虎斑颈槽蛇Sox基因的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区序列设计一对兼并引物,PCR扩增虎斑颈槽蛇的Sox基因,采用SSCP技术筛选阳性克隆,并对其进行了测序。结果表明：在雌雄个体中共筛选出3个Sox基因,其中一个为雄性独有,显示出性别差异性,3个Sox基因DNA序列及编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX11,SOX22基因的相似性分别为91%,92%,91%和98%,96%,96%。显示出高度的保守性,实验结果为虎斑颈槽蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

虎纹蛙四个Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG－box保守区的序列,设计一对兼并引物,扩增了虎纹蛙的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果在雌雄个体中共筛选出四个不同的Sox基因,其序列与人相应SOX基因的相似性分别为92％、94％、985和98％。本研究为探索虎纹蛙的性别决定机制提供了分子资料。     

SOX、DMRT性别决定基因家族及其应用研究进展

SOX基因家族是在动物中发现的一类新的编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG基序保守区,参与诸如性别决定等多种早期胚胎发育过程。到目前为止,在XXXY染色体性别决定系统中,只发现了两个性别决定基因:一个是SRY,它主要在哺乳动物性别决定中起作用;一个是DMY,它是在青鳉(Oryziaslatipes)中发现的。SRY属于SOX基因家族,而DMY则属于另一个普遍参与脊椎动物性别决定过程的DMTR基因家族。本文综述了这两大性别决定基因的研究进展,并探讨了它们在水产养殖动物性别决定基因研究中的意义和价值。     

扬子鳄4个Sox基因保守区的克隆及序列分析

参考人SRY基因HMG－box的保守区序列,设计一对简并引物,用PCR扩增了扬子鳄Sox基因的HMG－box,并对PCR产物进行了亚克隆和测序。结果在雌雄个体中均筛选到4个不同的Sox基因,无性别差异。其序列与人相应的SOX基因保守区编码序列的相似性分别为91％、96％、100％、96％,分别命名为AS－Sox1,ASSox2,ASSox11,ASSox22。与其他动物相关的Sox/SOX基因的聚类分析结果表明,扬子鳄Sox基因编码的氨基酸序列与进化位置各异的其他动物的Sox/SOX基因编码的氨基酸序列存在高度的同源性,显示出Sox基因在系统进化上的高度保守性。     

乌龟Sox基因的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计1对兼并引物,扩增了乌龟（Chinemys reevesii)的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中均筛选出4个不同的Sox基因,无性别差异性;其DNA序列和编码的氨基酸序列与人相应的SOX基因的相似性分别为92%、91%、84%、92%和100%、93%、98%、98%,显示出高度的保守性。     

东北虎中SOX基因的检测

应用特异于HMG bOX区域的兼并引物 ,扩增了东北虎的SOX基因。在扩增产物中发现五条大小分别为 2 2 0 ,2 70 ,3 5 0 ,4 3 0和 5 60bp的扩增带。经过与地高辛标记的人SRY基因进行Southern杂交表明这五条扩增带均呈现阳性 ,说明它们均为东北虎的SOX基因片段 ,这些基因保守区的长度在基因组DNA水平上存在着明显的差异。     

一新型SOX9基因致病性突变:R178L(G→T)

人SOX9基因同时参与胚胎骨骼形成和睾丸发育调控．对一例多发畸形的早产女性胎儿进行SRY基因扩增和SOX9基因突变分析，发现其具有男性特异性SRY基因，且SOX9基因发生R178L(G→T)的突变，提示该病例为SOX9基因突变导致的广泛性先天发育不良合并常染色体男一女性性反转．该突变此前未见报道，这也是中国人群中首次报道致病性SOX9基因突变。     

赤链蛇Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,采用PCR技术扩增了赤链蛇的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中共筛选出三个Sox基因,其中有一个为雌雄共有,显示出性别差异性;三个Sox基因编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX4,SOX22基因的相似性分别为96%,98%,96%。显示出Sox基因在进化上的高度保守性,本文为赤链蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

中国人SRY基因的分离、克隆和核苷酸序列分析

睾丸决定因子基因(Testis-determining factor,TDF)位于Y染色体短臂上,它的表达产物诱导睾丸组织的发生。SRY基因(Sex-determining Region of the Y)位于Y染色体的性别决定区内,许多特征显示SRY就是TDF。我们选用与SRY基因相应的引物,用PCR技术对正常人男女各10例的基因组DNA进行扩增。将特异扩增的男性SRY基因片段重组到质粒PUC12中,得到含有中国人SRY基因片段的克隆,命名为PSY-1、PSY-2。用[~(32)p]标记重组质粒中的SRY基因片段作探针,与PCR结果进行Southern杂交,男性样品均显示特异杂交带,女性样品为阴性。用末端终止法测定克隆的SRY基因片段的全部核苷酸序列为299bp,含有SRY基因中高度保守及功能特异性区域的240bp,我们对此进行了讨论。     

黑斑蛙3个Sox基因HMG-box区的序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,扩增了黑斑蛙Sox基因并对扩增产物进行了克隆及测序.结果在雌雄个体中共筛选出三个不同的Sox基因,rnSox3,rnSox21,rnSox4其序列与人相应SOX基因的相似性分别为86%、82%、83%,与人类相应SOX基因编码氨基酸的一致性分别为94%、93%、78%.本研究为探索黑斑蛙的性别决定机制提供了分子资料.     

