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1.
肌酸激酶(CK)能够催化磷酸基在二磷酸腺苷(ADP)和磷酸肌酸之间的可逆性转移,在细胞能量代谢过程中发挥重要作用。本研究利用RT-PCR和RACE方法克隆了黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)肌酸激酶基因全长c DNA序列,并进行了生物信息学分析和系统发育关系研究。黄河裸裂尻鱼肌酸激酶c DNA全长1 599 bp,开放阅读框(ORF)1 143 bp,编码380个氨基酸,具有典型的N-端结构域和C-端催化结构域。氨基酸序列同源性分析表明,黄河裸裂尻鱼肌酸激酶与斑马鱼(Danio rerio)和鲤(Cyprinus carpio)M3-CK有较高的同源性,其序列一致度达94%以上。系统发育分析显示,黄河裸裂尻鱼肌酸激酶与斑马鱼和鲤的M3-CK聚在一支,形成一个单系群,初步判定克隆获得的黄河裸裂尻鱼肌酸激酶基因可能与鲤和斑马鱼M3-CK是直系同源基因。利用Real-time PCR方法检测和分析了黄河裸裂尻鱼主要组织肌酸激酶m RNA表达水平,肌肉、肠、眼、心中肌酸激酶转录本表达较高,在肝胰脏和脑中表达微弱。肌酸激酶在肌肉、肠、和心中高表达与其能量代谢功能相适应,而在眼组织中的高表达是否与肌酸激酶的其他功能相关,有待于进一步研究。  相似文献   

2.
肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)属于转化生长因子β(TGF-β)超家族中的一个成员,是骨骼肌生长发育的负调控因子。该文以黄河裸裂尻鱼肌肉总RNA为模板,采用RT-PCT、5’-RACE和3’-RACE法获得MSTN基因全长cDNA序列为2180bp,包含长为1128bp的开放阅读框,编码375个氨基酸。以肌肉总DNA为模板,通过PCR法进一步获得了MSTN基因的2个内含子序列,分析表明,黄河裸裂尻鱼MSTN基因与其他脊椎动物具有相似的基因结构(包括3个外显子和2个内含子)。黄河裸裂尻鱼MSTN具有脊椎动物MSTN的共同序列特征,含有1个蛋白酶水解位点RXXR和8个位于TGF-β功能区域保守的半胱氨酸残基。氨基酸序列同源性分析表明,黄河裸裂尻鱼MSTN序列与其他鲤科鱼类MSTN具有较高的同源性;而与哺乳动物和禽类的MSTN同源性较低。系统发育分析表明,黄河裸裂尻鱼MSTN与其他鲤科鱼类聚于同一进化支。RT-PCR分析表明,该基因在黄河裸裂尻鱼9个被检组织中均有表达,但在心、肾、肠、精巢中表达量较高。Real-TimePCR分析显示,MSTN基因在胚胎中的相对表达量,随胚胎发育阶段的不同而有所差异,暗示MSTN的功能可能并不局限在对肌肉生长发育的负调控作用,可能还有其他功能。  相似文献   

3.
采用RT-PCR技术克隆获得了黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)CO Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ基因的编码序列,并对此进行了初步分析.结果表明,黄河裸裂尻鱼CO I基因全长为1 551 bp,开放阅读框(ORF)由基因全长组成,编码516个氨基酸;COⅡ基因全长为691 bp,开放阅读框为690 bp,编码2...  相似文献   

4.
利用Cyt b基因序列探讨柴达木裸裂尻鱼的分类学地位   总被引:2,自引:0,他引:2  
长期以来,柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)的分类学地位存在争议。为此,测定了柴达木裸裂尻鱼格尔木河及托素湖种群24个个体及黄河裸裂尻鱼(S.pylzovi)黄河及大通北川河种群12个个体的Cytb基因全序列。通过遗传距离和系统发育分析,探讨了柴达木裸裂尻鱼的分类学地位。结果显示,柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼在系统进化树上并未形成相应的单系群;柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼种间平均遗传距离为0.54%,明显低于裂腹鱼亚科其他属鱼类的种间遗传距离及本属其他种间遗传距离,表明来自柴达木盆地格尔木河和托素湖的裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼之间没有达到种级水平的显著分化。综合地质学资料和柴达木水系与黄河水系现今的隔离格局,建议将柴达木裸裂尻鱼作为黄河裸裂尻鱼的一个亚种,即S.pylzovi kessleri。  相似文献   

