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大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)是影响大豆产量与质量的重要病原体,且自然寄主范围窄。本研究对疑似感病白术叶片进行非序列依赖性扩增(sequence-independent amplification,SIA)检测,结果表明,感病白术为SMV侵染,并命名为SMV-Am。为明确其基因组结构特征及系统进化关系,本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)提取、RT-PCR及RACE技术对其进行全基因组扩增,并进行生物信息学分析。结果表明,SMV-Am基因组全长9 587 nt,具有显著的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)基因组结构特征;核苷酸与氨基酸序列相似性分析表明,SMV-Am与来自中国的SMV-Liaoning分离物相似性最高,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为96.57%和98.86%;系统进化分析也显示与SMV-Liaoning分离物亲缘关系最近;对SMV-Am蛋白序列进一步分析发现,存在与功能位点相关的氨基酸突变,经I-TASSER和PyMOL软件进行蛋白建模分析,发现SMV-Am的P1、HC-Pro、P3、6K2、NIa-Pro、NIb蛋白结构均发生不同程度的变化,且P1蛋白最明显;重组分析结果显示,在SMV-Am基因组的6 560~8 950 nt位置存在重组事件,其主要亲本和次要亲本分别为SMV-XFQ012(GenBank登录号:KP710875.1)和SMV-pCB301-SC15(GenBank登录号:MH919386.1)。这是SMV侵染白术的首次报道,研究结果有望为防范SMV病害在白术上爆发流行以及防治提供科学依据。 相似文献
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植物病毒病是制约作物生产的主要病害之一。及时明确其病毒病原和发展规律是有效控制其大规模传播的前提。而现有植物病毒病检测技术存在周期长、步骤繁琐、检测环境严苛等缺点。本研究以烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)为模型,基于碱基互补配对原则设计针对TMV的功能化磁珠（CMBs-ACPTMV）进行RNA提取,并对功能化磁珠的制备条件、提取反应条件以及灵敏性和稳定性等性能进行优化分析。结果表明,当添加4 μmol捕获探针（ACPTMV）、0.08 mg羧基磁珠（CMBs）时,所制备的CMBs-ACPTMV吸附RNA的能力最好;当提取时间为3 min时,CMBs-ACPTMV提取RNA的效果最好,而改变CMBs-ACPTMV的提取温度时其提取能力无明显变化;性能评价分析发现,CMBs-ACPTMV的灵敏度可达2.5 ng/μL,且检测稳定性较好。与常规RNA提取技术相比,CMBs-ACPTMV在检测时间和样品消耗量上具有突出优势。本研究所建立的功能化磁珠提取法快速、安全和简便,只需简易设备便可实现植物病毒RNA的快速提取,具有广阔的应用前景。 相似文献
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MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA,在植物逆境及生物胁迫中通过调节靶基因来发挥重要的调控作用。半夏内源miR167是否参与了大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)的胁迫及相互作用关系尚不清楚。本研究利用茎环法扩增半夏内源miR167基因，命名为pt-miR167,采用生物信息学软件对其进行保守性分析，系统进化性分析及靶基因预测。在此基础上，采用qRT-PCR技术检测病毒积累量、miR167及其潜在的靶基因的表达水平，分析miR167及靶基因响应病毒侵染的表达模式。结果表明，病毒积累量在5～15 d时迅速增加，其中10 d时增加最快，随后呈现缓慢上升趋势。病毒侵染后，pt-miR167相比对照组，表达量呈下调，并且在10 d时表达量最低。进化树分析表明，pt-miR167与番茄(Solanum lycopersicum)中的sly-miR167a聚为一族，高度同源。预测的潜在主要靶基因ARF6表达量与pt-miR167表达量呈现正好相反的趋势，其在10 d时表达量达到最高。本研究表明，miRNA167参与了寄主半夏与病毒SMV的相互作用关系... 相似文献
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