基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。     

东北虎源等孢球虫的发现

对东北虎粪便进行虫卵检查,分离获得了自然感染的球虫卵囊。对球虫卵囊的形态和经培养发育后的各阶段的卵囊形态进行了观察。东北虎源球虫卵囊符合等孢属球虫的形态学特征。根据Genbank 上发表的猫等孢球虫18S rDNA 序列(L74671)设计一对特异性引物,利用PCR 技术对东北虎源球虫的18S rDNA 进行了扩增。扩增得到一段360 bp 的DNA 片段,并对该片段进行了序列测定。测序结果和其它17 种原虫的相应序列进行序列同源性比较分析,分析显示东北虎源球虫和其它等孢属球虫单独聚为一类。结合对东北虎源球虫的卵囊形态、卵囊发育情况及序列分析结果,确定其为等孢属球虫。      

华南虎、东北虎、孟加拉虎的D-100p和ND5序列及其在系统进化分析中的应用

本文采用PCR和质粒克隆测序方法,获得了华南虎线粒体D-loop区的480bp序列和东北虎、孟加拉虎线粒体D-loop区的503bp序列;同时还获得了这三个虎亚种和金钱豹线粒体ND5基因5’端309bp的部分序列。根据D-loop序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离(p-distance)分别为0．11088和O．11087,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00994;根据ND5序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离分别为0．11434和0．11758,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00324。三个虎亚种的mtDNA D-loop和ND5序列比较表明,华南虎是这三个虎亚种中最为古老的亚种。     

Coprology of Panthera tigris altaica and Felis bengalensis euptilurus from the Russian Far East

Fecal samples from the Siberian tiger (Panthera tigris altaica) and the Amur cat (Felis bengalensis euptilurus) from Far Eastern Russia, were examined for parasites. A natural sedimentation methodology was used and a complete examination of all the sediment was performed. This fecal investigation allowed us to isolate and identify several developmental stages of gastrointestinal, hepatic, and respiratory parasites. Five parasites were found from P. t. altaica: 11 trematodes (Platynosomum fastosum) and 4 nematodes (Strongyloides sp., Ancylostomatidae, Toxascaris leonina, and Toxocara cati). Five parasites were found from F. b. euptilurus: 1 cestode (Diplopylidium sp.) and 4 nematodes (Trichuris sp., Ancylostomatidae, Toxascaris leonina, and Aelurostrongylus abstrusus). In addition, trophozoites of the amoeba Acanthamoeba sp. were detected in tiger feces.     

虎物种特异性鉴定的 PCR 方法研究

为了建立可对虎DNA 进行特异性检测的PCR 方法, 应用在野外调查中获得的虎疑似样品和保护执法工作中难以检查辨认的虎产品进行物种鉴定, 从Genbank 数据库下载5 个虎亚种及其它6 种猫科动物和6 种鹿科动物的mtDNA 细胞色素b 基因序列, 并用Wdnasis (V2.5) 软件对上述不同动物的该基因碱基序列进行比较。在此基础上, 综合考虑了设计引物的基本原则, 选择了虎与其它动物碱基序列上差异位点较多的两个片段, 设计出PCR 引物(引物1、2) 。用该对引物分别对从东北虎、华南虎及8 种猫科动物和6 种非猫科动物的肌肉、脏器组织、皮或毛发中提取的DNA 进行PCR (聚合酶链反应) 扩增。结果表明, 所设计的引物对虎DNA 具有特异性,从而达到了对该物种进行特异性检测鉴定的目的。     

非损伤采样提取DNA技术在猫科动物调查中的应用

<正>猫科动物广泛分布于世界各地(Johnson et al.,2006),全球现存37种猫科动物,其中25种已被国际自然保护联盟(IUCN)列为濒危和易危,86%以上的种群数量处于下降或未知状态(IUCN Red List,2011)。我国有13种猫科动物,占世界种类的35%(王应祥,2003),其中属于国家一级保护的有4种,二级保护的有8种,然而,对这些珍稀物种的生态学研究并不充分(高耀亭,     

一具东北虎尸体同时制作剥制和完整骨骼标本的试验

制作大型哺乳动物的剥制标本和完整的骨骼标本,通常都各需要一完整的个体为材料.本试验是以一具东北虎尸体为材料,探索出用同一具东北虎尸体制作剥制和完整的骨骼标本各一具的方法.     