5.
目的:获得齐口裂腹鱼过氧化物酶体增殖物激活受体Y辅助活化因子1a(PGC-1a)cDNA序列,探讨其在齐口裂腹鱼肌肉组织中的表达规律。方法:根据斑马鱼基因PGC-1a序列设计引物,提取齐口裂腹鱼肌肉组织总RNA,经RT-PCR扩增PGC-1a仪基因序列;利用半定量RT-PCR分析齐口裂腹鱼PGC-1a基因在红肌和白肌中的mRNA表达特性。结果:获得齐口裂腹鱼PGC-1a基因序列2633bp,GenBank登陆号为JNl95738,其中ORF为2631bp,编码876个氨基酸残基,与同鲤科的斑马鱼、草鱼和金鱼的同源性较高,为88%~93%,但与哺乳动物和禽类如人、小鼠、大鼠、猪、牛和鸡的同源性较低,为49%~50%。在基础状态下,PGC-1a在齐口裂腹鱼红肌中的表达显著高于白肌,禁食可显著诱导PGC-1a在红肌和白肌中的表达水平。结论-首次克隆得到齐口裂腹鱼PGC-1a基因序列,其在红肌中的表达显著高于白肌中,禁食可显著诱导其在红肌和白肌中的表达,为研究PGC-1a在齐口裂腹鱼肌肉中的作用提供了理论依据。  相似文献   

6.
【目的】为了克隆棉铃虫Helicoverpa armigera编码肌肉蛋白Kettin基因的全长cDNA序列以及鉴定该基因在棉铃虫发育周期内的表达模式。【方法】利用兼并引物,通过分段RT-PCR和5′-和3′-RACE的方法克隆全长cDNA序列。利用半定量RT-PCR进行表达谱分析。【结果】编码棉铃虫Kettin蛋白的基因HaKettin1全长cDNA序列为13 805 bp,包含一个13 365 bp的开放阅读框,编码4 454个氨基酸,蛋白分子量约为504.3 kD。组织表达结果显示HaKettin1基因在棉铃虫的整个生育周期都有表达,幼虫期的表达尤为显著。【结论】HaKettin1与家蚕的Kettin蛋白具有90%的同源性,表明鳞翅目昆虫的Kettin蛋白之间具有很高的保守性。表达谱结果显示HaKettin1基因在棉铃虫的整个发育过程中都发挥重要作用。  相似文献   

7.
黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异   总被引:10,自引:0,他引:10  
测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了单倍型NJ树;用Arlequin Ver.2000程序计算了群体间遗传变异值(Fst)和Nm值以及群体分化概率值。结果显示,来自柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼没有形成单系群,Fst=0.204(P0.05),Nm=1.95。初步判断,黄河和柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼未显著分化,支持将柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)归并入黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)的形态学结果。两种群核苷酸多样度()分别为0.0012和0.0026,表现为较低水平。根据校正的分子钟推测,黄河和托索湖裸裂尻鱼群体分歧时间为距今7万年左右的更新世末期,结合地理分布的资料和古地质事件,对黄河裸裂尻鱼群体分布水系间的历史联系进行了分析。    相似文献   

