列分析

参考人SRY基因HMG－box的保守区序列,设计一对简并引物,用PCR扩增了扬子鳄Sox基因的HMG－box,并对PCR产物进行了亚克隆和测序。结果在雌雄个体中均筛选到4个不同的Sox基因,无性别差异。其序列与人相应的SOX基因保守区编码序列的相似性分别为91％、96％、100％、96％,分别命名为AS－Sox1,ASSox2,ASSox11,ASSox22。与其他动物相关的Sox/SOX基因的聚类分析结果表明,扬子鳄Sox基因编码的氨基酸序列与进化位置各异的其他动物的Sox/SOX基因编码的氨基酸序列存在高度的同源性,显示出Sox基因在系统进化上的高度保守性。     

虎斑颈槽蛇Sox基因的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区序列设计一对兼并引物,PCR扩增虎斑颈槽蛇的Sox基因,采用SSCP技术筛选阳性克隆,并对其进行了测序。结果表明：在雌雄个体中共筛选出3个Sox基因,其中一个为雄性独有,显示出性别差异性,3个Sox基因DNA序列及编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX11,SOX22基因的相似性分别为91%,92%,91%和98%,96%,96%。显示出高度的保守性,实验结果为虎斑颈槽蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

乌龟Sox基因的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计1对兼并引物,扩增了乌龟（Chinemys reevesii)的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中均筛选出4个不同的Sox基因,无性别差异性;其DNA序列和编码的氨基酸序列与人相应的SOX基因的相似性分别为92%、91%、84%、92%和100%、93%、98%、98%,显示出高度的保守性。     

野生中国大鲵Sox基因的克隆与序列分析

Sox基因家族是一类编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG-box基序保守区,调节动物的性别决定与分化过程,并参与多种器官的发育。参照人SRY基因HMG-box保守区序列及有关文献,设计一对简并引物,PCR扩增了野生雌性中国大鲵（Andrias davidianus）基因组DNA,结果得到了一条长约220 bp的产物片段;菌落PCR扩增结果表明,克隆后的白色菌落中90%以上都是阳性克隆;通过SSCP技术筛选到3种有差异的阳性克隆,进行测序,获得了3个Sox基因：Sox4a、Sox4b与Sox14。对所得序列进行序列比对和聚类分析,结果显示该基因在分子进化上具有高度的保守性。对中国大鲵Sox基因的研究,目前国内外尚未见报道。为研究中国大鲵性别决定机制以及Sox基因进化提供了分子遗传学资料。     

大头蛙Sox基因的克隆与序列分析

参考人SRY基因HMC—box的保守区序列,设计一对特异引物,采用PCR技术扩增了大头蛙的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆与测序。结果在雌雄个体中均扩增出217bp的基因片段,与人对照相同。序列分析表明,大头蛙雌雄个体之间Sox序列没有差异,与人SOX基因的同源性达到88％,与其它各类动物的Sox基因也都有非常高的相似性。结果支持Sox基因在进化上十分保守的结论。     

具有内含子的大鳞副泥鳅Sox8基因(英文)

鱼类在脊椎动物系统进化过程中起着承先启后的作用,其性别决定具有原始性、多样性和可塑性。深入研究鱼类的性别决定和分化具有重大的理论意义。Ｓｏｘ基因家族是九十年代发现的一个新的基因家族,其中的许多成员都与性别决定和分化具有直接的关系。大鳞副泥鳅是一种常见的小型鱼类,属于鲤形目鳅科,是少数具有异形性染色体中的一种。本文根据已发表的Ｓｏｘ蛋白质的序列资料,选择在不同物种中保守程度最高的区段设计兼并引物。该组引物可以特异扩增 Ｓｏｘ基因的 ＨＭＧ盒区。以大鳞副泥鳅基因组 ＤＮＡ为模板,在扩增产物中有三条主带,其大小分别为２２０ｂｐ,５５０ｂｐ和１５００ｂｐ,另有一条相当弱的带,大小为７００ｂｐ（Ｆｉｇ．１）。雌雄个体中扩增结果一致。经克隆和ＤＮＡ序列分析,从５５０ｂｐ扩增带中得到一新的基因片段,长５００ｂｐ,编码５３个氨基酸;其余部分长３４０ｂｐ,可能为一内含子,且符合“ＧＴ…ＡＧ”规律（Ｆｉｇ．２）。其可能编码的蛋白质氨基酸序列与小鼠的 Ｓｏｘ８, ９, １０,ＳＲＹ基因的相似性分别为 ９６％, ９４％, ９０％和 ４７％;与人类 Ｓｏｘ ８, ９, １０, ＳＲＹ基因的相似性分别为６４％, ９４％, ５８％和４０％（Ｆｉｇ．３）。     

