浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析

测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1~2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为:NP(1 353 nts);PP(894 nts);MP(609 nts);GP(1 575 nts);LP(6 386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts;G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts;Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征;中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变;浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化;浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。     

登革病毒基因组核苷酸序列与血清学分型的相关性研究

为证明登革病毒基因组核苷酸序列与病毒血清学分型的相关性,本文以病毒全基因组和病毒5′末端非编码区,E蛋白,NS1蛋白和3′末端非编码区四个基因区段分别进行病毒型间比较.比较结果表明病毒全基因组和病毒的各个基因区段均明显分为相互独立的4个分支,与病毒血清型分型完全吻合,不存在型间重组的现象.文章进一步分析了各型登革病毒型内核酸序列的相似性和型内病毒重组的可能性.     

来自肺炎患儿的A1基因亚型人偏肺病毒全基因组序列分析

人偏肺病毒(human metapneumovirus,HMPV)是婴幼儿呼吸道感染的重要病原之一。本研究目的在于分析在HMPV监测中发现的少见型别A1基因亚型BJ-1610的全基因组序列,为HMPV的进一步研究提供数据支持。BJ-1610来源于一名患有肺炎的3月龄女婴的鼻咽洗液标本。对该毒株进行全基因组RNA分段扩增、测序、序列拼接并分析其基因组特征、变异程度及是否存在重组等现象。BJ-1610株基因组全长为13 406nt(KU821121)。BJ-1610与HMPV参考株进行全基因和各蛋白核苷酸和氨基酸序列比较,显示全基因组的核苷酸相似性范围为81.2%~98.4%,其中相似性最高的为澳大利亚株(KC562226),而SH和G基因则与其他澳大利亚株相似性更高。系统进化分析发现BJ-1610与HMPV A1基因亚型参考株位于同一分支,显示了与相似性分析相同的特征。对BJ-1610的膜表面蛋白F、SH和G蛋白序列进行分析结果显示,F蛋白最为保守,SH基因编码区的终止密码发生了突变,导致终止密码后移15位,长度由552bp变为567bp;G蛋白氨基酸序列突变较多,并导致N-糖基化位点的减少。HMPV作为儿童呼吸道疾病的重要病原之一,对其流行株基因组的分析将对其流行特征、遗传进化、致病机理、疫苗研制和抗病毒药物研发等方面的研究产生积极的推动作用。     

登革病毒基因组核苷酸序列与血清学分型的相关性研究

为证明登革病毒基因组核苷酸序列与病毒血清学分型的相关性,本文以病毒全基因组和病毒5'末 编码区,E蛋白,NS1蛋白和3'末端非编码区四个基因区段分别进行病毒型间比较。比较结果表明病毒全基因组和病毒的各个基因区段均明显分为相互独立的4个分支,与病毒血清型分型完全吻合,不存在型间重组的现象。文章进一步分析了各型登革病毒型内核酸序列的相似性和型内病毒重组的可能性。     

侵染白术的大豆花叶病毒的全基因序列测定及分析

大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)是影响大豆产量与质量的重要病原体,且自然寄主范围窄。本研究对疑似感病白术叶片进行非序列依赖性扩增(sequence-independent amplification,SIA)检测,结果表明,感病白术为SMV侵染,并命名为SMV-Am。为明确其基因组结构特征及系统进化关系,本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)提取、RT-PCR及RACE技术对其进行全基因组扩增,并进行生物信息学分析。结果表明,SMV-Am基因组全长9 587 nt,具有显著的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)基因组结构特征;核苷酸与氨基酸序列相似性分析表明,SMV-Am与来自中国的SMV-Liaoning分离物相似性最高,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为96.57%和98.86%;系统进化分析也显示与SMV-Liaoning分离物亲缘关系最近;对SMV-Am蛋白序列进一步分析发现,存在与功能位点相关的氨基酸突变,经I-TASSER和PyMOL软件进行蛋白建模分析,发现SMV-Am的P1、HC-Pro、P3、6K2、NIa-Pro、NIb蛋白结构均发生不同程度的变化,且P1蛋白最明显;重组分析结果显示,在SMV-Am基因组的6 560~8 950 nt位置存在重组事件,其主要亲本和次要亲本分别为SMV-XFQ012(GenBank登录号:KP710875.1)和SMV-pCB301-SC15(GenBank登录号:MH919386.1)。这是SMV侵染白术的首次报道,研究结果有望为防范SMV病害在白术上爆发流行以及防治提供科学依据。     