8.
根据铁蛋白基因的保守序列,搜索GenBank数据库中华鲟的EST数据库得到一条同源序列。通过RT-PCR的方法对该序列进行扩增,修改其测序错误,获得中华鲟铁蛋白亚基cDNA全长,经过注释提交GenBank数据库,获取序列登录号EU348782。该cDNA长度为896 bp,包含531bp的完整编码区,推测编码的蛋白质为176 aa,分子量为20339.9 Mr,理论等电点为5.66。它和大西洋鲑鱼铁蛋白序列同源性最高,达到82.9%。该基因在中华鲟肝脏、胰脏、肌肉、脑、心脏、鳃和胃粘膜等多种组织表达,在胰脏和心脏中表达量较高,在肌肉组织中表达较低。根据同源模建的方法得到该蛋白质三维结构,其包括5个α螺旋和10个转角结构,和人、蛙和细菌的铁蛋白均能很好的叠合,表现了很高的相似性,表明该蛋白结构和功能在基因进化中的高度保守性。  相似文献   

9.
为探讨不同裂腹鱼类感染多子小瓜虫后的病理学差异, 利用多子小瓜虫对青海湖裸鲤指名亚种(Gymnocypris przewalskii przewalskii)和黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi Kessler)实施感染实验, 并对2种鱼进行了深入的病理学研究。研究结果显示: (1) 2种鱼的死亡量均呈现先激增后明显回落的趋势, 青海湖裸鲤死亡高峰在感染后第3至第4天, 黄河裸裂尻鱼死亡高峰在第3至第5天, 青海湖裸鲤的死亡比黄河裸裂尻鱼急剧。(2)感染后2种鱼体表均出现大量肉眼可见的白点。青海湖裸鲤皮肤黏液分泌量明显增加, 体表形成胶状黏液层, 黏液层中见不同细胞期小瓜虫包囊。黄河裸裂尻鱼鳍出现蛀鳍现象, 皮肤出现细菌感染样溃烂。(3)解剖发现, 感染组青海湖裸鲤和黄河裸裂尻鱼肝脏发生病理改变呈淡黄色, 胆有不同程度肿大。(4)组织切片和电镜观察显示, 小瓜虫在鳃部位的寄生导致青海湖裸鲤和黄河裸裂尻鱼鳃丝黏连, 鳃小片和鳃丝上皮细胞萎缩、脱落, 鳃丝结构被严重破坏。小瓜虫在2种鱼皮肤的寄生使寄生部位组织突起, 周围组织塌陷。青海湖裸鲤表皮下层出现空隙, 表皮结构被严重破坏。黄河裸裂尻鱼皮肤表皮细胞出现空泡化病理改变, 失去原有紧密结构, 表皮层和固有层间界限变模糊。综上所述, 小瓜虫的感染对青海湖裸鲤和黄河裸裂尻鱼的鳃和皮肤组织造成严重损伤, 但2种鱼表现的症状和造成的组织损伤类型有明显差异, 这与2种鱼长期适应不同水体环境密切相关。  相似文献   

10.
根据铁蛋白基因的保守序列,搜索GenBank数据库中华鲟的EST数据库得到一条同源序列.通过RT-PCR的方法对该序列进行扩增,修改其测序错误,获得中华鲟铁蛋白亚基cDNA全长,经过注释提交GenBank数据库,获取序列登录号EU348782.该cDNA长度为896bp,包含531bp的完整编码区,推测编码的蛋白质为176aa,分子量为20339.9Mr,理论等电点为5.66.它和大两洋鲑鱼铁蛋白序列同源性最高,达到82.9%.该基闪在中华鲟肝脏、胰脏、肌肉、脑、心脏、鳃和胃粘膜等多种组织表达,在胰脏和心脏中表达量较高,在肌肉组织中表达较低.根据同源模建的方法得到该蛋白质三维结构,其包括5个α螺旋和10个转角结构,和人、蛙和细菌的铁蛋白均能很好的叠合,表现了很高的相似性,表明该蛋白结构和功能在基因进化中的高度保守性.  相似文献   