鲤鱼中Sox9b基因的克隆和表达

Sox9基因是一个重要的转录调控因子,参与性别决定及软骨等多种组织和器官的发育过程。本研究利用简并引物扩增鲤鱼基因组DNA,首次发现在鲤鱼中存在两种形式的Sox9基因。二者在保守盒区编码的氨基酸序列相同,并都存在一个内含子,但内含子序列差异很大,分别长704bp和616bp。在此基础上采用RACE技术克隆了鲤鱼Sox9b基因的5’端和3’端,通过拼接获得了2447bp的全长cDNA序列。编码428个氨基酸。其中96—174位共79个氨基酸为HMG保守盒。将鲤鱼Sox9b基因与三刺鱼等九种动物的氨基酸序列相比较发现。它们的同源性高达75％以上,显示soz9基因在进化中较保守。应用半定量RT—PCR技术对成体鲤鱼不同组织中Sox9b基因的表达进行了分析。结果表明该基因广泛表达,尤以脑及精巢中表达最为丰富。     

鲤鱼中Sox9b基因的克隆和表达

Sox9基因是一个重要的转录调控因子,参与性别决定及软骨等多种组织和器官的发育过程。本研究利用简并引物扩增鲤鱼基因组DNA,首次发现在鲤鱼中存在两种形式的Sox9基因。二者在保守盒区编码的氨基酸序列相同,并都存在一个内含子,但内含子序列差异很大,分别长704bp和616bp。在此基础上采用RACE技术克隆了鲤鱼Sox9b基因的5’端和3’端,通过拼接获得了2447bp 的全长cDNA序列,编码428个氨基酸。其中96-174位共79个氨基酸为HMG保守盒。将鲤鱼Sox9b基因与三刺鱼等九种动物的氨基酸序列相比较发现,它们的同源性高达75%以上,显示Sox9 基因在进化中较保守。应用半定量RT-PCR技术对成体鲤鱼不同组织中Sox9b基因的表达进行了分析,结果表明该基因广泛表达,尤以脑及精巢中表达最为丰富。     

水牛SRY基因的克隆及序列分析

根据荷斯坦牛SRY基因设计一对引物,采用聚合酶链式反应（PCR）技术,以中国沼泽型水牛（Swamp Buffalo）基因组DNA为模板,扩增得到SRY（Sex Deterimation region of Y chromosome）全序列约2005bp,其中1-504bp为5’启动子区,1196-2005bp为3’侧翼序列,在505-1195bp为SRY的外显子,编码229个氨基酸。在SRY HMG box区域设计探针,用地高辛标记后分别与雄性、雌性水牛基因组DNA进行Southern 杂交,结果显示该段序列只在雄性DNA样本中有杂交信号,证明SRY基因为雄性特异。BLAST比对结果显示与牛属动物SRY基因的同源性为96％,其中SRY基因HMG box区域同源性高达99%,说明SRY基因具有高度的进化保守性     

大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的序列分析

Sox基因家族与Dmrt基因家族在胚胎发育及性别分化中起着重要作用。采用PCR方法,扩增了大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的保守区,分别获得长约220 bp和140 bp的片段。序列分析表明,大绿蛙雌雄个体之间Sox基因、Dmrt基因序列没有差异,与人和其它动物的Sox基因、Dmrt基因有非常高的相似性,显示了Sox基因及Dmrt基因在系统进化上的高度保守性。本研究为探讨大绿蛙的性别决定机制及Sox基因与Dmrt基因的进化提供了分子资料。     

乌龟Sox gene的PCR扩增及其条件

参照人SRY gene HMG-box保守区的序列,设计一对引物,扩增了乌龟的Sox gene,并对扩增条件进行了优化。结果显示乌龟Sox gene的扩增片段与人SRY gene扩增片段大小相同,为220bp左右,且雌雄个体间无差异;最佳扩增条件为：Mg^2 2.0mM、dNTP120μM、引物0.3μM及退火温度52℃。本研究为探索乌龟的性别决定机制以及Sox gene进货的保守性提供分子资料。     

白桦肌动蛋白(Actin)基因全长cDNA克隆与序列分析

以白桦(Betula platyphylla Suk.)次生木质部为材料,用改良CTAB方法提取总RNA。根据植物肌动蛋白(Actin)基因编码区的保守序列设计引物后进行RT-PCR,并采用RACE技术扩增出Actin基因全长序列。该基因cDNA全长1 785 bp,序列分析表明,该基因编码区1 134 bp,编码377个氨基酸,5′非编码区157 bp,3′非编码区495 bp。所得序列与GenBank中注册的其它植物肌动蛋白核苷酸序列的相似性均在80%以上,氨基酸序列的相似性高达96%以上。此基因已在GenBank注册（EU588981）。根据高等植物肌动蛋白相似性构建了进化树,表明白桦肌动蛋白与蓖麻肌动蛋白之间的亲缘关系最为密切,在进化中分化时间最为接近。     

版纳微型猪近交系SRY基因编码区序列克隆及生物信息学分析

目的获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、Bi-oEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树。结果 BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615。BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7%、82.8%、78.4%、78.0%、76.9%、73.3%、73.1%、73.0%、72.9%、72.7%、72.7%、72.2%、71.6%、71.3%、70.8%,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8%、54.5%、67.3%、64.5%、61.5%、61.9%、59.5%、61.4%、62.0%、59.1%、59.0%、62.0%、59.6%、59.6%、59.2%。结论 BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性。NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物。