输入病毒导致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。     

海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本,采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析;结果显示,15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点有54个,其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异,4个特有的氨基酸变异位点,个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株,此变异株存在引发本地的流行和暴发风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。     

急性弛缓性麻痹病例中Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒变异株基因特征分析

研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000~2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株中选取有聚集性的5株病毒进行全基因组序列测定(贵州省3株、山东省2株),并进行核苷酸、氨基酸同源性分析。贵州省3株病毒全基因组序列完全一致,但与SabinⅢ型病毒发生重组,重组区域在3A区(nt5343~5353);与疫苗株相比,Ⅱ型区域变异10个碱基,其中VP1区变异4个,与SabinⅡ型株核苷酸同源性为99·56%,氨基酸同源性99·34%;Ⅲ型区域变异9个碱基。山东省2株病毒全基因序列共享16个突变位点,没有发生重组,与SabinⅡ型株相比,VP1区分别变异7个和4个碱基,核苷酸同源性分别为99·22%和99·56%,氨基酸同源性分别为99·0%和99·67%。上述5株病毒在重要的减毒位点nt481、nt2909均发生突变。此研究中5株病毒分属于两个不同的传播链,但是共享nt481、nt2909、nt2992三个突变位点,这3个突变位点不在重组区域内,他们的共同作用可能是影响病毒传播力的重要因素,但目前尚无证据证明脊灰疫苗病毒型间重组会增加病毒的毒力及传播力。     

人乳头瘤病毒2(HPV-2)变异株的突变E2蛋白转录抑制作用的研究

皮肤寻常疣的发生与多种基因型别HPV的感染密切相关.本研究利用PCR方法对1例临床罕见的寻常疣患者感染的HPV-2毒株LCR及E2基因序列进行扩增、测序,分别构建含HPV-2变异株及原毒株LCR的重组CAT基因报导质粒pBLCAT-LCR和表达突变及野生型E2蛋白的重组真核表达质粒pcDNA3.1-E2,通过瞬时转染HeLa细胞,研究变异株启动子活性及突变E2蛋白的转录抑制作用.结果显示,患者感染的HPV-2变异株LCR及E2基因均存在多处点突变.变异株早期启动子活性明显高于原毒株;突变的E2蛋白转录抑制作用较野生型E2蛋白显著降低;变异株LCR上E2结合位点核苷酸的突变明显降低E2蛋白对病毒早期启动子的抑制作用.提示HPV-2变异株启动子活性增强及突变E2蛋白转录抑制作用的降低与这一罕见巨大寻常疣临床表型之间存在着重要的联系.     

大麦黄矮病毒GAV基因组全序列测定及其结构分析

测定了在中国分离得到由麦二叉蚜和麦长管蚜传播的大麦黄矮病毒GAV的基因组核苷酸全序列, 该病毒分离物的RNA由5685个核苷酸组成, 内含6个开放阅读框架(ORF)和4个非编码区(UTR), 基因组大小和结构与黄症病毒属(Luteovirus)的大麦黄矮病毒PAV(BYDV-PAV)和MAV(BYDV-MAV)相似. 序列分析表明, 它与BYDV-MAV的PS1分离物基因组序列的同源性最高. 在6个开放阅读框架中, 除ORF6核苷酸序列同源性为72.0%外, 其他ORF的核苷酸序列同源性均大于90%. 两者全基因组的同源性为90.4%. 推导的编码产物氨基酸序列同源性除P6和通读蛋白(RTP)分别为67.4%和87.4%外, 其他均大于90%, 其中外壳蛋白(CP)为95.5%. 根据与BYDV-MAV的相似性, BYDV-GAV应是一种与BYDV-MAV类似的病毒.     