11.
黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构   总被引:1,自引:0,他引:1  
黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)主要分布于青藏高原东北部兰州以上黄河干支流水系和高原北部柴达木内流水系,由于其对高原特殊生境表现出独特的适应性而受研究者关注。本文采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法获得了一个分布于柴达木内流水系种群和四个黄河支流种群共99条个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-100p)821bp核苷酸的序列,探讨了其种群遗传结构和分化。99条个体的序列经比对后,发现77个(9.37%)多态性位点,共定义了53个单倍型,其中有一个单倍型(DT12)为两个种群(大通种群和互助种群)所共享,其余52个单倍型均为某个种群所特有。遗传多样性分析表明,柴达木种群的单倍型多样度(h=0.79±0.06)和核苷酸多样度(π=0.0027±0.0017)均略低于黄河支流各种群。AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,占75.39%,而小同水系的种群间只有24.61%,各种群间成对的Fst及遗传距离均表明种群间出现了一定程度的种群分化,但系统进化树最示出一种混杂的单倍型分布格局,提示青藏高原东北部地质事件所造成的水系间的隔离形成较晚。单倍型歧点分布呈现为单峰以及中性检验Tajima的D(-1.497,P=0.058)和Fu的Fs(-24.741,P=0.001)结果综合表明,黄河裸裂尻鱼在青藏高原隆升过程中曾经历过近期的种群扩张事件[动物学报54(6):972—980,2008]。  相似文献   

12.
对三角帆蚌HSP70基因序列进行全长克隆及其分子生物学分析,并检测其在不同水温刺激下鳃组织中的表达变化。通过高通量转录组测序获得三角帆蚌HSP70基因(HcHSP70)长片段,采用3'RACE对其进行了3'末端克隆,经拼接得到HcHSP70 cDNA全长序列。采用多种分子生物学软件对HcHSP70 cDNA全长序列进行了特征分析,采用实时荧光定量PCR技术检测了其组织分布,并结合Western-blot技术检测蚌鳃中该基因mRNA与蛋白经不同水温刺激后的表达变化。结果显示,HcHSP70 cDNA全长为2298 bp,其中开放阅读框为1974 bp,编码657个氨基酸。预测分子量大小为71.6 Ku,pH7.0时的理论等电点为5.61。氨基酸序列分析表明,HcHSP70氨基酸序列含HSP70家族的3个标签序列(I9DLGTTYS16、I197FDLGGGTFDVSIL210和I336 VLVGGSTRIPKVQK350),与长牡蛎及泥蚶的HSP70同源性最高(91%)。实时荧光定量PCR检测结果显示,HcHSP70在鳃、性腺、肝胰腺、外套膜及肌肉等5种被检组织中均有表达,以肝胰腺中的表达水平最高。实时荧光定量PCR与Western-blot技术检测皆表明,蚌鳃组织中HcHSP70基因与蛋白的表达量在37℃时达到最高,而在40℃水温刺激下表达水平下调至正常值,表明其在适应高温刺激时发挥了重要作用。  相似文献   

13.
凡纳滨对虾ANT2 基因的克隆及低温表达谱分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为研究凡纳滨对虾适应低温的分子机理, 实验对从低温处理凡纳滨对虾抑制性消减文库中筛选出的一个360 bp EST 序列进行了研究。首先, 同源比对显示该EST 片段与其他物种的ANT2 基因高度同源, 命名为凡纳滨对虾ANT2 基因(LVANT2); 其次, 通过构建凡纳滨对虾肝胰腺全长cDNA 文库, PCR 扩增获得LVANT2 基因的全长cDNA1540 bp, 其中包括1011 bp 的完整开放阅读框, 编码336 个氨基酸残基。然后, 对基因进行了不同组织和低温处理的表达谱分析: (1)组织表达谱的结果显示, 该基因在凡纳滨对虾肌肉组织中表达量最高; (2)在不同低温处理下的表达结果显示, 该基因在15℃处理下基因表达量发生显著变化, 13℃开始呈下调表达, 11℃时表达量又升高; 13℃低温处理不同时间发现该基因在12h 内表达量发生显著变化,48h 后表达量最高。LVANT2 基因的低温诱导表达模式说明其可能在凡纳滨对虾低温适应中发挥作用    相似文献   