Sequence variability analysis on major histocompatibility complex class Ⅱ DRB alleles in three felines

The variation of the exon 2 of the major histo-compatibility complex (MHC) class Ⅱ gene DRB locus in three feline species were examined on clouded leopard (Neofelis nebulosa), leopard (Panthera pardus) and Amur tiger (Panthera tigris altaica). A pair of degenerated primers was used to amplify DRB locus covering almost the whole exon 2. Exon 2 encodes the β1 domain which is the most vari-able fragments of the MHC class Ⅱ molecule. Single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis was applied to detect different MHC class Ⅱ DRB haplotypes. Fifteen recombinant plasmids for each individual were screened out, isolated, purified and sequenced finally. Totally eight distinct haplotypes of exon 2 were obtained in four individuals. With-in 237 bp nucleotide sequences from four samples, 30 vari-able positions were found, and 21 putative peptide-binding positions were disclosed in 79 amino acid residues. The ratio of nonsynonymous substitutions (dN) was much higher than that of synonymous substitutions (dS), which indicated that balancing selection probably maintain the variation ofexon 2. MEGA neighbor joining (N J) and PAUP maximum parsimo-ny (MP) methods were used to reconstruct phylogenetic trees among species, respectively. Results displayed a more close relationship between leopard and tiger; however, clouded leopard has a comparatively distant relationship form the other two.     

景观破碎化对东北虎主要猎物种群动态影响的模拟

以完达山东部地区的现实景观为背景,采用空间直观种群模型LAPS和情景模拟相结合的"虚拟实验"途径,模拟了在10个不同破碎化程度的景观情景中东北虎的主要猎物于1992-2011年间的种群动态,评价了完达山东部地区当前的景观破碎化程度对东北虎主要猎物种群动态的影响。结果表明:LAPS模型准确刻画了研究区东北虎主要猎物种群数量急剧下降的趋势,2002年模拟的东北虎主要猎物的种群数量和实测值之间没有显著差异,马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8651、0.9534和0.2836;不同生境类型的种群密度数据与实测值之间均没有显著差异,其中阔叶林生境中的马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8521、0.9447和0.3152;在灌丛生境中的马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8846、0.9576和0.2415。斑块类型和景观水平上的格局指标变化趋势表明由于农田扩张导致10个景观情景的破碎化程度逐渐增加,景观水平的破碎化程度低于斑块类型水平。方差分析显示10个景观情景中的种群数量没有显著差异,马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8516、0.2624和0.7636,说明研究区当前的景观破碎化程度对种群动态影响并不显著。完达山东部地区存在盗猎等人为干扰,导致了东北虎主要猎物的数量远低于环境容纳量,景观破碎化虽然在局部地区较为严重,但完达山东部地区整体上景观破碎化并不强烈,该地区景观破碎化的效应尚未显现。认为控制盗猎等人为干扰是增加该地区东北虎主要猎物的数量、实现东北虎种群恢复所应优先采取的措施。     

Phylogeography and genetic ancestry of tigers (Panthera tigris)

Eight traditional subspecies of tiger (Panthera tigris),of which three recently became extinct, are commonly recognized on the basis of geographic isolation and morphological characteristics. To investigate the species' evolutionary history and to establish objective methods for subspecies recognition, voucher specimens of blood, skin, hair, and/or skin biopsies from 134 tigers with verified geographic origins or heritage across the whole distribution range were examined for three molecular markers: (1) 4.0 kb of mitochondrial DNA (mtDNA) sequence; (2) allele variation in the nuclear major histocompatibility complex class II DRB gene; and (3) composite nuclear microsatellite genotypes based on 30 loci. Relatively low genetic variation with mtDNA,DRB,and microsatellite loci was found, but significant population subdivision was nonetheless apparent among five living subspecies. In addition, a distinct partition of the Indochinese subspecies P. t. corbetti in to northern Indochinese and Malayan Peninsula populations was discovered. Population genetic structure would suggest recognition of six taxonomic units or subspecies: (1) Amur tiger P. t. altaica; (2) northern Indochinese tiger P. t. corbetti; (3) South China tiger P. t. amoyensis; (4) Malayan tiger P. t. jacksoni, named for the tiger conservationist Peter Jackson; (5) Sumatran tiger P. t. sumatrae; and (6) Bengal tiger P. t. tigris. The proposed South China tiger lineage is tentative due to limited sampling. The age of the most recent common ancestor for tiger mtDNA was estimated to be 72,000-108,000 y, relatively younger than some other Panthera species. A combination of population expansions, reduced gene flow, and genetic drift following the last genetic diminution, and the recent anthropogenic range contraction, have led to the distinct genetic partitions. These results provide an explicit basis for subspecies recognition and will lead to the improved management and conservation of these recently isolated but distinct geographic populations of tigers.