2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎（BA.1.1）变异株基因特征分析

为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎（BA.1.1）变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定,Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析,采用MEGA 10.1.8邻位归并法（Neighbour-joining）绘制系统进化树,结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎（BA.1.1）变异株基因组高度相似,同武汉参考序列（GenBank No.NC＿045512）相比,存在63或64个核苷酸突变位点,39个核苷酸位点缺失,22204位点有9个核苷酸插入,引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突（Spike, S）蛋白存在32个氨基酸突变位点,S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变...     

庆阳市本土新冠病毒Omicron变异株的全基因组特征分析

本文将高通量测序技术应用于新型冠状病毒感染（COVID-19）的疫情防控当中,从基因组水平上了解新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的分子学特征及变异情况,从而为疫情的防控提供科学的参考及准确的研判依据。我们选取2022年8月-9月庆阳市报告的新冠疫情本土感染者标本作为研究对象,对标本进行核酸检测和病毒全基因组测序并进行序列比对,使用MEGA分析软件基于邻接法构建病毒进化树,从而了解病毒的分子学特征及相关性。本研究所选取的9例病例均为普通型病例,核酸检测Ct值均较低。Nextclade分型结果显示：9条序列均属于21L型Omicron变异株;Pangolin分型结果显示：9条序列均处于Pangolin谱系中的BA.2.76进化分支上。与武汉参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)相比,9条SARS-CoV-2序列的核苷酸同源性中位数为94.6%,核苷酸突变类型包括76～78个替换突变和3处缺失突变,氨基酸突变位点共涉及10个基因编码框,按氨基酸错义突变总数由多到少依次为：S蛋白区,ORF1ab区,N蛋白区,M蛋白区,E蛋白区和ORF3a、ORF6、ORF8、ORF9b区。进...     

烟草花叶病毒(普通株中国分离物)及其弱毒疫苗N14(番茄株)基因组侵染性cDNA核苷酸全序列测定与分析

用双脱氧末端终止法对侵染性烟草花叶病毒普通株中国分离物(TMV-vulgar,Chinese Isolate,TMVCv)和番茄株弱毒疫苗TM-N14(Attenuated TMV vaccine strain)基因组cDNAs的核苷酸全序列进行了测定,并分析和比较了其基因组的结构和特征。结果表明：普通株基因组(Genbank接收号：AF165190)为6395个核苷酸;4个功能性开放阅读框架(ORF),分别编码126kD/183kD的复制酶、30kD运动蛋白和17.6kD外壳蛋白。弱毒疫苗TMV-N14基因组(Genbank接收号：AF155507)为6384个核苷酸;5个功能性ORF分别编码985kD/126kD/183kD的复制酶、27kD运动蛋白和17.6kD外壳蛋白。与参比序列核苷酸和氨基酸序列比较：普通株核苷酸序列同源率为99.4%;推断的复制酶与运动蛋白分别有5个和2个氨基酸残基不同。TMV-N14核苷酸序列同源率为99.7%;核苷酸位置2670～2672和5632～5634分别发生乳石(Opal)突变(UGA)和赭石(Ochre)突变(UAA);推断复制酶有13个氨基酸残基发生了变异。     

广东省2020年首次报道E基因型柯萨奇病毒B组3型的鉴定及基因特征分析

柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)是肠道病毒中流行较为广泛的血清型之一,在全球多个国家和地区曾报道儿童急性心肌炎、无菌性脑膜炎、手足口病等的暴发流行,严重威胁儿童健康和公共卫生安全。本研究对广东省2020年手足口病患者标本中分离到的8株CVB3进行基因特征和进化分析,结果显示分离到的8株CVB3 VP1区核苷酸序列相似性为98.2%~99.5%,与原型株Nancy的核苷酸序列相似性在77.9%~78.5%之间,与其他CVB3中国大陆流行株的核苷酸序列相似性为79.6%~82.2%。8株CVB3均为E基因型,为广东省首次报道。8株CVB3分离株在进化树上聚集,提示病毒发生了局部传播。全基因组序列分析提示2株广东CVB3分离株在非结构蛋白区有重组现象的发生。本研究为E基因型CVB3在我国的流行传播和疾病防控提供基础资料。     