14.
Leptin, an adipocyte-derived hormone, plays an important role in body energy homeostasis. Plateau pika (Ochotona curzoniae), an endemic and keystone species living only at 3000-5000 m above sea level on Qinghai-Tibet Plateau, is a typically high hypoxia and low temperature tolerant mammal with high resting metabolic rate (RMR), non-shivering thermogenesis (NST), and high ratio of oxygen utilization to cope with harsh plateau environment. To explore the molecular mechanism of ecological acclimation in plateau pika, we first cloned pika leptin cDNA and compared its mRNA expression in different altitudes (3200 and 3900 m) using real-time RT-PCR (Taqman probe) technology. The full-length pika leptin cDNA was 3015 with 504 bp open-reading frame encoding the precursor peptide of 167 amino acids including 21 residues of signal peptide. Pika leptin was 70-72% homologous to that of other species and was of similarly structural characteristics with other species. The pika-specific genetic diversity in leptin sequence occurred at twenty sites. With the increase in altitude, there were larger fat store and high level of ob gene expression in plateau pika. Our results indicated that leptin is sensitive to cold and hypoxia plateau environment and may play one of important roles in pika's ecological adaptation to harsh plateau environment.  相似文献   

15.
Han F  Wang X  Wang Z 《Gene》2012,495(1):65-71
Diseases caused by viruses are the greatest challenge to worldwide shrimp aquaculture. Ran gene was an important antiviral gene identified from shrimp and its mRNA level was up-regulated in response to viral infection. In this investigation, a Ran isoform gene (named Ran-iso) cDNA was cloned from shrimp, Marsupenaeus japonicus. The full-length cDNA of Ran-iso was 1286 bp, including a 5′-terminal untranslated region (UTR) of 272 bp, 3′-terminal UTR of 366 bp and an open reading frame (ORF) of 648 bp encoding a polypeptide of 215 amino acids. The deduced protein was highly homologous, it shared 90.64%, 84.19%, 81.48% and 67.58% identities with Ran protein of shrimp, honey bee, human and tobacco respectively. Ran-iso gene was constitutively expressed in 6 tissues examined, including gill, hepatopancreas, hemolymph, heart, intestine and muscle. However, Ran-iso was highest expressed in hepatopancreas (p < 0.01), whereas the expressions of other five tissues were equal and relatively low. Time course analysis showed that the expression level of Ran-iso was obviously up-regulated 2.8 times (at 6 h) as much as that in the control in the hepatopancreas challenged by WSSV. This investigation might provide a clue to elucidate the shrimp innate immunity and would be helpful to shrimp disease control.  相似文献   

16.
受高原抬升所致的水系变迁及人类活动的影响,分布于南门峡河流的裂腹鱼亚科鱼类与黄河干支流种群间的基因交流受到长期限制。作为孤立小群体,探讨其分类学地位及其在小生境中的进化机制对了解青藏高原鱼类多样性和物种的形成、进化具有重要意义。本文采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法获得了南门峡裂腹鱼亚科鱼类(n=29)及其近缘种(n=19)共48个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytb)基因的全序列(1140bp),并以厚唇裸重鱼和尖裸鲤为外群构建了MP和Bayesian系统进化树。南门峡裂腹鱼亚科鱼类29个个体的序列经排序后,发现有100个(8·77%)多态性位点,共定义了16个单倍型,在系统进化树上分布于截然不同的两个族群中。其中5个单倍型(NMX3、6、7、13、15)与其近缘种花斑裸鲤和青海湖裸鲤形成单系群(MP99%,Bayesian98%),而其余11个单倍型(NMX1、2、4、5、8、9、10、11、12、14、16)与黄河干支流的黄河裸裂尻鱼形成另一个单系群(MP99%,Bayesian99%)。序列差异分析显示,分布于不同族群的南门峡裂腹鱼亚科鱼类之间存在较大的碱基差异(平均为7·42%),显示出种间差异水平,表明分布于南门峡河流的裂腹鱼亚科鱼类可能是花斑裸鲤和黄河裸裂尻鱼形态相似种的复合体。结合青藏高原隆升所致的气候环境变化和高原北部水系变迁的事件,推断形态趋同进化可能导致了南门峡河流裂腹鱼亚科鱼类形态相似种的共存,而小生境自然选择压力是引发适应性形态趋同进化的主要原因。  相似文献   

17.
Zhang Y  Jin S  Zhao QS  Wang GL  Yu K  Wang CL 《动物学研究》2010,31(6):587-594
The lipopolysaccharide -and beta-1,3-glucan-binding protein (LGBP) is a pattern recognition receptor, which is fundamental for the innate immune response of crustaceans. A LGBP gene was cloned from the haemocytes of Portunus trituberculatus using SMART RACE methods. The full-length LGBP cDNA (1 378 bp) had a 1 095 bp open reading frame encoding a protein of 365 amino acid residues including a 16 amino acid residues signal peptide, a 138 bp 5' untranslated region (UTR) and a 144 bp untranslated region in the 3' UTR with a 29 bp polyA tail. The calculated molecular mass of the mature protein (349 amino acid residues) is 39,825.24 with an estimated pI of 4.49. The gene sequence and secondary structure of LGBP were analyzed by bio-informatics. Additionally, a Glyco hydro 16 domain was identified. The expression of P. trituberculatus in various tissues were detected through RT-PCR methods. The results showed that the LGBP gene expressed in all the tissues detected, including haemocytes, hepatopancreas, heart, gills and muscle. In response to the challenge of Staphyloccocus aureus and Vibrio alginolyticus, the LGBP gene expression in haemocytes of the group challenged with mixed bacteria were higher than the control group within 48 h. It suggested that the LGBP gene plays an active role in immunologic process against bacterial infection.  相似文献   

18.
利用RT-PCR和RACE技术,从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肝胰腺中克隆了DNaseⅠ基因的全长cDNA序列。该序列全长1614bp,包含1209bp的开放阅读框,编码一个含403个氨基酸的蛋白;5′非翻译区为116bp,3′非翻译区为289bp。实时定量PCR分析结果表明,DNaseⅠ基因在肝胰腺的表达量是其他器官表达量的16~162倍,表明凡纳滨对虾DNaseⅠ基因属于胰腺型表达。本研究还利用酶切重组构建原核表达载体,并在大肠杆菌(Escherichia coli)中成功表达出了有活性的重组DNaseⅠ蛋白。  相似文献   

19.
Zhou F  Zheng L  Zhang D  Huang J  Qiu L  Yang Q  Jiang S 《Marine Genomics》2011,4(2):121-128
In present study, a thrombospondin gene was obtained from the ovary and neurosecretory organ in eyestalk cDNA library of black tiger prawn (Penaeus monodon). The full-length P. monodon thrombospondin (PmTSP) cDNA contained a 5' untranslated region (UTR) of 9 bp, an open reading frame (ORF) of 2778 bp encoding a polypeptide of 925 amino acids with molecular mass 100.57 kDa, and a 3'UTR of 99 bp. ScanProsite analysis indicated that PmTSP contained four chitin-binding type-II domains, an EGF-like domain, eight thrombospondin type-III repeats and one thrombospondin C-terminal domain. Homology analysis of the deduced amino acid sequence of the PmTSP with other known TSP sequences by MatGAT software revealed that the PmTSP shows very high homology with the sequences of Fennerpenaeus chinensis (89.9% similarity, 83.8% identity). Analysis of the tissue expression pattern of the PmTSP gene showed that the PmTSP mRNA was expressed in all tested tissues, including hepatopancreas, ovary, muscle, intestine, neurosecretory organ in eyestalk, neurosecretory organ in brain, stomach, and heart, with highest level in the ovary. Furthermore, the PmTSP expression was found to be of high level in six development stages of the ovary. The results indicated that PmTSP might play an important role in ovarian development.  相似文献   

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