一株引起严重急性呼吸道感染病例的A亚型人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征分析

人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI)病例中HRSV全基因组基因特征,本研究对2017年河南省漯河市住院SARI病例中检测到的1株HRSV A亚型病毒通过Sanger测序方法对其全基因组序列进行了测定和分析。通过Sequencher 5.4.5、MEGA 5.05、BioEdit 7.0.5等生物信息学软件进行序列拼接和比对,进行了基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。基于HRSV全基因组序列和11个单个蛋白基因序列构建的亲缘性关系分析结果提示本研究中检测到的这株HRSVA病毒(RSVAs/Luohe.Henan/CHN/42.17)属于ON1基因型,该型是我国近年流行的优势基因型。该病毒全基因组序列与35条全球代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.69%～99.82%和93.63%～99.67%;G蛋白编码区氨基酸变异最高,而F蛋白相对保守。糖基化位点分析发现,该病毒的F蛋白有6个N-糖基化位点,未发现O-糖基化位点,此结果与原型株long株相同;G蛋白N-糖基化位点有6个,O-糖基化位点为82个,而原型株long株有11个N-糖基化位点,15个O-糖基化位点。本研究对2017年河南省漯河市SARI病例中一株HRSVA病毒全基因组序列进行了测定,与世界其他地区报道的HRSVA亚型病毒全基因组序列进行了对比分析,揭示了SARI病例中我国HRSV优势流行ON1基因型病毒全基因组的核苷酸和氨基酸变异特征,以及G蛋白和F蛋白编码区糖基化情况,丰富了我国HRSV基因数据库,也为HRSV的核酸检测方法的建立、疫苗研发和预防性单克隆抗体的评价提供了核苷酸和氨基酸的基础数据。     

中国首例输入性中东呼吸综合征冠状病毒结构基因与附属基因的序列分析

针对中国首例实验室确诊输入性MERS-CoV感染病例,采用鼻咽拭子样品进行核酸提取、基因扩增与测序,获得MERS-CoV_ChinaGD01结构蛋白与附属蛋白编码基因,包括S基因、E基因、M基因、N基因、ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5和ORF8b基因序列。根据S基因进化分析发现中国输入性病例中MERS-CoV虽有少数位点变异,但仍与近年沙特流行株相近,属于MERS-CoV亚型5,N、E、M等结构基因核苷酸变异较少。附属蛋白进化分析表明:ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5均有一定的核苷酸替换,而ORF8b相对保守。总之,中国首例输入性MERSCoV与已发表序列相比总体表现为保守,但在部分基因序列上有一定的变异。这是中国首例输入性MERS-CoV的第一次基因分析结果报道,可为该MERS-CoV感染特点的进一步研究及相关疾病的防控提供参考。     

甲型肝炎减毒活疫苗(H2株)快速繁殖株不同代次全基因序列比较

为探索甲型肝炎减毒活疫苗 (H2株 )细胞适应的分子机制 ,将甲型肝炎减毒活疫苗毒株(HAVH2K7)在人胚肺二倍体细胞KMB17上快速连续系列传代增强适应 ,繁殖周期由原来的 2 8d缩短为 14d ,连续传代后抗原滴度和感染性滴度不断增加 ,传至 2 2代抗原滴度达 1∶10 2 4 ,感染性滴度lgCCID50 (每ml)为 7 83 .分别将第 6代和第 2 2代病毒用AC PCR法和PCR法扩增 .扩增片段分别与pGEM T载体连接得到重组质粒 ,测定cDNA插入片段的序列 .对 2个不同代次全基因序列及氨基酸序列比较分析表明 ,HAVH2K7适应至第 6代时 ,整个基因组有 6个核苷酸变异 ,全部位于编码区内 ,变异率为 0 0 7% ,导致 3个氨基酸变化 ,分别位于VP2 (A S) ;2C(N H) ;3A(R C) .适应至第 2 2代时 ,整个基因组出现 18个核苷酸突变 ,变异率为 0 2 4 % ,13个是该代次产生的 ,变异最大区域 5′端非编码区 (5′UTR)有 5个核苷酸变异 .编码区突变导致 7个氨基酸变化 ,其中 4个氨基酸变化是该代次在 6代基础上特有的变异 (2C ,Q P ;3A ,A S ;3C ,T A ;3D ,V G) .2C区是编码区变异最多区域 ,共有 4个核苷酸突变 ,在 6代变异基础上出现 3个新突变 ,导致 1个氨基酸变异 .说明 5′UTR的2C区变异对病毒的翻译效率、感染性滴度提高具有重要作用 .     

研发动态

<正>我国完成首例中东呼吸综合征病例病毒全基因组序列测定中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所与广东省和惠州市疾控中心合作完成我国首例输入性中东呼吸综合征(MERS)病例的病毒全基因组序列测定,这一工作有助于追寻疫情发展的踪迹,破解病毒的性质、来源、传播力和毒力,从而找到有效的防控和治疗措施。     

中国人乳头瘤病毒6型L1、L2表达及产物自动装配成病毒样颗粒

为研究我国人乳头瘤病毒 6型 (HPV 6 )基因组晚期区序列变异及衣壳蛋白装配特性 ,从中国尖锐湿疣患者病损组织克隆了HPV 6L1和L2序列 ,经测序、拼接 ,获得HPV 6基因组晚期区序列。获得的两条长 2 86 9bp的序列 (GenBank登录号为AY0 15 0 0 6和AY0 15 0 0 8) ,属于HPV 6b亚型 ,与原型序列比较 ,在L1和L2ORF中共有 9个核苷酸变异 ,其中错义突变 4个。将L1和L2分别重组到杆状病毒 (AcNPV)表达载体 ,在Sf9细胞中探讨L1和L2的表达及装配规律。当L1和L2分别表达于Sf9细胞时 ,L1可以在细胞核中装配成病毒样颗粒 (VLP) ,而L2不能。从L1重组杆状病毒单独感染和L1、L2重组杆状病毒同时感染的细胞分别纯化VLP ,获得L1 VLP和L1 L2 VLP。二者在大小及形态上无明显差异 ,直径约 5 0nm ,与真实的病毒粒子相似。L1 L2 VLP包含摩尔比例约为 4∶1的L1和L2 ,具有HPV 6L1VLP构象表位。当用不同比例重组病毒同时感染细胞时 ,一定水平的L2表达可以使L1表达量及VLP产量提高。HPV 6基因组晚期区序列变异率 <0 .2 8% ,70 81位的A→G和 70 99位的G→A两处突变在我国HPV 6分离物中具有代表性。克隆的HPV 6L1和L2序列可以用于表达 ,表达产物 (L1或L1 L2 )可以自发装配成VLP。     

22株猪圆环病毒2型安徽分离株全基因组遗传进化分析

为了解安徽地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及流行毒株遗传变异情况,本研究应用DNA Star软件,针对22株PCV2安徽分离株和26株GenBank登录的PCV2参考毒株,进行全基因组核苷酸序列、ORF1和ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分析,并运用MEGA 6.0软件构建系统进化树.结果显示,22株PCV2安徽分离株基因组全长均为1 767 bp,相互之间的核苷酸序列相似度为94.6％～99.8％,与GenBank登录的26株PCV2参考毒株之间的核苷酸序列相似度为92.4％～99.8％.PCV2安徽分离株的ORF1核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与参考毒株之间的相似度分别为94.3％～100％和85.4％～100％,ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列相似度分别为85.9％～99.9％和76.9％～100％.ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列在8～30、44～91、121～140及190～224几个区域存在突变,且有部分变异位点位于抗原表位区.22株PCV2安徽分离株分布于两个基因亚型,8株属于PCV2b,14株属于PCV2d.结果表明,PCV2安徽分离株的全基因组核苷酸序列较稳定且彼此间亲缘关系密切.ORF2的变异程度远高于ORF1,PCV2d基因亚型己经逐渐过渡成为安徽地区的主要流行毒株.Cap蛋白氨基酸序列在免疫反应区域内的变异可能影响PCV2的免疫原性.本研究结果丰富了安徽地区猪圆环病毒病的分子流行病学资料,同时也为有效防控该病提供了一定的参考依据.